biostatystyka - Operacja Sukces

Projekt „OPERACJA SUKCES – unikatowy model kształcenia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Medycznego w Łodzi odpowiedzią na potrzeby
gospodarki opartej na wiedzy” współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego, w ramach Programu Operacyjnego
Kapitał Ludzki.
KARTA PRZEDMIOTU
1. Nazwa przedmiotu
BIOSTATYSTYKA
2. Numer kodowy
COM03c
3. Język, w którym prowadzone są zajęcia
polski
4. Typ kursu
obowiązkowy
5. Grupa treści kształcenia
nauki podstawowe
6. Poziom studiów według klasyfikacji bolońskiej
studia magisterskie
7. Rok studiów/semestr
II rok/semestr 3
8. Formuła przedmiotu
ćwiczenia
9. Liczba godzin zajęć
16
10. Rodzaj zajęć z uwzględnieniem podziału godzin
ćwiczenia w wymiarze 16 godzin
11. Liczba kredytów ECTS
1
12. Jednostka dydaktyczna prowadząca przedmiot
Klinika Pediatrii, Onkologii, Hematologii i Diabetologii
I Katedra Pediatrii
13. Imię i nazwisko osoby egzaminującej lub zaliczającej przedmiot
prof. dr hab. n. med. Wojciech Młynarski
14. Osoby prowadzące zajęcia
prof. dr hab. med. Wojciech Młynarski, dr med. Wojciech Fendler, mgr inż. Łukasz
Walenciak, dr hab. med. Agnieszka Szadkowska, mgr inż. Dorota Czerwoniuk,
mgr Patryk Górniak
15. Wymagania wstępne i wymagania równoległe
informatyka medyczna, język angielski, przysposobienie biblioteczne
16. Zaliczenie przedmiotu jest wymagane przed rozpoczęciem zajęć:
klinicznych
17. Cele i założenia nauczania przedmiotu
Poznanie roli epidemiologii i metod gromadzenia danych biomedycznych oraz
znaczenia wskaźników epidemiologicznych służących opisywaniu zdrowotności
populacji. Zrozumienie założeń i tematyki Evidence Based Medicine – medycyny
opartej na wiarygodnych i aktualnych danych. Omówienie pojęć, metod
klasyfikacji badań naukowych według jakości i wiarygodności. Poznanie
podstaw metod poszukiwania i uzyskiwania dostępu do publikacji naukowych ze
szczególnym uwzględnieniem meta-analizy. Omówienie interpretacji wyników
badań naukowych w tym wyjaśnienie znaczenia poszczególnych miar efektów
wykorzystywanych w badaniach biomedycznych (np. iloraz szans, ryzyko
względne, hazard względny). Poznanie i zastosowanie podstawowych metod
analizy danych – omówienie rodzajów zmiennych, przedstawienie zasad
weryfikacji hipotez badawczych, praktyczne przeprowadzenie podstawowych
analiz statystycznych. Poznanie założeń i możliwości wykorzystania bardziej
zaawansowanych metod analizy danych – omówienie wskaźników przydatności
diagnostycznej testów (np. czułości, swoistości, wartości predykcyjnych
dodatniej i ujemnej) i metod ustalania wartości odcięcia dla zmiennych
ciągłych. Omówienie zasad analizy przeżycia oraz praktyczne przeprowadzenie
analizy prawdopodobieństwa przeżycia za pomocą krzywych Kaplana-Meiera.
18. Metody dydaktyczne
zajęcia multimedialne z omówieniem problemów medycznych; zajęcia
praktyczne w oddziale klinicznym; zajęcia praktyczne w pracowni komputerowej
z wykorzystaniem oprogramowania STATISTICA PL
19. Wykaz literatury podstawowej i uzupełniającej
Literatura podstawowa:
− Przystępny kurs statystyki Tom 1. Stanisz A, Statsoft Polska, Kraków, 2003;
− Materiały multimedialne w formie PDF dostępne na stronie internetowej
przedmiotu o ograniczonym dostępie dla poszczególnych grup.
Literatura uzupełniająca:
− Przystępny kurs statystyki Tom 2. Stanisz A, Statsoft Polska, Kraków, 2003;
− Biostatystyka – wykorzystanie metod statystycznych w pracy badawczej w
naukach biomedycznych. Watała C, Alfa-Medica Press, Bielsko-Biała, 2002;
− Podstawy EBM czyli medycyny opartej na danych naukowych dla lekarzy i
studentów medycyny. Gajewski P, Jaeschke R, Brożek J, Wyd. Medycyna
Praktyczna, 2008.
20. Forma i warunki zaliczenia przedmiotu, w tym zasady dopuszczenia do egzaminu
Warunki zaliczenia przedmiotu: obecność na wszystkich zajęciach oraz
poprawne wykonanie zadań i ćwiczeń w trakcie zajęć. W przypadku
nieobecności student zobowiązany jest odrobić zajęcia z inną grupą; liczba
osób na ćwiczeniach w pracowni ograniczona jest ilością stanowisk
komputerowych; zajęcia należy odrobić w czasie zajęć programowych dodatkowe zajęcia nie będą organizowane.
Forma zaliczenia:
odpowiedzią).
sprawdzian
testowy
(30
pytań
z
jedną
poprawną
Ocena końcowa zależy od liczby punktów uzyskanych z testu oraz punktów
dodatkowych za realizację samodzielnych zadań domowych, wykonywanych
na komputerze.
21. Treści merytoryczne budujące wiedzę
Bazy danych medycznych
Statystyka: podstawowe pojęcia; struktura baz danych, rodzaje zmiennych,
parametry przydatności diagnostycznej testów, prezentacja i interpretacja
wyników badań naukowych. Interpretacja wskaźników w publikacjach
naukowych. Oprogramowanie statystyczne.
Podstawowa analiza rozkładu i formułowanie hipotez. Testy parametryczne i
nieparametryczne, analiza korelacji, założenia testów. Analiza porównawcza
zmiennych nominalnych i ciągłych. Dobór odpowiednich testów i metod
przedstawiania wyniku do typów zmiennych. Analiza przykładowych zbiorów
danych. Metody analizy danych w układzie par zależnych oraz w większej
liczbie grup – analiza wariancji, analiza przeżycia, ocena siły efektu, ocena
opłacalności interwencji, omówienie założeń regresji liniowej i logistycznej.
Ocena siły efektu (iloraz szans, relatywne ryzyko, NNT i NNH). Analiza przeżycia:
baza danych; genetyczne czynniki ryzyka zgonu z powodu raka krtani. Analiza
wariancji. Analiza wieloczynnikowa metodą regresji logistycznej.
Wykorzystanie statystyki w epidemiologii: podstawowe pojęcia z epidemiologii,
gromadzenie danych epidemiologicznych, źródła danych epidemiologicznych,
rodzaje badań epidemiologicznych; dane epidemiologiczne GUS, IDF i WHO.
22. Efekty kształcenia – umiejętności i kompetencje
Student po zakończeniu kursu biostatystyki powinien potrafić:
− znaleźć dane epidemiologiczne w bazach danych GUS, WHO;
− wyszukać w bazie danych PubMed i Cochrane publikacje naukowe na dany
temat używając słów kluczowych i je przeanalizować;
− uzyskać pełne wersje meta-analiz z bazy danych Cochrane;
− wyjaśnić różnice i zidentyfikować wskaźniki epidemiologiczne: umieralności,
śmiertelności, chorobowości i zachorowalności;
− uzasadnić stosowanie współczynników standaryzowanych i przedstawić
algorytm
postępowania
podczas
standaryzacji
wskaźników
epidemiologicznych;
− zinterpretować, wyliczyć i porównać wskaźniki przydatności diagnostycznej
testów i objawów (czułość, swoistość, wartości predykcyjne dodatnia i
ujemna);
− zinterpretować wykres obrazujący krzywą ROC i uzasadnić dobór punktu
odcięcia w dychotomizacji zmiennej ciągłej będącej parametrem
diagnostycznym;
− wyjaśnić różnice pomiędzy badaniami prospektywnymi i retrospektywnymi,
randomizowanymi i kliniczno-kontrolnymi, opisami przypadków i badaniami
eksperymentalnymi oraz uszeregować je według wiarygodności i jakości
dowodów naukowych;
− zinterpretować
wyniki
meta-analizy
określając
kierunek,
wielkość,
wiarygodność i homogenność efektu;
− oczyścić bazę danych z błędów formatowania i edycji;
− przeprowadzić dychotomizację zmiennych za pomocą formuł;
− przeprowadzić transformację przestrzeni wartości zmiennej za pomocą
formuł;
− dobrać odpowiedni test do problemu badawczego;
− przeprowadzić weryfikację hipotez badawczych dla zmiennych nominalnych
za pomocą testów Chi2, Chi2 z poprawką Yatesa oraz dokładnego testu
Fishera;
− przeprowadzić analizę korelacji zmiennych ciągłych testami Pearsona i
Spearmana;
− przeprowadzić analizę porównawczą zmiennych ciągłych pomiędzy dwiema
grupami - testem t-Studenta oraz Manna-Whitney’a;
− przeprowadzić analizę porównawczą zmiennych ciągłych pomiędzy większą
liczbą grup – analiza wariancji oraz nieparametryczna analiza wariancji
Kruskala-Wallisa wraz ze stosownymi testami post-hoc;
− przedstawić graficznie wyniki wykonanych analiz za pomocą wykresów
median i kwartyli, wykresów rozrzutu oraz histogramów;
− przeprowadzić estymację populacyjnej wartości badanej zmiennej z 95%
przedziałem ufności;
− wyznaczyć iloraz szans, relatywne ryzyko z 95% przedziałami ufności za
pomocą stosownego kalkulatora online lub .xls.;
− obsługiwać program komputerowy STATISTICA PL w zakresie powyższych
analiz;
− wyszukać publikacje i informacje na temat struktury zgonów, zachorowalności
na choroby układu krążenia oraz nowotwory.
23. Kontynuacja przedmiotu przewidziana na zajęciach:
klinicznych oraz w trakcie studiów doktoranckich
24. Zalecane kursy fakultatywne i zajęcia uzupełniające:
Zajęcia fakultatywne: „Wykorzystanie podstawowych i zaawansowanych analiz
statystycznych w praktyce klinicznej i naukowej”
25. Informacje dodatkowe dostępne są pod adresem
http://www.pediatria.umed.pl/klinika-pediatrii/dla-studentow/biostatystyka