Silver Stain DNA/RNA

Silver Stain
DNA/RNA
Zestaw do czułego barwienia kwasów nukleinowych w
żelach poliakrylamidowych
(na 5 żeli)
Instrukcja Obsługi
Numer katalogowy: 200-103
Aby uzyskać pomoc techniczną: T 22 668 71 47
Spis treści
1. Informacje ogólne
1.1
1.2
1.3
1.4
Wprowadzenie
Skład Zestawu Silver Stain DNA/RNA
Specyfikacja techniczna
Zasady bezpiecznego użytkowania
2. Użytkowanie Zestawu Silver Stain DNA/RNA
2.1
2.2
Przygotowanie odczynników
Przeprowadzenie procedury barwienia
3
3
3
3
3
5
5
5
3. Diagnozowanie i usuwanie problemów
7
4. Akcesoria i wyposażenie dodatkowe
8
5. Wsparcie techniczne
9
1. Informacje ogólne
1.1 Wprowadzenie
Serdecznie dziękujemy za zakup Zestawu Silver Stain DNA/RNA do czułego
barwienia kwasów nukleinowych w żelach poliakrylamidowych. Zestaw umożliwia
zabarwienie 5 żeli o wymiarach do 15 x 15 cm.
Wyniki analiz molekularnych, a zwłaszcza rozdziałów elektroforetycznych, w dużym
stopniu zależą od odczynników chemicznych używanych do przygotowania żeli, buforów
elektrodowych oraz ich barwienia. Oferujemy wyselekcjonowane i testowane odczynniki
do elektroforezy białek i kwasów nukleinowych.
Zestaw Silver Stain Prot rekomendujemy ze względu na:
- wysoką powtarzalność
- wygodne użycie
- gwarantowaną najwyższą jakość
- wysoką czułość barwienia
- krótki czas barwienia
1.2 Skład Zestawu Silver Stain DNA/RNA (na 5 żeli)
Prosimy o zapoznanie się z elementami Zestawu Silver Stain DNA/RNA przed
pierwszym zastosowaniem.
1. Utrwalacz
2. Roztwór srebra
3. Wywoływacz A
4. Wywoływacz B
40 ml
2 ml
200 L
0,5 ml
1.3 Specyfikacja techniczna
1. Utrwalacz – przechowywać w temp. pokojowej
2. Roztwór srebra – odczynnik światłoczuły, przechowywać w 4 °C. Substancja toksyczna.
3. Wywoływacz A - przechowywać w temp. pokojowej.
4. Wywoływacz B - przechowywać w temperaturze pokojowej.
1.4 Zasady bezpiecznego użytkowania
Prosimy o uważne zapoznanie się z instrukcją obsługi oraz zasadami bezpiecznego
użytkowania Zestawu.
1. Zestaw Silver Stain DNA/RNA zawiera substancje szkodliwe, dlatego Użytkownik
powinien zawsze używać rękawiczek jednorazowych i fartucha ochronnego.
2. Przy kontakcie skóry z odczynnikami zawartymi w Zestawie, należy ją bezzwłocznie
dokładnie przemyć kilkakrotnie wodą.
3. Elementy Zestawu Silver Stain DNA/RNA powinny być przechowywane zgodnie z
zaleceniami. Niewłaściwe przechowywanie odczynników może skutkować pogorszeniem
skuteczności barwienia lub spowodować ich całkowitą deaktywację.
3
4. Do wykonania procedury barwienia należy używać wyłącznie wody wysokiej czystości –
dejonizowanej lub 2x destylowanej.
5. Ze względu na wysoką czułość metody zalecamy umycie chromianką wszystkich naczyń,
które będą używane w trakcie procedury barwienia.
6. Zlewki zużytych odczynników powinny zostać poddane utylizacji.
4
2. Użytkowanie Zestawu Silver Stain DNA/RNA
2.1 Przygotowanie odczynników
Odczynniki do barwienia powinny być przygotowane bezpośrednio przed procedurą. Poza
roztworami odczynników zawartymi w Zestawie Silver Stain DNA/RNA, należy
przygotować 10 % v/v roztwór kwasu octowego oraz 10% roztwór (v/v) etanolu. Wszystkie
odczynniki powinny być przygotowane z użyciem wody o wysokiej czystości.
Rekomendujemy przeprowadzenie barwienia żelu w pojemnikach szklanych oferowanych
przez firmę Kucharczyk TE (nr kat. 100-140 do 149).
1. Utrwalacz
6 ml
114 ml
Utrwalacz (roztwór macierzysty)
woda dejonizowana
2. Roztwór srebra
900 ul
90 ml
Roztwór srebra (roztwór macierzysty)
woda dejonizowana
3. Wywoływacz
40 ml
100 ul
180 ml
Wywoływacz A (roztwór macierzysty)
Wywoływacz B (roztwór macierzysty)
woda dejonizowana
4. 10% (v/v) kwas octowy
10 ml
90 ml
kwas octowy
woda dejonizowana
5. 10% (v/v) etanol
10 ml
90 ml
EtOH
woda dejonizowana
2.2 Przeprowadzenie procedury barwienia
*
Lp
Etap
Odczynnik
Czas inkubacji
1
Denaturacja
10% etanol
10 min
2
Utrwalanie
Utrwalacz
6 min
3
Srebrzenie
Roztwór srebra
10 min
4
Płukanie
3 x H2O
3 x 15 s.
5
Wywołanie
Wywoływacz
(podzielony na 3
porcje)
1-szy raz 3 min lub do
zaciemnienia roztworu
2-gi i 3-ci raz do pojawienia się
prążków
6
Zatrzymanie
reakcji
10 % kwas octowy
10 min
5
Płukanie
7
1-szy raz 15 s.
2-gi i 3-ci raz 10 min
3 x H2O
*
dla żelu o grubości 1,5 mm
UWAGI OGÓLNE
1. Wytrzymałość mechaniczna żeli poliakrylamidowych w trakcie barwienia metodą
srebrową znacznie obniża się. Żel należy przenosić bardzo ostrożnie.
2. Należy unikać dotykania żelu nawet w rękawiczkach, gdyż może to pozostawić ślady
na żelu.
3. Żel po wybarwieniu można sfotografować przed i po jego wysuszeniu. Polecamy do
tego celu podświetlasz biały zapewniający równomierne natężenie światła (nr kat. 160100).
UWAGI DOTYCZĄCE PROCEDURY
1. Dokładne odpłukanie żelu znacznie redukuje poziom tła, dlatego zalecane jest (o ile jest
to możliwe) pozostawienie żelu w dużej objętości wody na noc. Następnego dnia, po
krótkim odpłukaniu żelu można kontynuować procedurę.
2. Czasy inkubacji podano dla żelu o grubości około 1,5 mm. W przypadku żeli cieńszych
czas trwania kolejnych etapów można skrócić o około 50 %.
3. W celu zredukowania poziomu tła, żel należy barwić w czystym pojemniku.
4. Procedurę Wywołania wykonujemy 3-etapowo. W pierwszym etapie wlewamy około 4050 ml roztworu Wywoływacza i łagodnie mieszamy. W momencie postania ciemnobrunatnego precypitatu roztwór zlewamy i dodajemy nową porcję wywoływacza (50 ml).
Podobnie jak poprzednio wymieniamy wywoływacz na trzecią porcję, gdy powstanie
brunatny precypitat. Mieszamy żel w Wywołaczu do chwili gdy uzyskamy
satysfakcjonujący obraz prążków.
5. Reakcję Wywołania przerywamy 10% roztworem kwasu octowego.
6. Żel można przechowywać w wodzie lub wysuszyć z wykorzystaniem Zestawu DRYOUT
(nr kat. 100-150).
6
3. Diagnozowanie i usuwanie problemów
Problem
1. Brak prążków
Możliwa przyczyna
a. Nieefektywne
barwienie
DNA/RNA
srebrem
b. Nieprawidłowo
przeprowadzony
rozdział
elektroforetyczny
2. Prążki zlewają się
a. Zbyt duża ilość próbki
nałożonej na żel
Rozwiązanie
a. Upewnij się, czy
macierzysty roztwór srebra
jest właściwie
przechowywany
b. Upewnij się, czy roboczy
roztwór srebra jest świeżo
przygotowany i czy ma
odpowiednie stężęnie
c. Upewnij się, czy używasz
wody o odpowiedniej
czystości
d. Upewnij się, czy czas trwania
rozdziału elektroforetycznego
nie spowodował wyjścia
próbek z żelu do buforu
e. Upewnij się, że prawidłowo
przygotowano próbki
(możliwa degradacja)
a. Rozcieńcz próbkę lub
zmniejsz ustawienia
napięcia o około 25%.
b. Zbyt długi czas
b. Przerwij reakcję
Wywoływania podczas
Wywołania gdy pojawią
procedury barwienia
się cienkie wyraźne
jasno-brązowe prążki.
3. Ciemne tło żelu
a. Brudny pojemnik
do srebrzenia
a. Wymyj dokładnie pojemnik
używany do srebrzenia
oraz przepłucz go kilka razy
wodą dejonizowaną.
b. Zbyt duże
stężenie srebra
b. Upewnij się, że roztwór
roboczy srebra został
prawidłowo przygotowany.
c. Zbyt długi czas
Wywoływania
c. Przerwij reakcję Wywołania
gdy tylko zauważysz zmianę
odcienia żelu poza miejscem
prążków.
d. Niedokładne
przepłukanie
żelu po etapie
Srebrzenia
d. Przepłukaj po Srebrzeniu żel
3-krotnie wodą dejonizowaną
7
4. Akcesoria i wyposażenie dodatkowe
Numer katalogowy
Opis produktu
100-140
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 200 x 160 x 40 mm
100-141
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 160 x 120 x 40 mm
100-142
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 100 x 90 x 30 mm
100-144
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 160 x 160 x 40 mm
100-145
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 280 x 150 x 40 mm
100-146
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 280 x 280 x 40 mm
100-147
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 200 x 200 x 40 mm
100-148
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 250 x 200 x 40 mm
100-149
Pojemnik szklany z pokrywką, rozmiar 360 x 220 x 40 mm
100-150
DRYOUT – zestaw do suszenia żeli
100-151
Folie do zestawu DRYOUT (35 żeli)
100-152
Folie do zestawu DRYOUT (100 żeli)
160-100
Podświetlacz na światło białe
8
5. Wsparcie techniczne
Jeżeli macie Państwo jakieś pytania dotyczące obsługi urządzenia lub dostępności
akcesoriów i sprzętu uzupełniającego prosimy o kontakt z naszą Firmą.
Kucharczyk Techniki Elektroforetyczne sp. z o.o.
ul. Pawińskiego 5a/ blok D
02-106 Warszawa
Tel. +48 22 668 71 47
Fax. +48 22 668 71 64
e-mail: [email protected]
9