COBAS® TaqMan® MTB Test

COBAS® TaqMan® MTB Test
DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO.
COBAS® TaqMan® MTB Test
CTM MTB
48 Tests
P/N: 04803531 190
AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation Kit
RSP PREP
100 Tests
P/N: 20756903 122
ART: 07 5690 3
US: 83267
UWAGA
Zakup niniejszego produktu umożliwia nabywcy wykorzystywanie go do amplifikacji
i detekcji sekwencji kwasów nukleinowych z zastosowaniem reakcji łańcuchowej polimerazy
(PCR) oraz związanych z nią procesów w ramach diagnostyki in vitro z użyciem materiału ludzkiego.
Wraz z nabyciem niniejszego produktu nabywca nie otrzymuje żadnego patentu ogólnego ani innej
licencji, poza prawem do określonego, szczególnego zastosowania produktu.
ZASTOSOWANIE
Test COBAS® TaqMan® MTB jest testem in vitro wykorzystującym technikę amplifikacji kwasów nukleinowych
do jakościowego wykrywania DNA kompleksu Mycobacteria tuberculosis (MTB) w upłynnionych, odkażonych
i zagęszczonych próbkach pobranych z układu oddechowego od ludzi, włączając plwocinę oraz popłuczyny
oskrzelowo-pęcherzykowe (BAL). Test wykorzystuje AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation Kit
(zestaw do przygotowania próbek z dróg oddechowych) do ręcznego przygotowywania próbek oraz analizator
COBAS® TaqMan® 48 do automatycznej amplifikacji i detekcji.
PODSUMOWANIE ORAZ OPIS TESTU
Gatunki z rodzaju Mycobacterium to kwasooporne, nieruchome bakterie tlenowe w kształcie pałeczek,
nietworzące form przetrwalnikowych. Grupa ta zawiera kilka gatunków patogennych dla ludzi. Wiele gatunków
prątków jest saprofitami w glebie i wodzie. Do głównych patogenów u ludzi zalicza się gatunki kompleksu
M. tuberculosis (M. tuberculosis, M. bovis, M. africanum i M. microti) oraz M. leprae. M. tuberculosis jest
najważniejszym patogenem z grupy prątków i występuje wyłącznie u człowieka.
Gruźlica (TB) to choroba zakaźna. Tak jak przeziębienie rozprzestrzenia się drogą kropelkową. Zakaźni są
tylko chorzy mający gruźlicę płucną. Kiedy zakażony człowiek kaszle, kicha, mówi lub pluje, rozprzestrzenia
prątki TB w powietrzu. Do zakażenia wystarczy zainhalowanie niewielkiej liczby prątków. W sumie, jedna trzecia
ludzi na świecie jest aktualnie zakażona prątkami TB. Spośród nich 5–10% zachoruje lub będzie zakażać
prątkami TB w pewnym okresie swojego życia. Szacuje się, że w 2004 r. 1,7 miliona ludzi zmarło z powodu
gruźlicy. Tak jak i liczba chorych, największa liczba zgonów występuje w regionie południowo-wschodniej Azji,
ale największa umieralność występuje w Afryce, gdzie wirus HIV doprowadził do szybkiego wzrostu
zapadalności na gruźlicę oraz zwiększył ryzyko zgonu z tego powodu. Celem Światowej Organizacji Zdrowia,
ustalonym na Światowym Zjeździe Zdrowia w 1991 roku, jest wykrywanie 70% nowych przypadków zakaźnej
gruźlicy i wyleczenie 85% wykrytych przypadków do roku 2005. Osiemnaście krajów już osiągnęło te cele
w roku 20021–5.
Z uwagi na niebezpieczeństwo rozprzestrzeniania się choroby, możliwość rozwoju szczepów lekoopornych
oraz ciężki przebieg schorzenia u osób zakażonych wirusem HIV-1, szybka diagnostyka mikroorganizmów
kompleksu M. tuberculosis jest niezmiernie ważna.
Do ostatecznego rozpoznania gruźlicy konieczna jest izolacja drobnoustroju należącego do kompleksu
M. tuberculosis. Rutynowe hodowle bakteryjne są czasochłonne i mogą trwać do ośmiu tygodni. Najszybszą
metodą detekcji prątków jest badanie mikroskopowe rozmazów kwasoopornych, jest ona jednak mało czuła
i nieswoista. Techniki immunologiczne i serologiczne mają ograniczoną wartość z uwagi na słabą czułość i/lub
swoistość6,7. Udowodniono, że opracowanie swoistych dla prątków testów opartych o PCR w dalszym stopniu
usprawniło szybką diagnostykę gruźlicy, umożliwiając bezpośrednią detekcję prątków w próbkach
klinicznych8–14.
ZASADY PROCEDURY
Test COBAS® TaqMan® MTB oparty jest na dwóch głównych procesach: 1) ręczne przygotowanie próbki
w celu wyizolowania DNA MTB; 2) jednoczesna amplifikacja PCR docelowego DNA przy użyciu
komplementarnych primerów i detekcja docelowego DNA poprzez rozszczepienie podwójnie znakowanych
fluorescencyjnie sond oligonukleotydowych15,16. Razem, te procesy umożliwiają wykrycie zamplifikowanego
produktu docelowego MTB (amplikonu) i DNA wewnętrznej kontroli Mycobacterium, które jest amplifikowane
i wykrywane równocześnie z próbką.
Część Informacje na temat wersji dokumentu znajduje się na końcu tego dokumentu.
05175003001-08PL
1
Doc Rev. 8.0
Odczynnik Master Mix zawiera parę primerów, która jest używana do amplifikacji regionu chromosomu
specyficznego dla rodzaju a specyficzność dla kompleksu M. tuberculosis (M. tuberculosis, M. bovis,
M. africanum i M. microti) jest zapewniana przez podwójnie znakowaną sondę wykrywającą docelowe DNA.
Ta sama para primerów jest używana do amplifikacji DNA kontroli wewnętrznej. Detekcji amplifikowanego DNA
dokonuje się przy użyciu swoistych dla sekwencji docelowych oraz swoistych dla kontroli wewnętrznej,
podwójnie znakowanych sond oligonukleotydowych, pozwalających na niezależną identyfikację amplikonu MTB
i amplikonu kontroli wewnętrznej Mycobacterium.
Przygotowanie próbki
Upłynnione w NALC/NaOH17, odkażone próbki plwociny i BAL są płukane w roztworze do przemywania próbek
z dróg oddechowych. Drobnoustroje ulegają lizie przez inkubację w odczynniku lizującym do próbek z dróg
oddechowych, i próbka po dodaniu odczynnika neutralizującego do próbek z dróg oddechowych jest gotowa
do amplifikacji.
Amplifikacja PCR
Wybór sekwencji docelowej
Genom Mycobacterium zawiera wysoce konserwatywny region liczący około 1500 nukleotydów, który koduje
gen dla 16S rRNA. Test COBAS® TaqMan® MTB wykorzystuje specyficzne dla rodzaju Mycobacterium primery
do określania sekwencji w obrębie tego regionu18.
Amplifikacja sekwencji docelowej
Amplifikacja PCR zachodzi w probówkach K lub w tacach K, w których do mieszaniny amplifikacyjnej dodaje
się przygotowane próbki. Mieszanina reakcyjna jest podgrzewana w celu denaturacji dwuniciowego DNA oraz
odsłonięcia sekwencji docelowych primerów. Podczas schładzania mieszaniny primery hybrydyzują do
docelowych sekwencji. W obecności jonów Mg2+ i nadmiaru trójfosforanów dezoksyrybonukleotydów (dNTP)
polimeraza DNA Z05 wydłuża przyłączone primery wzdłuż docelowych matryc, tworząc dwuniciową cząsteczkę
DNA, zwaną amplikonem. Analizator COBAS® TaqMan® 48 automatycznie powtarza powyższy proces przez
określoną liczbę cykli, w każdym cyklu zmierzając do podwojenia ilości amplikonu DNA. Wymagana liczba
cykli jest zaprogramowana w analizatorze COBAS® TaqMan® 48. Amplifikacja zachodzi jedynie w obszarze
genomu MTB, między primerami; całość genomu nie ulega amplifikacji.
Amplifikacja kontroli wewnętrznej
W procesach amplifikacji wykorzystujących enzymy, takich jak PCR, zawartość w próbce klinicznej inhibitorów
może skutkować zmniejszoną wydajnością amplifikacji. Kontrola wewnętrzna umożliwia identyfikację
przygotowanych próbek zawierających substancje, które mogą zakłócać amplifikację PCR. Kontrola
wewnętrzna Mycobacterium to niezakaźny, rekombinowany plazmid DNA z identycznymi jak w sekwencji
docelowej M. tuberculosis regionami wiążącymi primery, losową sekwencją wewnętrzną o podobnej długości
i składzie zasad jak sekwencja docelowa M. tuberculosis oraz unikalnym regionem wiążącym sondy,
odróżniającym amplikon kontroli wewnętrznej Mycobacterium od amplikonu docelowego. Powyższe cechy
wybrano, aby zapewnić równoważną amplifikację docelowego DNA kontroli wewnętrznej Mycobacterium
i M. tuberculosis. Odczynnik kontroli wewnętrznej Mycobacterium wchodzi w skład testu COBAS® TaqMan®
MTB i jest wprowadzany do każdej reakcji amplifikacji celem równoczesnej amplifikacji z DNA MTB z próbki
klinicznej. Kontrola wewnętrzna Mycobacterium została zaprojektowana tak, aby zapewnić identyfikację próbek
zawierających inhibitory, które mogłyby interferować z amplifikacją i wykrywaniem docelowej sekwencji MTB.
Amplifikacja wybiórcza
Selektywną amplifikację badanego kwasu nukleinowego z próbki klinicznej w teście COBAS® TaqMan® MTB,
uzyskuje się dzięki zastosowaniu enzymu AmpErase (uracylo-N-glikozylaza)19 i trójfosforanu dezoksyurydyny
(dUTP). Enzym AmpErase rozpoznaje i katalizuje niszczenie nici DNA zawierających dezoksyurydynę, lecz
nie łańcuchów DNA zawierających tymidynę. W DNA występującym w naturze nie stwierdza się
dezoksyurydyny, natomiast jest ona zawsze obecna w amplikonie, ze względu na stosowanie trójfosforanu
dezoksyurydyny jako jednego spośród trójfosforanów dezoksyrybonukleotydu (dNTP) w odczynniku Master
Mix. Dlatego też dezoksyurydynę zawiera wyłącznie amplikon. Dezoksyurydyna warunkuje wrażliwość
zanieczyszczającego amplikonu na rozkład przez enzym AmpErase przed amplifikacją docelowego DNA. Pod
działaniem enzymu AmpErase zniszczeniu ulegają wszelkie nieswoiste produkty reakcji powstałe po wstępnej
aktywacji odczynnika Master Mix przez jony magnezu. Enzym AmpErase, zawarty w odczynniku Master Mix,
katalizuje rozkład DNA zawierającego dezoksyurydynę w miejscu reszt dezoksyurydynowych przez otwarcie
pierścienia dezoksyrybozy w pozycji C1. Podczas ogrzewania w pierwszym cyklu termicznym w pH
zasadowym odczynnika Master Mix, łańcuch amplikonu DNA pęka w pozycji dezoksyurydyny, w ten sposób
wykluczając dalszą amplifikację DNA. Enzym AmpErase jest nieaktywny w temperaturach powyżej 55°C,
tj. w czasie trwania całego cyklu termicznego, dlatego też nie niszczy on amplikonu docelowego, powstałego
podczas amplifikacji.
Detekcja produktów reakcji PCR w teście COBAS® TaqMan®
Test COBAS® TaqMan® MTB wykorzystuje technologię PCR w czasie rzeczywistym (real-time PCR).
Zastosowanie sond podwójnie znakowanych barwnikiem fluorescencyjnym pozwala na detekcję w czasie
rzeczywistym gromadzenia się produktu reakcji PCR przez monitorowanie intensywności emisji fluorescencyjnych
05175003001-08PL
2
Doc Rev. 8.0
barwników reporterowych, uwalnianych w trakcie procesu amplifikacji. Sondy składają się z oligonukleotydów
swoistych dla MTB i kontroli wewnętrznej Mycobacterium, znakowanych barwnikiem reporterowym
i wygaszaczem. W teście COBAS® TaqMan® MTB, sondy dla MTB i kontroli wewnętrznej Mycobacterium są
oznakowane różnymi fluorescencyjnymi barwnikami reporterowymi. Gdy podwójnie oznakowane barwnikami
fluorescencyjnymi cząsteczki sond są nienaruszone, fluorescencja reportera jest przytłumiona bliskością
wygaszacza, na zasadzie efektu przenoszenia energii typu Förstera. Podczas reakcji PCR sonda ulega
hybrydyzacji z sekwencją docelową, a następnie rozszczepieniu pod wpływem posiadanej przez termostabilną
polimerazę DNA Z05 aktywności 5' do 3' egzonukleazy. Od chwili uwolnienia i rozdzielenia reportera i wygaszacza
nie zachodzi już zjawisko wygaszania, a aktywność fluorescencyjna barwnika reporterowego nasila się.
Amplifikację DNA MTB oraz DNA kontroli wewnętrznej Mycobacterium mierzy się niezależnie od siebie,
wykorzystując różne długości fal. Proces ten powtarza się przez określoną liczbę cykli, a w każdym cyklu
następuje efektywne zwiększenie intensywności emisji poszczególnych barwników reporterowych, umożliwiając
niezależną identyfikację DNA MTB oraz DNA kontroli wewnętrznej.
ODCZYNNIKI
AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation Kit
Zestaw do przygotowania próbek z dróg oddechowych AMPLICOR®
(P/N: 20756903 122; ART: 07 5690 3; US: 83267)
RSP PREP
RW
(Roztwór do przemywania próbek z dróg oddechowych)
bufor Tris-HCl
< 1% substancja ułatwiająca rozpuszczalność
EDTA
0,05% azydek sodu
100 testów
2 × 25 ml
RL
(Odczynnik lizujący do próbek z dróg oddechowych)
0,2% wodorotlenek sodu
< 1% substancja ułatwiająca rozpuszczalność
EDTA
0,05% azydek sodu
3 × 6 ml
RN
(Odczynnik neutralizujący do próbek z dróg oddechowych)
bufor Tris-HCl
chlorek magnezu
0,05% azydek sodu
2 × 5 ml
COBAS® TaqMan® MTB Test
(P/N: 04803531 190)
CTM MTB
48 testów
Odczynniki do kontroli
MYCO IC
(Kontrola wewnętrzna Mycobacterium)
4 × 0,1 ml
bufor Tris-HCl
< 0,001% niezakaźny plazmid DNA (bakteryjny) zawierający sekwencje
wiążące primer Mycobacterium i unikalny region wiążący sondę
< 0,005% Poly rA RNA (syntetyczny)
EDTA
barwnik amarantowy
0,05% azydek sodu
MTB (+) C
[Kontrola dodatnia M. tuberculosis]
1 × 0,75 ml
bufor Tris-HCl
< 0,001% niezakaźny plazmid DNA (bakteryjny) zawierający sekwencje MTB
< 0,005% Poly rA RNA (syntetyczny)
EDTA
0,05% azydek sodu
MYCO (–) C
[Kontrola ujemna Mycobacterium]
1 × 0,75 ml
bufor Tris-HCl
< 0,005% Poly rA RNA (syntetyczny)
EDTA
0,05% azydek sodu
05175003001-08PL
3
Doc Rev. 8.0
Odczynniki do amplifikacji i detekcji
MTB MMX
(COBAS® TaqMan® MTB Master Mix)
4 × 12 testów
bufor Tricine
4 × 0,46 ml
octan potasu
wodorotlenek potasu
dimetylosulfotlenek
Glicerol
< 0,001% dATP, dCTP, dGTP, dUTP
< 0,001% primery MTB
< 0,001% znakowane barwnikami fluorescencyjnymi sondy oligonukleotydowe
swoiste dla MTB oraz kontroli wewnętrznej Mycobacterium
< 0,001% aptamer oligonukleotydowy
< 0,05% polimeraza DNA Z05 (bakteryjna)
< 0,1% enzym AmpErase (uracylo-N-glikozylaza) (bakteryjny)
0,09% azydek sodu
MYCO Mg2+
(Odczynnik magnezowy Mycobacterium)
4 × 12 testów
< 1,0% octan manganu
0,09% azydek sodu
4 × 0,2 ml
OSTRZEŻENIA I ŚRODKI OSTROŻNOŚCI
A.
DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO.
B.
Test przeznaczony jest do użytku wyłącznie z plwociną lub BAL, które zostały upłynnione, odkażone
i zagęszczone przy użyciu metod NALC-NaOH17.
C.
Nie pipetować za pomocą ust.
D.
Nie jeść, nie pić ani nie palić w obszarach roboczych laboratorium. Posługując się próbkami
i odczynnikami z zestawów, stosować jednorazowe rękawice, fartuchy laboratoryjne oraz odpowiednią
ochronę oczu. Po zakończeniu pracy z próbkami i odczynnikami testowymi należy dokładnie umyć ręce.
E.
Unikać skażenia odczynników bakteriami podczas pobierania równych objętości z butelek
z odczynnikami.
F.
Zaleca się stosowanie jałowych, jednorazowych pipet oraz końcówek pipet.
G.
Nie łączyć odczynników z różnych serii ani z różnych butelek z tej samej serii.
H.
Nie mieszać odczynników pochodzących z różnych zestawów.
I.
Wyrzucić wszystkie niezużyte odczynniki, odpady i próbki, postępując zgodnie z przepisami
krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi.
J.
Nie używać zestawu po upływie daty ważności.
K.
Karty charakterystyki substancji niebezpiecznych (Material Safety Data Sheets – MSDS) są
dostępne na żądanie w miejscowym przedstawicielstwie firmy Roche.
L.
Z próbkami oraz kontrolami należy obchodzić się jak z materiałem zakaźnym, stosując bezpieczne
procedury laboratoryjne, przedstawione w Biosafety in Microbiological and Biomedical
Laboratories20 oraz w CLSI Document M29-A321. Dokładnie oczyścić i odkazić wszystkie
powierzchnie robocze świeżo przygotowanym roztworem 0,5% podchlorynu sodu w wodzie
dejonizowanej lub destylowanej.
UWAGA: Dostępny w handlu płynny domowy wybielacz zawiera zazwyczaj podchloryn sodu
w stężeniu 5,25%. Rozcieńczenie domowego wybielacza w stosunku 1:10 daje 0,5%
roztwór podchlorynu sodu.
M.
RW, RL, RN, MTB MMX, MYCO Mg2+, MYCO IC, MTB (+) C oraz MYCO (–) C zawierają azydek
sodu. Azydek sodu może wchodzić w reakcje z instalacjami wodno-kanalizacyjnymi wykonanymi
z ołowiu lub miedzi, tworząc silnie wybuchowe azydki metali. Usuwając roztwory zawierające azydek
sodu do zlewów laboratoryjnych, należy spłukać rury dużą objętością wody, aby zapobiec
nagromadzeniu azydków.
N.
Do przygotowywania próbek oraz kontroli należy używać probówek z zakręcanym korkiem, aby
zapobiegać rozlaniu i możliwości skażenia krzyżowego próbek. Nie należy stosować probówek
z korkiem zatrzaskowym.
05175003001-08PL
4
Doc Rev. 8.0
O.
Podczas pracy z jakimkolwiek odczynnikiem używać osłon na oczy oraz fartuchów laboratoryjnych
i rękawic jednorazowych. Unikać kontaktu wymienionych materiałów ze skórą, oczami i błonami
śluzowymi. Jeżeli dojdzie do kontaktu, natychmiast spłukać dużą ilością wody. Jeżeli nie zostaną
podjęte odpowiednie środki, może dojść do oparzeń. W razie rozlania wspomnianych odczynników
należy przed wytarciem plam rozcieńczyć je wodą.
P.
Jeśli probówka K lub tacka K otworzy się kiedykolwiek po amplifikacji należy zanurzyć nośnik K,
dołki i uwolniony płyn w wybielaczu (skuteczne stężenie to 5000 ppm; 0,5%) na całą noc, aby
zniszczyć uwolniony amplikon.
WYMAGANIA DOTYCZĄCE PRZECHOWYWANIA I UŻYTKOWANIA
Nie zamrażać odczynników ani kontroli.
A.
B.
C.
D.
E.
F.
G.
Odczynniki RW, RL i RN należy przechowywać w temperaturze 2–25°C. Jeżeli nie zostały otwarte,
odczynniki te zachowują stabilność do wymienionej daty ważności. Po otwarciu odczynniki
zachowują stabilność przez 30 dni w temperaturze 2–8°C lub do upływu daty ważności, zależnie od
tego, co nastąpi wcześniej.
MTB MMX, MYCO Mg2+, MYCO IC, MTB (+) C i MYCO (–) C należy przechowywać w temperaturze
2–8°C. Jeżeli nie zostały otwarte, odczynniki te zachowują stabilność do wymienionej daty
przydatności.
Pomiędzy cyklami częściowo zużyte MTB (+) C i MYCO (–) C należy przechowywać w temperaturze
2–8°C. Przed użyciem należy sprawdzić datę przydatności otwartych kontroli. MTB (+) C
i MYCO (–) C mogą być używane do czterech razy. Po otwarciu MTB (+) C i MYCO (–) C należy
przechowywać 4 tygodnie lub do daty przydatności, którakolwiek z nich będzie pierwsza.
MTB MMX, MYCO Mg2+ i MYCO IC dostarczane są w postaci fiolek jednorazowego użytku do
zestawów po 12 reakcji. Niezużyty materiał należy wyrzucić.
Roboczy odczynnik Master Mix (przygotowany przez dodanie MYCO Mg2+ i MYCO IC do MTB MMX)
musi być przechowywany w temperaturze 2–8°C do 2 godzin.
Przygotowane próbki i kontrole należy dodać do roboczego odczynnika Master Mix w ciągu 4 godzin
od jego przygotowania w przypadku przechowywania odczynnika w temperaturze pokojowej, w ciągu
4 dni od jego przygotowania w przypadku przechowywania odczynnika w temperaturze 2–8°C lub
w ciągu 6 miesięcy od jego przygotowania w przypadku przechowywania odczynnika
w temperaturze –80°C.
Amplifikację należy rozpocząć w ciągu 90 minut od chwili dodania przygotowanych próbek badanych
i kontrolnych do roboczego odczynnika Master Mix.
DOSTARCZONE MATERIAŁY
Odczynniki do przygotowywania próbki
A.
AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation Kit
Zestaw do przygotowania próbek z dróg oddechowych AMPLICOR®
(P/N: 20756903 122; ART: 07 5690 3; US: 83267)
RSP PREP
RW
(Roztwór do przemywania próbek z dróg oddechowych)
RL
(Odczynnik lizujący do próbek z dróg oddechowych)
RN
(Odczynnik neutralizujący do próbek z dróg oddechowych)
Odczynniki do amplifikacji i detekcji
B.
COBAS® TaqMan® MTB Test
(P/N: 04803531 190)
CTM MTB
MYCO IC
(Kontrola wewnętrzna Mycobacterium)
MTB (+) C
[Kontrola dodatnia M. tuberculosis]
MYCO (–) C
[Kontrola ujemna Mycobacterium]
MTB MMX
(COBAS® TaqMan® MTB Master Mix)
MYCO Mg2+
(Odczynnik magnezowy Mycobacterium)
05175003001-08PL
5
Doc Rev. 8.0
MATERIAŁY WYMAGANE, LECZ NIEDOSTARCZANE
Przyrządy i oprogramowanie
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Analizator COBAS® TaqMan® 48
Oprogramowanie AMPLILINK w wersji serii 3.3
Stacja robocza dla programu AMPLILINK
Instrukcja obsługi analizatora COBAS® TaqMan® 48 do użytku z podręcznikiem programu
AMPLILINK w wersji serii 3.2 i 3.3
Podręcznik programu AMPLILINK w wersji serii 3.3 do użytku z aparatem COBAS® AmpliPrep,
analizatorem COBAS® TaqMan®, analizatorem COBAS® TaqMan® 48, analizatorem COBAS®
AMPLICOR® i aparatem cobas p 630
Plik definicji testu (Test Definition File, TDF). Nazwa i numer wersji TDF znajdują się na karcie
informacyjnej produktu, dołączonej do opakowania zestawu.
Urządzenie do mocowania korka w probówkach K (P/N: 03516539001)
Narzędzie korkujące do tac K (P/N: 03339904001)
Nośnik na probówki K do analizatora COBAS® TaqMan® 48 (P/N: 28150397001)
Nośnik na tace K do analizatora COBAS® TaqMan® 48 (P/N: 03341488001)
Materiały jednorazowego użytku
•
•
Probówki K (P/N: 03137082001)
Tace K do analizatora COBAS® TaqMan® 48 (P/N: 03343146001)
INNE MATERIAŁY WYMAGANE, LECZ NIEDOSTARCZANE
•
•
•
•
•
•
•
Mieszadło wibracyjne
Rękojeść pomocnicza do pipety: Drummond (P/N: 4-000-100) bądź jej odpowiednik
Probówki polipropylenowe o pojemności 1,5 ml z zakrętką, jałowe, niesilikonizowane, stożkowe
(Sarstedt 72.692.105 lub odpowiednik)**
Statywy na probówki (Sarstedt 93.1428 lub odpowiednik)
Pipetory (pojemność 50 μl, 100 μl, 200 μl, 250 μl, 500 μl i 1000 μl)* z osłoną aerozolową lub
końcówkami z dodatnim wypieraniem
Sterylne pipety transferowe z precyzyjną końcówką
Mikrowirówka (maks. RCF 16 000 × g, min. RCF 12 500 × g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M
lub odpowiednik
Blok grzewczy 60°C ± 2°C
Termometr
Papier chłonny
Rękawice jednorazowe bezpudrowe
•
Komora bezpieczeństwa biologicznego z podciśnieniem
•
•
•
•
*
Dokładność pipetorów musi wahać się w zakresie 3% podanej objętości. Aby zapobiec krzyżowemu skażeniu próbki
i amplikonu, należy stosować osłonę aerozolową lub końcówki dodatniego wypierania, wolne od DNazy (lub wolne od
nukleazy).
**
Do przygotowania próbek i kontroli należy bezwzględnie używać probówek zakręcanych, aby uniknąć rozpryśnięcia
i możliwości krzyżowego skażenia próbek i kontroli. Nie należy stosować probówek z korkiem zatrzaskowym.
POBIERANIE, TRANSPORT I PRZECHOWYWANIE PRÓBEK
UWAGA: Ze wszystkimi próbkami należy obchodzić się jak z materiałem potencjalnie zakaźnym.
A.
Pobieranie próbek
Jedynie akceptowalne próbki z dróg oddechowych to odkrztuszana i indukowana plwocina oraz BAL. Próbka
ta musi być upłynniona, odkażona i zagęszczona przy użyciu metod NALC-NaOH17.
B.
Transport próbek
Odkażone próbki należy przetransportować do laboratorium w temperaturze 2–25°C w ciągu 24 godzin od
pobrania. Jeżeli próbki nie są przetransportowane w ciągu 24 godzin, muszą być przechowywane i przesłane
w temperaturze –70°C. Próbki muszą być przesłane zgodnie z przepisami krajowymi, federalnymi i lokalnymi
dotyczącymi transportu czynników zakaźnych22.
C.
Przechowywanie próbek
Odkażone próbki przechowywać można w temperaturze –20°C do 2 tygodni.
05175003001-08PL
6
Doc Rev. 8.0
INSTRUKCJA UŻYTKOWANIA
UWAGA: Szczegółowe informacje dotyczące obsługi oraz możliwych konfiguracji, drukowania
wyników oraz interpretacji znaczników, komentarzy i komunikatów błędu przedstawiono
w: (1) Podręczniku obsługi analizatora COBAS® TaqMan® 48, do użytku z Podręcznikiem
użytkownika oprogramowania AMPLILINK, wersja serii 3.2 i 3.3; (2) Podręczniku obsługi
oprogramowania AMPLILINK, wersja serii 3.3, do użytku z urządzeniem COBAS®
AmpliPrep, analizatorem COBAS® TaqMan®, analizatorem COBAS® TaqMan® 48,
analizatorem COBAS® AMPLICOR oraz urządzeniem cobas p 630.
UWAGA: Jeśli przygotowanie próbki, amplifikacja i detekcja są wykonywane w jednym dniu
roboczym, wykonać procedurę, jak opisano poniżej. Jeśli przygotowanie próbki
wykonywane jest w dniu innym niż amplifikacja i detekcja, należy wykonać przygotowanie
odczynników w tym samym dniu co amplifikację i detekcję.
UWAGA: Przed użyciem wszystkie odczynniki do amplifikacji i detekcji należy ogrzać do
temperatury otoczenia. Należy wyjąć je z miejsca przechowywania o temperaturze 2–8°C
co najmniej 30 minut przed użyciem.
UWAGA: Przed użyciem próbki należy rozmrozić (jeśli są zamrożone) i pozostawić do ogrzania na
15–30 minut w temperaturze otoczenia oraz wymieszać przed użyciem.
UWAGA: Tam gdzie jest to wskazane, należy używać pipetorów z końcówkami z barierą aerozolową
lub dodatnim wypieraniem. Zachować najdalej posuniętą ostrożność, aby uniknąć
zanieczyszczenia.
Liczba testów w serii:
Każdy zestaw testu COBAS® TaqMan® MTB zawiera odczynniki wystarczające na cztery przebiegi po
12 oznaczeń każdy, które wykonywać można oddzielnie lub równocześnie. W każdym nośniku K, zawierającym
do 22 próbek, musi znajdować się jedna kontrola MYCO (–) C oraz jedna MTB (+) C (patrz część „Kontrola
jakości”). Odczynniki do amplifikacji i detekcji są pakowane w 12-testowe fiolki jednorazowego użytku. Aby
najwydajniej wykorzystać odczynniki, próbki badane i kontrolne należy poddawać obróbce w seriach będących
wielokrotnością 12.
A.
Przygotowanie próbki i kontroli
Miejsce wykonania: Obszar obróbki przedamplifikacyjnej – obszar przygotowania próbki i kontroli
1.
Określić liczbę próbek badanych i przygotować odpowiednią liczbę probówek polipropylenowych
o pojemności 1,5 ml z zakrętką w obszarze roboczym tak, aby dla każdej próbki badanej i kontrolnej
przypadała jedna probówka. Nie należy stosować probówek z korkiem zatrzaskowym. Patrz
„Ostrzeżenia i środki ostrożności”. Oznaczyć każdą probówkę do przygotowania próbek numerem
identyfikacyjnym próbki.
2.
Dodać 500 μl RW do każdej probówki z próbką badaną.
3.
Przy użyciu pipetora z końcówką do pipet z osłoną aerozolową dodać 100 μl upłynnionej, odkażonej
i zagęszczonej próbki z dróg oddechowych do odpowiednio oznaczonej probówki z RW. Należy użyć
nowej końcówki z osłoną aerozolową dla każdej próbki. Zamknąć ponownie probówki i mieszać
przez 5 sekund na mieszadle wibracyjnym.
4.
Wirować przy 12 500 × g przez 10 minut.
5.
Zaaspirować supernatant przy użyciu pipety transferowej z cienką końcówką i dodać 100 μl RL do
peletki, używając do każdej próbki nowej końcówki do pipet z osłoną aerozolową. Mieszać przez
5 sekund na mieszadle wibracyjnym do czasu uzyskania zawiesiny z peletki.
6.
Przygotować kontrole robocze w następujący sposób:
UWAGA: Konieczne jest przygotowanie świeżych kontroli roboczych każdego dnia, w którym
wykonywany jest test, a następnie należy je wyrzucać na zakończenie dnia.
UWAGA: Odczynniki MTB (+) C i MYCO (–) C, dołączone do zestawu testu COBAS® TaqMan® MTB,
są przeznaczone do maksymalnie czterokrotnego przygotowania kontroli roboczych
MTB (+) i MYCO (–). Po otwarciu, MTB (+) C i MYCO (–) C należy przechowywać 4 tygodnie
lub do daty przydatności, zależnie która z nich będzie pierwsza.
a. Wymieszać probówkę z MYCO (–) C przez 5 sekund na mieszadle wibracyjnym. Przenieść
50 μl MYCO (–) C do probówki polipropylenowej o pojemności 1,5 ml używając pipetora
z końcówką z barierą aerozolową. Dodać 200 μl RL. Mieszać na mieszadle wibracyjnym
przez 5 sekund. Przygotowana próbka jest kontrolą roboczą (–) Mycobacterium.
b. Wymieszać probówkę z MTB (+) C przez 5 sekund na mieszadle wibracyjnym. Przenieść
50 μl MTB (+) C do probówki polipropylenowej o pojemności 1,5 ml używając pipetora
z końcówką z barierą aerozolową. Dodać 200 μl RL. Mieszać na mieszadle wibracyjnym
przez 5 sekund. Przygotowana próbka jest kontrolą roboczą (+) M. tuberculosis.
05175003001-08PL
7
Doc Rev. 8.0
c.
Przenieś 100 μl każdej z kontroli roboczych do polipropylenowej probówki o pojemności
1,5 ml z zakrętką i przygotuj równolegle z próbkami klinicznymi.
7.
Inkubować próbki i kontrole w suchym bloku grzejnym w temperaturze 60°C ± 2°C przez 45 minut.
8.
Wyjąć probówki z bloku grzejnego i odwirować pulsacyjnie przez 5 sekund, aby usunąć kondensat
z zakrętki.
9.
Przy użyciu pipetora z końcówką do pipet z osłoną aerozolową dodać 100 μl RN do każdej probówki
z próbką i kontrolą. Wymieszać przez 5 sekund na mieszadle wibracyjnym przy połowie prędkości
maksymalnej. Należy użyć nowej końcówki z osłoną aerozolową dla każdej próbki i kontroli.
10.
Przenieść przygotowane próbki (próbki od pacjentów i kontrole) do obszaru amplifikacji/detekcji.
B.
Przygotowanie odczynnika i ładowanie nośnika K
Miejsce wykonania: Obszar obróbki przedamplifikacyjnej – obszar przygotowania odczynników
UWAGA: Odczynniki COBAS® TaqMan® MTB Master Mix (MTB MMX), roboczy Master Mix (roboczy
MMX) oraz roboczy MMX z dodanymi przygotowanymi próbkami lub kontrolami są
wrażliwe na światło. Chronić wymienione odczynniki przed światłem.
UWAGA: Odczynnik COBAS® TaqMan® MTB Master Mix (MTB MMX), kontrola wewnętrzna
Mycobacterium COBAS® TaqMan® (MYCO IC) i odczynnik magnezowy Mycobacterium
COBAS® TaqMan® (MYCO Mg2+) muszą przebywać w temperaturze pokojowej przez
przynajmniej 30 minut przed przygotowaniem roboczego odczynnika Master Mix.
UWAGA: Przygotować roboczy odczynnik MMX po zakończeniu ręcznego przygotowywania próbek
i kontroli.
UWAGA: Przygotowane próbki i kontrole zachowują stabilność do 4 godzin w temperaturze
pokojowej, do 4 dni w temperaturze 2–8°C lub do 6 miesięcy w temperaturze –80°C przed
dodaniem ich do roboczego odczynnika Master Mix.
UWAGA: Roboczy odczynnik MMX należy przechowywać w temperaturze 2–8°C i zużyć w ciągu
2 godzin od jego przygotowania.
UWAGA: Po dodaniu przygotowanych próbek i kontroli do roboczego odczynnika MMX amplifikacja
powinna rozpocząć się w ciągu 90 minut.
1.
Doprowadzić przez co najmniej 30 minut do temperatury otoczenia jedną fiolkę MTB MMX, jedną
fiolkę MYCO Mg2+ i jedną fiolkę MYCO IC.
2.
Umieścić zasobnik na probówki K w uchwycie zasobnika.
3.
Włożyć nowe probówki K lub nowe tace K do zasobnika K, nie dotykając bocznych ścianek
probówek lub dołków tac.
UWAGA: Jeśli do przebiegu testowego mają być włączone mniej niż 24 oznaczenia, należy wypełnić
probówkami następujące pozycje dołków na probówki K: 1, 2, 5, 20, 23 i 24, tak aby
obciążenie zasobnika na probówki K po umieszczeniu w termocyklerze było równomierne.
4.
Jeśli jest taka potrzeba, zdjąć korki z probówek K za pomocą urządzenia do mocowania korków.
Umieścić korki w podręcznym uchwycie na probówki K.
5.
Przygotować roboczy odczynnik MMX w następujący sposób:
Dodać 200 μl MYCO Mg2+ i 50 μl MYCO IC do jednej fiolki MTB MMX. Zamknąć probówkę
i dokładnie wymieszać zawartość, odwracając 10 razy. Nie wytrząsać roboczego odczynnika MMX
na mieszadle wibracyjnym. Chronić roboczy odczynnik Master Mix przed światłem i zużyć go w ciągu
2 godzin.
6.
Przenieść pipetą 50 μl roboczego odczynnika MMX do każdej probówki K lub odpowiedniego dołka
tacy K.
UWAGA: Roboczy MMX jest bardzo wrażliwy na światło. Ograniczyć ekspozycję na światło
probówek K lub tac K zawierających roboczy MMX.
7.
Dodaj po 50 μl każdej przygotowanej próbki lub kontroli do odpowiednich probówek K albo tac K
zawierających roboczy odczynnik MMX, wykorzystując do tego celu mikropipetor z końcówką
z barierą aerozolową lub dodatnim wypieraniem. Ostrożnie wymieszaj każdą próbkę i próbę
kontrolną, trzy razy nabierając do mikropipetora i wypuszczając ponownie, nie doprowadzając przy
tym do tworzenia się pęcherzyków.
8.
Powtórz czynności z etapu 7 w odniesieniu do każdej przygotowanej próbki i przygotowanej kontroli
aż do przeniesienia każdej z nich do probówki K lub tacy K. Do każdej próbki badanej i kontrolnej
użyj nowej końcówki. Sprawdź wzrokowo probówki w poszukiwaniu pęcherzyków i w razie
konieczności usuń je. Za pomocą urządzenia do mocowania korków/urządzenia korkującego do tac
nałóż korki na probówki/tace K. Sprawdź wzrokowo, czy dodano odpowiednie objętości próbek.
05175003001-08PL
8
Doc Rev. 8.0
9.
Jeśli amplifikacja nie rozpocznie się natychmiast, należy przechować gotowy do PCR nośnik K
w ciemności w temperaturze 15–30°C. Amplifikację należy rozpocząć w ciągu 90 minut od czasu
dodania przygotowanych próbek badanych i kontrolnych do probówek K lub tac K zawierających
roboczy odczynnik MMX.
C.
Amplifikacja i detekcja
Miejsce wykonania: Obszar obróbki poamplifikacyjnej – obszar amplifikacji/detekcji
Ładowanie i obsługa analizatora COBAS® TaqMan® 48
1.
Włączyć komputer na stanowisku roboczym i zalogować się do systemu Windows XP, używając
odpowiedniej nazwy użytkownika i hasła.
2.
Włączyć analizator COBAS® TaqMan® 48 przynajmniej 30 minut przed rozpoczęciem cyklu. Upewnić
się, że urządzenie uruchamia się i jest gotowe do użytku. Jeśli nośniki K z poprzednich przebiegów
testowych znajdują się nadal w którymkolwiek z termocyklerów, wyjąć je za pomocą przenośnika.
3.
Uruchomić na komputerze program AMPLILINK. Zalogować się, używając odpowiedniej nazwy
użytkownika i hasła.
4.
Aby wprowadzić numerację próbek przeznaczonych do analizy w zasobniku na probówki K, kliknąć
ikonę z napisem Orders. Wybrać zakładkę Sample, następnie kliknąć przycisk New i za pomocą
klawiatury lub czytnika kodów kreskowych wprowadzić numer porządkowy każdej próbki. Wybrać
plik definicji testu dla testu COBAS® TaqMan® MTB. Nazwy i numery wersji plików definicji testu
znajdują się na karcie informacyjnej produktu, dołączonej do opakowania zestawu. Powtórzyć
opisaną procedurę w odniesieniu do każdej próbki. Kliknąć przycisk Save.
UWAGA: Jeśli do przebiegu testowego mają być włączone mniej niż 24 oznaczenia, należy
wypełnić probówkami następujące pozycje dołków na probówki K: 1, 2, 5, 20, 23 i 24, tak
aby obciążenie zasobnika na probówki K po umieszczeniu w termocyklerze było
równomierne.
5.
Wprowadzić dane dotyczące kontroli jakości, wybierając zakładkę Quality Control w oknie Orders.
Kliknąć przycisk New i wprowadzić dane zamieszczone na dostarczonej wraz z zestawem karcie
wartości testu COBAS® TaqMan® MTB za pomocą klawiatury lub czytnika kodów kreskowych.
Wprowadzić numer serii oraz datę ważności testu COBAS® TaqMan® MTB. Kliknąć przycisk OK.
6.
Przypisać numer zasobnika na probówki K do przebiegu testu, klikając zakładkę K-Carrier w oknie
Orders. W oknie K-Carrier kliknąć przycisk New. W okienku znajdującym się na prawo od napisu
„K-Carrier ID” wprowadzić za pomocą klawiatury lub czytnika kodów kreskowych numer nośnika
K umieszczony w kodzie kreskowym nośnika lub tacy K. Z panelu testowego w dolnej części okna
wybrać plik definicji testu dla testu COBAS® TaqMan® MTB. Nazwy i numery wersji plików definicji
testu znajdują się na karcie informacyjnej produktu, dołączonej do opakowania zestawu.
7.
W oknie Worklist wybrać pierwszy wiersz w kolumnie Type (T). Zaznaczyć to pole w celu uzyskania
dostępu do menu rozwijanego i wybrać wymagany typ kontroli. Następnie kliknąć dwukrotnie pole
z numerem identyfikacyjnym próbki w tym samym wierszu. Wyświetli się okno LookUp Control ze
wszystkimi dostępnymi próbami kontrolnymi. Po wybraniu kontroli w dolnej części panelu Information
po prawej stronie zostanie wyświetlony odpowiedni numer serii oraz data ważności. Powtórzyć
opisaną procedurę w odniesieniu do wszystkich wymaganych kontroli.
8.
W celu wprowadzenia próbek na listę Worklist kliknąć dwukrotnie pierwszą pozycję (wiersz) okna
informacyjnego danej próbki. Spowoduje to wyświetlenie okna Lookup Sample, zawierającego
numerację przypisaną danej próbce; do zaznaczenia więcej niż jednego numeru zlecenia należy
użyć klawiszy Shift + strzałka. Upewnić się, że do wszystkich poleceń przypisano plik definicji testu
dla testu COBAS® TaqMan® MTB. Nazwy i numery wersji plików definicji testu znajdują się na karcie
informacyjnej produktu, dołączonej do opakowania zestawu.
9.
Kliknąć przycisk Save, aby zapisać zlecenie dla danego zasobnika probówek K.
10.
Wybrać ikonę Systems w zakładce System; kliknąć przycisk Open, aby otworzyć termocykler. Gdy
w oknie Systems pokrywa termocyklera jest całkowicie uchylona i widoczny jest napis Ready to
Load, należy podnieść i przytrzymać pokrywę termocyklera w celu załadowania zasobnika na
probówki K. Za pomocą przenośnika zasobników na probówki K umieścić w termocyklerze
załadowany zasobnik zawierający zamknięte probówki K z roboczym odczynnikiem Master Mix,
próbkami i kontrolami. Zamknąć pokrywę termocyklera.
11.
Kliknąć przycisk Start w oknie Systems poniżej ikony TC w celu zamknięcia pokrywy termocyklera
i uruchomienia aparatu.
12.
Analizator COBAS® TaqMan® 48 automatycznie wykonuje amplifikację i detekcję.
05175003001-08PL
9
Doc Rev. 8.0
WYNIKI
Obliczanie wyniku za pomocą programu AMPLILINK w wersji serii 3.3
Analizator COBAS® TaqMan® 48 automatycznie określa, czy w próbce lub kontroli wykryto DNA MTB.
Analizator COBAS® TaqMan® 48:
•
Określa wartość progową liczby cykli (Ct) dla DNA MTB oraz DNA kontroli wewnętrznej
Mycobacterium.
•
Określa, czy wykryto obecność DNA MTB na podstawie wartości Ct dla DNA MTB oraz DNA
kontroli wewnętrznej MYCO.
•
Określa, czy kontrole MTB (+) C oraz MYCO (–) C są ważne.
Walidacja przebiegu testowego
Sprawdź okno wyników programu AMPLILINK lub wydruk w poszukiwaniu oznaczeń i komentarzy
świadczących o tym, że dany przebieg testowy jest ważny.
Seria testowa jest ważna, jeśli żadna z kontroli COBAS® TaqMan® MTB nie została opatrzona
znacznikiem błędu. W następstwie ważnego przebiegu testowego uzyskuje się następujące wyniki:
Kontrola
Wynik
Interpretacja
Kontrola ujemna
Negative
Wynik kontroli w zakresie
Kontrola dodatnia
Positive
Wynik kontroli w zakresie
Przebieg pracy jest nieważny, jeżeli kontrole testu COBAS® TaqMan® MTB są opatrzone którymkolwiek
z poniższych znaczników:
Kontrola ujemna MYCO:
Oznaczenie
Wynik
NC_INVALID
Invalid
Interpretacja
Brak sygnału kontroli wewnętrznej
lub sygnał poza zakresem
Kontrola dodatnia MTB:
Oznaczenie
Wynik
PC_INVALID
Invalid
Interpretacja
Wynik kontroli poza zakresem, brak
sygnału materiału docelowego lub
sygnału IC
Jeśli przebieg którejkolwiek z kontroli jest niewłaściwy, wszystkie próbki tego przebiegu zostaną oznaczone
jako „INVALID”. Należy powtórzyć cały przebieg, obejmujący przygotowanie materiału i kontroli,
amplifikację i detekcję.
Interpretacja wyników:
Jeśli przebieg pracy jest ważny, należy sprawdzić poszczególne próbki na wydruku z wynikami w poszukiwaniu
oflagowań lub komentarzy. Wyniki należy zinterpretować następująco:
•
Ważny przebieg pracy może zawierać zarówno ważne, jak i nieważne próbki, zależnie od tego,
jakimi oflagowaniami i/lub komentarzami są opatrzone poszczególne próbki.
05175003001-08PL
10
Doc Rev. 8.0
Wyniki badania próbek interpretuje się w następujący sposób:
Wyniki
kontroli
Nieważny
Wynik
próbki
Invalid
Komentarz(-e)
do oznaczenia
PC_INVALID
i/lub
NC_INVALID
Interpretacja
Kotrola(-e) nieważna(-e), wszystkie próbki tego
przebiegu są oznaczone jako nieważne.
Nie wykryto DNA M. tuberculosis.Próbka
przypuszczalnie nie zawiera M. tuberculosis. Wynik
ujemny nie wyklucza zakażenia M. tuberculosis, gdyż
wyniki są zależne od odpowiedniego pobrania próbki,
braku inhibitorów oraz obecności DNA w ilości
wystarczającej do detekcji.
(–)
Brak
oznaczenia
Dodatnie dla PC
Ujemne dla NC
MTB
Brak
oznaczenia
Wykryto DNA M. tuberculosis. Próbka jest dodatnia
dla M. tuberculosis.
Dodatnie dla PC
Ujemne dla NC
Invalid
S_INVALID
Wynik próbki jest nieważny. Aby wyświetlić szczegóły
oznaczenia, kliknij prawym przyciskiem myszy
komentarz oznaczenia.(1)
Dodatnie dla PC
Ujemne dla NC
Dodatnie dla PC
Invalid
QS_INVALID
Wartość Ct kontroli wewnętrznej jest nieprawidłowo
niska; próbka jest opisana jako nieważna. Przygotować
jeszcze jedną próbkę z oryginalnie pobranego
materiału i powtórzyć test.Jeżeli oryginalna próbka nie
jest jemne dla NCdostępna, należy pobrać nową.
Uwaga: Błędy oznaczeń kontroli wewnętrznej
z powodu niskiej wartości Ct są oznaczane
w oprogramowaniu AMPLILINK v3.3 jako
QS_INVALID.
(1) Bardziej szczegółowe informacje na temat komentarzy oznaczeń i szczegółów oznaczeń można znaleźć w rozdziale
„Oflagowania”, w Podręczniku obsługi programu AMPLILINK w wersji serii 3.3 do użytku z aparatem COBAS® AmpliPrep,
analizatorem COBAS® TaqMan®, analizatorem COBAS® TaqMan® 48, analizatorem COBAS® AMPLICOR® i aparatem
cobas p 630.
KONTROLA JAKOŚCI
Każdy nośnik K musi zawierać jedną kontrolę MYCO (–) i jedną MTB (+). Tak jak przy każdej nowej procedurze
laboratoryjnej, nowi operatorzy do czasu uzyskania przez nich biegłości w poprawnym wykonywaniu testu powinni
rozważyć użycie dodatkowych próbek kontrolnych podczas każdego oznaczenia. Nie ma wymagań co do
położenia kontroli w zasobniku na probówki K. Sprawdzić wydruk z wynikami przebiegu testowego
w poszukiwaniu znaczników i komentarzy dla upewnienia się, że dany przebieg testowy jest ważny.
Kontrola ujemna
Kontrola MYCO (–) C musi dawać wynik „Negative”, co oznacza, że wartość Ct dla DNA MTB przekracza
graniczną wartość testu lub nie oznaczono wartości Ct dla DNA MTB, ale jednocześnie uzyskano ważny
wynik oznaczenia wartości Ct dla DNA kontroli wewnętrznej Mycobacterium. Jeżeli kontrola MYCO (–) C
nie spełnia tego kryterium, wyniki całego przebiegu są nieważne. Należy powtórzyć cały proces
(przygotowanie próbek i kontroli, amplifikację oraz detekcję). Jeśli wyniki kontroli MYCO (–) C nadal
pozostają nieważne, należy skontaktować się z miejscowym przedstawicielstwem firmy Roche w celu
uzyskania pomocy technicznej.
Kontrola dodatnia
Przypisany zakres dla kontroli MTB (+) C znajduje się w pliku Test Definition File dla testu COBAS® TaqMan®
MTB. Aby wyniki dla MTB (+) C były ważne, muszą one mieścić się w przypisanym im przedziale wartości.
Prawidłowy wynik zostanie wyświetlony jako „Positive”. Jeśli wynik dla MTB (+) C znajduje się poza
przypisanym zakresem wartości, wynik kontroli dodatniej zostanie opisany jako Invalid z komentarzem
oznaczenia PC_INVALID. Jeśli kontrola dodatnia nie spełnia tych kryteriów, cały przebieg testu jest nieważny.
Powtórz cały proces (przygotowanie próbek i kontroli, amplifikację i detekcję). Jeśli wynik dotyczący kontroli
dodatniej nadal nie mieści się w przypisanym zakresie, należy skontaktować się z miejscowym
przedstawicielstwem firmy Roche w celu uzyskania pomocy technicznej.
05175003001-08PL
11
Doc Rev. 8.0
Kontrola MTB (+) zawiera około 20 kopii/test sekwencji plazmidowego DNA M. tuberculosis. Jest to blisko
czterokrotnie większa ilość niż minimalny poziom detekcji dla stosowanego testu, który określono za pomocą
analizy Poissona. Amplifikacja i detekcja kontroli MTB (+) potwierdza dokonanie procesu amplifikacji. Kontrola
MTB (+) nie monitoruje wydajności amplifikacji ani poziomu detekcji stosowanego testu.
Kontrola wewnętrzna
Kontrola wewnętrzna ma za zadanie identyfikować próbki zawierające inhibitory polimerazy. Stosowanie kontroli
wewnętrznej nie eliminuje całkowicie występowania wyników fałszywie ujemnych.
ŚRODKI OSTROŻNOŚCI DOTYCZĄCE PROCEDURY
Jak w przypadku każdej procedury testowej, dla prawidłowego przeprowadzenia badania kluczowe znaczenie ma
zachowanie zasad dobrej praktyki laboratoryjnej. Z uwagi na wysoką czułość analityczną niniejszego testu należy
zachować wyjątkową ostrożność, aby zapewnić czystość zestawów odczynników oraz mieszanin do amplifikacji.
Należy monitorować czystość wszystkich odczynników. Należy usunąć wszystkie podejrzane odczynniki.
OGRANICZENIA METODY
1.
Test przeznaczony jest do użytku wyłącznie z próbkami odkrztuszanej lub indukowanej plwociny oraz
BAL, które zostały upłynnione, odkażone i zagęszczone przy użyciu metod NALC-NaOH. Badanie
innych rodzajów próbek może dawać wyniki fałszywie ujemne lub fałszywie dodatnie.
2.
Detekcja M. tuberculosis zależna jest od liczby bakterii obecnych w próbce i mogą na nią mieć wpływ
metody pobrania próbki, czynniki zależne od pacjenta (np. wiek, obecność objawów) i/lub stadium
zakażenia M. tuberculosis.
3.
Wyniki fałszywie ujemne mogą się pojawiać na skutek hamowania polimerazy. Test COBAS® TaqMan®
MTB uzupełniono o kontrolę wewnętrzną Mycobacterium, aby umożliwić identyfikację poddanych
obróbce próbek zawierających substancje, które mogą zakłócać amplifikację PCR w stopniu większym
niż 20 kopii/test.
4.
Wyniki fałszywie ujemne mogą wystąpić w obecności wysokich mian gatunków Mycobacterium innych
niż kompleks M. tuberculosis (MTB), jeśli MTB jest obecny w niższym mianie niż interferujące gatunki
Mycobacterium.
5.
Wiarygodność wyników zależy od sposobu pobrania, transportu, przechowywania i przygotowania
próbek. Nie zdefiniowano w pełni czynników wynikających z przechowywania próbek.
6.
Dodanie do Master Mixu enzymu AmpErase umożliwia selektywną amplifikację docelowego DNA;
jednak aby uniknąć skażenia odczynników, konieczne jest stosowanie dobrej praktyki laboratoryjnej
i dokładne przestrzeganie procedur wyszczególnionych w niniejszej instrukcji.
7.
Niniejszego testu nie wolno używać do oceny skuteczności leczenia lub jej braku.
8.
Jak w przypadku każdego testu diagnostycznego, wyniki testu COBAS® TaqMan® MTB należy
interpretować, biorąc pod uwagę wszystkie dostępne wyniki badania klinicznego i badań laboratoryjnych.
9.
Produktu tego powinny używać wyłącznie osoby wykwalifikowane w technikach PCR.
10.
Wyniki testu COBAS® TaqMan® MTB mają charakter jakościowy. Nie stwierdzono korelacji między
wielkością piku wyniku dodatniego testu COBAS® TaqMan® MTB a liczbą komórek M. tuberculosis
w zakażonej próbce.
11.
Niniejszy produkt może być używany wyłącznie z analizatorem COBAS® TaqMan® 48.
12.
Obecność inhibitorów PCR może prowadzić do uzyskiwania wyników fałszywie ujemnych lub
nieważnych.
13.
Mutacje w obrębie wysoko konserwatywnego regionu genomu bakteryjnego, z którym wiążą się primery
i/lub sonda używane w tym teście, chociaż rzadkie, mogą spowodować niewykrycie bakterii.
14.
Z uwagi na różnice pomiędzy technologiami zaleca się, aby przed zmianą stosowanych metod
użytkownik przeprowadził w laboratorium badanie korelacji stosowanych metod w celu określenia
różnic występujących pomiędzy nimi.
05175003001-08PL
12
Doc Rev. 8.0
OCENA DZIAŁANIA W BADANIACH NIEKLINICZNYCH
Swoistość analityczna
Swoistość analityczną testu COBAS® TaqMan® MTB oceniono w oparciu o testy przeprowadzone przy użyciu
następujących bakterii i wirusów, z których wiele stanowi prawidłową florę lub często spotykane patogeny dróg
oddechowych. W przypadku żadnego spośród poniższych drobnoustrojów nie stwierdzono dodatniego wyniku
badania przy użyciu testu COBAS® TaqMan® MTB:
Gatunki Mycobacterium
Mycobacterium abscessus
Mycobacterium asiaticum
Mycobacterium avium
Mycobacterium chelonae
Mycobacterium chitae
Mycobacterium fallax
Mycobacterium flavescens
Mycobacterium fortuitum
Mycobacterium gastri
Mycobacterium gordonae
Mycobacterium intracellulare
Mycobacterium kansasii
Mycobacterium komassense
Mycobacterium malmoense
Mycobacterium marinum
Gatunki inne niż Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Mycobacterium
Acinetobacter calcoaceticus
Actinomadura madurae
Actinomyces pyogenes
Actinoplanes italicus
Aeromonas hydrophila
Arthrobacter oxydans
Bacillus subtilis
Bacteroides fragilis
Blastomyces dermatitidis
Bordetella parapertussis
Bordetella pertussis
Branhamella (Moraxella) catarrhalis
Brevibacterium linens
Campylobacter jejuni
Candida albicans
Chlamydia trachomatis
Chromobacterium violaceum
Citrobacter freundii
Clostridium perfringens
Coccidioides immitis
Corynebacterium aquaticum
Corynebacterium diphtheriae
Corynebacterium flavescens
Corynebacterium glutamicum
Corynebacterium jeikeium
Corynebacterium minutissimum
Corynebacterium pseudodiphtheriticum
Corynebacterium pseudotuberculosis
Corynebacterium renale
Corynebacterium striatum
Corynebacterium xerosis
Cryptococcus neoformans
Deinococcus radiodurans
Dermatophilus congolensis
Derxia gummosa
Eikenella corrodens
Enterobacter aerogenes
Enterobacter cloacae
Enterococcus faecalis
Enterococcus faecium
Legionella micdadei
Legionella pneumophila
Ludzki adenowirus
Ludzki enterowirus
Ludzki rhinowirus 14
Ludzki wirus cytomegalii
Mycoplasma hominis
Mycoplasma pneumoniae
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria lactamica
Neisseria meningitidis
Nocardia asteroides
Nocardia brasiliensis
Nocardia farcinica (W5218)
Nocardia nova (W5194)
Nocardia otitidiscaviarum
Nocardia transvalensi
Oerskovia turbata
Peptococcus niger
Peptostreptococcus anaerobius
Peptostreptococcus magnus
Porphyromonas asaccharolytica
Porphyromonas gingivalis
Prevotella melaninogenica
Propionibacterium acnes
Proteus mirabilis
Pseudomonas aeruginosa
Rhodococcus aichiensis
Rhodococcus chubuensis
Rhodococcus equi
Salmonellacholeraesus subsp. Choleraesuis
Serratia marcescens
Staphylococcus aureus
Staphylococcus epidermidis
Streptococcus agalactiae
Streptococcus gordonii
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pyogenes
Streptomyces griseinus
Veillonella atypica
05175003001-08PL
13
neoaurum
nonchromogenicum
phlei
scrofulaceum
senegalens
shimoidei
simiae
smegmatis
sphagni
szulgai
terriae
thermoresistibile
triviale
vaccae
xenopi
Doc Rev. 8.0
Escherichia coli
Fusobacterium nucleatum
Gordona sputi
Haemophilus influenzae
Histoplasma capsulatum
Klebsiella pneumoniae
Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae
Lactobacillus casei
Veillonella parvula
Vibrio parahaemolyticus
Wirus grypy, typ B
Wirus Herpes simplex typu 1
Wirus paragrypy typu 2
Wirus RSV
Xanthomonas maltophilia
Yersinia enterocolitica
Czułość analityczna: Komórki M. tuberculosis
Granica wykrywalności testu COBAS® TaqMan® MTB została ustalona przez określenie minimalnej liczby
jednostek tworzących kolonie (CFU) M. tuberculosis, która może być w sposób powtarzalny wykryta (≥ 95%
wyników dodatnich) za pomocą testu COBAS® TaqMan® MTB. Odkażona hodowla MTB została rozcieńczona
w upłynnionej w NALC/NaOH ujemnej plwocinie, aby uzyskać panel 7 poziomów zawierający 10, 5, 1, 0,5,
0,25, 0,1 i 0 MTB CFU/PCR. Panel był przygotowany niezależnie codziennie przez trzy dni. Badano pięćdziesiąt
cztery powtórzenia każdego panelu przy użyciu trzech serii odczynników testu COBAS® TaqMan® MTB. Wyniki
z analizy Probit (tabela 1) wykazują, że granica wykrywalności testu COBAS® TaqMan® MTB wynosi
0,46 CFU/PCR lub średnio 18 CFU/ml w próbkach plwociny.
Tabela 1
Granica wykrywalności testu COBAS® TaqMan® MTB dla komórek M. tuberculosis
Poziom
1
2
3
4
5
6
7
Nominalne
stężenie
# Nieważnych # Ważnych # Dodatnich # Prób
wejściowe
CFU/PCR
10
5
1
0,5
0,25
0,1
0
0
0
0
0
0
0
0
54
54
54
54
54
54
54
95% LOD (PROBIT) = 0,46 CFU/PCR
54
54
54
51
46
33
0
54
54
54
54
54
54
54
% trafień
95% Cl
100,0%
100,0%
100,0%
94,4%
85,2%
61,1%
0,0%
94,6 – 100%
94,6 – 100%
94,6 – 100%
84,6 – 98,8%
72,9 – 93,4%
46,9 – 74,0%
0,0 – 5,4%
95% przedział ufności = 0,33 – 0,83 CFU/PCR
Reprezentatywność
Test COBAS® TaqMan® MTB był oceniany dla wszystkich gatunków Mycobacterium składających się na
kompleks MTB (M. tuberculosis, M. bovis, M. microti i M. africanum). Badano oznaczone w sposób ilościowy
preparaty genomowego DNA (10 kopii/PCR) i hodowle bakteryjne. Przy początkowym poziomie
10 genomowych kopii/PCR wszystkie 4 gatunki kompleksu MTB zostały zidentyfikowane jako dodatnie.
Dodatkowo testem COBAS® TaqMan® MTB zbadano 169 hodowli gatunków kompleksu MTB (M. tuberculosis
= 159, M. bovis = 6, M. microti = 3 i M. africanum = 1). Jedna hodowla M. microti i jedna hodowla
M. tuberculosis zostały zidentyfikowane jako ujemne, co daje w sumie wskaźnik 99%.
Odtwarzalność
Test COBAS® TaqMan® MTB był badany pod kątem powtarzalności poprzez analizę wyników dzień po dniu,
seria po serii i użytkownik po użytkowniku. Badanie dzień po dniu (tabela 2) było przeprowadzone przez
jednego użytkownika za pomocą jednej serii odczynników testu COBAS® TaqMan® MTB Test przez 15 dni
z wykorzystaniem kontroli ujemnej MYCO (NC), kontroli dodatniej MTB (PC) i kontroli dodatniej MTB
rozcieńczonej w kontroli ujemnej (1/2 PC). Badanie seria po serii (tabela 3) było przeprowadzone przez jednego
użytkownika w jednym dniu za pomocą trzech serii odczynników testu COBAS® TaqMan® MTB
z wykorzystaniem kontroli ujemnej MYCO (NC), kontroli dodatniej MTB (PC) i kontroli dodatniej MTB
rozcieńczonej w kontroli ujemnej (1/4 PC i 1/2 PC). Badanie użytkownik po użytkowniku (tabela 4) było
przeprowadzone przez trzech użytkowników w ciągu trzech dni za pomocą jednej serii odczynników testu
COBAS® TaqMan® MTB z wykorzystaniem kontroli ujemnej MYCO (NC), kontroli dodatniej MTB (PC) i kontroli
dodatniej MTB rozcieńczonej w kontroli ujemnej (1/2 PC).
720 wyników z trzech badań zostało podsumowanych w tabelach 2–4. Ujemne wyniki osiągnięto u 100%
badanych 132 powtórzeń kontroli ujemnej (NC). Wszystkie 588 powtórzeń dodatnich, w zakresie od 20 do
5 kopii docelowego MTB/PCR, miało wynik dodatni. Z wszystkich trzech badań %CV wynosił 2,4 lub mniej,
udowadniając dobrą powtarzalność wyników jakościowych za pomocą tego testu.
05175003001-08PL
14
Doc Rev. 8.0
Tabela 2
Wyniki powtarzalności dzień po dniu dla testu COBAS® TaqMan® MTB
NC
(0 c/PCR)
Docelowy MTB
PC
(~20 c/PCR)
1/2 PC
(~10 c/PCR)
Całkowita liczba
ważnych oznaczeń
60
60
60
% wyników dodatnich
0%
100%
100%
Średnia piku MTB
brak danych
39,4
41,1
Wartość minimalna
brak danych
38,3
39,9
Wartość maksymalna
brak danych
40,8
42,8
Odchylenie standardowe
brak danych
0,5
0,7
Współczynnik zmienności
brak danych
1,3%
1,7%
Tabela 3
Wyniki powtarzalności seria po serii dla testu COBAS® TaqMan® MTB
Docelowy MTB
NC
(0 c/PCR)
PC
(~20 c/PCR)
1/2 PC
(~10 c/PCR)
1/4 PC
(~5 c/PCR)
Całkowita liczba
ważnych oznaczeń
36
36
36
324
% wyników dodatnich
0%
100%
100%
100%
Średnia piku MTB
brak danych
39,6
40,7
41,6
Wartość minimalna
brak danych
38,5
39,1
39,5
Wartość maksymalna
brak danych
41,3
42,3
48,0
Odchylenie
standardowe
Współczynnik
zmienności
05175003001-08PL
brak danych
0,8
0,7
1,0
brak danych
1,9%
1,7%
2,4%
15
Doc Rev. 8.0
Tabela 4
Wyniki powtarzalności użytkownik po użytkowniku dla testu COBAS® TaqMan® MTB
NC
(0 c/PCR)
Docelowy MTB
PC
(~20 c/PCR)
1/2 PC
(~10 c/PCR)
Całkowita liczba
ważnych oznaczeń
36
36
36
% wyników dodatnich
0%
100%
100%
Średnia piku MTB
brak danych
39,6
40,8
Wartość minimalna
brak danych
38,4
39,2
Wartość maksymalna
brak danych
41,5
42,6
Odchylenie standardowe
brak danych
0,8
0,8
Współczynnik zmienności
brak danych
1,9%
2,0%
Korelacja
Badanie korelacji zostało przeprowadzone, aby porównać wyniki testu COBAS® TaqMan® MTB z testem
COBAS® AMPLICOR MTB. W badaniu tym przeanalizowano 769 próbek plwociny i 186 próbek popłuczyn
oskrzelowo-pęcherzykowych (BAL). Próbki zostały uzyskane albo z zamrożonych archiwów, albo ze świeżo
zebranego, zachowanego materiału mrożonego. W tym badaniu używane były trzy unikatowe serie
odczynników testu COBAS® TaqMan® MTB.
Odsetek korelacji dodatniej dla próbek plwociny (tabela 5) wynosił 96,2% a odsetek korelacji ujemnej 99,1%,
co daje w sumie zgodność 98,3% dla próbek plwociny pomiędzy testem COBAS® TaqMan® MTB a testem
COBAS® AMPLICOR MTB. Odsetek korelacji dodatniej dla próbek BAL (tabela 6) wynosił 97,1% a odsetek
korelacji ujemnej 99,3%, co daje w sumie zgodność 98,9% dla próbek BAL pomiędzy testem COBAS®
TaqMan® MTB a testem COBAS® AMPLICOR MTB.
Tabela 5
Korelacja dla wszystkich wyników plwociny pomiędzy testem COBAS® TaqMan® MTB
a testem COBAS® AMPLICOR MTB
Test COBAS®
AMPLICOR MTB
Wyniki plwociny
N = 769
Test COBAS®
TaqMan® MTB
+
Razem
–
+
207
5
212
–
8
549
557
215
554
769
Razem
Stosunek
% zgodności
95% przedział
ufności
Procentowa zgodność
pozytywna
207/215
96,2%
92,8 – 98,4
Procentowa zgodność
negatywna
549/554
99,1%
97,9 – 99,7
Całkowita zgodność
756/769
98,3%
97,1 – 99,1
05175003001-08PL
16
Doc Rev. 8.0
Tabela 6
Korelacja dla wszystkich wyników BAL pomiędzy testem COBAS® TaqMan® MTB
a testem COBAS® AMPLICOR MTB
Test COBAS®
AMPLICOR MTB
Wyniki BAL
N = 186
+
Test COBAS®
TaqMan® MTB
Razem
–
+
34
1
35
–
1
150
151
Razem
35
151
186
Stosunek
% zgodności
95% przedział
ufności
Procentowa zgodność
pozytywna
34/35
97,1%
85,1 – 99,9
Procentowa zgodność
negatywna
150/151
99,3%
96,4 – 99,9
Całkowita zgodność
184/186
98,9%
98,9 – 99,9
Błąd systemowy
Wskaźnik błędu systemowego dla testu COBAS® TaqMan® MTB wyznaczono na podstawie analizy procentu
dodatnich wyników w 100 powtórzeniach ujemnej plwociny z hodowlą MTB do końcowego stężenia 60 CFU/ml
lub ~3 razy granicy wykrywalności testu (patrz rozdział „Granica wykrywalności” powyżej). Wyniki dodatnie
uzyskano dla 99 ze 100 powtórzeń, co daje dla testu COBAS® TaqMan® MTB wskaźnik błędu systemowego
równy 1,0% i wskaźnik prawidłowych wyników 99%.
Substancje wpływające na wynik testu
Test COBAS® TaqMan® MTB był badany pod kątem interferencji endogennej hemoglobiny poprzez badanie
ujemnej plwociny z dodaniem dodatniej kontroli MTB (25 kopii/PCR) i z dodaniem hemoglobiny od 0,52 do
5,2 mg/ml. Dla wszystkich poziomów hemoglobiny nie zaobserwowano interferencji z testem COBAS®
TaqMan® MTB.
Test COBAS® TaqMan® MTB był badany pod kątem interferencji z sześcioma lekami przeciwgruźliczymi
używanymi w terapii. Sześć leków (tabela 7) było badanych przy stężeniu 1 × CMaks. i 3 × CMaks. poprzez
dodanie leków do ujemnej kontroli zawierającej plazmid dodatniej kontroli MTB (~17 kopii/PCR). Dla żadnego
z sześciu leków w stężeniu zarówno 1 × CMaks. i 3 × CMaks. nie zaobserwowano interferencji z testem COBAS®
TaqMan® MTB.
Tabela 7
Leki przeciwgruźlicze i poziomy CMaks.
Lek
Nazwa chemiczna
Skrót
CMaks.
(μg/ml)
Izoniazyd
Etambutol
Rifampicyna
Pirazynamid
Kanamycyna
Streptomycyna
hydrazyd kwasu izonikotynowego
chlorowodorek etambutolu
Rifadin Rimactane
pirazynokarboksamid
jednosiarczan kanamycyny
sól siarczanowa streptomycyny
INH
ETH
RIF
PZA
KM
SM
5–7
1,7
7,99
30–35
2,0
25–30
Zahamowanie
Wskaźnik zahamowania (nieważna kontrola wewnętrzna) dla testu COBAS® TaqMan® MTB został określony
przez analizę kilku badań przy użyciu materiałów panelowych próbek plwociny i BAL oraz hodowli MTB, co
daje w sumie 1094 punktów danych. Całkowity wskaźnik zahamowania dla testu COBAS® TaqMan® MTB dla
wszystkich analizowanych badań (próbki i materiały panelowe hodowli MTB) wynosił 0,0% (0/1094).
05175003001-08PL
17
Doc Rev. 8.0
PIŚMIENNICTWO
1.
World Health Organization Fact Sheet N° 104 Revised April 2005.
2.
Tuberculosis Elimination Revisited: Obstacles, Opportunities, and a Renewed Commitment—
Advisory Council for the Elimination of Tuberculosis (ACET). Morbidity and Mortality Weekly Reports
1999. (RR09): 1-13.
3.
Metchock, B.G., Nolte, F.S. and Wallace, R.J. 1999. Mycobacterium, pp. 339-437: In: Manual of
Clinical Microbiology, 7th ed., eds. Murray, P.R., Baron, E.J., Pfaller, M.A. et al. American Society
for Microbiology, Washington, D.C.
4.
Bloom, B.R. and Murray, C.J.L. 1992. Tuberculosis: commentary on a re-emergent killer. Science
257:1055-1063.
5.
Böttger, E.C. 1991. Detection, differentiation, and systematics of bacterial pathogens - the family
Mycobacteriaceae. Immunitat und Infection 19:143-152.
6.
Daniel, T.M. 1990. The rapid diagnosis of tuberculosis: a selective review. Journal of Laboratory
Clinical Medicine 116:277-282.
7.
Hermans, P.W.M., Schuitema, A.R.J., Soolingen, D.V. et al. 1990. Specific detection of
Mycobacterium tuberculosis complex strains by polymerase chain reaction. Journal of Clinical
Microbiology 28:1204-1213.
8.
CDC. Nucleic Acid Amplification tests for Tuberculosis. MMWR 2000:49.
9.
Pfyffer, G.E., Kissling, P., Jahn, E.M.I. et al. 1996. Diagnostic performance of amplified
Mycobacterium tuberculosis direct test with cerebrospinal fluid, other nonrespiratory, and
respiratory specimens. Journal of Clinical Microbiology 34:834-841.
10.
Miller, N., Hernandez, S.G. and Cleary, T.J. 1994. Evaluation of Gen-Probe amplified Mycobacterium
tuberculosis direct test and PCR for direct detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical
specimens. Journal of Clinical Microbiology 32:393-397.
11.
Bergmann, J.S., Keating W.E., Woods G.L. 2000. Clinical evaluation of the BDProbeTec ET system
for rapid detection of Mycobacterium tuberculosis. Journal of Clinical Microbiology 38:863-865.
12.
Yuen, K., Yam, W., Wong, L. et al. 1997. Comparison of two automated DNA amplification systems
with a manual one-tube nested PCR assay for diagnosis of pulmonary tuberculosis. Journal of
Clinical Microbiology 35:1385-1389.
13.
J. C. Palomino. 2005. Nonconventional and new methods in the diagnosis of tuberculosis:
feasibility and applicability in the field. European Respiratory Journal 26:339-350.
14.
Ichiyama, S., Iinuma, Y., Tawada, Y. et al. 1996. Evaluation of Gen-Probe amplified Mycobacterium
tuberculosis direct test and Roche PCR-microwell plate hybridization method (AMPLICOR®
Mycobacterium) for direct detection of mycobacteria. Journal of Clinical Microbiology 34:130-133.
15.
Saiki, R. K., S. Scharf, F. Faloona, K. B. Mullis, G. T. Horn, H. A. Erlich, and N. Arnheim. 1985.
Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for
diagnosis of sickle cell anemia. Science, 230:1350-1354.
16.
Mullis, K. B. and F. A. Faloona. 1987. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed
chain reaction. Methods in Enzymology, 155:335-350.
17.
Kent, P.T. and Kubica, G.P. 1985. US DHHS. Public Health Mycobacteriology. A guide for the level
III laboratory. Centers for Disease Control, Atlanta, GA.
18.
Böddinghaus, B., Rogall, T., Flohr, T. et al. 1990. Detection and identification of mycobacteria by
amplification of rRNA. Journal of Clinical Microbiology 28:1751-1759.
19.
Longo, M. C., M. S. Berninger, and J. L. Hartley. 1990. Use of uracil DNA glycosylase to control
carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene, 93:125-128.
20.
Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. 1999. Richmond, J.Y. and McKinney,
R.W. eds. 4th Edition. HHS Publication Number (CDC) 93-8395.
21.
Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from
Occupationally Acquired Infections. Approved Guideline-Third Edition. CLSI Document M29-A3
Wayne, PA:CLSI, 2005.
22.
International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations, 41st Edition. 2000. 704 pp.
05175003001-08PL
18
Doc Rev. 8.0
Informacje dotyczące wersji dokumentu
Doc Rev. 7.0
06/2014
W części A, WYMAGANIA DOTYCZĄCE PRZECHOWYWANIA I UŻYTKOWANIA,
dodano informacje na temat stabilności otwartej butelki.
Zaktualizowano opisy na stronie z ujednoliconymi symbolami, znajdującej się na końcu
ulotki dołączonej do opakowania.
W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z miejscowym przedstawicielstwem
firmy Roche.
Doc Rev. 8.0
02/2015
W części WYMAGANIA DOTYCZĄCE PRZECHOWYWANIA I UŻYTKOWANIA,
punkt A, zaktualizowano temperaturę z 2–25°C do 2–8°C.
Dodano symbol GTIN oraz jego opis na stronie z ujednoliconymi symbolami.
Zaktualizowano część dotyczącą znaków
odzwierciedlenia tylko źródeł internetowych.
towarowych
i
patentów
w
celu
W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z miejscowym przedstawicielstwem
firmy Roche.
05175003001-08PL
19
Doc Rev. 8.0
Test COBAS® TaqMan® MTB został wyprodukowany przez:
"
Distributed by
Roche Molecular Systems, Inc.
1080 US Highway 202 South
Branchburg, NJ, 08876 USA
Roche Diagnostics (Schweiz) AG
Industriestrasse 7
6343 Rotkreuz, Switzerland
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer Strasse 116
68305 Mannheim, Germany
Roche Diagnostics
2, Avenue du Vercors
38240 Meylan, France
Distributore in Italia:
Roche Diagnostics S.p.A.
Viale G. B. Stucchi 110
20052 Monza, Milano, Italy
Distribuidor em Portugal:
Roche Sistemas de Diagnósticos Lda.
Estrada Nacional, 249-1
2720-413 Amadora, Portugal
Roche Diagnostica Brasil Ltda.
Av. Engenheiro Billings, 1729
Jaguaré, Building 10
05321-010 São Paulo, SP Brazil
Roche Diagnostics, SL
Avda. Generalitat, 171-173
E-08174 Sant Cugat del Vallès
Barcelona, Spain
Roche Diagnostics
201, boulevard Armand-Frappier
H7V 4A2 Laval, Québec, Canada
(For Technical Assistance call:
Pour toute assistance technique,
appeler le: 1-877-273-3433)
Znaki towarowe i patenty
Patrz http://www.roche-diagnostics.us/patents
©2015 Roche Molecular Systems, Inc.
02/2015
(04803566001-10ENGL)
Doc Rev. 8.0
05175003001-08PL
05175003001-08
20
Doc Rev. 8.0
Na etykietach produktów diagnostycznych Roche PCR stosuje siĊ obecnie
nastĊpujące oznaczenia.
Oprogramowanie pomocnicze
Wyrób do diagnostyki in vitro
Autoryzowany Przedstawiciel we
Wspólnocie Europejskiej
Dolna granica przypisanego zakresu
Arkusz kodów kreskowych
Wytwórca
Kod partii
Przechowywaü z dala od Ğwiatáa
ZagroĪenie biologiczne
ZawartoĞü wystarczająca na
<n> testów
Numer katalogowy
Przestrzegaü zakresu temperatury
SW
SprawdĨ w instrukcji obsáugi
Plik definicji testów
TDF
ZawartoĞü zestawu
Górna granica przypisanego zakresu
Dystrybucja przez
UĪyü przed
Wyáącznie do oceny dziaáania
w badaniach IVD
Numer pozycji handlu globalnego
Ten produkt speánia wymogi dyrektywy Wspólnoty Europejskiej 98/79/WE
dotyczącej diagnostycznych urządzeĔ medycznych do stosowania in vitro.
Linia pomocy technicznej dla klientów w Stanach Zjednoczonych 1-800-526-1247
05175003001-08PL
21
Doc Rev. 8.0