enzymy modyfikujące RNA

2017-01-17
Enzymy modyfikujące RNA – 1. Polimerazy
Polimerazy RNA
Enzymy modyfikujące RNA – 2. Rybonukleazy
Rybonukleazy – RNaza A
§ syntetyzują nić RNA na matrycy DNA (50-100 zasad/s)
• endorybonukleaza hydrolizująca wiązanie fosfodiestrowe w cząsteczce RNA
§ synteza de novo – nie wymagają primerów
• degraduje ssRNA, dsRNA oraz RNA-DNA w środowisku o niskiej zawartości soli (do 100 mM NaCl),
natomiast w środowisku o stężeniu soli ≥ 300 mM trawi głównie cząsteczki dsRNA.
§ Eucariota – złożone kompleksy rozpoznające
kompleks DNA-białko (kompleks preinicjacyjny)
• Optymalna temp. działania 60ºC.
• Zastosowanie:
§ Procariota – rozpoznają sekwencję promotora
§
§
§
§
§ wirusy - zbudowane z jednej podjednostki,
nie wymagają obecności czynników transkrypcyjnych
usuwanie RNA z preparatów DNA
mapowanie punktowych mutacji w DNA i RNA
analiza drugorzędowej struktury RNA
oddzielenie RNA od komórki, cząsteczek wirusowych,
kompleksów RNA-białko
Enzymy modyfikujące RNA – 1. Polimerazy
Polimerazy RNA
T7 RNA polymerase
Specyficzna dla sekwencji promotora i terminatora T7.
Zastosowanie: synteza mRNA, antysensownych RNA i sond RNA
T3 RNA polymerase
Specyficzna dla sekwencji promotora T3.
Zastosowanie: synteza RNA, sond RNA, szczepionek RNA i in.
SP6 RNA polymerase
Enzymy modyfikujące RNA – 2. Rybonukleazy
Rybonukleazy – RNaza H
• hydroliza RNA w hybrydach RNA-DNA
• Zastosowanie:
•
•
•
•
usunięcie nici RNA w czasie syntezy cDNA
RT-PCR
usunięcie sekwencji z poliA w obecności oligo (dT)
przecięcie RNA w specyficznym miejscu