BIOINFORMATYKA – BT_1601 PS02 Zleciłeś przeanalizowanie

Przykładowa instrukcja
BIOINFORMATYKA – BT_1601
PS02
Zleciłeś przeanalizowanie sekwencji genu nad którym pracowałeś od lat. W emailu odpowiedź zawierała frazę „sekwencja wygląda na bardzo podobną do dUTPazy”.
Dobra informacja - jest to sekwencja kodująca. Zła, że nie masz pojęcia co to jest.
1. NCBI i PubMed
Korzystając z przeglądarki internetowej należy otworzyć stronę:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov oraz odnaleźć bazę PubMed!
2. przeszukiwanie bazy PubMed
Zadanie 1
Wprowadź frazę „dUTPase” i naciśnij „search” powinniśmy otrzymać około 510
rekordów. Po kliknięciu w link z tytułem artykułu, zostaniemy przeniesieni do kolejnej
strony z opisem danej publikacji. Przejrzenie kilku streszczeń powinno pozwolić na
zorientowanie się czym jest dUTPaza. Proszę wyjaśnić na podstawie dowolnie
wybranych streszczeń artykułów czym jest dUTPaza oraz podać piśmiennictwo, z
którego się korzystało, tak aby było możliwe odnalezienie publikacji w bazie PubMed.
Przykładowa instrukcja
Zadanie 2
W polu wyszukiwania wpisujemy „Abergel” i klikamy „serach”. W liście wyników
uzyskujemy publikacje z danym nazwiskiem, rekordów powinno być w okolicach 414.
Tak jak poprzednio możemy odznaczyć wybrane artykuły i wyeksportować np.
streszczenia w formie tekstowej do pliku. Jednak problem polega na tym, że bardzo
ciężko odnaleźć artykuły z interesującym nas enzymem tj. dUTPazą. Należy połączyć
wyszukiwane frazy celem zawężenia wyników. W wyszukiwarce PubMed wpisujemy:
„dUTPase
Abergel” Domyślnie baza zakłada, iż wyszukiwanie poszczególnych fraz
występujących obok siebie jest połączone operatorem AND, dodatkowo zakłada, że
chcemy wyszukiwać w tytułach i streszczeniach (operator OR). Na liście wyników
powinny znajdować się 2 artykuły, wybieramy ten, który został opublikowany w Journal
of
Virology.
W
ten
sposób
dokonaliśmy
przeszukania
bazy
pod
kątem
bibliograficznym.Dodatkowo po kliknięciu linka „Free PMC Article” zostaniemy
przeniesieni do pełnej wersji artykułu znajdującej się w PubMed Central – darmowej,
pełnotekstowej bazie w U.S. National Institutes of Health's National Library of Medicine
(NIH/NLM). Proszę zapisać artykuł w formie pdf na dysku. PubMed nie rozróżnia
wielkości liter, stąd nie ma znaczenia jak zapiszemy szukana frazę (DUTPASE, dUTPase,
dUTPASE) zawsze otrzymamy takie same wyniki.
Przykładowa instrukcja
Zadanie 3
Podczas przeszukiwania bazy można stosować następujące operatory czy
znaczniki:

Operator boolowski: AND, OR, NOT

Znacznik: AB (abstracts), AU (authors), SO (journal abbreviation) itd.1

Inne: “*” np. bool*; dow*; dUTP* itd.
Pokaż w jaki sposób zapytać bazę z wykorzystaniem wszystkich ww. operatorów
Zadanie 4
Przeszukaj bazę PubMed wpisując frazę „down [AU]”; „down [TI]”; „down [AD]”;
„9847382[uid]” oraz podaj ilość wyników dla poszczególnych zapytań.
Zadanie 5
Czy w Warszawie znajduje się laboratorium zajmujące się dUTPazą? zmień miasto na
Chicago, zmień wyświetlanie formatu z „summary” na „abstract” wyeksportuj zebrane
informacje do pliku tekstowego i zapisz go na dysku. Ogranicz się do pierwszych 10
wyników.
Przykładowa instrukcja
Zadanie 6
Ponownie przeszukaj bazę wpisując: „dUTPase” tym razem z menu filtrów po lewej
stronie wybierz: full text, 5 years, humans; podaj liczbę wyników.