Ontologia genów (GO)
Transkrypt
Ontologia genów (GO)
Ontologia genów (GO) NeXO (Network-eXtracted Ontology) Treść prezentacji: 1. Co to jest „ontologia”? 2. GO – biblioteka genów 3. Działanie GO 4. Dlaczego jest nieefektywna? 5. NeXO 6. Dr Janusz Dutkowski 7. Bibliografia Ontologia inaczej metafizyka; dział filozofii zajmujący się badaniem rzeczywistości oraz miejscem bytu (istoty) w tej rzeczywistości. dominujące i recesywne KUMULATYWNE plejotropowe subletalne lub letalne Geny DOPEŁNIAJĄCE Gene Ontology - - GO Projekt bioinformatyczny - „biblioteka” genów Zawiera całą dotychczasową wiedzę o genach Tworzona przez grupę biologów-ekspertów Zawiera trzy domeny: element komórkowy (CC), proces biologiczny (BP) i funkcję molekularną (MF) Zawiera 34765 haseł i 64635 hierarchicznych zależności opisujących geny z ponad 80 gatunków Wady GO Subiektywizm Naciski, presja Żmudna i długotrwała praca Ogranicza się do wiedzy już opublikowanej NeXO Algorytmy – szybkie i efektywne przeszukiwanie zbiorów danych. Mapa interakcji genów – pokazuje więcej elementów i zależności biologicznych niż GO Ciekawostka: system pokazuje „nieznane” połączenia między genami Zastosowanie NeXO Poznanie mechanizmów nowotworzenia Terapie indywidualne Leki celowane Dr Janusz Dutkowski Dziękuję za uwagę Justyna Gruca Bibliografia 1. http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n1/pdf/nbt.2463.p df 2. http://www.nexontology.org/#undefined 3. http://chianti.ucsd.edu/~janusz/index.html 4. http://www.polityka.pl/nauka/zdrowie/1535205,1,bioinfor matyka---klucz-do-zrozumienia-chorob.read