dr Grzegorz Koczyk, Zespół Ewolucji Funkcji Systemów

Opiekun naukowy: dr Grzegorz Koczyk, Zespół Ewolucji Funkcji Systemów Biologicznych,
Pracownia Biometrii i Bioinformatyki.
Proponowany temat pracy: Analiza porównawcza rejonów regulatorowych i kodujących z
wykorzystaniem zależnych i niezależnych od dopasowania sekwencji metod obliczeniowych
(“Comparative analysis of regulatory and coding regions using alignment-dependent and alignmentfree algorithms”).
Skrócony opis pracy: Praca doktorska będzie dotyczyła przewidywania funkcji i grupowania
strukturalnego elementów funkcjonalnych zarówno w obrębie genów jak i sekwencji regulatorowych.
W trakcie pracy zostanie opracowana i przetestowana nowa metoda adnotacji funkcjonalnej oparta na
kompresji tekstu i nienadzorowanej analizie skupień; powstanie również serwis do adnotacji
funkcjonalnej sekwencji białkowych.
Opracowana metoda zostanie zastosowana do nowo sekwencjonowanych modelowych genomów
roślinnych (Lupinus sp.), jak i genomów grzybowych (patogeniczne dla roślin workowce z rzędów
Sordariomycetes i Dothideomycetes) oraz danych pochodzących z sekwencjonowania
wysokoprzepustowego próbek środowiskowych.
Wymagania minimalne dla kandydata:
 ukończony kierunek studiów: bioinformatyka, biologia (specjalność: biologia molekularna) lub
informatyka,
 umiejętność programowania w językach Python i C/C++,
 znajomość biochemii i genetyki,
 biegła znajomość języka angielskiego.
Uwagi:
Preferowani będą kandydaci z dodatkowym doświadczeniem w jednym lub więcej z poniższych:
 zarządzanie bazami danych PostgreSQL/MySQL,
 zarządzanie systemami GNU/Linux,
 programowanie usług AJAX (HTML+JavaScript),
 programowanie serwisów sieciowych z wykorzystaniem środowiska Django,
 algorytmy obróbki i kompresji tekstu,
 analiza skupień,
 algorytmy porównywania i wyszukiwania sekwencji oparte na Ukrytych Modelach Markowa
Tematyka badań realizowanych i zgłaszanych przez Zespół (możliwości rozwoju bocznego i
treningu):
 bioinformatyka w adnotacji funkcjonalnej (analiza sekwencji i struktury białka, analiza skupień
i analiza statystyczna w wyszukiwaniu nadreprezentowanych motywów sekwencji),
 ewolucja struktury białkowej (architektura domenowa białek, algorytmy dekompozycji domen,
ewolucja reszt determinujących funkcję w obrębie miejsc aktywnych i miejsc regulatorowych),
 analiza filogenetyczna (w szczególności: algorytmy rekoncyliacji drzew genowych i
gatunkowych, szybkie metody aproksymacji drzew o maksymalnej wiarygodności),
 ewolucja metabolizmu wtórnego u roślin i grzybów (z naciskiem na cząsteczki regulatorowe i
toksyny, analiza syntenii i koregulacji w ewolucji metabolizmu wtórnego),
 ewolucja oporności grzybów na substancje toksyczne (analiza ekspresji, filogenomika
transporterów ABC i MFS).
E-mail: [email protected]
Strona Zespołu: http://www.cropnet.pl/team