Przyrównywanie sekwencji

Przyrównywanie sekwencji
Przyrównywanie sekwencji
Mając dwie lub więcej sekwencji chcemy:
• określid ich podobieostwo
• zbadad powiązania pomiędzy poszczególnymi
miejscami w sekwencjach
• zaobserwowad wzory podobieostw
• wykryd związki ewolucyjne między sekwencjami
Przyrównywanie sekwencji
Rodzaje sekwencji
DNA/RNA
Nid złożona z 4 liter nukleotydów
Sekwencje białka
Złożone z alfabetu 20 liter
Przyrównywanie sekwencji
Aby porównad nukleotydy lub aminokwasy
znajdujące się w odpowiadających sobie
miejscach w sekwencjach, najpierw musimy te
odpowiadające sobie miejsca znaleźd
Przyrównywanie sekwencji jest właśnie
identyfikacją podobieostw pomiędzy
poszczególnymi miejscami w sekwencjach
Przyrównywanie sekwencji
Dot Plots
Jedna z najprostszych
metod określających
podobieostwo sekwencji
Punkty (dots) są
umieszczane w
przestrzeni macierzy
dwóch sekwencji w
miejscach gdzie obie
sekwencje są identyczne
Przyrównywanie sekwencji
Programowanie dynamiczne
(tutoriale)
http://www.ibm.com/developerworks/java/l
ibrary/j-seqalign/index.html
http://www.avatar.se/molbioinfo2001/dynpr
og/dynamic.html
Metody heurystyczne (Blast/Fasta)
Przyrównywanie sekwencji
Proszę wykonad dotplot dwóch wybranych
sekwencji z pliku wsadowego przygotowanegoo
na ostatnich dwiczeniach.
W jakim stopniu sekwencje są do siebie
podobne ?
Jak objawia się to podobieostwo ?
Jakie zmiany można zauważyd przy użyciu
macierzy punktów ?
Przyrównywanie sekwencji
Proszę przyrównad wszystkie sekwencje w
przygotowanych plikach wsadowych przy użyciu metody
Muscle w programie Seaview.
Jak wygląda uzyskany aligment ?
Czy można znaleźd w nim fragmenty o większym i
mniejszym podobieostwie sekwencji ?
Ile jest miejsc zmiennych w sekwencji ?
Czy w przyrównanych sekwencjach są obecne indele ?
Przyrównywanie sekwencji
Proszę znaleźd w bazie danych NCBI i
utworzyd plik wsadowy z dwóch rodzajów
sekwencji.
Podjednostkę I oksydazy cytochromowej
oraz gen RAG1 dla pięciu przedstawicieli
każdej z gromad zwierząt.
Czyli szukamy sekwencji RAG1 oraz COXI dla
5 ssaków, ptaków, ryb, gadów i płazów.
Przyrównywanie sekwencji
Czym różnią się przyrównania obu rodzajów sekwencji
?
Które jest bardziej informatywne ?
Które jest bardziej wiarygodne ?
Proszę na podstawie obu przyrównao stworzyd drzewa
filogenetyczne metodą parsymonii.
Czy uzyskane drzewa odzwierciedlają rzeczywiste
powiązania filogenetyczne zwierząt ?
Które drzewo jest „lepsze” i dlaczego ?