1. Identyfikator przedmiotu: BIOINFORMATYKA

KARTA PROGRAMU RAMOWEGO PRZEDMIOTU
INFORMATYKA
1. Identyfikator przedmiotu: BIOINFORMATYKA - Fakultet
Nazwa przedmiotu w języku angielskim: Bioinformatics
Rodzaj studiów: 2 stopnia, magisterskie uzupełniające
Kierunek
: Informatyka i Ekonometria
Specjalność :
18 godz. wykładu
Symbol:
Nr w siatce studiów:
Symbol jednostki dydaktycznej
WZIM
Zal
2 ECTS
Semestr:
Data opracowania: 05.12.2008
2. Treści kształcenia:
Program przedmiotu wprowadza do dyscypliny naukowej stosującej narzędzia matematyczne i informatyczne
do rozwiązywania problemów z obszaru nauk biologicznych. Tematyka przedmiotu nawiązuje do zagadnień
związanych z genetyką, genomiką i proteomiką.
Szczegółowy plan przedmiotu:
•Bazy danych biologicznych.
•Analiza sekwencji DNA (składanie sekwencji, wyszukiwanie sekwencji kodujących, regulatorowych i
repetytywnych, motywów, markerów). Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów.
•Ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy zbiorami sekwencji / organizmów (drzewa filogenetyczne).
•Genotypowanie (stosowane między innymi do wyszukiwania genów odpowiedzialnych za choroby
genetyczne, w ustalaniu ojcostwa, w kryminalistyce).
•Analiza ekspresji genów (głównie analiza danych z mikromacierzy).
•Metody kojarzenia genów z cechami fizycznymi organizmów (cechy wyglądu zewnętrznego, cechy budowy
,,wewnętrznej”).
•Analiza sekwencji białek (porównywanie sekwencji, wyszukiwanie domen i motywów, przewidywanie
własności fizyko-chemicznych).
•Modelowanie układów biologicznych (np kinetyka reakcji enzymatycznych w komórce).
•DNA jako maszyna obliczeniowa. Superkomputer DNA.
3. Autorzy programu ramowego: dr inż. Artur Wiliński
4. Wydział/Katedra: Wydział Zastosowań Informatyki i Matematyki / Katedra Informatyki
5. Umiejętności wymagane w realizacji zajęć: podstawy informatyki, kurs matematyki.
6. Efekty kształcenia- umiejętności i kompetencje: znajomość podstawowych metod i algorytmów
przetwarzania danych biologicznych
7. Pomoce dydaktyczne: Laboratorium komputerowe, oprogramowanie multimedialne
8. Forma realizacji wykładów/ćwiczeń: Cotygodniowy dwugodzinny wykład
9. Forma zaliczania wykładów/ćwiczeń: zaliczenie w formie projektu.
10. Literatura:
•Machine Learning in Bioinformatics, Y. Zhang, J. Rajapakse, 2008
•Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics, F. Dardel, F. Képès, N. Hardy, 2006
• Bioinformatyka, A.Baxevanis, 2004
•Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Higgs, G. Paul, 2008
• An Introduction to bioinformatics algorithms, N. Jones, P. Pevzner, 2004