Format PDB (Protein Data Bank)

Format PDB (Protein Data Bank)
Jednym z podstawowych (używanych w NAMD) formatów zapisu struktury cząsteczek jest format
PDB. W pliku zapisane są następujące informacje:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
Numer porządkowy atomu.
Nazwę atomu i położenie w łańcuchu.
Nazwę tzw. residuum – nazwę bloku atomów.
Współrzędne kartezjańskie atomu.
Ładunek częściowy atomu.
B-factor.
Symbol pierwiastka
Czego plik PDB nie zawiera:
1.
2.
3.
4.
Informacji o połączeniach pomiędzy atomami.
Kątów pomiędzy wiązaniami.
Kątów dwuściennych.
Prędkości początkowych.
Powszechnie dostępną bazą plików PDB jest serwis PDB http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do,
w którym dostępny jest aktualny zbiór zoptymalizowanych struktur biologicznych. W serwisie
dostępne są pliki PDB, które możemy sciągnąć na swoje komputery.
1. Odnajdź w bazie Aquaporin 2 – białko odpowiedzialne za odzysk wody z moczu w nerkach.
Ściągnij strutkurę PDB na swój komputer i otwórz w VMD.
2. Odnajdź w bazie Adenowirusa o symbolu 3IYN. Ściągnij strutkurę PDB na swój komputer i
otwórz w VMD. Z ilu atomów składa się struktura? Poeksperymentuj z różnymi
reprezentacjami atomów.
Przykład pliku PDB:
1
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
2
3
239
240
241
242
243
244
245
246
N
CA
C
O
CB
OG1
CG2
OXT
4 5
THR
THR
THR
THR
THR
THR
THR
THR
A
A
A
A
A
A
A
A
6
7
8
9
10
11
12
29
29
29
29
29
29
29
29
3.391
2.014
0.826
0.932
1.845
1.214
3.180
-0.317
19.940
19.761
19.943
19.600
20.667
21.893
20.968
20.109
12.762
13.283
12.332
11.133
14.505
14.153
15.185
12.824
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
1.00
21.00
21.00
23.00
30.00
21.00
21.00
21.00
25.00
N
C
C
O
C
O
C
O
1. Słowo kluczowe “ATOM”
2. Numer atomu.
3. Symbol atomu i położenie w łańcuchu
αA
βB
γG
δD
εE
ζZ
ηH
4. Nazwa bloku atomów
5. Identyfikator łańcucha.
6. Numer residuum.
7-9. Współrzędne x,y, z.
10. Zajęcie – liczba atomów w komórce elementarnej.
11. B-factor – wrażliwość na ruchy termiczne.
12. Symbol pierwiastka.