Molekularny monitoring doświadczalnej populacji przepiórki

Rozprawy
Naukowe
i Monografie
Treatises
and Monographs
Joanna
Gruszczyńska
SGGW w Warszawie
Katedra Genetyki i Ogólnej
Hodowli Zwierząt
Molekularny
monitoring
doświadczalnej
populacji
przepiórki
japońskiej
(Coturnix
japonica)
w warunkach
selekcji
kierunkowej
Wydawnictwo SGGW
Warszawa 2013
Spis treści
1. Wstęp i cel pracy ..........................................................................................
11
2. Przegląd piśmiennictwa ..............................................................................
2.1. Przepiórka japońska (Coturnix japonica)
jako zwierzę laboratoryjne i hodowlane ..............................................
2.2. Charakterystyka genomów ptaków ......................................................
2.3. Charakterystyka sekwencji mikrosatelitarnych ...................................
2.4. Wykorzystanie markerów genetycznych w tworzeniu
genetycznej mapy sprzężeniowej kury domowej
(Gallus gallus) ......................................................................................
2.5. Amplifikacja międzygatunkowa ..........................................................
2.5.1. Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych kury domowej
(Gallus gallus) w badaniach molekularnych
wybranych gatunków ptaków ..................................................
2.5.1.1. Wykorzystanie sekwencji STR w badaniach
molekularnych indyka (Meleagris gallopavo) .........
2.5.1.2. Wykorzystanie sekwencji STR w badaniach
molekularnych kaczek (Anseriformes) ....................
2.5.1.3. Wykorzystanie sekwencji STR w badaniach
molekularnych strusia (Struthio camelus) ................
2.6. Badania nad poznaniem genomu przepiórki japońskiej
(Coturnix japonica) .............................................................................
2.7. Główne kierunki wykorzystania markerów mikrosatelitarnych
u zwierząt .............................................................................................
2.8. Identyfikacja loci genów cech ilościowych .........................................
2.8.1. Poszukiwania i identyfikacja wybranych QTL kury ...............
2.8.2. Poszukiwania i identyfikacja QTL przepiórki japońskiej .......
13
13
14
15
19
20
21
21
23
25
25
32
34
37
44
8
Molekularny monitoring doświadczalnej populacji przepiórki japońskiej...
3. Materiał i metody ........................................................................................
3.1. Pochodzenie ptaków i materiał doświadczalny ...................................
3.2. Warunki utrzymania i zasady chowu stada doświadczalnego .............
3.3. Badania molekularne ...........................................................................
3.3.1. Izolacja DNA ...........................................................................
3.3.2. Charakterystyka sekwencji mikrosatelitarnych .......................
3.3.3. Łańcuchowa reakcja polimerazy .............................................
3.3.4. Analiza sekwencji mikrosatelitarnych z wykorzystaniem
automatycznego sekwenatora ..................................................
3.4. Metody statystyczne .............................................................................
3.4.1. Analiza zmienności genetycznej .............................................
3.4.2. Analiza zmienności obserwowanych cech fenotypowych
i warunkujących je czynników ................................................
3.4.3. Analiza zależności między allelem/genotypem
a badanymi cechami ................................................................
48
48
50
51
51
51
54
4. Wyniki i dyskusja ........................................................................................
4.1. Zmienność fenotypowa obserwowanych cech ....................................
4.1.1. Zmienność masy ciała i długości skoku
w 7. i 28. dniu życia ................................................................
4.1.2. Korelacje między masą ciała i długością skoku ......................
4.2. Ocena zmienności genetycznej ............................................................
4.2.1. Liczba i frekwencja alleli sekwencji mikrosatelitarnych ........
4.2.1.1. Sekwencje mikrosatelitarne kury .............................
4.2.1.2. Sekwencje mikrosatelitarne
przepiórki japońskiej ...............................................
4.2.2. Liczba i frekwencja genotypów pod względem
19 wybranych sekwencji STR .................................................
4.2.3. Poziom heterozygotyczności w badanych pokoleniach
doświadczalnej populacji przepiórki japońskiej ......................
4.2.4. Analiza zmienności genetycznej między grupami i liniami
hodowlanymi w pok_0 i pok_10 .............................................
4.2.4.1. Statystyki F ...............................................................
4.2.4.2. Dystans genetyczny między liniami
hodowlanymi ............................................................
65
65
55
56
56
61
62
65
77
81
81
81
95
101
112
114
114
116
Spis treści
9
4.2.5. Korelacje między badanymi sekwencjami – nierównowaga
sprzężeń ................................................................................... 118
4.3. Związek między polimorfizmem sekwencji mikrosatelitarnych
a poziomem badanych cech ................................................................. 122
5. Podsumowanie i wnioski ............................................................................ 136
Piśmiennictwo ..................................................................................................... 140
Aneks ................................................................................................................... 159
Summary .............................................................................................................. 168