Metody obliczeniowe Struktura RNA Walidacja oraz poprawa

Metody obliczeniowe
Struktura RNA Walidacja
oraz poprawa
Marcin Zięba i Mateusz Zając
Plan prezentacji
●
●
●
●
●
●
Wstęp
Generalne kryteria walidacji
Kryteria dotyczące konformacji RNA
Interpretacja wyników po walidacji
Korygowanie błędów
Co nowego?
Wstęp
Przedstawione zestaną narzędzia i techniki służące w osiąganiu większej dokładności przy budowaniu
struktór trójwymiarowych.
Generalne kryteria walidacji
●
●
●
Walidacja danych
Dopasowanie modelu do danych
Walidacja modelu
Walidacja danych
●
●
●
●
●
●
Leży w gestii ekspertów i eksperymentatorów.
Najważniejsza jest rozdzielczość im większa tym lepsza
Gdy > 1,5 angstrema to nazywana jest rozdzielczością atomową
Gdy 2,5-3,0 angstrema ślad łańcucha niemal zawsze jest prawidłowy mimo napotkania
grup atomowych ulokowanych w złym miejscu lub orientacji
Powyżej 3 angstremów dane nie są już wiarygodne.
Efektywna rozdzielczość jest lepsza od nominalnej gdy jest dużo symetrii
niekrystaliczncznych i jest gorsza od nominalnej gdy jeśli dane nie są kompletne w
przynajmniej 85%-90% lub gdy badany kryształ jest zbliźniaczony
Dopasowanie modelu do danych
●
Oceniane jest jak dobrze ujęto w modelu wspórzędne atomowe w odniesieniu do
zaobserwowanych danych dyfrakcyjnych.
Walidacja modelu
❖
❖
Geometria kowalencyjna
➢ długość kątów i wiązań
kowalencyjnych
➢ chiralnośc
Przestrzenne oddziaływania
➢ wiązania wodorowe
➢ siły van der Waals’a
Kryteria
dotyczące
konformacji RNA
Zasady RNA
Korygowanie błędów
●
●
●
●
●
Manualna odbudowa
RNABC
Coot and RCrane
PHENIX
ERRASER
Manualna odbudowa
●
●
●
●
Narzędzie: SuiteFit
Narzędzie: RNA Rotator
Zmiany w czasie rzeczywistym
Odbudowa może być żmudna
RNABC
●
●
Utrzymuje już “naprawione” zasady i
atomy ale wciąż szuka lepszego
dopasowania
Najlepsze wyniki na końcu wyświetlane
są użytkownikowi gdzie można dokonać
wyboru rozwiązania
Coot and RCrane
●
●
●
●
●
●
RCrane jest pluginem dla Coot’a
Jest to oprogramowanie do wykonywania zautomatyzowanej budowy struktury RNA
Użytkownik ma możliwość wyboru “prawdopodobnych” atomów (C i P)
Możliwość wyboru konformerów
Możliwość przebudowy wybranych nukleotydów
Bierze pod uwagę model wejściowy i gęstość elektronową
PHENIX
●
Ogólnym celem programu udokładnianie struktury krystalograficznej
ERRASER
●
●
●
●
Możlwość automatycznego korygowania błędów
Możliwość wykorzystania do przebudowy całej struktury
Wymaga instalacji Rosetty
kosztowny obliczeniowo
Co nowego?
Dziękujemy za uwagę