(dzienne) spec. Biol. Molek

Transkrypt

Przedmiot: Bioinformatyka
Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli!
Nazwa testu: Wykład monograficzny wer. 1.0.11
Nr testu 0
Klasa: V rok IBOS UZ
1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...
A) niezależność prawdopodobieństwa wystąpienia tych substytucji od historii przemian zachodzących w danej pozycji
B) istotną rolę aminokwasów sześciokodonowych w pozycjach wykazujących szczególnie wysoki stopień zmienności
mutacyjnej
C) takie samo prawdopodobieństwo dla wszystkich substytucji między dowolnymi dwoma aminokwasami
D) zależność prawdopodobieństwa substytucji od właściwości fizyko-chemicznych i występowania białka
E) istotne znaczenie aminokwasów wystepujących w danej pozycji w przeszłości na prawdopodobieństwo wystąpienia
nowych aminokwasów w wyniku kolejnych mutacji
F) ścisły związek między częstością występowania aminokwasu, a liczbą różnych kodonów dla tego aminokwasu
2. Tranzycja jest to...
A) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, pochodzącym z odrębnej podgrupy zasad azotowych
(np. wymiana puryna-pirymidyna)
B) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, w obrębie tej samej podgrupy zasad azotowych (np.
wymiana puryna-puryna)
C) wzajemne przemieszczenie pozycji dwóch kodonów w genie
D) przesunięcie pozycji nukleotydów w kodonie o jedną
E) przesunięcie całego kodonu w genie o jeden
F) zamiana miejsc dwóch nukleotydów w kodonie (np. zamiana pozycji 1 i 2)
3. Antheprot jest
A) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
B) bazą sekwencji białkowych
C) bazą białkowych struktur przestrzennych
D) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
E) programem służącym m.in. do przewidywania struktury drugorzędowej białek
F) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
4. Dot matrix jest to określenie
A) graficznej interpretacji wyniku porównania najwyżej dwóch różnych sekwencji
B) narzędzia tłumaczącego "język kodu genetycznego" na "język aminokwasowy"
C) sposobu określania relacji genetycznych między różnymi aminokwasami występującymi w odpowiadających sobie
pozycjach białek homologicznych
D) macierzy opisującej odległości między poszczególnymi aminokwasami w strukturze przestrzennej cząsteczki białkowej
E) macierzy o charakterze i przeznaczeniu podobnym do macierzy PAM i BLOSUM
F) graficznej interpretacji wyniku porównania wyłącznie dwóch różnych sekwencji
5. Największy stopień zróżnicowania w obrębie kodonów synonimowych obserwuje się w przypadku kodonów
A) tryptofanu
B) metioniny
C) cysteiny
D) leucyny
E) seryny
F) argininy
6. PDB jest
A) bazą białkowych struktur przestrzennych
C) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
E) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
F) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
7. Do podstawowych kryteriów oszacowania istotności podobieństwa sekwencji biologicznych należą
A) długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji
B) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji
C) procentowy udział identyczności oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji
D) procentowy udział identyczności, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji
identycznych wzdłuż sekwencji
E) procentowy udział identyczności, długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż
sekwencji
F) długość porównywanych sekwencji, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji
identycznych wzdłuż sekwencji
8. Podstawowe założenia algorytmu semihomologii genetycznej sprowadzają się do
A) przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest jedynym istotnym mechanizmem zmienności mutacyjnej w białkach
homologicznych
B) zastosowania macierzy kodu genetycznego (GCM)
C) macierzy stochastycznych substytucji aminokwasów w pozycjach homologicznych
D) zastosowania macierzy unitarnej (UM) dla określenia stopnia identyczności między sekwencjami białek homologicznych
E) markowowskiego charakteru przemian mutacyjnych w sekwencjach kodujących
Generator testów 1.3.1
Wykład monograficzny wer. 1.0.11 / 0
Strona: 1
F) uniwersalnego charakteru kodu genetycznego dla wszystkich organizmów oraz przyjęcia, że pojedyncza
tranzycja/translacja jest najpowszechniejszym i najczęściej występującym mechanizmem zmienności mutacyjnej
9. Istotność podobieństwa sekwencji nukleotydowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są
one
A) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji.
B) identyczne w 5%
C) identyczne w 40%
D) identyczne w 50%
E) identyczne w 100%
F) identyczne w 25%
10. Pierwsza (najprostsza) wersja programu SSSS uwzględnia w obliczeniach następujące kryteria oszacowania istotności
podobieństwa:
A) wyłącznie dystrybucję identycznych pozycji wzdłuż porównywanych sekwencji
B) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne między pozycjami nieidentycznymi.
C) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji
D) wyłącznie procentowy udział identyczności
E) dystrybucję pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji oraz długość porównywanych sekwencji
F) procentowy udział identyczności oraz dystrybucję pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji
11. Wartości zerowe występujące w macierzach typu PAM i BLOSUM odnoszą się do
A) aminokwasów sześciokodonowych
B) tylko tych zmienności mutacyjnych, które zachodzą z takim samym prawdopodobieństwem niezależnie od kierunku
przemiany
C) zmienności mutacyjnych zachodzących z częstością odpowiadającą losowemu prawdopodobieństwu ich wystąpienia
D) aminokwasów jednokodonowych
E) tylko tych zmienności mutacyjnych, które zachodzą zgodnie z modelem przemian markowowskich
F) zmienności mutacyjnych, które w naturze praktycznie nie występują
12. Wynik analizy porównawczej podobieństwa sekwencji tym bardziej może świadczyć o ich pokrewieństwie, im
prawdopodobieństwo uzyskania takiego wyniku jest
A) bardziej zróżnicowane w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji
B) bardziej potwierdzane przez wartości zawarte w macierzach PAM lub BLOSUM
C) bardziej jednolite w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji
D) wyższe
E) to kryterium jest nieistotne w aspekcie oceny istotności podobieństwa sekwencji
F) niższe
13. W macierzach typu PAM i BLOSUM kierunek przemian mutacyjnych prowadzących do substytucji jednego aminokwasu w
inny jest
A) określony dla wszystkich par aminokwasów
B) nieokreślony dla wszystkich par aminokwasów
C) określony tylko dla aminokwasów sześciokodonowych
D) określony dla wszystkich aminokwasów z wyjątkiem sześciokodonowych
E) określony tylko dla aminokwasów jednokodonowych
F) określony dla wszystkich aminokwasów z wyjątkiem jednokodonowych
14. Rasmol jest
A) programem do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł
B) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
C) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
D) bazą białkowych struktur przestrzennych
E) bazą sekwencji białkowych
F) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
15. W macierzy PAM250 opisującej obserwowane częstości substytucji aminokwasowych najbardziej konserwatywnym
aminokwasem jest
A) Cysteina
B) Prolina
C) Glicyna
D) Tryptofan
E) Seryna
F) Cystyna
16. Dodatkowymi kryteriami oszacowania istotności podobieństwa wyłącznie dla sekwencji aminokwasowych są
A) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych
B) relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż
sekwencji
C) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji
nieidentycznych
D) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz długość porównywanych sekwencji
E) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji
F) długość porównywanych sekwencji oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych
17. Do biologicznych baz danych należą:
A) BLAST, ExPASy i PDB
B) DBTSS, TrEMBL i ExPASy
Strona: 2
C) TrEMBL, BLAST i Swiss-Prot
D) PDB, Swiss-Prot i DBTSS
E) Rasmol, Swiss-Prot i PDB
F) Corm, PDB i TrEMBL
18. Istotność podobieństwa sekwencji aminokwasowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy
są one
A) identyczne w 25%
B) identyczne w 50%
C) identyczne w 40%
D) identyczne w 100%
E) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji.
F) identyczne w 5%
19. SSSS jest
B) programem służącym do oszacowania istotności obserwowanego stopnia podobieństwa porównywanych sekwencji
C) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
D) bazą sekwencji białkowych
E) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
20. Relacje genetyczne porównywanych pozycji nieidentycznych stanowią kryterium oszacowania istotności podobieństwa
A) sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych
B) sekwencji nukleotydowych DNA
C) sekwencji aminokwasowych
D) sekwencji nukleotydowych RNA
E) sekwencji nukleotydowych mRNA i białek
F) sekwencji nukleotydowych
21. ClustalX jest
A) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
D) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
E) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
22. PREDICT7 jest
A) programem służącym do analizy właściwości fizykochemicznych białka oraz przewidywania struktury drugorzędowej
B) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
C) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
D) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
E) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
F) bazą sekwencji białkowych
23. BLAST jest
C) bazą sekwencji białkowych
E) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
24. Liczba elementów (węzłów) w uproszczonym planarnym diagramie relacji genetycznych aminokwasów wynosi
A) 20
B) 16
C) 61
D) 12
E) 64
F) 10
25. Wirtualna odwrotna translacja jest to
A) teoretyczny opis procesu pozarybosomowych przemian sekwencji białkowych
B) nieistniejący w naturze proces translacji oparty odczytywaniu informacji genetycznej poza otwartą ramką odczytu
C) teoretyczne przewidywanie biosyntezy białka, w którym aminokwasy sześciokodonowe zastąpione są przez
aminokwasy jednokodonowe
D) teoretyczny model translacji przebiegającej w kierunku od C-końca do N-końca łańcucha białkowego
E) teoretyczny model innego sposobu odczytywania kodu genetycznego polegający na odwróceniu kolejności pozycji w
kodonie
F) proces odtwarzania właściwej sekwencji nukleotydowej genu oparty na analizie relacji genetycznych między
aminokwasami zajmujacymi odpowiadające sobie pozycje w sekwencjach białek homologicznych
26. W porównaniu do rodziny sekwencji o długości 400 nukleotydów, rodzina sekwencji o długości 1000 nukleotydów o tym
samym procentowym udziale identyczności jest
A) mniej zróżnicowana (bardziej konserwatywna)
B) prawdopodobnie sekwencją kodującą
C) prawdopodobnie sekwencją niekodującą
Strona: 3
D) zróżnicowana w tym samym stopniu
E) bardziej zróżnicowana (mniej konserwatywna)
F) nie można określić, która rodzina jest bardziej zróżnicowana, a która mniej
27. Macierz unitarna (UM) stosuje
A) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia
hydrofobowości/hydrofilności obszaru, w którym występuje.
B) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
C) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
D) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej,
w której występuje.
E) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
F) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
28. Ponadprzeciętny, wybujały stopień zmienności mutacyjnej obserwowany w niektórych pozycjach białek homologicznych
może być osiągnięty przy udziale
A) plazmidów
B) procesów pozatranslacyjnych (zachodzących poza rybosomami)
C) intensywnego nagromadzenia czynników mutagennych
D) kodonów aminokwasów jednokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego
E) procesów posttranslacyjnych
F) kodonów aminokwasów sześciokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego
29. WebLab Viewer (Viewer Lite) jest
A) bazą sekwencji białkowych
C) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
E) programem do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł
F) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
30. Analiza porównawcza nieidentycznych fragmentów jest jednym z kryteriów oszacowania istotności podobieństwa
A) sekwencji nukleotydowych RNA
B) sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych
C) wyłącznie struktury trzeciorzędowej białek
D) sekwencji aminokwasowych
E) sekwencji nukleotydowych DNA
F) wyłącznie struktury drugorzędowej kwasów nukleinowych
31. Macierze typu PAM stosują
A) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
B) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej,
C) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
D) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia
E) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
F) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
32. Informacja genetyczna o obsadzeniu danej pozycji sekwencji białkowej w przeszłości
A) może dotyczyć nawet 2/3 całej informacji zawartej w kodonie
B) jest całkowicie usuwana po 1 przemianie mutacyjnej typu tranzycji/transwersji
C) dotyczy najwyżej 1/3 całej informacji zawartej w kodonie
D) nie ma znaczenia dla prawdopodobieństwa wystąpienia dalszych przemian mutacyjnych
E) opisana jest w macierzach stochastycznych typu PAM i BLOSUM
F) jest całkowicie usuwana po 3 przemianach mutacyjnych typu tranzycji/transwersji
33. Programy służące do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł, to:
A) Corm i TrEMBL
B) Rasmol i WebLab Viewer
C) Rasmol i Swiss-Prot
D) ClustalX i GEISHA
E) Swiss-Prot i ClustalX
F) GEISHA i HCA
34. Dany stopień (procent) identyczności porównywanych sekwencji jest tym istotniejszy im sekwencje są
A) bardziej zróżnicowane
B) dłuższe
C) krótsze
D) mniej zróżnicowane
E) mniej liczne
F) liczniejsze
35. TreeView jest
B) programem służącym do wizualizacji molekularnych drzew filogenetycznych
Strona: 4
D) bazą sekwencji białkowych
36. Pedro's Biomolecular Research Tools, to
A) Serwis konsultacyjny prowadzony przez zespół specjalistów z zakresu nauk biologicznych
B) Internetowy zbiór komercyjnych narzędzi z zakresu bioinformatyki, genomiki i proteomiki
C) Serwis gromadzący najważniejsze biologiczne bazy danych
D) Internetowy zbiór darmowych narzędzi z zakresu bioinformatyki, genomiki i proteomiki
E) Serwis gromadzący najważniejsze literaturowe bazy danych z zakresu nauk biologicznych
F) Międzynarodowe Centrum Badań Genomu Człowieka
37. Macierz kodu genetycznego (GCM) stosuje
B) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
C) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej,
D) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
E) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
F) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
38. Programy pozwalające na wzajemne dopasowanie sekwencji homologicznych, to:
A) Rasmol i WebLab Viewer
B) Swiss-Prot I ClustalX
C) Rasmol i Swiss-Prot
D) Corm i PDB
E) GEISHA i HCA
F) ClustalX i GEISHA
39. GEISHA jest
A) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
B) bazą białkowych struktur przestrzennych
C) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
D) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
40. Algorytm semihomologii genetycznej oparty jest na...
A) trójwymiarowym diagramie relacji genetycznych między aminokwasami
B) danych na temat własności fizyko-chemicznych aminokwasów
C) markowowskim modelu przemian mutacyjnych aminokwasów w białkach
D) danych statystycznych występowania aminokwasów w poszczególnych typach struktur drugorzędowych
E) macierzy stochastycznej PAM substytucji aminokwasów
F) macierzy stochastycznej BLOSUM substytucji aminokwasów
41. Obserwowane podobieństwo porównywanych sekwencji jest tym istotniejsze (mniej przypadkowe) im
A) wartość E-value (expect value) jest większa
B) więcej sekwencji wykazuje podobieństwo na podobnym poziomie
C) wartość E-value (expect value) jest bardziej ujemna
D) wyniki zastosowania macierzy PAM bardziej różnią się od wyników zastosowania macierzy BLOSUM w takiej analizie
porównawczej
E) wartość E-value (expect value) jest mniejsza
F) wyniki zastosowania macierzy PAM są bliższe wynikom zastosowania macierzy BLOSUM w takiej analizie porównawczej
42. Sekwencja konsensusowa jest to
A) wynik graficznej interpretacji dot matrix
B) sekwencja aminokwasowa białka wraz z opisem występującej w niej topologii mostków disiarczkowych
C) sekwencja posiadająca cechy wspólne dla dwóch lub więcej odrębnych rodzin sekwencji, często zupełnie
niespokrewnionych ze sobą
D) nieistniejąca w naturze sekwencja definiująca daną rodzinę sekwencji homologicznych
E) sekwencja nukleotydowa kodująca białko konsensazę
F) jedna z sekwencji danej rodziny homologicznej wybrana jako wzorcowy przedstawiciel tej rodziny
43. Algorytm semihomologii genetycznej korzysta z
A) wartościowania powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej,
B) wartościowania powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia
C) trójwymiarowego diagramu wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
D) odrębnego wartościowania pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
E) wartościowania wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
F) wartościowania stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
44. Mutacje punktowe prowadzące do zmiany aminokwasu w danej pozycji białka na inny...
Strona: 5
A) są procesem markowowskim tylko w przypadku białek homologicznych
B) są procesem markowowskim
C) nie są procesem markowowskim
D) są procesem markowowskim tylko dla aminokwasów sześciokodonowych
E) są procesem markowowskim z wyjątkiem aminokwasów sześciokodonowych
F) są procesem markowowskim z wyjątkiem białek homologicznych
45. ExPASy jest
B) bazą białkowych struktur przestrzennych
C) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
F) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
46. Trójwymiarowy diagram relacji genetycznych między aminokwasami odwołuje się do
A) przemian mutacyjnych w odniesieniu do struktury trzeciorzędowej białka
B) statystycznej analizy przemian mutacyjnych kodonów kodujących różne aminokwasy
C) częstości wzajemnej substytucji aminokwasów opisywanych przez macierze PAM i BLOSUM
D) kodonów tych aminokwasów
E) podobieństwa i różnicy we własnościach fizykochemicznych aminokwasów podlegających wzajemnej substytucji w
procesie zmienności mutacyjnej
F) podobieństwa i różnicy w długości łańcucha i włąściwościach strukturalnych aminokwasów podlegających wzajemnej
substytucji w procesie zmienności mutacyjnej
47. Corm jest
B) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
F) bazą białkowych struktur przestrzennych
48. Swiss-Prot jest
A) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania
B) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
D) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
E) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji
49. TrEMBL jest
B) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
50. DBTSS jest
A) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji
C) programem dopasowującym sekwencje homologiczne
51. Analiza istotności podobieństwa sekwencji uwzględniająca trzy podstawowe kryteria oszacowania pozwala na
A) przewidywanie nieodkrytych jeszcze sekwencji, należących do danej rodziny
B) przeprowadzenie wirtualnej odwrotnej translacji
C) bezpośrednie przewidywanie struktury trzeciorzędowej
D) kompletne projektowanie molekuł o zadeklarowanej funkcji biologicznej i specyficzności działania
E) obliczenie dystansów ewolucyjnych miedzy sekwencjami i konstrukcję molekularnych drzew filogenetycznych
F) bezpośrednie wyjaśnienie mechanizmów różnicowania ewolucyjnego fragmentów nieidentycznych
52. Do aminokwasów sześciokodonowych należą
A) C, W i P
B) G, R i K
C) L, R i S
D) L, I i V
E) M i W
F) E i D
53. Dwie sekwencje składające się z x i y elementów można wzajemnie dopasować na
A) (x+y)! sposobów
B) x*y sposobów
C) x+y-1 sposobów
D) (x+y)*(x-y) sposobów
Strona: 6
E) x-y sposobów
F) x+y sposobów
54. Macierze typu BLOSUM stosują
B) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej,
C) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3.
D) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach
homologicznych
E) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0)
F) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami
55. Accelrys i Tripos to nazwy
A) serwisów darmowego oprogramowania bioinformatycznego
B) baz danych sekwencji białkowych
C) programów służących do analizy teoretycznej biomolekuł
D) strukturalnych baz danych
E) komercyjnych firm oferujących oprogramowanie do analizy strukturalnej i modelowania struktur białkowych
F) genomowych baz danych
56. Kryterium dystrybucji pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji uwzględniane jest poprzez szczegółową
analizę
A) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne
B) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne
C) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
D) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
E) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
F) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne
57. Oryginalny serwer zawierający pakiet BLAST znajduje się w centrum serwisowym:
A) EMBNet
B) NCBI
C) RCSB
D) EBI
E) GenomeNet
F) HGC (Human Genome Center)
58. W uproszczonym (planarnym) diagramie relacji genetycznych między aminokwasami
A) zakłada się, że istotne znaczenie w kodowaniu aminokwasów i procesach zmienności mutacyjnej ma tylko druga
pozycja kodonu
B) pomija się znaczenie transwersji w przemianach mutacyjnych na poziomie aminokwasów
C) zakłada się kodowanie każdego aminokwasu przez tylko jeden rodzaj kodonu
D) ignorowane są aminokwasy jednokodonowe
E) pominięte jest znaczenie trzeciej pozycji kodonu w kodowaniu aminokwasu
F) zakłada się jednołańcuchową strukturę białek
59. Prawdopodobieństwo losowego wystąpienia danego stopnia identyczności (Pan) w funkcji długości porównywanych
sekwencji (n) jest
A) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(Pan); log(n))
B) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(Pan); log(n)) tylko dla sekwencji nukleotydowych
C) liniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(Pan); n)
D) nieliniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(Pan); n)
E) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(Pan); log(n)) tylko dla sekwencji aminokwasowych
F) liniowo zależne w normalnej skali (Pan; n)
60. Zakres potencjalnie możliwej zmienności mutacyjnej danego aminokwasu
A) nigdy nie prowadzi do powstania kodonu nonsensownego
B) może być różny jedynie dla aminokwasów sześciokodonowych
C) może być różny jedynie dla aminokwasów jednokodonowych
D) podlega markowowskim regułom ujętym w macierzach stochastycznych PAM i BLOSUM
E) jest zależny od sekwencji wcześniej występującego w tej pozycji kodonu, z którego powstał kodon tego aminokwasu
F) nie jest zależny od sekwencji wcześniej występującego w tej pozycji kodonu, z którego powstał kodon tego aminokwasu
61. Programy z grupy SSSS obliczają stopień istotności podobieństwa porównywanych sekwencji w odniesieniu do
A) losowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji
B) wartości zawartych w macierzach PAM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów
C) nielosowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji
D) relacji genetycznych między pozycjami nieidentycznymi
E) wartości zawartych w macierzach BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów
F) wartości zawartych w macierzach PAM i BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów
62. HCA Plot jest
A) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone
Strona: 7
E) programem wyszukującym klastry hydrofobowe w strukturze białek
Strona: 8

(dzienne) spec. Biol. Molek

Transkrypt

Podobne dokumenty

Redukcja redundancji wyników identyfikacji poprzez

Nr wniosku: 146249, nr raportu: 2180. Kierownik (z rap.): dr inż

1. Identyfikator przedmiotu: BIOINFORMATYKA

Środa, 2010.12.07 Bioinformatyka Zadanie 1. Dla dwóch wybranych

Nr wniosku: 174060, nr raportu: 1084. Kierownik (z rap.): mgr

dr Grzegorz Koczyk, Zespół Ewolucji Funkcji Systemów

Znaczenie podobieństwa sekwencji

Nr wniosku: 149468, nr raportu: 13630. Kierownik (z rap.): dr hab