Podstawy bioinformatyki: lista 4 1. Pozyskanie

Podstawy bioinformatyki: lista 4
1. Pozyskanie sekwencji homologicznych, program BLAST
a. Znajdź w bazie nukleotydowej NCBI sekwencję o numerze EF667005.1
b. W menu po prawej stronie znajdź i naciśnij „Run BLAST”
c. Wyszukaj sekwencje, które są blisko spokrewnione („Highly similar sequences”).
Sekwencje jakich gatunków znalazłeś?
d. Spróbuj samodzielnie zinterpretować wynik działania programu BLAST. Zwróć
uwagę na wartości: score i e-value. Zastanów się w jaki sposób mogą one pomóc
Ci wybrać odpowiednie sekwencje do stworzenia drzewa filogenetycznego.
e. Zaznacz 5 sekwencji homologicznych (okienko po lewej stronie rekordu), np. po
jednej dla gatunku, wliczając sekwencję stanowiącą zapytanie. Następnie
skorzystaj z menu „Download”  FASTA (complete sequence). Sekwencje
zostaną zapisane na dysku.
2. Przyrównanie sekwencji, program BioEdit
a. Za pomocą opcji „File  Open” otwórz pozyskany plik
b. Wykonaj przyrównanie (Accessory Application -> ClustalW Multiple alignment).
Użyj domyślnych parametrów.
c. Skróć sekwencje tak, aby były równej długości (możesz wykorzystać zakładkę
Edit), pamiętaj aby uczynić sekwencje edytowalnymi (Mode: Edit)
d. Zmień nazwy sekwencji tak aby na początku, każdej z nich znajdowała się tylko
nazwa gatunkowa lecz równocześnie zadbaj o to by nie zawierała żadnych białych
znaków
e. Zapisz przyrównane sekwencje w formacie fasta („Save As…”)
theta.edu.pl
Magda Mielczarek
Podstawy bioinformatyki
3. Stworzenie drzewa filogenetycznego, program Treefinder
a. Do konstrukcji drzewa filogenetycznego wykorzystaj zakładkę „Analysis ->
Reconstruct Philogeny” oraz wybierz plik za pomocą „Choose…”. Możesz użyć
domyślnych parametrów, w tym domyślnie ustawionego modelu ewolucyjnego.
b. Zinterpretuj utworzone drzewo.
c. Zmień topologię drzewa poprzez dodanie korzenia. Do tego celu wykorzystaj
metodę punktu środkowego (Redraw -> Midroot). Zinterpretuj nowo utworzone
drzewo.
d. Zapisz oba drzewa na dysku swojego komputera.
POMOCNE LINKI:
http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html
http://www.treefinder.de/
theta.edu.pl
Magda Mielczarek
Podstawy bioinformatyki