konspekt - Marcin Filipecki

Podstawy bioinformatyki 2016/2017
Marcin Filipecki
Ćw. 4 Porównywanie sekwencji
1. Poszukiwanie podobieństwa w bazach danych.
a. Algorytm BLAST: pobierz sekwencję nukleotydową BI740219 i skopiuj ja w
formacie FASTA. Wejdź na formularz BLASTN (BLASTX) i wklej
sekwencję. Wykonaj porównanie z różnymi wersjami baz danych
nukleotydowych i białkowych. Wypróbuj różne pola w ramce format.
Wypróbuj różne tablice punktacji podobieństw.
b. Przećwicz te operacje na sekwencji BI740209, oraz na sekwencji pozyskanej z
chromatogramu 3h7 (pobierz chomatogram i otwórz w programie CHROMAS;
odciąć pierwsze 100 pz, potem odciąć od 430 pz.; skopiować w formacie
FASTA).
2. Porównywanie 2 sekwencji algorytmem BLAST (blastn, sekwencja genomowa –
AJ555154 i sekwencja cDNA - AJ555125)
3. Porównanie 2 sekwencji algorytmem globalnym Needelmana i Wunscha – program
needle z pakietu EMBOSS – sekwencjie j.w. – analiza struktury genu
(introny/eksony).
4. Porównanie wielu sekwencji.
Algorytmem BlastP (ustawienia domyślne) wyszukaj białka podobne do
CAD87535 z Arabidopsis thaliana. Wybierz z listy 7 białek i utwórz plik tekstowy
z tymi sekwencjami w formacie FASTA. Uruchom program Clustal Omega ze
strony EBI (zakładka services, można szukać po posortowaniu alfabetycznym) i
wklej otrzymane wcześniej sekwencje do formularza. Obejrzyj wynik i wyciągnij
wnioski. Można wyświetlić wynik w kolorze z zaznaczonym charakterem
fizykochemicznym aminokwasów
5. Sprawdź czy w jednym ze znalezionych białek jest na N końcu peptyd sygnalny przy
pomocy narzędzia SignalP z Center for Biological Sequence Analysis – CBS.