bioperl - theta.edu.pl

BIOPERL
BIOPERL
1. Biblioteka modułów dla języka PERL
2. ~ 500 modułów
3. Analizy biologiczne
4. Programowanie obiektowe
5. Rozwijany od 1995 r.
6. Darmowy (licencja open source)
7. www.bioperl.org
Copyright ©2011, Joanna Szyda
ZASTOSOWANIE
Sekwencje DNA, RNA, aminokwasów
1. Wczytywanie sekwencji w standardowych formatach:
•
fasta
•
gene bank
•
EMBL
•
Swiss Prot
2. Manipulowanie sekwencjami
•
translacja DNA-białko
•
wyszukiwanie elementów sekwencji
•
zmiana formatów zapisu danych
3. Analiza
•
przyrównywanie sekwencji
Copyright ©2011, Joanna Szyda
ZASTOSOWANIE
Markery
•
Manipulowanie danymi genotypowymi w analizie
sprzężeń i analizie asocjacyjnej
Mikromacierze
•
Manipulowanie danymi pochodzącymi z mikromacierzy
Copyright ©2011, Joanna Szyda
LITERATURA
www.bioperl.org
instalacja
dokumentacja
dokumentacja
Copyright ©2011, Joanna Szyda
LITERATURA
www.bioperl.org
Copyright ©2011, Joanna Szyda
MODUŁY
1. Bio::SeqIO - wczytywanie / wypisywanie sekwencji
2. Bio::SearchIO - przeszukiwanie sekwencji
3. Bio::AlignIO - przyrównywanie sekwencji
Copyright ©2011, Joanna Szyda
WYKORZYSTANIE BIBLIOTEKI BIOPERL
1. Instalacja pakietu bioperl (CPAN)
2. Zdefiniowanie lokalizacji biblioteki (.profile)
3. Odwołanie do modułu bioperl w programie
#!/usr/bin/perl
# programmer: Anna Kowalska
# last modification: 01.12.2011
# uses bioperl module
use lib "/usr/bin/bioperl/BioPerl-1.6.1/";
use Bio::Perl ;
Copyright ©2011, Joanna Szyda