Laboratorium Wojewódzkiej Stacji Sanitarno

Czym jest PCR?
PCR (łańcuchowa reakcja amplifikacji) jest jednym z podstawowych narzędzi biologii molekularnej; umożliwia
uzyskanie w krótkim czasie ogromnej liczby kopii wybranego fragmentu DNA z jego początkowo niewielkiej ilości (tzw.
amplifikacja DNA).
Na czym polega mikrobiologiczne badanie próbek żywności w oparciu o PCR?
Próbka żywności, po jej wstępnym namnożeniu, poddawana jest procedurze ekstrakcji kwasów nukleinowych, a
następnie reakcji amplifikacji DNA. Do amplifikacji wybierany jest taki fragment DNA, który występuje wyłącznie w
genomie bakterii stanowiących przedmiot badania. Wykrycie zamplifikowanego DNA (produkt reakcji) świadczy o obecności
drobnoustrojów w próbce (np. pałeczek Salmonella); brak produktu PCR wskazuje na brak kontaminacji próbki.
Jakie korzyści oferuje wybór metody PCR?
Główną zaletą badania PCR jest znaczne skrócenie czasu potrzebnego do uzyskania wyniku. W przypadku metod
klasycznych badanie zwykle obejmuje wstępne namnożenie próbki (24-48h), przesiew próbki na podłoże wybiórcze (24-48h)
oraz kolejny przesiew na podłoża wybiórczo-różnicujące (24-48h). Tak więc wynik badania klasycznego można otrzymać nie
wcześniej niż po 2-3 dniach. Dotyczy to jednak tylko próbek ujemnych. W przypadku uzyskania podejrzanych kolonii badanie
musi być kontynuowane - kolejnym etapem jest identyfikacja biochemiczna i / lub serologiczna wyizolowanych szczepów,
trwająca 48 godzin lub dłużej.
Wstępne namnożenie to etap konieczny również w badaniu PCR. Po nim następuje ekstrakcja kwasów nukleinowych (4590min.) oraz PCR (ok. 90 min.). Tak więc wynik badania uzyskuje się zwykle już następnego dnia od dostarczenia próbek (w
przypadku Campylobacter o 24h później, ze względu na dłuższy czas wstępnego namnażania). Niezależnie czy jest to wynik
dodatni, czy ujemny czas badania nie zmienia się - pozostaje tak samo krótki.
Większa swoistość i selektywność stanowi kolejną, niezwykle istotną przewagę PCR. Metodyka klasyczna często bywa
zawodna w przypadku szczepów atypowych biochemicznie, takich jak np. laktozododatnie pałeczki Salmonella, czy
sorbitolododatnie E. coli O157. W przypadku PCR nie ma zagrożenia, że takie szczepy zostaną pominięte. Z drugiej strony nie
ma też ryzyka uzyskania fałszywie dodatnich wyników, będących skutkiem błędów w identyfikacji.
Jaka jest przewaga techniki Real Time PCR w stosunku do standardowej reakcji?
Aby wykryć DNA zamplifikowany w trakcie standardowej PCR konieczne jest zastosowanie dodatkowych technik,
które wydłużają czas trwania badania. W przypadku wykrycia produktu reakcji stosowane są także metody, które mają
wykazać, że amplifikowany fragment DNA jest fragmentem swoistym, fragmentem, który miał ulec amplifikacji. Real Time
PCR umożliwia wgląd w przebieg reakcji w trakcie jej trwania. Dzięki temu natychmiast po zakończeniu reakcji wiadomo, czy
doszło do amplifikacji DNA, czy też nie. Ponadto, stosowana w naszym Laboratorium odmiana Real Time PCR gwarantuje
detekcję wyłącznie swoistych fragmentów DNA – inne, niespecyficzne fragmenty DNA nie zostaną wykryte, nawet jeśli
doszłoby do ich amplifikacji.
Real Time PCR charakteryzuje także niższa granica wykrywalności, parametr szczególnie istotny. Oznacza to, że o ile w
przypadku standardowej PCR mogłoby nie dojść do wykrycia kontaminacji próbki żywności śladową ilością drobnoustrojów,
o tyle w Real Time PCR takie ryzyko jest wyjątkowo niskie.
Real Time PCR to oszczędność czasu i wiarygodność wyników
– zapraszamy do skorzystania z naszej oferty!