Zamówienia publiczne PIWet - Państwowy Instytut Weterynaryjny

PAŃSTWOWY INSTYTUT WETERYNARYJNY
- PAŃSTWOWY INSTYTUT BADAWCZY
DYREKTOR
dr hab. Krzysztof Niemczuk
profesor nadzwyczajny
Uczestnicy postępowania na usługę syntezy oligonukleotydów oraz
sekwencjonowania DNA i produktów PCR, znak sprawy DZ-2501/232/14
Wasze pismo z dnia:
Znak:
Nasz znak: DZ-2501/223/14/1
Data: 18.07.2014
WYJAŚNIENIA NR 1 DO SIWZ
Państwowy Instytut Weterynaryjny – Państwowy Instytut Badawczy w Puławach informuje ,
iŜ wpłynęły zapytania ze strony wykonawców w postępowaniu o udzielenie zamówienia
publicznego na usługę syntezy oligonukleotydów oraz sekwencjonowania DNA i produktów
PCR. PoniŜej podano treść zapytań oraz udzielonych odpowiedzi :
Pytanie nr 1 : Czy Zamawiający wyrazi zgodę na składanie ofert częściowych? Wniosek w
tej sprawie motywujemy faktem, Ŝe sekwencjonowanie i synteza oligonukleotydów to zupełnie
róŜne usługi. Na rynku działa wiele firm wyspecjalizowanych albo w sekwencjonowaniu albo
w syntezie oligonukleotydów i brak moŜliwość składania ofert częściowych uniemoŜliwi im
wzięcie udziału w przetargu. Konsekwencją czego mogą być zaproponowane wyŜsze ceny
przez firmy oferujące obie usługi, których ceny mogą jednak nie być konkurencyjne w
porównaniu z cenami oferowanymi przez firmy wysoce wyspecjalizowane w jednej usłudze sekwencjonowaniu lub syntezie oligonukleotydów. Odpowiedź: zamawiający nie wyraŜa
zgody.
Pytanie nr 2: Czy Zamawiający wyrazi zgodę na wydłuŜenie terminu przekazania
produktów syntezy wraz z opisem wskazanym w Załączniku 1:
•
z max 3 dni roboczych do max 5 dni roboczych w przypadku oligonukleotydów
niemodyfikowanych oczyszczanych standardowo,
•
z max 6 dni roboczych do max 8 dni roboczych w przypadku oligonukleotydów
niemodyfikowanych oczyszczanych przez HPLC, z max 8 dni roboczych do 10 dni
Al. Partyzantów 57
24-100 Puławy
http://www.piwet.pulawy.pl
tel. +48 81 889 32 65
faks +48 81 887 71 00
[email protected]
OIE Reference Laboratory for
Classical swine fever,
Enzootic bovine leucosis,
Porcine reproductive and respiratory syndrome
Strona 1/3
roboczych w przypadku oligonukleotydów modyfikowanych (sond).
Odpowiedź: zamawiający nie wyraŜa zgody.
Pytanie nr 3: Prosimy Zamawiającego o wskazanie oczekiwanego typu oligonukleotydów
- DNA czy RNA, w Załączniku 2 w pkt. 2 Synteza oligonukleotydów we wszytkich wierszach
tabeli (Lp.: 1, 2, 3, 4, 5, 6). Odpowiedź: chodzi o DNA.
Pytanie nr 4: Prosimy Zamawiającego o wskazanie oczekiwanego typu oligonukleotydów
- DNA czy RNA, w Załączniku 2 w pkt. 3 Synteza oligonukleotydów modyfikowanych
(sondy) w następujących wierszach tabeli - Lp.: 1, 2, 3. Odpowiedź: chodzi o DNA.
Pytanie nr 5: Czy Zamawiający moŜe wyjaśnić jak naleŜy interpretować "ilość" w tabeli
dotyczącej Syntezy oligonukleotydów (pkt. 2 w Załączniku 2)? Czy ilość oznacza liczbę
zamówionych oligonukleotydów o długości od 10 do 80 czy łączną ilość nukleotydów?
Odpowiedź: chodzi o łączną ilość nukleotydów.
Pytanie nr 6 Czy Zamawiający wyrazi zgodę na zamianę niektórych znaczników na inne o
zbliŜonych parametrach (pkt. 3 w Załączniku 2):
•
TAMRA (Abs max: 557 nm; Em max: 583 nm) na CAL Fluor Red 590 (Abs max: 569
nm; Em max: 591 nm)
•
Texas Red (Abs max: 597 nm; Em max: 616 nm) na CAL Fluor Red 610 (Abs max:
590 nm; Em max: 610 nm),
•
Joe (Abs max: 529 nm; Em max: 555 nm) na CAL Fluor Gold 540 (Abs max: 522, Em
max: 544 nm),
•
IRD 700 (Abs max: 685 nm; Em max: 705 nm) na Quasar 705 (Abs max: 690 nm; Em
max: 705).
Odpowiedź: zamawiający nie wyraŜa zgody.
Pytanie nr 5: Co oznacza sformułowanie "oczyszczanie reakcji PCR"?
Czy chodzi o oczyszczanie matryc przed sekwencjonowaniem - jeśli tak, czy podana ilość
dotyczy ilości matryc czy ilości reakcji? Czy chodzi raczej o oczyszczanie gotowej reakcji
sekwencjonowania po sekwencjonowaniu? Odpowiedź TAK-OCZYSZCZANIE MATRYC,
PODANA ILOŚĆ DOTYCZY ILOŚCI MATRYC.
Pytanie nr 6: Czy ilość podana w tabeli Synteza oligonukleotydów dotyczy sumarycznej ilości
nukleotydów w czasie trwania umowy czy ilości oligonukleotydów o podanym zakresie
długości? Odpowiedź: sumarycznej ilości nukleotydów
Pytanie nr 7: Z załącznika nr 2 do siwz wynika, ze usługa obejmuje przygotowanie 3 bibilotek
do sekwencjonowania genomowego i następnie sekwencjonowanie 4 prób. Czy z jednej z prob
Zamawiajacy wykonuje bibliotekę i dostarcza oferentowi do sekwencjonowania? Jak duŜe są
genomy z których będą wykonywane i sekwencjonowane biblioteki? Z jakiego organizmu
pochodzi materiał? Jak duŜe pokrycie (coverage) jest oczekiwane przez Zamawiającego ? W
ciągu ilu dni roboczych od dostarczenia materiału oferent jest zobowiązany wydać wyniki
sekwencjonowania genomowego? Czy usługa sekwencjonowania genomowego ma równieŜ
obejmować analizę bioinformatyczną wyników czy wyłącznie dostarczenie plików fastq? Z
jaką częstotliwością Zamawiajacy planuje wysłać materiał do badania? Odpowiedź: Usługa
obejmuje przygotowanie 4 bibliotek i sekwencjonowanie 4 prób, genomy od 5 000 pz do
30 000 pz , materiał – wirusy RNA, pokrycie powyŜej 50, do 1,5 m-ca (45 dni roboczych) od
dostarczenia materiału oferent jest zobowiązany wydać wyniki sekwencjonowania
Strona 2/3
genomowego, usługa sekwencjonowania genomoewgo – złoŜenie kotingu, częstotliwość
wysyłania materiału do badań – wg potrzeb.
Pytanie nr 8 Dotyczy tabeli nr 1 – Sekwencjonowanie, poz. 5:
Poprosimy o podanie:
- typu materiału, z którego ma zostać przygotowana biblioteka (DNA, RNA) - Odpowiedź:
zarówno RNA, jak i DNA.
- typu biblioteki (pair end, mate pair, strand-specific RNA, itd), - Odpowiedź: RNA.
- organizmu, z którego pochodzą próbki - Odpowiedź: - wirusy (namnoŜone na zarodkach SPF,
hodowlachkomórkowych).
Pytanie nr 9 Dotyczy tabeli nr 1 – Sekwencjonowanie, poz. 6:
Prosimy o podanie:
- wymaganej technologii sekwencjonowania (Illumina, 454, PacBio czy Ion Torrent/Proton?) Odpowiedź: ILUMINA i Ion Torrent
- ilości oczekiwanych danych wynikowych (liczba odczytów, długość odczytów lub
sumaryczna ilość zasad wynikowych) Odpowiedź: 600 mln zasad.
Pytanie nr 10/ Dotyczy tabeli nr 2 – Synteza oligonukletydów, poz. 2 i 4:
W związku z tym, iŜ maksymalna długość oligonukleotydów w skali 0,02 µmol to 33
nukleotydy, prosimy o uwzględnienie w formularzu cenowym oligonukleotydów o
długości do 33 nt a nie 80 nt. – Odpowiedź: zamawiający wyraŜa zgodę.
Jednocześnie informujemy, iŜ do opisu przedmiotu zamówienia , tj.
Sekwencjonowaniu DNA/produktów PCR
wprowadza się następujący zapis: 1 powtórzenie sekwencjonowania próbki gratis w
przypadku gdy za pierwszym razem nie otrzymano wyniku
UWAGA!
Zmianie ulega termin składania i otwarcia ofert, poniŜej podajemy obowiązujące
terminy:
28.07.0214, składanie ofert do godz. 12:30
28.07.2014, otwarcie ofert o godz. 13:00.
Strona 3/3
przy