Pobierz plik

ZAKŁAD GENETYKI – TEMATYKA BADAWCZA
Pracownia Badań Wielkoskalowych znajduje sie na IV piętrze w budynku Diagnostyczno–Badawczym COI.
Wyposażona jest w następujący sprzęt do biologii molekularnej: 4 aparaty PCR 96 dołkowe (Life Technologies),
aparat real-time PCR ABI 7900HT z blokiem TLDA, 96 i 384-dołkowym oraz ramieniem Twister do automatycznej
zmiany płytek reakcyjnych (Zymark), system do molekularnego obrazowania i archiwizacji FX Pro Plus
PhosphorImager oraz Chemidoc (Biorad). W pracowni zainstalowane są dwa aparaty do sekwencjonowania nowej
generacji (SNG) - Ion Proton oraz PGM Ion Torrent (Life Technologies) oraz niezbędnych peryferiów (procesor
ultradźwiękowy - NGS Bioruptor, Agilent bioanalyzer 2100, Qubit, Ion One Touch 2) do przygotowywania i oceny
jakości bibliotek SNG. Pracownia dysponuje odpowiednim zapleczem obliczeniowym w postaci 24 rdzeniowego
serwera z pojemną przestrzenią dyskową (~30TB) na analizy i archiwizacji danych wielkoskalowych. Posiadamy
udokumentowane doświadczenie w posługiwaniu się proteomicznymi - spektrometria mas – i genomicznymi
metodami wielkoskalowymi - macierze do metylacji DNA, ekspresyjne i SNP. Opracowaliśmy platformę
eksperymentalną Matrix-ChIP umożliwiającą wykonywanie 96 reakcji immunoprecypitacji chromatyny (ChIP) do
badań epigenetycznych - badanie procesu transkrypcji, rozmieszczenia histonów i ich modyfikacji, wiązania
czynników transkrypcyjnych. Mamy doświadczenie w badaniu zmian metylacji DNA metodą MedIP i MSP.
Pracownia Hodowli Zwierząt Laboratoryjnych posiada wieloletnie doświadczenie w hodowli różnych modeli
zwierzęcych, jak również opracowywaniu metod pozwalających na prowadzenie, zarówno bieżącej jak
i okresowej kontroli genetycznej gryzoni laboratoryjnych, zapewniając utrzymanie odpowiedniej jakości
genetycznej zwierząt. Hodowle prowadzone są w standardzie SPF z okresową kontrolą mikrobiologiczną zwierząt
wg standardów FELASA. Obecnie przygotowujemy pracownię na potrzeby hodowli i użytkowania zwierząt
z defektami immunologicznymi. Pracownia Hodowli Zwierząt Laboratoryjnych zajmuje 2 piętra - X i XI w budynku
Diagnostyczno–Badawczym COI. Na piętrze XI (o powierzchni około 700 m2) mieści się zwierzętarnia, w której
znajduje się 12 wydzielonych pokoi hodowlanych. W pokojach zainstalowana jest wentylacja nawiewna. Wejście
personelu odbywa się przez śluzy. Pasza i woda, a także klatki dla zwierząt są autoklawowane w autoklawach
przelotowych. W tej części znajduje się też sala zabiegowa. Dodatkowe wyposażenie części hodowlanej stanowią
pomieszczenia magazynowe oraz zmywalnia, zaopatrzone w myjkę do klatek i butelek. Na piętrze X
zlokalizowana jest zwierzętarnia eksperymentalna, w standardzie higienicznym konwencjonalnym, zamkniętym.
Składa się ona z 6 pokoi hodowlanych i 2 sal zabiegowych oraz laboratoriów genetyki, histologii i mikrobiologii.
Poradnia Genetyczna COI, powstała w 2003 roku, udziela porad i specjalistycznej pomocy osobom z rodzin
wysokiego i umiarkowanego ryzyka zachorowania na raka piersi i/lub jajnika, raka jelita grubego i trzonu macicy.
Badania molekularne u pacjentów Poradni Genetycznej wykonywane są w Pracowni Badań Predyspozycji
Genetycznych. Obejmują one poszukiwanie mutacji germinalnych w genach: BRCA1/2, APC, MMR (MSH2, MLH1
i MSH6), TP53, CHEK2, CDKN2A i PALB2. Pracownia Badań Predyspozycji Genetycznych posiada 4 termocyklery
Applied Biosystems (2- 9700, 1-2700 i 1-2720), aparat dHPLC, automatyczną stację pipetującą EpMotion 5075,
2 aparaty do techniki SSCP.