kte gelscan - Kucharczyk

KTE GELSCAN
Program do analizy obrazów żeli i membran
Instrukcja Obsługi
Numer katalogowy: 190-101
Aby uzyskać pomoc techniczną 22 668 71 47
Spis treści
1. Informacje ogólne
1.1
Wprowadzenie
2. Użytkowanie Programu KTE GelScan
2.1 Instalacja Programu KTE GelScan Demo
2.2 Opis Programu KTE GelScan
2.3 Obsługa Programu KTE GelScan
2.3.1 Okno Obrazu
2.3.1.1 Wczytywanie obrazu
2.3.1.2 Korekcja kontrastu
2.3.1.3 Kadrowanie obrazu
2.3.1.4 Powiększanie obrazu
2.3.1.5 Obracanie obrazu
2.3.1.6 Korekta zakrzywień ścieżek
2.3.1.7 Zaznaczanie linii tła
2.3.2 Okno Wykresu
2.3.2.1 Opisywanie prążków w Oknie Wykresu
2.3.2.2 Przesuwanie brzegów prążka w Oknie Wykresu
2.3.2.3 Lista ścieżek
2.3.2.4 Korekta tła
2.3.2.5 Opis osi X
2.3.2.6 Forma prezentacji
2.3.2.7 Detekcja prążków
2.3.2.8 Rozkład OD po ścieżce
2.3.2.9 Renumeracja prążków
2.3.2.10 Dodawanie prążka
2.3.2.11 Parametry
2.3.2.12 Kalibracja ilości materiału w prążku BM
2.3.2.13 Wskaźnik
2.3.2.14 Aktualizacja
2.3.2.15 Zapisywanie danych wykresu
2.3.2.16 Kopiowanie obrazu wykresu
2.3.2.17 Kopiowanie danych wykresu
2.3.3 Okno Rezultatów
2.3.3.1 Wybór obliczanych parametrów
2.3.3.2 Wydruki
2.3.3.3 Eksport danych do innych programów
2.3.3.4 Lista ścieżek
2.3.3.5 Kopiuj zaznaczone dane
2.3.3.6 Preferencje
2.3.3.7 Katalog danych
2.3.3.8 Położenie ścieżek
2.3.3.9 BM metoda obliczeń
2.3.4 Okno Pokaż
2.3.4.1 Listwa narzędziowa
2.3.4.2 Listwa statusu
3
3
4
4
4
5
5
5
5
6
6
7
8
9
9
10
10
10
10
11
11
11
11
11
11
12
12
12
13
13
13
13
14
14
14
14
14
14
14
14
15
15
15
3. Akcesoria i wyposażenie dodatkowe
17
4. Wsparcie techniczne
17
1. Informacje ogólne
1.1 Wprowadzenie
Serdecznie dziękujemy za zakup Programu KTE GelScan do analizy obrazu żeli.
Program został zaprojektowany przez praktyków laboratoryjnych, którzy rutynowo stosują
w swojej pracy elektroforetyczne metody analizy białek i kwasów nukleinowych.
Zalety Programu KTE GelScan:
- korekta drogi migracji prążków („zakrzywionych prążków”) bez przekształcania obrazu
żeli
- możliwość wymiany danych z dowolnym programem działającym w środowisku Windows
- możliwość sporządzania wydruków obrazów żeli na każdej zainstalowanej drukarce
- prosta i intuicyjna obsługa
- polska wersja językowa
- wygodny i dyspozycyjny serwis
- ciągły rozwój Programu we współpracy z Użytkownikami
Mamy nadzieję, że Program KTE GelScan spełni wszystkie Państwa oczekiwania.
Jednocześnie chcielibyśmy Państwa prosić o przesłanie na adres firmy sugestii
dotyczących poszerzenia zakresu funkcji, które nasz program mógłby realizować oraz
wszelkich uwag dotyczących jego działania. Z przyjemnością postaramy się wprowadzić
najlepsze zaproponowane rozwiązania do kolejnych wersji programu.
Łączymy serdeczne pozdrowienia i życzymy owocnej pracy z Programem KTE GelScan.
2. Użytkowanie Programu KTE GelScan
2.1 Instalacja Programu KTE GelScan Demo
1. Włożyć płytę do napędu CD-ROM.
2. Wybrać napęd CD-ROM: START > Mój komputer > napęd dysków CDROM.
3. Utworzyć katalog w miejscu docelowym o nazwie: ”GELSCAN„.
4. Uruchomić z dysku CD instalację programu klikając dwukrotnie na ikonę o nazwie
GSinst.exe. Program KTE GelScan zainstaluje się w katalogu GelScan.
5. Uruchomić program klikając dwukrotnie na ikonę GS.exe.
6. Utworzyć skrót do pliku GS.exe i umieścić go na Pulpicie.
2.2 Opis Programu KTE GelScan
Program KTE GelScan tworzą trzy główne okna:
1. Okno Obrazu umożliwiające edycję i kadrowanie obrazu oraz wyznaczanie ścieżek i
linii do oznaczania tła.
2. Okno Wykresu umożliwiające detekcję ścieżek, prążków, ustalenie sposobu korekty tła
oraz kalibrację krzywych wzorcowych.
3. Okno Rezultatów, w którym wyświetlana jest Tabela zawierająca wyniki pomiarów i
dane wybrane przez użytkownika.
Poł.
[%]
28.70
MW
kDa
118.93
O.D.
max
13612
Poł.
[%]
30.47
4
MW
kDa
114.78
O.D.
max
19334
67.46
76.33
96.45
54.80
45.89
30.69
3502
15652
6010
69.23
78.40
95.86
52.89
44.02
31.05
61075
87183
10110
UWAGA!
Opcje dostępne w Menu oraz przyciski na listwie narzędziowej dotyczą wszystkich
okien. Przyciski aktywne na listwie narzędziowej dotyczą tylko wybranego okna (z
podświetlonym tytułem).
2.3 Obsługa Programu KTE GelScan
2.3.1 Okno Obrazu
2.3.1.1 Wczytywanie obrazu
Pracę rozpoczynamy od wczytania nowego obrazu. Obraz wczytujemy w następujący
sposób:
1. Używając opcji Plik-Otwórz dla obrazów zapisanych na dysku.
Program przyjmuje 3 rodzaje plików: BMP256 (bit mapa z paletą 256 odcieni szarości),
TIFF 256 (plik tiff z paletą 256 odcieni szarości), GSC (format programu KTE GelScan
zawierający nie tylko obraz ale także dane obliczeniowe).
UWAGA!
Program KTE GelScan akceptuje tylko pliki oryginalnie zapisane w formacie BMP
lub TIFF. Pliki konwertowane w programach graficznych do w/w formatów z innych
formatów powodują błędy przy wczytywaniu do Programu KTE GelScan i
uniemożliwiają pracę z Programem.
2. Wprowadzające dane przez Clipboard.
W dowolnym programie zaznaczamy fragment obrazu i naciskając CTRL-C
zapamiętujemy go. Korzystając z opcji New w programie KTE GelScan otwieramy pusty
obraz i wklejamy do niego skopiowany fragment naciskając CTRL-V. Przy przenoszeniu
przez Clipboard program akceptuje obrazy w palecie 256 odcieni szarości.
3. Bezpośrednie wczytanie obrazy z kamery za pomocą opcji Plik-Pobierz z kamery.
Opcja ta jest dostępna gdy komputer posiada kartę graficzną i podłączoną do niej kamerę.
2.3.1.2 Korekcja kontrastu
Jeżeli obraz jest słabo czytelny lub ma zbyt duży kontrast opcja Obraz-Kontrast pozwala
na wykonanie odpowiedniej korekcji.
UWAGA!
Obraz ze skorygowanym w stosunku do oryginału zabarwieniem, nie pozawala na
realizację obliczeń bazujących na stopniu zaczernienia tła, tzn. ilościowego
porównywania i obliczania zawartości próbki w wybranym prążku (BM – Band
Mass).
Kontrast
Umożliwia korekcję obrazu celem uzyskania jak najlepszej czytelności prążków. Osobne
przyciski umożliwiają zmianę jasności obrazu podzielnie w zakresie cieni, półtonów i
świateł. Otrzymana krzywa przekształcenia jest prezentowana na wykresie nałożonym na
5
histogram jasności obrazu. Przycisk Podgląd umożliwia obserwację efektów
przekształcenia bez modyfikowania obrazu.
Filtr
Pozwala na skorygowanie jakości obrazów wykazujących dużą "ziarnistość". Wykres
przenikalności optycznej uzyskiwany dla takich obrazów jest bardzo mocno pofałdowany
("poszarpany"), co uniemożliwia uzyskanie poprawnej detekcji prążków. Sytuacja taka ma
miejsce w przypadku obrazów uzyskanych przez skanowanie z wysoką rozdzielczością
zmniejszaną następnie programowo.
Omawiana funkcja wyrównuje skokowe zmiany jasności pomiędzy poszczególnymi
punktami obrazu. Każdy z pixeli obrazu zostaje zastąpiony średnią arytmetyczną
obliczoną z pixeli sąsiednich. Rozmiar kwadratu stanowi parametr funkcji i nazywana jest
szerokością filtru. Program pozwala na wykorzystanie filtrów o szerokościach 3, 5 i 7.
Odpowiada to kwadratom o powierzchni odpowiedni 9, 25 i 49 pixeli. Wykresy uzyskane z
filtrowanych obrazów charakteryzują się "łagodnym" przebiegiem i łatwo poddają się
detekcji prążków. Z drugiej strony zbyt silna filtracja powoduje utratę szczegółów obrazu.
2.3.1.3 Kadrowanie obrazu
W celu “wycięcia” fragmentu obrazu należy użyć opcji Obraz-Zaznacz lub przycisku z
listwy narzędziowej. Po jego naciśnięciu pojawia się na obrazie ramka, przy pomocy której
zaznaczamy interesujący nas obszar. Przyciskiem Ctrl-C zapamiętujemy wybrany
fragment, a następnie tworzymy przy jego pomocy nowy obraz (patrz wczytywanie przez
Clipboard).
Obraz – Zaznacz
Uruchamia znacznik w formie prostokątnej ramki (tzw. marker) przy pomocy której można
wykadrować fragment obrazu. Punkty umieszczone w rogach ramki pozwalają na zmianę
wymiarów markera w 2 kierunkach, a punkty umieszczone w środku boków w jednym prostopadłym do wskazanego boku.
Obraz - Kopiuj
Kopiuje zaznaczony fragment obrazu do schowka Windows. Zawartość schowka można
następnie wkleić np. w dowolnym edytorze tekstowym. Naciśnięcie przycisku Wklej
spowoduje zastąpienie bieżącego obrazu przez zaznaczony fragment.
Obraz - Wklej
Wkleja zwartość schowka do aktywnego okna obrazu. Możliwe jest w ten sposób:
- wykadrowanie już otwartego obrazu
- otwarcie nowego obrazu poprzez uruchomienie opcji Obraz-Nowy a następnie Wklej
Zawartość schowka może być pobrana z dowolnego programu tworzącego mapy bitowe
w przyjmowanym przez GelScan formacie.
2.3.1.4 Powiększanie obrazu
Po wybraniu przycisku oznaczonego lupą możliwe jest powiększanie (prawy przycisk
myszki) lub pomniejszanie (lewy przycisk myszki) obrazu. Dotyczy to zarówno okna typu
OBRAZ jak i okna typu WYKRES. Przy powiększaniu program ustawia punkt wskazany
lupą w centrum obrazu.
Obraz - Powiększ
Zwiększa współczynnik powiększenia obrazu o 25 %. Bieżące powiększenie wyświetlane
jest w pierwszym polu listwy statusowej M=. Dopuszczalny zakres powiększeń to 25 1000 %.
6
Obraz - Zmniejsz
Zmniejsza współczynnik powiększenia obrazu o 25 %. Bieżące powiększenie wyświetlane
jest w pierwszym polu listwy statusowej M=. Dopuszczalny zakres powiększeń to 25 1000 %.
Obraz - Zoom
Uruchamia tryb regulacji powiększenia. Jest on sygnalizowany zmianą kursora myszki na
lupkę. Naciśnięcie lewego klawisza myszki - powiększa, a prawego zmniejsza obraz o 25
%. Bieżące powiększenie wyświetlane jest w pierwszym polu listwy statusowej M=.
Dopuszczalny zakres powiększeń to 25 - 1000 %. Przy powiększaniu obrazu, punkt
wskazany myszką w chwili naciskania lewego klawisza, jest w miarę możliwości
umieszczany centralnie na powiększonym obrazie.
Przy zmniejszaniu obrazu rozmiary okna dostosowywane są do rozmiarów obrazu
(nadmiary są usuwane). Przy powiększaniu obrazu okno nie jest powiększane - pojawiają
się jedynie listwy przesuwania obrazu.
Najlepszym sposobem dopasowania rozmiarów okna do obrazu jest:
- ustawienie wymaganego powiększenia kilkakrotnym naciśnięciem lewego klawisza
myszki
- rozciągnięcie ramek okna tak aby obraz był widoczny w całości
- zwiększenie a następnie zmniejszenie powiększenia poprzez naciśniecie kolejno
lewego i prawego klawisza myszki.
2.3.1.5 Obracanie obrazu
Program pozwala na analizę ścieżek zarówno poziomych jak i pionowych. (Patrz opcja
Konfiguracja - Preferencje). Jeżeli zachodzi konieczność obrócenia obrazu można to
zrobić poprzez Obraz-Obróć lub przyciskiem
. Każde jego naciśnięcie obraca obraz o
90 stopni w prawo.
Zaznaczanie ścieżek
Naciśnięcie przycisku lub użycie opcji Obraz->Edycja Ścieżek uaktywnia narzędzia edycji
ścieżek.
Przy zaznaczaniu ścieżek należy zwrócić uwagę aby:
- początek zaznaczonych ścieżek pokrywał się z początkiem drogi rozdziału próbek
- szerokość ramki była możliwie zbliżona do rzeczywistej szerokości ścieżki
- ramki kolejnych ścieżek nie zachodziły na siebie
- pomiędzy poszczególnymi ramkami były odstępy na linie tła (jeśli jest to możliwe)
Dwukrotne kliknięcie myszką (lewy przycisk) w ramkę ścieżki pozwala na zmianę jej
numeru lub wprowadzenie opisu (okno Właściwości).
UWAGA!
Ścieżki tworzone są w położeniu określonym wg ustawień zawartych w
Preferencjach (pionowo lub poziomo). Rozciąganie ścieżek tak aby odwrócić
początkowe proporcje spowoduje błąd programu. Jeżeli ustawienie jest
nieodpowiednie należy przerwać pracę, zamknąć plik z edytowanym obrazem,
zmienić ustawienia korzystając z opcji Preferencje a następnie ponownie otworzyć
plik z obrazem.
Nowa
Zaznaczenie nowej ścieżki. Jeżeli jest to ścieżka pierwsza na danym obrazie wówczas jej
wymiary określa program. Ścieżki kolejne mają zawsze te same wymiary co poprzednia.
Także dostęp i położenie wzorowane są na ścieżkach poprzednich. Dlatego przy
tworzeniu ścieżek warto dokładnie dopasować położenie i odstęp pierwszych dwóch
ścieżek, by następne ścieżki dodawane automatycznie miały poprawne ustawienia.
Początek i koniec dla wszystkich ścieżek ustawiany jest identycznie - tzn. ścieżki są
automatycznie wyrównywane. Ścieżki są numerowane kolejno. W celu zmiany numeru
7
ścieżki należy wywołać okno Właściwości ścieżki (podwójne kliknięcie w obszar ścieżki
lub przycisk w dialogu Edycji ścieżek).
Właściwości
Otwiera dialog opisu ścieżki. Umożliwia on wprowadzenie krótkiego opisu ścieżki oraz
zmianę jej numeru. Nad obszarem wprowadzania opisu podawane są wymiary ścieżki (
współrzędne w pikselach). Po wprowadzeniu opisu należy nacisnąć przycisk Zmień a
następnie OK celem zamknięcia okna. Przycisk Usuń kasuje ścieżkę. Dialog Właściwości
jest również dostępny po podwójnym kliknięciu myszką w obszar ścieżki.
- Usuń - usuwanie ścieżki
- Wyczyść - kasowanie wszystkich ścieżek
- OK - zamyka dialog edycji ścieżek
- Renum. - renumeracja ścieżek np. po usunięciu zbędnych
- Oś - umożliwia zmianę kształtu ścieżki. Oś ścieżki jest łamaną o sześciu węzłach, które
mogą być przemieszczane. Umożliwia to dopasowanie kształtu ścieżki do
zniekształconych żeli.
- pozycjonowanie ścieżek - po wejściu w tryb edycji ścieżek (wyświetlony jest dialog edycji
ścieżek) możliwe jest pozycjonowanie ścieżek (zmiana wymiarów i położenia) przy
pomocy markera. Marker to charakterystyczna prążkowana ramka pojawiająca się na
ekranie. Kliknięciem w obszar wybranej ścieżki ustawiamy marker. Następnie pociągając
myszką za wyróżnione punkty na ramce markera ustawiamy żądany wymiar i położenie
ścieżki. Należy pamiętać o tym, iż zmiany początku i końca ścieżki przenoszone są
automatycznie na wszystkie pozostałe ścieżki i linie tła (o ile istnieją).
Przy włączonym trybie "Oś" możliwa jest zmiana kształtu ścieżki. Oś ścieżki stanowi
łamana o sześciu węzłach, których położenie może być zmieniane. Umożliwia to
dopasowanie ścieżek do zniekształconych żeli.
Uwaga!
Zmiana położenia ścieżek unieważnia (kasuje) wszystkie oznaczone położenia
prążków.
Przy wyznaczaniu położenia ścieżek należy pamiętać że:
- wyznaczenie ścieżki szerszej niż jej rzeczywisty przebieg zimniejsza ostrość funkcji
gęstości optycznej ("rozmyte ekstrema")
- wyznaczenie ścieżki węższej niż jej rzeczywisty przebieg powoduje gorsze uśrednianie
położenia prążków, a ponadto może spowodować ze wyznaczone automatycznie linie tła
będą przebiegały przez obszar ścieżki.
- szerokość wyznaczonej ścieżki istotnie wpływa na obliczaną masę prążka (BM)
2.3.1.6 Korekta zakrzywienia ścieżek
Jeśli droga rozdziału próbek odbiega od linii prostej należy poprowadzić ramkę
obejmującą ścieżkę w jak największym stopniu pokrywającą się z rzeczywistą drogą
migracji prążków.
UWAGA !
Program KTE GelScan nie przekształca obrazu żelu !
Zachowując wierny wygląd żelu możemy dokładniej obliczyć masę cząsteczkową na
podstawie drogi migracji (Rf). Aby uwzględnić inny kształt wybranych ścieżek należy
ustawić strzałkę na wybranej ścieżce i raz kliknąć prawym klawiszem myszki (lub w opcji
Własności ścieżki uaktywnić opcję OŚ). W tym momencie prostokąt wyznaczający
szerokość i wysokość ścieżki zniknie a w jego miejsce pokaże się oś z zaznaczonymi
sześcioma punktami. Strzałkę należy ustawić na wybranym punkcie i przesunąć go
(naciskając lewy klawisz myszki) w lewo lub prawo tak, aby OŚ wykresu pokryła się z
aktualną osią ścieżki.
Taki algorytm postępowania zapobiega powstawania artefaktów w czasie przekształcania
obrazu żeli.
8
2.3.1.7 Zaznaczanie linii tła
Naciśnięcie przycisku
lub użycie opcji Obraz - Edycja Linii Tła uaktywnia narzędzia
edycji linii tła. Linie te będą wykorzystywane przy pobieraniu wzorców tła do obliczenia
wysokości prążków. Zasady tworzenia linii są identyczne jak zasady tworzenia ścieżek. Po
naciśnięciu klawisza NOWA pojawia się pionowa linia, którą za pomocą myszki
przesuwamy w pobliże wybranej ścieżki. Należy ją tak ustawić aby nie zachodziła na
poszczególne prążki z wybranej ścieżki.
Kolejne przyciski umożliwiają:
- Nowa - utworzenie kolejnej linii tła. Jeżeli jest to pierwsza linia na tym obrazie wówczas
jej położenie określa program. Dla linii kolejnych odstęp określany jest na podstawie
dwóch poprzednich.
- Usuń - kasuje wybraną linię tła.
- Wyczyść - usuwa wszystkie istniejące linie tła.
- Auto - automatyczne wyznaczanie linii tła. Program usiłuje wyznaczyć po jednej linii tła w
okolicy każdej ze ścieżek (ścieżki powinny być wyznaczone wcześniej). Jest to możliwe,
jeżeli pomiędzy kolejnymi ścieżkami istnieje wystarczający odstęp.
Uwaga!
Program KTE GelScan nie analizuje tła, na którym wytyczane są linie. Uwzględniane
są jedynie odstępy pomiędzy istniejącym ścieżkami.
- OK - zamyka okno edycji linii tła.
2.3.2 Okno Wykresu
Opcją Okno - Nowy wykres otwieramy okno wykresu. Zawiera ono początkowo wykres
gęstości optycznej wszystkich utworzonych przez nas ścieżek. Ilość tę można ograniczyć
opcją Okno – Lista ścieżek. Wykres wyróżniony dotyczy ścieżki wskazanej (wybranej).
Ścieżkę można wskazać bezpośrednio na obrazie lub wskazując numer linii na liście
umieszczonej w dolnej części okna wykresu.
Okno Wykres umożliwia operacje na przekroju gęstości optycznej wyznaczonych
wcześniej ścieżek. Zawiera trzy podstawowe elementy:
- ramkę wykresu
- ramkę analizowanej ścieżki
- listę prezentowanych wykresów (numerów ścieżek)
Ramka wykresu zawiera wykresy gęstości optycznej wybranych ścieżek (patrz lista
ścieżek). Ścieżka aktywna (czerwony wykres) jest prezentowana w powiększeniu w ramce
poniżej wykresu. Wskazanie ścieżki aktywnej jest możliwe poprzez:
- wskazanie jej na oknie Obrazu
- wskazanie jej na liście ścieżek poniżej ramki z obrazem analizowanej ścieżki w oknie
Wykresu
Dla wybranej ścieżki na wykresie prezentowane są położenia prążków (szczyty i brzegi).
Przy pomocy myszki możliwe jest opisywanie prążków i przesuwanie brzegów.
Operacje okna wykresu:
1. Lista ścieżek
2. Korekta tła
3. Opis osi X
4. Forma prezentacji
5. Detekcja prążków
6. Rozkład OD po ścieżce
7. Renumeracja prążków
8. Dodawanie prążków
9. Parametry
10. Kalibracja MW
9
11.
12.
13.
14.
15.
16.
Kalibracja BM
Wskaźnik
Aktualizuj
Zapisz dane wykresu
Skopiuj obraz wykresu
Skopiuj dane wykresu
2.3.2.1 Opisywanie prążków w Oknie Wykresu
Podwójne kliknięcie lewym przyciskiem myszki z jednoczesnym wskazanie wierzchołka
prążka w oknie Wykres otwiera dialog Właściwości prążka. Umożliwia on wprowadzenie
krótkiego opisu prążka, zmianę jego numeru lub też jego usunięcie. Wprowadzone dane
akceptujemy przyciskiem Zmień a następnie naciskamy przycisk OK celem zamknięcia
dialogu.
Powyżej pola do wprowadzania opisu prezentowane są współrzędne prążka w pikselach
obrazu licząc od początku ścieżki i wartości gęstości optycznej (lewy brzeg - szczyt prawy brzeg)
2.3.2.2 Przesuwanie brzegów prążka w Oknie Wykresu
Przesuwając myszką nad oknem wykresu znajdujemy moment, gdy kursor myszki
znajduje się na poszukiwanym brzegiem prążka. Sygnalizowane jest to zmianą kształtu
kursora przesuwania. Naciskając w tym momencie przycisk myszki uzyskujemy
możliwość przesuwania wybranej krawędzi prążka.
UWAGA !
Brzegi prążka nie mogą być przesunięte w sposób, który spowodowałby zmianę ich
kolejności (lewy poza prawy).
2.3.2.3 Lista ścieżek
Operacja wyboru listy ścieżek dostępna jest dla okna Wykres i Rezultaty. W obydwu
przypadkach uruchamia ona dialog wyboru ścieżek prezentowanych w danym oknie. Dla
okna Wykresu będą to ścieżki, których profile będą prezentowane, dla okna Rezultaty
będą to ścieżki uwzględniane w tabeli wyników.
Dialog listy ścieżek można przywołać z menu Wykres->Lista ścieżek lub Rezultaty>Lista ścieżek lub przyciskiem z listwy narzędziowej.
Dialog zawiera listę istniejących ścieżek (wszystkich). Ścieżki wybrane zaznaczone są
znaczkiem >> po lewej stronie listy. Przyciski dialogu umożliwiają:
- Dodaj - oznaczenie ścieżki jako wybranej
- Usuń - usunięcie ścieżki z listy wybranych
- Razem - oznaczenie wszystkich ścieżek jako wybranych
- Jedna - oznaczenie tylko ścieżki wskazanej
2.3.2.4 Korekta tła
Umożliwia eliminację tła na wykresie gęstości optycznej. Sposób określania linii bazowej
oraz fakt jej odjęcia od wykresu (lub nie) istotnie wpływa na wszystkie dalsze obliczenia.
- Brak
Tło nie jest uwzględniane przy obliczeniach gęstości optycznej obrazu.
- Płaska
Tło określane jest dla każdej ścieżki oddzielnie jako linia pozioma o wartości równej
minimalnej wartości gęstości optycznej wykresu.
- Ukośna
Tło określane jest dla każdej ścieżki oddzielnie jako linia ukośna łącząca początek z
końcem wykresu.
- Z linii tła
Tło określane jest dla każdej ścieżki na podstawie najbliższej linii tła (może istnieć tylko
jedna linia tła dla wszystkich ścieżek).
10
- Odejmij linię bazową
Powoduje, że wartość odczytana ze zdefiniowanej linii bazowej jest w każdym punkcie
odejmowana od wartości wykresu gęstości optycznej oraz że jest uwzględniana przy
obliczeniach masy prążka (BM).
2.3.2.5 Opis osi X
Określa sposób interpretacji wartości prezentowanych na osi poziomej wykresu oraz
wartości podawane przez Wskaźnik pionowy.
- Położenie w pikselach
Wartości podawane na osi odpowiadają wartości położenia w pikselach obrazu liczonej od
początku ścieżki.
- Położenie w procentach
Wartości podawane na osi odpowiadają wartości położenia w procentach długości ścieżki.
- Masa cząsteczkowa (MW)
Wartości podawane na osi odpowiadają wartości masy cząsteczkowej w danym punkcie
(MW) przy założeniu wcześniejszego przeprowadzenia kalibracji (patrz kalibracja MW).
2.3.2.6 Forma prezentacji
Określa sposób prezentacji wyznaczonych prążków.
- Granice prążków
Obszary należące do poszczególnych prążków zaznaczane są znakami
przypominającymi nawiasy kwadratowe. Są one skierowane do wewnątrz ograniczanego
obszaru. Tryb ten jest automatycznie włączany po wykonaniu operacji Detekcja prążków.
Możliwa jest korekcja położenia znaczników (granic prążka) przy pomocy myszki.
- Linie podziału
Obszary zaznaczane są pionowymi liniami biegnącymi od osi X do przecięcia z wykresem
gęstości optycznej. Tryb ten jest automatycznie włączany po operacji Rozkład OD po
ścieżce. W trybie tym nie ma możliwości korygowania położenia znaczników.
2.3.2.7 Detekcja prążków
Uruchamia proces detekcji prążków dla wszystkich zdefiniowanych ścieżek. Zasady
detekcji prążków - patrz Parametry detekcji prążków.
2.3.2.8 Rozkład OD po ścieżce
Operacja alternatywna do Detekcji prążków. Pozwala na podzielenie całości ścieżki na N
równych odcinków (od 2 do 100), które następnie traktowane są przy dalszych
obliczeniach identycznie jak prążki wyznaczone ręcznie lub w procesie detekcji
automatycznej. Za szczyt prążka przyjmowany jest środek odcinka. Ilość odcinków może
być podawana również poprzez procent długości ścieżki (od 1% do 50%).
2.3.2.9 Renumeracja prążków
Nadaje numery prążkom wybranej ścieżki, zaczynając od jej lewej strony do prawej (np.
po usunięciu niektórych prążków).
2.3.2.10 Dodawanie prążka
Opcja pozwala na ręczne uzupełnienie prążków, które nie zostały wykryte przez program,
np. są zbyt słabo widoczne. Po włączeniu omawianej funkcji kursor myszki zmienia się w
pionową strzałkę. Wskazujemy nią punkt wykresu, w którym zamierzamy umieścić
brakujący prążek. Po wyłączeniu funkcji dokonujemy korekcji jego szerokości poprzez
przesunięcie krawędzi (patrz Przesuwanie brzegów prążka w oknie Wykres).
11
2.3.2.11 Parametry
Parametry detekcji prążków określają sposób pracy programu w trakcie analizy wykresów
gęstości optycznej. Pierwszym krokiem jest znalezienie maksimów funkcji gęstości
optycznej. Odrzucane są wszystkie maksima nie spełniające zadanych parametrów tzn.
mniejsze niż podana minimalna wysokość (w jednostkach bezwzględnych). Następnie
wyznaczane są brzegi prążków określane jako punkty na wykresie najbliższe zadanemu
ekstremum gdzie nachylenie zaczyna być większe niż wartość zadana (wyrażona jako
tangens kąta nachylenia). Na tym etapie odrzucane są również prążki szersze niż
maksymalna dopuszczalna szerokość ( wyrażona w procentach wysokości). Zdefiniowane
parametry są uwzględniane przy następnej operacji detekcji prążków.
2.3.2.12 Kalibracja masy cząsteczkowej MW
Program umożliwia wprowadzenie kilku wzorców kalibracji. Przy obliczeniach wybierany
jest zawsze najbliższy wybranej ścieżce.
Okienko kalibracji masy cząsteczkowej zawiera następujące elementy:
- okno wykresu gdzie prezentowane są podane punkty wzorcowe oraz obliczona prosta
kalibracji.
- lista wartości podanych punktów kalibracji
- pola edycji podawanych wartości.
Kolejne punkty kalibracji definiujemy poprzez:
- wpisanie wartości położenia prążka (w procentach długości ścieżki) lub poprzez
kliknięcie myszką na wykresie w oknie Wykres
- wpisanie odpowiadającej mu wartości masy cząsteczkowej
- naciśnięcie przycisku OK dopisuje podane wartości do listy
Możliwość zmiany podanych punktów kalibracji uzyskujemy poprzez dwukrotne kliknięcie
myszką w wybraną pozycję listy. Wskazane wartości są wówczas przepisywane do pól
edycyjnych. Po podaniu min. 2 punktów kalibracyjnych obliczana jest prosta regresji
liniowej wyrażająca zależność pomiędzy logarytmem masy cząsteczkowej a położeniem
punktu w % długości ścieżki. Współczynniki tej prostej są następnie używane przy
obliczeniach MW.
Przyciski Zapisz i Wczytaj umożliwiają utrwalenie wykonanej kalibracji na pliku dyskowym
lub wczytanie z niego danych.
2.3.2.13 Kalibracja ilości materiału w prążku BM
Program umożliwia wprowadzenie kilku wzorców kalibracji. Przy obliczeniach wybierany
jest zawsze najbliższy wybranej ścieżce.
Okienko kalibracji masy cząsteczkowej zawiera następujące elementy:
- okno wykresu gdzie prezentowane są podane punkty wzorcowe oraz obliczona prosta
kalibracji.
- lista wartości podanych punktów kalibracji
- pola edycji podawanych wartości.
Metoda obliczania masy prążka jest określana w dialogu Preferencje przed otwarciem
obrazu do analizy i nie może być już później zmieniana (patrz Preferencje).
Kolejne punkty kalibracji definiujemy poprzez:
- wpisanie wartości lub poprzez kliknięcie myszką w szczyt prążka wzorcowego na
obrazie ścieżki w oknie Obraz. Odpowiednia wartość (zależna od określonej metody) jest
wówczas przepisywana do pola edycji wartości
- wpisanie odpowiadającej mu wartości masy prążka
- naciśnięcie przycisku OK dopisuje podane wartości do listy
Możliwość zmiany podanych punktów kalibracji uzyskujemy poprzez dwukrotne kliknięcie
myszką w wybraną pozycję listy. Wskazane wartości są wówczas przepisywane do pól
edycyjnych.
12
Po podaniu min. 2 punktów kalibracyjnych obliczana jest prosta regresji liniowej
wyrażająca zależność pomiędzy wartościami masy prążków a wartościami gęstości
optycznej. Współczynniki tej prostej są następnie używane przy obliczeniach MW.
Przyciski Zapisz i Wczytaj umożliwiają utrwalenie wykonanej kalibracji na pliku dyskowym
lub wczytanie z niego danych.
2.3.2.14 Wskaźnik
Opcja włącza i wyłącza pionowy wskaźnik. Ma on postać pionowej czerwonej linii. Po
uchwyceniu jej myszką linia ta może być przesuwana wzdłuż wykresu a przy kursorze
myszki pojawia się okienko. Wyświetlane są w nim wartości odpowiadające punktowi
przecięcia wskaźnika z linią wykresu. Wartość X jest prezentowana zgodnie z określonym
w opcji Opis osi X sposobem interpretacji.
Po włączeniu wskaźnik pojawia się w pobliżu lewego brzegu wykresu.
2.3.2.15 Aktualizacja
Powoduje ponowne odczytanie wykresów gęstości optycznej z analizowanego obrazu.
UWAGA !
Po wykonaniu operacji Aktualizuj usuwane są naniesione wcześniej położenia
prążków.
UWAGA !
Każda zmiana w położeniu ścieżek na obrazie lub zmiana w zawartości obrazu
(kontrast, kadrowanie itp.) powoduje automatyczną aktualizację wykresów
połączoną z usunięciem oznaczonych położeń prążków.
2.3.2.16 Zapisywanie danych wykresu
Umożliwia zapisanie wartości punktów tworzących wykres na plik tekstowy w postaci
dwóch kolumn oddzielonych tabulatorem. W kolumnie pierwszej znajdują się wartości X
punktów wykresu (zgodnie z ustawioną w opcji Opis osi X interpretacją, a w kolumnie
drugiej wartość gęstości optycznej w danym punkcie.
2.3.2.17 Kopiowanie obrazu wykresu
Umożliwia zapisanie do schowka Windows obrazu wykresu. Zawartość schowka można
następnie wkleić, jako obiekt do dowolnego edytora tekstu lub programu edycji plików
BMP. Opcja ta jest również dostępna z listwy narzędziowej przy aktywnym oknie wykresu
przyciskiem.
2.3.2.18 Kopiowanie danych wykresu
Kopiuje do schowka Windows dane wykresu w formacie dwóch kolumn tekstu
oddzielonych tabulatorem. W kolumnie pierwszej znajdują się wartości X punktów
wykresu (zgodnie z ustawioną w opcji Opis osi X interpretacją), a w kolumnie drugiej
wartość gęstości optycznej w danym punkcie. Dokładne obliczenia masy cząsteczkowej
można uzyskać tylko w przypadku korzystania z prostej wyznaczonej na podstawie
rozdziału wzorców na tym samym żelu, na którym dokonano rozdziału prób badanych.
13
2.3.3 Okno Rezultatów
2.3.3.1 Wybór obliczanych parametrów
Opcja Okno – Rezultaty otwiera nowe okno rezultatów. Pojawia się tabela, w której po
uaktywnieniu wybranych parametrów zostaną one wyświetlone w postaci liczbowej dla
każdego prążka. W tabelce prezentowane są wyniki obliczeń wybranych spośród
dostępnych w górnej części okna.
2.3.3.2 Wydruki
Opcje dotyczące drukowania aktywne są dla OKNA OBRAZU i OKNA WYKRESU zawartość obu okien można wydrukować na dowolnej drukarce zainstalowanej w
środowisku WINDOWS. Wydruki z zachowaniem 256 poziomów szarości umożliwiają
drukarki termiczne, jednak do codziennych rutynowych potrzeb wydruk ze standardowych
drukarek laserowych lub atramentowych daje zadawalające rezultaty.
2.3.3.3 Eksport danych do innych programów
Skopiować a następnie przenieść do innej aplikacji można:
- obraz zaznaczony przy pomocy markera
- wybrany wykres (w postaci danych liczbowych)
- tabelę rezultatów
W celu skopiowania wybranych danych należy uaktywnić Okno programu, który zawiera
dane do skopiowania i wcisnąć klawisz Kopiuj. Po przejściu do innego programu,
wciśnięcie klawisza Paste, spowoduje przeniesienie zawartości Clipboard do nowego
programu.
Okno Rezultaty prezentuje wyniki zrealizowanych obliczeń w formie tabeli o definiowanych
przez użytkownika kolumnach. Wiersze tabeli odpowiadają zawsze kolejnym prążkom.
Zaznaczając pola w górnej części okna określamy, które dane mają być prezentowane w
tabeli wyników. Przycisk Aktualizuj przelicza wyniki po zmianie położenia prążków.
Tabela zawiera wyniki ze ścieżek wskazanych w Liście ścieżek.
UWAGA !
Okno Rezultaty nie jest otwierane automatycznie jak okno Wykresu i musi być
utworzone poprzez wskazanie opcji Okno->Rezultaty.
2.3.3.4 Lista ścieżek
Uruchamia wykaz analizowanych ścieżek.
2.3.3.5 Kopiuj zaznaczone dane
Tabela wyników umożliwia zaznaczanie wybranych fragmentów przy pomocy wskazania
myszką. Trzymając lewy przycisk myszki przesuwamy nią nad wybranym fragmentem
tabeli. Następnie uruchamiamy omawianą opcje lub naciskamy przycisk.
W celu zaznaczenia całej kolumny lub wiersza należy wskazać jego początek.
Zaznaczenie całej tabeli uzyskujemy poprzez wskazanie lewego górnego pola tabeli.
2.3.3.6 Preferencje
Umożliwia zdefiniowanie podstawowych parametrów konfiguracyjnych programu.
2.3.3.7 Katalog danych
Wszystkie dialogi wczytywania i zapisu danych będą wskazywały na podany w tej opcji
katalog, jeżeli nie określimy tego inaczej.
Drukuj wykres wraz z obrazem prążka - zaznaczenie tej opcji powoduje, że na wydruku
uzyskanym przy aktywnym oknie wykresu po wybraniu opcji Plik-Drukuj, znajdzie się
obraz ścieżki umieszczany w dolnej części okna Wykres.
14
2.3.3.8 Położenie ścieżek
Określa w jaki sposób tworzone będą ścieżki na analizowanym obrazie.
UWAGA !
Położenie ścieżek (pionowe-poziome) nie może być zmieniane w czasie analizy
obrazu a jedynie przed jego pierwszym wczytaniem.
Rozpoczynając analizę nowego obrazu należy ustawić żądaną orientację ścieżek. Po
wczytaniu i zdefiniowaniu ścieżek zadana orientacja zostanie zapamiętana wraz z danymi
obrazu i nie będzie możliwości jej zmiany.
2.3.3.9 BM metoda obliczeń
Określa metodę obliczeń stosowaną przy określaniu masy prążka. Generalnie dla światła
przechodzącego powinna być stosowana metoda logarytmiczna.
UWAGA !
Metoda obliczeń BM nie może być zmieniana w czasie analizy obrazu a jedynie
przed jego pierwszym wczytaniem.
Rozpoczynając analizę nowego obrazu należy ustawić żądaną metodę obliczeń. Po
wczytaniu i zdefiniowaniu ścieżek zadana metoda zostanie zapamiętana wraz z danymi
obrazu i nie będzie możliwości jej zmiany.
2.3.4 Okno Pokaż
Zawiera listę pozycji które można włączyć lub wyłączyć.
- Ścieżki Pokaż
Włącza lub wyłącza ramki wyznaczonych ścieżek na obrazie. Włączenie trybu edycji
ścieżek lub edycji linii tła przywraca obraz ścieżek i linii tła.
- Linie tła Pokaż
Włącza lub wyłącza wyznaczone linie tła na obrazie. Włączenie trybu edycji ścieżek lub
edycji linii tła przywraca obraz ścieżek i linii tła.
- Narzędzia Pokaż
Włącza lub wyłącza listwę narzędziową (patrz listwa narzędziowa).
- Status Pokaż
Włącza lub wyłącza linię statusu znajdującą się w dolnej części ekranu. (patrz linia
statusu).
2.3.4.1 Listwa narzędziowa
Zawiera przyciski skracające dostęp do często wykorzystywanych operacji. Wszystkie
operacje wymienione na listwie narzędziowej dostępne są również z menu. Przyciski
listwy narzędziowej są aktywowane w zależności od tego, jakie okno jest aktywne i jaki
jest zakres operacji uruchamianej przyciskiem.
2.3.4.2 Listwa statusu
Zawiera 4 obszary.
- Informacja (opis) funkcji realizowanej przez wskazaną pozycję z menu lub przycisk listwy
narzędziowej.
Wyświetlana jest w chwili naciśnięcia myszki - puszczenie myszki poza
zasięgiem przycisku lub menu pozwala na odczytanie opisu operacji bez jej uruchamiania.
- Pole powiększenia (M=).
Zawiera wartość powiększenia, dla okna Obraz - jest to wartość powiększenia obrazu,
dla okna Wykres jest to powiększenie wykresu.
- Pole współrzędnych
Dla okna Obraz zawiera współrzędne położenia kursora myszki w pikselach obrazu licząc
od jego lewego górnego rogu.
15
Dla okna Wykres są to współrzędne kursora myszki wyrażone w jednostkach podanych
na osiach wykresu.
- Pole koloru.
Istotne jest jedynie dla okna Wykres i podaje numer odcienia szarości w miejscu
wskazanym przez kursor myszki.
Zawartość linii statusu dotyczy zawsze okna, nad którym znajduje się kursor myszki bez
względu na to czy jest ono aktywne czy nie.
16
3. Akcesoria i wyposażenie dodatkowe
Numer katalogowy
Opis produktu
134-190
Zestaw KTE Video
196-100 do 120
Transluminator
160-100
Podświetlacz
4. Wsparcie techniczne
Jeżeli macie Państwo jakieś pytania dotyczące obsługi urządzenia lub dostępności
akcesoriów i sprzętu uzupełniającego prosimy o kontakt z naszą Firmą.
Kucharczyk Techniki Elektroforetyczne sp. z o.o.
ul. Pawińskiego 5a/ blok D
02-106 Warszawa
Tel. +48 22 668 71 47
Fax. +48 22 668 71 64
e-mail: [email protected]
17