MARCIN ZIEMNIAK

MARCIN ZIEMNIAK
Jestem doktorantem w Zakładzie Biofizyki na Wydziale Fizyki
Uniwersytetu Warszawskiego. Pracuje w Laboratorium Chemii
Bioorganicznej prowadzonym przez dr hab. Jacka Jemielitego. Nasza
grupa badawcza zajmuje się syntezą nukletydów oraz badaniem ich
właściwości
biochemicznych
i
biofizycznych.
Większość
otrzymywanych przez nas związków to syntetyczne analogi 5' mRNA
kapu. Struktura ta występuje na 5' końcu eukariotycznych mRNA i ma
kluczowe znaczenie dla biologicznych funkcji tej cząsteczki.
Odpowiada m.in. za stabilność, transport z jądra komórkowego do
cytoplazmy, a także jest konieczna do rozpoczęcia translacji mRNA
tzn. biosyntezy białka w oparciu o sekwencję danego mRNA. Związki
otrzymywane w Laboratorium często znajdują zastosowanie – zarówno
w badaniach podstawowych nad metabolizmem mRNA i białkami oddziaływującymi z kapem oraz w
aplikacyjnych badaniach medycznych.
Głównym tematem moich badań naukowych jest synteza analogów kapu modyfikowanych chemicznie
w łańcuchu fosforanowym co prowadzi do zwiększonej odporności na degradację enzymatyczną. Istotnym
faktem jest to, że w wielu przypadkach takie związki wykazują silniejsze własności biologiczne niż ich
naturalne, niemodyfikowane chemicznie odpowiedniki. Ponadto zajmuje się syntezą i badaniem właściwości
znakowanych fluorescencyjnie analogów kapu, które mogą być zarówno wbudowane do mRNA jak i
wykorzystane jako sondy molekularne do badań biochemicznych i biofizycznych nad metabolizmem mRNA
oraz białkami zaangażowanymi w degradację struktury kapu. W czasie swojej pracy prowadziłem badania
mające na celu ocenienie odporności otrzymanych przez siebie związków na degradację enzymatyczną oraz
przeprowadziłem serię eksperymentów biochemicznych i biofizycznych pozwalających na ustaleniu ich
efektywności jako inhibitorów białek degradujących kap. Obecnie zajmuje się głównie badaniami z pogranicza
biologii strukturalnej i biochemii nad kompleksem enzymatycznym Dcp1/2, odpowiadającym za usuwanie kapu
z mRNA. Uzyskane w ten sposób dane pomogą zrozumieć dokładny mechanizm działania tego białka a w
dalszej perspektywie pomogą w poszerzeniu wiedzy na temat metabolizmu mRNA w komórkach
eukariotycznych.
W czasie dotychczasowej pracy badawczej odbyłem dwa staże naukowe. Pierwszy odbył się w
Lousiania State University Health Center, Shreveport gdzie pracowadziłem badania biochemiczne nad
właściwościami otrzymanych przez siebie analogów kapu. Obecnie odbywam drugi staż badawczy w University
of California San Francisco, gdzie prowadzę badania strukturalne nad kompleksem Dcp1/2. Jestem
kierownikiem grantu badawczego dla młodych naukowców (Preludium, NCN) oraz wykonawcą kilku innych
projektów grantowych. Brałem udział w kilkunastu konferencjach naukowych poświęconych chemii i biologii
kwasów nukleinowych. Jestem autorem 5 oryginalnych prac badawczych opublikiwanych w renomowanych
czasopismach naukowych, obecnie pracuje nad ukończeniem kolejnych artykułów. Dwukrotnie byłem
członkiem drużyny Uniwersytetu Warszawskiego w międzynarodowym konkursie biologii syntetycznej iGEM.
W czasie wolnym od pracy interesuję się filmem, literaturą science-fiction i fotografią. Lubię
podróżować i uprawiać sport – głównie bieganie.