Księgarnia PWN: A

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette – Bioinformatyka
Słowo wstępne XIII
Przedmowa XV
1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1
1.1. Podstawy Internetu 2
1.2. Połączenie z Internetem 4
1.3. Poczta elektroniczna 7
1.4. FTP (protokół przesyłania plików) 11
1.5. World Wide Web 13
Adresy internetowe do rozdziału 1 17
Literatura 18
2. Model danych NCBI James M. Ostell, Sarah J. Wheelan, Jonathan A. Kans 19
2.1. Wprowadzenie 19
2.2. PUBs – publikuj albo nie istniejesz 24
2.3. Seq-id – co zawiera nazwa? 28
2.4. Bioseq – sekwencja biologiczna 32
2.5. Bioseq-set – zestaw sekwencji 35
2.6. Seq-annot – adnotacje sekwencji 36
2.7. Seq-descr – opisywanie sekwencji 41
2.8. Korzystanie z modelu 42
2.9. Podsumowanie 45
Literatura 45
3. GenBank – baza danych sekwencji Ilene Karsch-Mizrachi, B.F. Francis
Ouellette 46
3.1. Wprowadzenie 46
3.2. Pierwotne i wtórne bazy danych 47
3.3. Format a zawartość – komputery a ludzie 48
3.4. Baza danych 50
3.5. Anatomia pliku GenBank 51
3.6. Uwagi końcowe 61
Adresy internetowe do rozdziału 3 61
Literatura 62
Dodatki 62
4. Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych Jonathan A. Kans, B.F. Francis
Ouellette 68
4.1. Wstęp 68
4.2. Po co, dokąd i co wprowadzać? 69
4.3. DNA/RNA 70
4.4. Badania populacyjne, filogenetyczne i mutacyjne 73
4.5. Wprowadzanie wyłącznie białek 73
4.6. Jak wprowadzać sekwencje za pomocą usług WWW? 73
4.7. Jak wprowadzać sekwencje przy użyciu programu Sequin? 74
4.8. Aktualizacje 82
4.9. Konsekwencje wynikające z modelu danych 82
4.10. EST/STS/GSS/HTG/SNP i ośrodki genomowe 84
4.11. Uwagi końcowe 85
Adresy wprowadzania danych sekwencyjnych do baz DDBJ/EMBL/GenBank 85
Adresy internetowe do rozdziału 4 86
Literatura 87
5. Bazy danych struktur biomolekularnych Christopher W.V. Hogue 88
5.1. Wstęp do struktur białkowych 88
5.2. PDB – baza struktur białkowych w RCSB 92
5.3. MMDB – baza danych modelowania molekularnego w NCBI 97
5.4. Formaty plików strukturalnych 99
5.5. Wizualizacja informacji strukturalnej 101
5.6. Przeglądarki struktur zawartych w bazie danych 105
5.7. Zaawansowane modelowanie strukturalne 108
5.8. Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego 108
Adresy internetowe do rozdziału 5 110
Ćwiczenia 111
Literatura 112
6. Mapowanie genomów i bazy danych map Peter S. White, Tara C. Matise 114
6.1. Zależności między mapowaniem a sekwencjonowaniem 115
6.2. Elementy map genomów 116
6.3. Rodzaje map 118
6.4. Problemy związane z mapowaniem 124
6.5. Składowanie danych 127
6.6. Projekty mapowania i inne zbiory danych 134
6.7. Praktyczne zastosowania danych pochodzących z mapowania 150
Adresy internetowe do rozdziału 6 155
Ćwiczenia 159
Literatura 159
7. Pobieranie informacji z biologicznych baz danych Andreas D. Baxevanis 164
7.1. Zintegrowane pobieranie informacji – system Entrez 164
7.2. LocusLink 184
7.3. Bazy sekwencji poza NCBI 188
7.4. Medyczne bazy danych 192
Adresy internetowe do rozdziału 7 194
Ćwiczenia 195
Literatura 196
8. Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych Gregory D. Schuler 197
8.1. Wstęp 197
8.2. Podstawy ewolucyjne dopasowywania sekwencji 197
8.3. Modularna natura białek 200
8.4. Metody optymalnego dopasowywania sekwencji 203
8.5. Wartości substytucji i kary za przerwy 206
8.6. Znaczenie statystyczne dopasowań 209
8.7. Poszukiwanie podobieństwa w bazach danych 210
8.8. FASTA 213
8.9. BLAST 214
8.10. Artefakty towarzyszące przeszukiwaniu bazy danych 218
8.11. Pozycyjne specyficzne macierze wartościujące 221
8.12. Łączone dopasowania 223
8.13. Wnioski 226
Adresy internetowe do rozdziału 8 226
Ćwiczenia 226
Literatura 227
9. Tworzenie i analiza zestawień dopasowanych sekwencji białek Geoffrey J.
Barton 229
9.1. Wstęp 229
9.2. Co to są zestawienia sekwencji dopasowanych i po co je tworzymy? 229
9.3. Dopasowywanie struktur czy dopasowywanie ewolucyjne? 231
9.4. Jak dopasowuje się wiele sekwencji? 231
9.5. Narzędzia wspomagające analizę zestawień wielu sekwencji dopasowanych 237
9.6. Zbiory zestawień sekwencji dopasowanych 243
Adresy internetowe do rozdziału 9 243
Ćwiczenia 244
Analiza podrodziny 245
Literatura 246
10. Metody przewidywania regionów kodujących w sekwencjach DNA Adreas D.
Baxevanis 248
10.1. GRAIL 251
10.2. FGENEH/FGENES 253
10.3. MZEF 255
10.4. GENSCAN 256
10.5. PROCRUSTES 259
10.6. Jaka jest skuteczność metod rozpoznających geny? 263
10.7. Strategie i rozważania 265
Adresy internetowe do rozdziału 10 267
Ćwiczenia 267
Literatura 268
11. Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek Sharmila Banerjee-Basu,
Andreas D. Baxevanis 270
11.1. Identyczność białek oparta na ich składzie 271
11.2. PROPSEARCH 272
11.3. MOWSE 274
11.4. Właściwości fizyczne oparte na sekwencji 274
11.5. TGREASE 275
11.6. SAPS 276
11.7. Motywy i wzorce 277
11.8. BLOCKS 279
11.9. CDD 281
11.10. Klasy struktur drugorzędowych i zwinięcia łańcucha 281
11.11. PREDATOR 286
11.12. PSIPRED 287
11.13. SOPMA 287
11.14. Wyspecjalizowane struktury lub właściwości 289
11.15. Struktura trzeciorzędowa 295
Adresy internetowe do rozdziału 11 297
Ćwiczenia 298
Literatura 299
12. Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST) Tyra G. Wolfsberg, David
Landsman 302
12.1. Co to jest EST? 302
12.2. Grupowanie EST 307
12.3. Baza Indeksów Genowych TIGR 313
12.4. STACK 314
12.5. EST i odkrywanie genów 314
12.6. Mapy genów ludzkich 315
12.7. Przewidywanie lokalizacji genów w DNA genomowym 315
12.8. EST i polimorfizmy sekwencji 316
12.9. Szacowanie poziomu ekspresji genów za pomocą EST 317
Adresy internetowe do rozdziału 12 319
Ćwiczenia 320
Literatura 321
13. Składanie sekwencji i metody dokańczające Rodger Staden, David P. Judge, James
K. Bonfield 323
13.1. Zastosowanie oszacowań dokładności sygnału zasad lub wartości ufności 325
13.2. Wymagania stawiane programom składającym sekwencje 326
13.3. Całościowe składanie sekwencji 326
13.4. Formaty plików 328
13.5. Przygotowanie odczytów do składania 328
13.6. Wprowadzenie do programu gap4 331
13.7. Proponowanie dodatkowych eksperymentów i automatyzacja projektu 339
13.8. Uwagi końcowe 339
Adresy internetowe do rozdziału 13 340
Ćwiczenia 340
Literatura 341
14. Analizy filogenetyczne Fiona S.L. Brinkman, Detlef D. Leipe 342
14.1. Podstawowe zasady modeli filogenetycznych 344
14.2. Interpretacja drzewa – znaczenie identyfikacji paralogów i ortologów 346
14.3. Cztery etapy analizy danych filogenetycznych 346
14.4. Dopasowywanie sekwencji – tworzenie modelu danych 348
14.5. Dopasowywanie sekwencji – wybór zbioru danych filogenetycznych 353
14.6. Określanie modelu substytucji 354
14.7. Metody tworzenia drzew 361
14.8. Ocena drzewa 369
14.9. Programy filogenetyczne 371
14.10. Programy do analiz filogenetycznych dostępne w Internecie 379
14.11. Uwagi praktyczne 380
Adresy internetowe do rozdziału 14 381
Literatura 382
15. Analiza porównawcza genomów Michael Y. Galperin, Eugene V. Koonin 384
15.1. Postęp w sekwencjonowaniu genomów 385
15.2. Analiza i adnotacje genomu 392
15.3. Zastosowanie genomiki porównawczej do rekonstrukcji szlaków
metabolicznych 410
15.4. Jak unikać częstych problemów w adnotacji genomu? 413
15.5. Wnioski 415
Adresy internetowe do rozdziału 15 416
Ćwiczenia 418
Literatura 419
16. Analiza wielkoskalowa genomu Paul S. Meltzer 422
16.1. Wstęp 422
16.2. Techniki wielkoskalowej ekspresji genu 423
16.3. Narzędzia obliczeniowe służące do analizy ekspresji 427
16.4. Grupowanie hierarchiczne 435
16.5. Perspektywy na przyszłość 437
Adresy internetowe do rozdziału 16 438
Literatura 438
17. Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną Lincoln D. Stein 441
17.1. Pierwsze kroki 442
17.2. Jak działa skrypt? 443
17.3. Łańcuchy, liczby i zmienne 444
17.4. Obliczenia arytmetyczne 446
17.5. Rozwijanie zmiennych 447
17.6. Podstawowe wejście i wyjście 448
17.7. Obsługa plików 450
17.8. Podejmowanie decyzji 452
17.9. Bloki wykonywane warunkowo 455
17.10. Co jest prawdą? 458
17.11. Pętle 458
17.12. Łączenie pętli z wczytywaniem danych 460
17.13. Standardowe wejście i wyjście 461
17.14. Znajdowanie długości sekwencji w pliku 463
17.15. Dopasowywanie do wzorca 464
17.16. Wyodrębnianie wyrażeń 468
17.17. Tablice 469
17.18. Tablice i listy 472
17.19. Dzielenie i łączenie 472
17.20. Hasze 473
17.21. Przykład praktyczny 474
17.22. Co dalej? 477
Adresy internetowe do rozdziału 17 478
Literatura 478
Słowniczek 479
Skorowidz 484