zfbm ii st -po poprawkach bbw-1 - Senat UW

Transkrypt

WNIOSEK O PROWADZENIE KIERUNKU STUDIÓW
1. Proponowany kierunek studiów: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie (Applications
of Physics in Biology and Medicine)
2. Specjalności w ramach proponowanego kierunku studiów:
• Fizyka medyczna (Medical Physics)
• Neuroinformatyka (Neuroinformatics)
• Biofizyka molekularna (Molecular Biophysics)
• Projektowanie molekularne i bioinformatyka (Molecular Design and Bioinformatics)
• Biofizyka i biochemia widzenia (Biophysics and Biochemistry of Vision)
3. Specjalizacje w ramach proponowanego kierunku studiów: --4. Jednostka(i) mająca(e) prowadzić kierunek:
Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski (Faculty of Physics, University of Warsaw)
obszar kształcenia: nauki ścisłe i nauki przyrodnicze i nauki medyczne
W obszarze nauk ścisłych program należy przypisać do następujących dziedzin i dyscyplin. Nazwy
dyscyplin podane w nawiasie.
- nauki matematyczne (matematyka, informatyka)
- nauki fizyczne (fizyka, biofizyka)
- nauki chemiczne (chemia, biochemia)
W obszarze nauk przyrodniczych
- nauki biologiczne (biochemia, biologia, biofizyka, mikrobiologia)
W obszarze nauk medycznych i nauk o zdrowiu
- nauki medyczne (biologia medyczna, medycyna)
- nauki farmaceutyczne (nie wprowadzono podziału na dyscypliny)
- nauki o zdrowiu (nie wprowadzono podziału na dyscypliny)
poziom kształcenia: studia II stopnia
profil kształcenia: ogólnoakademicki
Niezwykle szybki rozwój nauk i technologii dokonujący się na styku fizyki, biologii, chemii,
medycyny i informatyki rodzi potrzebę kształcenia nowego typu specjalistów z
przygotowaniem interdyscyplinarnym, przygotowanych do pracy w ośrodkach naukowobadawczych, wdrożeniowych i usługowych o profilu biomedycznym. Umieszczenie w
programie studiów interdyscyplinarnych obok fizyki także ogólnych podstaw nauk
biologicznych i chemicznych oraz zaawansowanych przedmiotów kierunkowych nie jest
możliwe w ramach tradycyjnych standardów kształcenia. Wykorzystując swój potencjał
dydaktyczno-naukowy oraz doświadczenie uzyskane podczas prowadzonych od roku akad.
2009/2010 studiów I stopnia, Wydział Fizyki UW jest w pełni przygotowany do
poprowadzenia, jako naturalna kontynuacja, studiów II stopnia w zakresie ugruntowanych
specjalności: Fizyka medyczna, Biofizyka molekularna, Biofizyka i biochemia widzenia,
oraz w dziedzinach nowo powstałych: Neuroinformatyka, Projektowanie molekularne i
bioinformatyka.
forma studiów (stacjonarne/niestacjonarne), czas trwania studiów: stacjonarne, 120 ECTS, 4
semestry (second cycle programme, full-time, 120 ECTS, 4 semesters)
tytuł zawodowy uzyskiwany przez absolwenta: magister
5. Rekrutacja:
załącznik A:
A1. Wymagania stawiane kandydatom (wymagane dokumenty)
A2. Warunki i tryb rekrutacji
A3. Zasady odpłatności
A4. Przewidywana liczba studentów/limit przyjęć
6. Opis studiów:
załącznik B:
B1. Cele kształcenia
B2. Efekty kształcenia
B3. Pogram studiów
7. Informacja o jednostce prowadzącej studia:
załącznik C:
C1. Informacja o minimum kadrowym
C2. Informacja o infrastrukturze zapewniającej prawidłową realizację celów kształcenia
C3. Informacja o dostępie do biblioteki wyposażonej w literaturę związaną z nowym kierunkiem
C4. Informacja o prowadzonych przez jednostkę badaniach naukowych w dyscyplinie lub
dziedzinie związanej z nowym kierunkiem
C5. Informacja o liczbie studentów stacjonarnych i niestacjonarnych oraz proporcji na każdych
prowadzonych przez jednostkę studiach
8. Kosztorys studiów zawierający kalkulację kosztów i wysokość opłat na studiach płatnych
nie dotyczy
9. Uchwała(y) rady wydziału/rad wydziałów/rady międzywydziałowej jednostki organizacyjnej
wnioskująca(e) do Senatu UW o kierunek studiów oraz Porozumienia:
załącznik E:
E1. Uchwały
Data
podpis Dziekana (ów) /Kierownika (ów)
podstawowej jednostki organizacyjnej
ZAŁĄCZNIK A
Al. Wymagania stawiane kandydatom
Posiadanie stopnia licencjata z zakresu nauk ścisłych, przyrodniczych lub technicznych oraz spełnienie
wymogów punktu A2. Studia drugiego stopnia „Zastosowań fizyki w biologii i medycynie” stanowią
naturalne rozwinięcie materiału studiów I stopnia na tej samej specjalności, tak więc oczekujemy, że
kandydat posiada wykształcenie odpowiadające programowi tych studiów I stopnia. Kandydat
powinien posiadać wykształcenie interdyscyplinarne z zakresu podstaw nauk ścisłych oraz nauk
przyrodniczych, w szczególności fizyki, matematyki, informatyki, biologii i chemii oraz
przygotowanie do komputerowej analizy danych. Pożądana będą również zainteresowania z zakresu
nauk medycznych.
A2. Zasady rekrutacji
Warunkiem przyjęcia na specjalność jest przejście procedury rekrutacyjnej ustalonej przez Radę
Wydziału. Decyzję o przyjęciu na specjalność podejmuje Kierownik Specjalności. Szczegółowe
zasady rekrutacji reguluje Uchwała Nr 12/2010/2011 Rady Wydziału Fizyki Uniwersytetu
Warszawskiego z dnia 17 stycznia 2011 r. w sprawie zasad rekrutacji na Wydziale Fizyki
Uniwersytetu Warszawskiego w roku akademickim 2012/2013 na studia II stopnia.
Załącznik nr 1
do Protokółu posiedzenia Rady Wydziału Fizyki UW
z dnia 17 stycznia 2011 r.
Uchwała Rady Wydziału Fizyki UW
Nr 12/2010/2011
w sprawie zasad rekrutacji na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego
w roku akademickim 2012/2013
- na studia I stopnia na kierunku: Fizyka
- na studia I stopnia na kierunku: Fizyka, studia indywidualne
- na studia I stopnia na kierunku: Fizyka, specjalność nauczycielska
- na studia II stopnia na kierunku: Fizyka
- na studia II stopnia na kierunku: Fizyka, studia indywidualne
- na studia I stopnia na kierunku: Astronomia
- na studia I stopnia na kierunku: Astronomia, studia indywidualne
- na studia II stopnia na kierunku: Astronomia
- na studia II stopnia na kierunku: Astronomia, studia indywidualne
- na studia I stopnia na kierunku: Makrokierunek, Inżynieria nanostruktur
- na studia II stopnia na kierunku: Inżynieria nanostruktur
- na studia I stopnia na kierunku: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie
Specjalności:
Optyka okularowa
Fizyka medyczna
Neuroinformatyka
Biofizyka molekularna
Projektowanie molekularne i bioinformatyka
- na studia I stopnia na kierunku: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie
Specjalność:
Fizyka medyczna
- na studia II stopnia na kierunku: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie
Specjalności:
Biofizyka Molekularna
Biofizyka Molekularna i Bioinformatyka
- na studia II stopnia na kierunku: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie
Specjalność:
Neuroinformatyka
Szczegółowe zasady rekrutacji stanowi załącznik. do niniejszej uchwały.
ZASADY REKRUTACJI
W ROKU AKADEMICKIM 2012/2013
Wydział Fizyki
Ogólne dane
Kierunek studiów: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie
Specjalność: Neuroinformatyka
Rodzaj studiów: drugiego stopnia
Forma studiów: stacjonarne
Czas trwania: 2 lata
Limity miejsc:
- 15 w trybie klasyfikacji uwzględniającej wyniki uzyskane podczas studiów,
- 5 w trybie kwalifikacji uwzględniającej wyniki egzaminu pisemnego.
Minimalna liczba osób przyjętych będąca warunkiem uruchomienia studiów: 6
Opis studiów (w tym: Sylwetka absolwenta)
Absolwent studiów II stopnia kierunku Zastosowania fizyki w biologii i medycynie uzyska
zaawansowaną wiedzę w zakresie fizyki, matematyki, biologii, chemii i technologii informatycznych,
oraz umiejętność stosowania metod i narzędzi nauk matematyczno-przyrodniczych w problemach
biofizycznych i/lub biomedycznych, ze szczególnym uwzględnieniem pracy w zespołach
interdyscyplinarnych oraz komunikacji z biologami i lekarzami. Będzie potrafił gromadzić,
przetwarzać oraz przekazywać informacje naukowe. Absolwent będzie umiał posługiwać się językiem
specjalistycznym z zakresu nauk matematyczno-przyrodniczych. Absolwent będzie przygotowany do
pracy w instytucjach zajmujących się badaniami biofizycznymi i/lub biomedycznymi, a więc w
placówkach badawczych, badawczo-rozwojowych, kontrolnych i diagnostycznych, firmach
biotechnologicznych lub farmaceutycznych oraz w przemyśle, administracji, placówkach ochrony
przyrody, instytucjach medycznych. Absolwent będzie przygotowany do obsługi aparatury badawczej,
stosowania zaawansowanych metod komputerowych, samodzielnego rozwijania umiejętności oraz
podjęcia studiów trzeciego stopnia w zakresie biofizyki, bioinformatyki, neuroinformatyki oraz fizyki
medycznej.
Absolwenci specjalności Neuroinformatyka będą posiadać wiedzę i umiejętności praktyczne niezbędne
do wykonywania projektów naukowych w dziedzinie badań układu nerwowego, wykonywania i
projektowania badań opartych o pomiar sygnałów bioelektrycznych (EEG, EKG), do opracowania
wyników z użyciem nowoczesnych technik analizy sygnałów i statystyki oraz do modelowania układu
nerwowego.
Zasady rekrutacji
1) Opis postępowania kwalifikacyjnego wraz ze sposobem przeliczania punktów
O przyjęcie na studia drugiego stopnia mogą ubiegać się osoby posiadające tytuł licencjata, magistra,
inżyniera lub równoważny. Kandydat jest kwalifikowany na podstawie wyników osiągniętych w czasie
dotychczasowych studiów lub na podstawie egzaminu pisemnego. Kandydat może wybrać tylko jeden
sposób kwalifikacji.
Kwalifikacja na podstawie wyników osiągniętych w czasie dotychczasowych studiów.
W przypadku postępowania kwalifikacyjnego na podstawie wyników osiągniętych w czasie
dotychczasowych studiów każda ocena S uzyskana przez kandydata na studiach zostanie przeliczona
na punkty zgodnie ze wzorem
100 (S-Smin)/(Smax-Smin),
gdzie Smax jest najwyższą możliwą do zdobycia oceną, a Smin jest najniższą możliwą do zdobycia
oceną.
Punkty rekrutacyjne każdego kandydata będą obliczane jako suma ocen (po przeliczeniu) z
przedmiotów uzyskanych na studiach, przy czym każda ocena będzie mnożona przez liczbę godzin
danego przedmiotu oraz przez współczynnik zależny od rodzaju przedmiotu.
Współczynnik zależny od rodzaju przedmiotu wynosi odpowiednio:
1. dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu fizyki: 1,0
2. dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu astronomii: 0,5
3. dla wykładów i ćwiczeń rachunkowych z matematyki: 1,0
4. dla przedmiotów z zakresu programowania i metod numerycznych: 1,0
5. dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu chemii i biologii: 1,0
6. dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych, zajęć laboratoryjnych i staży z przedmiotów
specjalistycznych: neuroinformatyka: 1,5
7. dla pozostałych: 0,0
dotychczasowych studiów warunkiem przyjęcia na studia jest uzyskanie końcowej liczby punktów
rekrutacyjnych nie mniejszej niż 120000 oraz zapewniającej miejsce na liście rankingowej mieszczące
się w ramach obowiązującego limitu.
Kandydat jest zobowiązany dostarczyć:
1. potwierdzony przez jednostkę, w której kandydat studiował, wypis ocen ze studiów z informacją o
wymiarze godzinowym zajęć,
2. oświadczenie podpisane przez kandydata, zawierające:
– wypis ocen ze studiów z informacją o wymiarze godzinowym zajęć, przy czym należy uwzględnić
tylko przedmioty mające współczynnik większy od zera,
– wynik samodzielnie przeprowadzonych obliczeń punktów rekrutacyjnych wg powyższych reguł.
Kwalifikacja na podstawie egzaminu pisemnego
W przypadku postępowania kwalifikacyjnego na podstawie egzaminu pisemnego, warunkiem
przyjęcia na studia jest uzyskanie końcowej liczby punktów rekrutacyjnych nie mniejszej niż 40 oraz
zapewniającej miejsce na liście rankingowej mieszczące się w ramach obowiązującego limitu.
Maksymalna możliwa do zdobycia liczba punktów rekrutacyjnych wynosi 100.
Egzamin obejmuje zakres materiału z przedmiotów programu studiów I stopnia na kierunku
„Zastosowania fizyki w biologii i medycynie” dla specjalności „Neuroinformatyka”.
2) Kandydaci z dyplomem zagranicznym (w tym cudzoziemcy)
Limit miejsc: w ramach limitu ogólnego.
Postępowanie kwalifikacyjne jest takie samo jak dla kandydatów z dyplomem polskim (patrz
punkt 1).
3) Studia równoległe i przeniesienia z innych uczelni
Jednostka nie przewiduje naboru na studia równoległe w trybie rekrutacji wewnętrznej. Nie
przewiduje się również naboru w trybie przeniesienia.
Informacja o odpłatności za studia
Studia są bezpłatne.
ZASADY REKRUTACJI
Wydział Fizyki
Ogólne dane
Specjalność: Fizyka medyczna
Limity miejsc:
medycznej.
Absolwenci specjalności Fizyka medyczna będą posiadać obszerną wiedzę i praktykę z zakresu
dozymetrii i technik obrazowania medycznego opartych na promieniowaniu, ponadto będą
przygotowani do planowania radioterapii w ośrodkach klinicznych.
Zasady rekrutacji
inżyniera lub równoważny. Kandydat jest kwalifikowany na podstawie wyników osiągniętych w czasie
dotychczasowych studiów lub na podstawie egzaminu pisemnego. Kandydat może wybrać tylko jeden
sposób kwalifikacji.
100 (S-Smin)/(Smax-Smin),
oceną.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu fizyki: 1,0
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu astronomii: 0,5
dla wykładów i ćwiczeń rachunkowych z matematyki: 1,0
dla przedmiotów z zakresu programowania i metod numerycznych: 1,0
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu chemii i biologii: 1,0
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych, zajęć laboratoryjnych i staży z przedmiotów
specjalistycznych: ochrona radiologiczna 1,5
14. dla pozostałych: 0,0
„Zastosowania fizyki w biologii i medycynie” dla specjalności „Fizyka medyczna”.
Limit miejsc: w ramach limitu ogólnego.
punkt 1).
ZASADY REKRUTACJI
Wydział Fizyki
Ogólne dane
Limity miejsc:
Specjalność Biofizyka Molekularna:
Specjalność Projektowanie Molekularne i Bioinformatyka:
medycznej.
Absolwenci specjalności Biofizyka molekularna będą przygotowani do operowania wiedzą z zakresu
biologii, fizyki i chemii oraz będą posiadać umiejętności stosowania zaawansowanych,
doświadczalnych metod fizycznych, chemicznych i biologicznych w laboratoriach badawczych,
analitycznych i diagnostycznych oraz rozwiązywania interdyscyplinarnych problemów dotyczących
funkcjonowania biomolekuł o potencjalnych zastosowaniach biotechnologicznych i medycznych. Będą
przygotowani do rozumienia prac z zakresu bioinformatyki i współpracy z biofizykami teoretykami.
Absolwenci specjalności Projektowanie molekularne i bioinformatyka będą przygotowani do
operowania wiedzą z zakresu biologii molekularnej, fizyki, chemii i informatyki stosowanej.
Otrzymają gruntowne wykształcenie pozwalające na projektowanie (modelowanie) złożonych układów
molekularnych (biomolekularnych), w tym również nanoukładów oraz badanie złożonych procesów
biologicznych związanych z tematyką molekularnej medycyny. Będą przygotowani również do
prowadzenia wspomaganych komputerowo prac o charakterze interdyscyplinarnym, jak również
dobrego rozumienia prac eksperymentalnych i umiejętności komunikowania się z eksperymentatorami.
Zasady rekrutacji
inżyniera lub równoważny.
Kandydat jest kwalifikowany na podstawie wyników osiągniętych w czasie dotychczasowych studiów
lub na podstawie egzaminu pisemnego z fizyki z elementami chemii i biologii. Kandydat może wybrać
tylko jeden sposób kwalifikacji.
Kwalifikacja na podstawie wyników osiągniętych w czasie dotychczasowych studiów
100(S - Smin)/(Smax - Smin),
oceną.
- dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu fizyki i astronomii: 1,5
- dla wykładów i ćwiczeń rachunkowych z matematyki: 1,5
- dla przedmiotów z zakresu programowania, metod numerycznych i modelowania: 1,5
- dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu chemii i biologii: 1,0
- dla pozostałych: 0,0
Kwalifikacja na podstawie egzaminu pisemnego z fizyki z elementami chemii i biologii.
Egzamin obejmuje zakres materiału z fizyki z elementami chemii i biologii na poziomie studiów
pierwszego stopnia kierunku Zastosowania fizyki w biologii i medycynie.
Limit miejsc:
Specjalność Biofizyka Molekularna: 1
Specjalność Projektowanie Molekularne i Bioinformatyka: 1
punkt 1).
A4. Przewidywana liczba studentów/limit przyjęć
•
Fizyka medyczna: 20 studentów rocznie (zgodnie z limitem przyjęć)
•
Neuroinformatyka: 20 studentów rocznie (zgodnie z limitem przyjęć)
•
Biofizyka molekularna: 15 studentów rocznie (zgodnie z limitem przyjęć)
• Projektowanie molekularne i bioinformatyka:
przyjęć)
•
15 studentów rocznie (zgodnie z limitem
Biofizyka i biochemia widzenia: 9 studentów rocznie (zgodnie z limitem przyjęć)
Załącznik 1 Rekrutacja na Studia II stopnia na kierunku „Zastosowania fizyki w biologii i
medycynie” w 2012 r.
Rekrutacja w 2012 r.
Limit miejsc:
•
60 osoby w trybie kwalifikacji uwzględniającej wyniki uzyskane podczas studiów,
•
19 osób w trybie kwalifikacji uwzględniającej wyniki egzaminu pisemnego.
Zasady kwalifikacji
Fizyka medyczna; Neuroinformatyka
a) Kandydaci z dyplomem uzyskanym w Polsce
lub na podstawie egzaminu pisemnego. Dla specjalności Neuroinformatyka egzamin będzie obejmował
elementy fizyki, chemii, biologii, analizy sygnałów, statystyki i elektroencefalografii. Dla specjalności
Fizyka medyczna egzamin będzie obejmował elementy fizyki, chemii, biologii, fizyki promieniowania
jonizującego i podstaw radiodiagnostyki. Kandydat może wybrać tylko jeden sposób kwalifikacji.
100·(S–Smin)/(Smax–Smin),
oceną.
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu fizyki: 1,0
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu astronomii: 0,5
dla przedmiotów z zakresu programowania i metod numerycznych: 1,0
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu chemii i biologii: 1,0
dla kandydatów na specjalność „Fizyka medyczna” — dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i
laboratoriów z zakresu radiologii, radiochemii, radiobiologii, ochrony radiologicznej, technik
diagnostyki i obrazowania medycznego: 1,5
dla kandydatów na specjalność „Neuroinformatyka” — dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i
laboratoriów z zakresu neuroinformatyki i analizy sygnałów: 1,5
dla pozostałych: 0,0
rekrutacyjnych nie mniejszej niż 120 000 oraz zapewniającej miejsce na liście rankingowej mieszczące
Przykładowy wypis i obliczenie punktów rekrutacyjnych:
Przedmiot
Liczba godzin
Ocena (skala 2-5)
Punkty rekrutacyjne
Fizyka I
90
4,0
6000
obliczenia:
100⋅(4,0−2)/3·90·1,0
Matematyka I
180
4,5
15000
obliczenia:
100⋅(4,5−2)/3·180·1,0
Ochrona radiologiczna I 30
4,0
3000
obliczenia:
100⋅(4,0−2)/3·30·1,5
Suma
24000
Egzamin obejmuje zakres materiału na poziomie studiów pierwszego stopnia. Dla specjalności
Neuroinformatyka egzamin będzie obejmował elementy fizyki, chemii, biologii, analizy sygnałów,
statystyki i elektroencefalografii. Dla specjalności Fizyki Medycznej egzamin będzie obejmował
elementy fizyki, chemii, biologii, fizyki promieniowania jonizującego i podstaw radiodiagnostyki.
b) Kandydaci z dyplomem zagranicznym (w tym cudzoziemcy)
Postępowanie kwalifikacyjne jest takie samo jak dla kandydatów z dyplomem polskim.
Biofizyka molekularna; Projektowanie molekularne i bioinformatyka
lub na podstawie egzaminu pisemnego z fizyki z elementami chemii i biologii. Kandydat może wybrać
tylko jeden sposób kwalifikacji.
Kwalifikacja na podstawie wyników osiągniętych w czasie dotychczasowych studiów
100(S - Smin)/(Smax - Smin),
oceną.
- dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu fizyki i astronomii: 1,5
- dla wykładów i ćwiczeń rachunkowych z matematyki: 1,5
- dla przedmiotów z zakresu programowania, metod numerycznych i modelowania: 1,5
- dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu chemii i biologii: 1,0
- dla pozostałych: 0,0
Przedmiot
Liczba godzin
Ocena (skala 2 - Punkty rekrutacyjne
5)
Fizyka z matematyką cz. I
195
4
19500
Obliczenie:100⋅(4,0
2)/3⋅195⋅1,5
Pracownia
molekularnej
biologii 90
5
9000
Obliczenie:
2)/3⋅90⋅1,0
Modelowanie molekularne i 90
obliczeniowa
biologia
strukturalna
4,5
Suma =
−
100⋅(5,0
-
100⋅(4,5
-
11250
Obliczenie:
2)/3⋅90⋅1,5
39750
Kwalifikacja na podstawie egzaminu pisemnego z fizyki z elementami chemii i biologii.
W przypadku postępowania kwalifikacyjnego na podstawie egzaminu pisemnego z fizyki z
elementami chemii i biologii, warunkiem przyjęcia na studia jest uzyskanie końcowej liczby punktów
rekrutacyjnych nie mniejszej niż 50 oraz zapewniającej miejsce na liście rankingowej mieszczące się w
ramach obowiązującego limitu.
Egzamin obejmuje zakres materiału z fizyki z elementami chemii i biologii na poziomie studiów
pierwszego stopnia na kierunku „Zastosowania fizyki w biologii i medycynie”.
Biofizyka i biochemia widzenia
lub na podstawie egzaminu praktyczno- teoretycznego. Kandydat może wybrać tylko jeden sposób
kwalifikacji.
100·(S–Smin)/(Smax–Smin),
oceną.
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów optyki geometrycznej 1,0
dla wykładów i laboratoriów z zakresu przyrządów optometrycznych: 1,5
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu chemii, biologii, anatomii i
fizjologii człowieka: 1,0
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów optyki fizjologicznej 1,5
dla wykładów, ćwiczeń rachunkowych i laboratoriów z zakresu optometrii 1,5
dla wykładów i laboratoriów z zakresu kontaktologii 1,5
dla wykładów i laboratoriów z zakresu percepcji wzrokowej oraz anatomii, neurofizjologii i
patologii narządu wzroku 1,5
dla pozostałych: 0,0
- wypis ocen ze studiów z informacją o wymiarze godzinowym zajęć, przy czym należy uwzględnić
- wynik samodzielnie przeprowadzonych obliczeń punktów rekrutacyjnych wg powyższych reguł.
Przedmiot
Liczba godzin
Ocena (skala 2-5)
Wstęp do widzenia
obuocznego
60
4,0
Punkty rekrutacyjne
6000
obliczenia:
100⋅[(4,0−2)/3]·60·1,5
Matematyka I
180
4,5
15000
obliczenia:
100⋅(4,5−2)/3·180·1,0
Percepcja wzrokowa I
30
4,0
3000
obliczenia:
100⋅(4,0−2)/3·30·1,5
Suma
24000
Kwalifikacja na podstawie egzaminu praktyczno-teoretycznego
W przypadku postępowania kwalifikacyjnego na podstawie egzaminu, warunkiem przyjęcia na studia
jest uzyskanie końcowej liczby punktów rekrutacyjnych nie mniejszej niż 40 oraz zapewniającej
miejsce na liście rankingowej mieszczące się w ramach obowiązującego limitu. Maksymalna możliwa
do zdobycia liczba punktów rekrutacyjnych wynosi 100.
„Zastosowania fizyki w biologii i medycynie” dla specjalności - „Optyka okularowa”.
A3. Zasady odpłatności
Zgodnie z Uchwałą Nr 10/2011/2012 Rady Wydziału Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego z dnia 16
stycznia 2012 r w sprawie zasad odpłatności na studiach I stopnia na kierunku fizyka.
Załącznik nr 2
do Protokółu posiedzenia Rady Wydziału Fizyki UW
Uchwała Rady Wydziału Fizyki UW
Nr 10/2011/2012
w sprawie wprowadzenia opłat za usługi edukacyjne
na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego.
(z poźn. zmianami)
Działając na podstawie art. 99 oraz art. 170 a ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym (Ustawa
z dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym -Dz. U. z dnia 30 sierpnia 2005 r., Dz. U. z
2005 roku, Nr 164, poz. 1365 ze zm.z dnia 18.03.2011 r. – Art. 1, Dz. U. z 2011 roku, Nr 84, poz. 455)
Rada Wydziału Fizyki postanawia , co następuje:
§1
Postanowienia ogólne
1. Opłaty za usługi edukacyjne mogą być pobierane w przypadkach przewidzianych przez
ustawę.
2. Niniejsza uchwała nie dotyczy opłat za usługi edukacyjne świadczone na podstawie
odrębnych przepisów, jeśli przepisy te odmiennie regulują zasady pobierania opłat.
3. Zasady pobierania opłat od obcokrajowców podejmujących i odbywających studia
pierwszego, drugiego i trzeciego stopnia, studia podyplomowe lub kursy dokształcające na Wydziale
Fizyki określają odrębne przepisy.
§2
Postanowienia szczegółowe
1. Od roku akademickiego 2013/2014 wprowadza się opłaty za usługi edukacyjne na Wydziale Fizyki
UW
2. Wysokość opłat i zasady ich pobierania uzyskały pozytywną opinię Samorządu Studentów
Wydziału Fizyki UW.
3. Wysokość opłat przedstawia tabela:
I. WYDZIAŁ FIZYKI
1.1. kierunek studiów: fizyka
Tytuł opłaty - rodzaj usługi edukacyjnej
Wysokość opłaty
1)
Opłata za studia stacjonarne na drugim lub kolejnym kierunku studiów w
przypadku niespełnienia kryteriów do otrzymania stypendium rektora dla
najlepszych studentów:
Suma opłat jak za
powtarzanie wszystkich
przedmiotów, nie więcej
jednak niż 2000 zł
pierwszego i drugiego stopnia – opłata za semestr studiów
2)
pierwszego stopnia – opłata za rok studiów
Suma opłat jak za
drugiego stopnia – opłata za rok studiów
Suma opłat jak za
Powtarzanie zajęć:
powtarzanie semestru studiów
Suma opłat za
powtarzanie roku studiów pierwszego stopnia
Suma opłat za
powtarzanie roku studiów drugiego stopnia
Suma opłat za
150 zł, nie więcej niż
450 zł
powtarzanie w całości laboratorium fizycznego (30 godz.)
powtarzanie w całości laboratorium biofizycznego, chemicznego,
biochemicznego
(30 godz.)
600 zł
powtarzanie ćwiczeń rachunkowych/proseminarium na studiach I stopnia (30
godz.)
75 zł
powtarzanie ćwiczeń rachunkowych/proseminarium na studiach II stopnia (30
godz.)
100 zł
ponowne przystąpienie do egzaminu/zaliczenia przedmiotu
100 zł
ponowne przystąpienie do egzaminu z wykładu kursowego z ćwiczeniami
3)
50 zł
Zajęcia nieobjęte planem studiów:
450 zł
różnice programowe – laboratorium fizyczne (30 godz.)
różnice programowe – laboratorium biofizyczne, chemiczne, biochemiczne
(30 godz.)
600 zł
różnice programowe – ćwiczenia rachunkowe/proseminarium na studiach I
stopnia
(30 godz.)
75 zł
różnice programowe – ćwiczenia rachunkowe/proseminarium na studiach II
stopnia
(30 godz.)
100 zł
konsultacje dot. pracy dyplomowej po wznowieniu studiów w przypadku
skreślenia z powodu niezłożenia pracy dyplomowej lub egzaminu
dyplomowego w terminie
400 zł
1.2. kierunek studiów: astronomia
1)
Wysokość opłaty
Suma opłat jak za
Suma opłat jak za
2)
Suma opłat jak za
Suma opłat za powtarzanie
wszystkich przedmiotów,
nie więcej jednak niż 2000
zł
zł
zł
150 zł, nie więcej niż 450
zł
biochemicznego
(30 godz.)
godz.)
75 zł
godz.)
100 zł
100 zł
3)
zł
50 zł
zł
(30 godz.)
zł
stopnia
(30 godz.)
75 zł
stopnia
(30 godz.)
100 zł
400 zł
1.3. makrokierunek/kierunek studiów: inżynieria nanostruktur
1)
Wysokość opłaty
Suma opłat jak za
2)
Suma opłat jak za
Suma opłat jak za
zł
zł
zł
zł
biochemicznego
(30 godz.)
godz.)
75 zł
godz.)
100 zł
100 zł
3)
zł
50 zł
zł
(30 godz.)
zł
stopnia
(30 godz.)
75 zł
stopnia
(30 godz.)
100 zł
400 zł
1.4. makrokierunek/kierunek studiów: energetyka i chemia jądrowa
1)
Wysokość opłaty
pierwszego i drugiego stopnia – opłata za rok studiów
15000 zł
2)
powtarzanie roku studiów
zł
Suma opłat za
zł
powtarzanie w całości laboratorium semestralnego/rocznego na Wydziale
Chemii (10 - 30 godz.)
450 zł
biochemicznego na Wydziale Fizyki (30 godz.)
zł
powtarzanie w całości laboratorium semestralnego/rocznego na Wydziale
Chemii (co najmniej 35 godz.)
550 zł
powtarzanie ćwiczeń rachunkowych/proseminarium na studiach I stopnia na
Wydziale Fizyki (30 godz.)
75 zł
powtarzanie ćwiczeń rachunkowych/proseminarium na studiach II stopnia na
100 zł
powtarzanie proseminarium/ćwiczeń rachunkowych na Wydziale Chemii
(10 – 20 godz.)
150 zł
(25 – 35 godz.)
200 zł
(co najmniej 40 godz.)
250 zł
ponowne przystąpienie do egzaminu/zaliczenia przedmiotu na Wydziale
Chemii
150 zł
ponowne przystąpienie do egzaminu/zaliczenia przedmiotu na Wydziale
Fizyki
100 zł
ponowne przystąpienie do egzaminu z wykładu kursowego z ćwiczeniami na
Wydziale Fizyki
50 zł
3)
różnice programowe – 1 przedmiot semestralny na Wydziale Chemii
200 zł
różnice programowe – 1 przedmiot roczny na Wydziale Chemii
400 zł
zł
różnice programowe – laboratorium biofizyczne, chemiczne, biochemiczne na
zł
stopnia na Wydziale Fizyki (30 godz.)
75 zł
stopnia na Wydziale Fizyki (30 godz.)
100 zł
400 zł
DZIEKAN
Prof. dr hab. Teresa Rząca-Urban
ZAŁĄCZNIK B
B1. Cele kształcenia
Kierunek: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie
Pogranicze fizyki oraz nauk biologicznych i medycyny to jeden z najdynamiczniej
rozwijających się sektorów badań i zastosowań najnowszych technologii. Niezwykły postęp inżynierii
genetycznej ma wpływ nie tylko na rozwój biologii i medycyny, ale przyczynia się też do powstania
nowych dziedzin, takich jak bioinformatyka czy projektowanie molekularne, oraz powoduje, że dobrze
ugruntowane dziedziny (biofizyka molekularna, fizyka medyczna) przeżywają swój ranesans. Te, a
także wiele innych, ważnych dziedzin: radiodiagnostyka, radioterapia, neurorehabilitacja, interfejsy
mózg-komputer, neurofeedback, energetyka jądrowa, optyka okularowa, stosowanie do diagnostyki i
korekcji wad wzroku koherencyjnej tomografii optycznej, optyki adaptywnej i chirurgii refrakcyjnej,
wymagają specjalistów z interdyscyplinarnym wykształceniem w zakresie zastosowań fizyki w
biologii i medycynie. Ich brak w dniu dzisiejszym zapełniają fizycy, którzy niezbędne wykształcenie w
zakresie chemii, biologii czy medycyny uzupełniają w trakcie pracy lub studiów doktoranckich. Są to
często absolwenci specjalności Biofizyka i Fizyka Biomedyczna, Ze względu na konieczność realizacji
minimum programowego na kierunku Fizyka, nie jest możliwe umieszczenie w programach tych
specjalności wszystkich potrzebnych elementów wykształcenia interdyscyplinarnego. Dopasowanie
studiów do realiów współczesnej gospodarki i wymogów rynku pracy wymagało stworzenia nowego
kierunku, którego standardy obejmują opisany powyżej obszar kształcenia. Było to możliwe tylko
kosztem redukcji niektórych treści obowiązujących dla „czystej” fizyki. Po utworzeniu studiów I
stopnia na kierunku „Zastosowania fizyki w biologii i medycynie”, naturalnym i zgodnym z procesem
bolońskim sposobem zapewnienia możliwości kontynuacji nauki dla absolwentów studiów I stopnia na
Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego (WF UW) i absolwentów kierunków
interdyscyplinarnych z innych uczelni w Polsce są studa II stopnia. Jest to szczególnie ważne ze
względu na sukces, jaki osiągnęły studia I stopnia, gdzie napływ kandydatów znacząco podniósł
ogólna liczbę studentów Wydziału Fizyki. Proponowane na studiach II stopnia standardy nauczania
obejmują zaawansowany poziom nauczania fizyki, chemii i biologii oraz wybranych przedmiotów z
zakresu medycyny, przy zachowaniu harmonijnej integracji wszystkich tych dziedzin w ramach
jednolitego programu. W szczególności, absolwenci studiów II stopnia będą mogli podejmować studia
III stopnia, zarówno na Wydziale Fizyki jak i Międzywydziałowych Interdyscyplinarnych Studiach
Doktoranckich Matematyczno-Przyrodniczych na Uniwersytecie Warszawskim
Celem studiów II stopnia na kierunku „Zastosowania fizyki w biologii i medycynie” jest
zapewnienie studentom zaawansowanej wiedzy w zakresie podstaw nauk ścisłych, fizyki, matematyki,
chemii, biologii i technologii informatycznych, obsługi aparatury badawczej, stosowania
zaawansowanych metod komputerowych oraz metod i narzędzi nauk matematyczno-przyrodniczych w
problemach biofizycznych i/lub biomedycznych, ze szczególnym uwzględnieniem pracy w zespołach
interdyscyplinarnych, komunikacji z biologami i z personelem placówek medycznych. Absolwent
studiów II stopnia będzie umiał posługiwać się językiem specjalistycznym, zbierać i przetwarzać
informacje z zakresu nauk matematyczno-przyrodniczych oraz zyska przygotowanie do pracy w
instytucjach zajmujących się badaniami biofizycznymi lub biomedycznymi, a więc w placówkach
badawczych, badawczo-rozwojowych, kontrolnych i diagnostycznych, a także w przemyśle,
administracji, placówkach ochrony przyrody, instytucjach medycznych. Dzięki uzyskanej wiedzy oraz
nabytym umiejętnościom i kompentencjom społecznym absolwenci kierunku „Zastosowania fizyki w
biologii i medycynie” zyskają przygotowanie i motywację do dalszego uczenia się, a w szczególnści
podjęcia studiów trzeciego stopnia w zakresie biofizyki, bioinformatyki, neuroinformatyki, fizyki
medycznej lub biofizyki i biochemii widzenia. Działania reformatorskie ulepszające nauczanie,
inicjacja kierunków interdyscyplinarnych i związane z tym nowe techniki nauczania, które dostarczają
zróżnicowaną ofertę edukacyjną są zapisane w „Strategii Uniwersytetu Warszawskiego” oraz „Misji i
Strategia Wydziału Fizyki UW”. Nowe programy studiów i zdefiniowane dla nich efekty kształcenia
sa oparte na prowadzonych na Wydziale badaniach naukowych o wysokiej jakości w zakresie fizyki i
nauk interdyscyplinarnych, co zapewnia szerokie otwarcie na otoczenie społeczno-gospodarcze i
potrzeby kadrowe gospodarki opartej na wiedzy, a także rozwój różnych form popularyzacji i
upowszechniania nauk.
Fizyka medyczna
W medycynie w ostatnich latach zostały wprowadzone nowe technologie diagnostyczne i
terapeutyczne wywodzące się z osiągnięć fizyki. Tomografia pozytonowa (PET) jest już stosowana w
wielu ośrodkach diagnostyki nowotworowej w Polsce a terapia hadronowa, opierająca się o najnowsze
wyniki badań naukowych w zakresie fizyki jądrowej, wprowadzana do praktyki klinicznej w Europie
(Heidelberg i Pavia) i również stosowana w Polsce (Kraków). Współczesna diagnostyka i terapia
medyczna, w szczególności diagnostyka i terapia nowotworów wymaga nie tylko wykwalifikowanego
personelu lekarskiego, ale i fizyków medycznych oraz personelu technicznego wspomagającego
medyczne technologie radiacyjne. Wymaga to reorientacji zakresu kształcenia i stworzenie nowego
programu kształcenia popartego zapleczem laboratoryjnym do prowadzenia zajęć praktycznych
przygotowujących wysoko kwalifikowane kadry dla współczesnej medycyny, aby zwiększyć jakość
usług zdrowotnych i konkurencyjność naszej służby zdrowia. Po roku 2020 będzie wprowadzana w
Polsce energetyka jądrowa, a dla potrzeb energetyki będą potrzebni fizycy, którzy powinni zapoznać
się z najnowszymi technologiami ochrony radiologicznej stosowanymi w elektrowniach jądrowych.
Zwiększenie liczby wysoko kwalifikowanych specjalistów w dziedzinie ochrony radiologicznej
umożliwi wprowadzenie energetyki jądrowej zwiększając konkurencyjność naszej gospodarki.
Promieniotwórczość i ochrona radiologiczna to zagadnienia coraz szerzej wykorzystywane w ochronie
zdrowia przy diagnostyce medycznej i terapii nowotworów oraz w przemyśle (defektoskopia,
sterylizacja produktów żywnościowych i laboratoryjnego sprzętu medycznego). Specjalizacja Fizyka
Medyczna powstała w r. 1974 na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego. Wykształciliśmy
ponad 200 magistrów w tej specjalności. Trzydzieści osiem lat praktyki stwarza mocną podstawę do
prowadzenia tej Specjalizacji w ramach nowego kierunku i dopasowania programu do wymogów
rynku pracy (większa interdyscyplinarność, podstawy biochemii, biologii, anatomii i fizjologii).
Celem studiów II stopnia w zakresie Fizyki medycznej jest zapewnienie studentom rozszerzonej (w
stosunku do studiów licencjackich) wiedzy i praktyki w podstawowych obszarach fizyki i biologii, pod
względem zarówno ilościowym jak i jakościowym oraz nauczenia ich interpretacji problemów o
charakterze medycznym, zgodnie z metodyką i narzędziami badawczymi nauk ścisłych i
przyrodniczych. Dopiero studia II stopnia wprowadzają też zagadnienia radioterapii od strony
teoretycznej oraz praktycznej w zakresie planowania i testowania. Absolwent fizyki medycznej będzie
miał umiejętność łączenia podstawowych metod i idei z różnych obszarów fizyki, chemii i biologii
oraz wybranych dziedzin medycyny. Ponadto studia magisterskie przygotują wysoko
wykwalifikowanych specjalistów ochrony radiologicznej i dozymetrii dla Zakładów Medycyny
Nuklearnej i Zakładów Radioterapii, a także dla przemysłu stosującego techniki radiacyjne. Atutem
absolwentów „Fizyki medycznej” będzie umiejętność wykorzystania interdyscyplinarnego podejścia
do problemu. Znajomość zaawansowanych technik doświadczalnych, obserwacyjnych i numerycznych
pozwoli absolwentowi zaplanować i wykonać złożony eksperyment, dokonać krytycznej analizy
wyników pomiarów, obserwacji lub obliczeń teoretycznych i modelowania komputerowego wraz z
oceną dokładności wyników oraz zinterpretować dane doświadczalne na gruncie teorii i modeli
teoretycznych. Dzięki temu absolwent może być cennym pracownikiem nie tylko zespołu naukowego,
ale również w wielu innych dziedzinach. Dzięki umiejętności syntezy metod i idei z różnych obszarów
będzie potrafił wyszukać w literaturze i zaadaptować wiedzę i metodykę fizyki, a także stosowane
metody doświadczalne i teoretyczne do rozwiązywanego problemu, oraz klarownie przedstawić wyniki
badań w grupach interdyscyplinarnych.
Neuroinformatyka
Gwałtowny rozwój neuroinformatyki na świecie odbywa się zarówno w zakresie badań
podstawowych, jak i konkretnych zastosowań. Zainteresowanie Polski tą dziedziną potwierdza
przystąpienie w sierpniu 2007 do International Neuroinformatics Coordination Facility(INCF,
http://www.incf.org). Studia Neuroinformatyki dostarczą gospodarce specjalistów w dziedzinie już od
kilku lat dynamicznie rozwijającej się za granicą, która owocuje coraz większą ilością ważnych
zastosowań medycznych w zakresie zaawansowanych technologii. Według raportu WHO z 1996 r. w
XXI wieku choroby układu nerwowego znajdą się na pierwszym miejscu wśród schorzeń, w związku z
tym wzrośnie zapotrzebowanie na specjalistów posiadających wykształcenie neuroinformatyczne.
Bardzo wiele osób zajmujących się naukowo dziedzinami zaliczanymi do neuroinformatyki posiada
wykształcenie wyższe w zakresie fizyki. W tym kontekście można stwierdzić, że Wydział Fizyki UW
kształci neuroinformatyków od co najmniej kilkunastu lat. Profil studiów jest dopasowany do
standardów światowych i realiów rynku pracy. Twórcy programu tej Specjalności biorą czynny udział
w inicjatywach w tym zakresie, np.: INCF (International Neuroinformatics Coordination Facility)
Workshop on Training in Neuroinformatics.
Celem studiów II stopnia w zakresie Neuroinformatyki jest zapewnienie studentom rozszerzonego
w stosunku do studiów I stopnia wykształcenia w dziedzinie informatyki i statystyki, potrzebnego w
klinikach i laboratoriach W szczególności absolwenci będą wykształceni w dziedzinie pomiaru i
analizy sygnałów takich jak EEG, EMG, EKG szeroko stosowanych w diagnostyce klinicznej.
Zapoznają się również z technikami takimi jak: neurofeedback czy interfejsy mózg-komputer (BCI),
stanowiące jedyną szansę dla pacjentów w ciężkich stadiach chorób neurodegeneracyjnych. Absolwent
Neuroinformatyki pozna zaawansowane techniki doświadczalne, obserwacyjne i numeryczne w
eksperymentach fizycznych, chemicznych i biologicznych oraz będzie potrafił opisać i wytłumaczyć
ich wyniki z wykorzystaniem języka matematyki, pozna techniki programowania oraz korzystania z
komputerowych baz danych. Znajomość technik pomiarowych, programowania i technik statystycznej
analizy danych zapewni im szeroki dostęp do rynku pracy. Absolwenci będą cennymi pracownikami
potrafiącymi mierzyć i analizować sygnały stosowane w praktyce klinicznej, wykonywać opracowania
statystyczne danych medycznych, zestawiać systemy do zyskującego na popularności neurofeedbacku.
Biofizyka to uznana dziedzina nauk przyrodniczych o wielkich tradycjach, która zajmuje się badaniem
obiektów biologicznych, od pojedynczych molekuł, poprzez coraz bardziej złożone funkcjonalne
kompleksy i struktury subkomórkowe o wymiarach nano, aż do struktur makroskopowych żywej
materii, z zastosowaniem metodologii i metod fizyki. W szczególności biofizyka molekularna
przeżywa swój renesans w związku z rozwojem szeregu metod fizycznych, takich jak np.
wielowymiarowy jądrowy rezonans magnetyczny, metody mikroskopii i manipulacji pojedynczymi
cząsteczkami, spektrometria masowa, ultrawirowanie analityczne oraz teoretyczne metody
modelowania molekularnego. Badania w tym zakresie, obejmujące zagadnienia z pogranicza fizyki,
chemii, biologii i bioinformatyki, stwarzają unikalną możliwość konstruowania modeli obiektów
biologicznych i wyjaśniania mechanizmów procesów zachodzących w układach ożywionych na
dowolnym poziomie, od pojedynczych makromolekuł a nawet wiązań molekularnych do całych
organizmów i ekosystemów. Warsztat biofizyka musi więc obejmować nie tylko podstawy fizyki,
matematyki, informatyki, służące do budowy modeli, ale także chemii i genetyki do produkcji
zaprojektowanych i badanych układów molekularnych. Informacje, których dostarczają badania
metodami biofizyki molekularnej są niezwykle przydatne w medycynie np. przy poznawaniu
molekularnych podstaw chorób i projektowaniu skutecznych leków. Badania w zakresie biofizyki mają
ustaloną tradycję na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego. Prowadzone są w Zakładzie
Biofizyki utworzonym w roku 1965 przez prof. Davida Shugara (najpierw jako Katedra Biofizyki),
który jest najstarszą w Polsce tego typu placówką naukowo-dydaktyczną na wydziale fizyki.
Celem studiów II stopnia w zakresie Biofizyki molekularnej jest zapewnienie studentom
harmonijnego, interdyscyplinarnego kształcenie we wszystkich wymienionych dziedzinach nauk
przyrodniczych na poziomie ponadlicencjackim, według specjalne w tym celu opracowanego
programu studiów. Absolwenci specjalności specjalności Biofizyka molekularna będą przygotowani
do operowania rozszerzoną wiedzą z zakresu biologii, fizyki i chemii. Uzyskują umiejętności obsługi
nowoczesnej aparatury badawczej i stosowania zwiazanych z nią metod fizycznych, chemicznych i
biologicznych w laboratoriach badawczych, rozwiązywania złożonych problemów dotyczących
funkcjonowania biomolekuł, projektowania biomolekuł pod kątem zastosowań biotechnologicznych i
medycznych. Będą także praktycznie wykorzystywać swoje umiejętności w laboratoriach o profilu
medycznym, analitycznych i diagnostycznych.
Projektowanie molekularne i bioinformatyka
Wieloskalowe metody molekularnego projektowania i bioinformatyki są powszechnie stosowane w
nano- i biomedycynie, jak również w różnego rodzaju nano- i biotechnologiach. Prace projektowe
związane z inżynierią molekularną białek i kwasów nukleinowych, projektowanie leków, prace
interdyscyplinarne związane z badaniami struktury i dynamiki układów (bio)molekularnych czy
analiza onkogennych szlaków sygnałowych, należą do burzliwie rozwijających się dziedzin wiedzy i
technologii. W projektowaniu molekularnym stosowane są też coraz szerzej metody wirtualnej
rzeczywistości (virtual reality). Powstały takie nowe dziedziny jak genomika i proteomika, których
celem jest pełna i wysoce przepustowa (high throughput) charakterystyka sekwencjonowanych
genomów oraz kompletna charakterystyka białek kodowanych przez sekwencjonowane genomy.
Kształcenie specjalistów potrafiących rozwijać i wykorzystywać metody projektowania molekularnego
i bioinformatyki należy więc do silnie rozwijającego się nurtu edukacyjnego na świecie. Badania w
dziedzinach molekularnego modelowania układów biomolekularnych, w tym projektowania takich
układów jak specyficzne inhibitory enzymów (potencjalne leki) oraz rozwijania i stosowania metod
informatyki w badaniach układów i procesów biomolekularnych (bioinformatyki) mają bardzo długą i
ustaloną tradycję na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego. Teoretyczne i obliczeniowe prace
badawcze oraz zajęcia dydaktyczne związane z metodami molekularnego modelowania, projektowania
układów molekularnych o oczekiwanych właściwościach oraz biologii obliczeniowej i bioinformatyki
prowadzone są one w Zakładzie Biofizyki. i posiadają ustaloną międzynarodową pozycję. Wiele
strategii badawczych i edukacyjnych realizowanych w szeregu ośrodkach naukowych w Polsce
wzorowanych było lub wywodziło się zespołów badawczych Zakładu Biofizyki IFD.
Celem studiów II stopnia w zakresie Projektowania molekularnego i bioinformatyki jest
przygotowanie studentów do operowania rozszerzoną (w stosunku do studiów I stopnia) wiedzą z
zakresu biologii, fizyki, chemii, a przede wszystkim informatyki stosowanej. Absolwenci uzyskają
wykształcenie w zakresie stosowania różnorodnych metod projektowania molekularnego i
bioinformatyki w biofizyce, chemii, biologii i naukach medycznych. Studia przygotują do prowadzenia
wspomaganych komputerowo prac o charakterze interdyscyplinarnym, jak również dobrego
rozumienia prac eksperymentalnych i umiejętności komunikowania się z eksperymentatorami i
specjalistami z innych dziedzin przyrodniczych i medycznych.
Stosowanie do diagnostyki i korekcji wad wzroku koherencyjnej tomografii optycznej, optyki
adaptywnej i chirurgii refrakcyjnej, wymagają specjalistów wykształconych interdyscyplinarnie. W/w
techniki diagnostyczno-lecznicze wciąż rozwijają się co powoduje, że wykształcenie specjalisty
potrafiącego z nich korzystać nie może zamknąć się na etapie studiów I stopnia, które tylko w
niewielkim stopniu zakładają samodzielne zdobywanie wiedzy przez studenta. Współczesny specjalista
biofizyki i biochemii widzenia rozpoczynający pracę powinien posiadać stosunkowo duże
doświadczenie kliniczne. Praktyka kliniczna wynikająca z trenowania procedur refrakcyjnych i
strabologicznych na kolegach, a na rzeczywistych pacjentach jedynie w czasie miesięcznej praktyki
wakacyjnej – wystarczająca do uprawiania zawodu optyka okularowego – jest niewystarczająca w
przypadku specjalisty diagnozującego i korygującego skomplikowane wady wzroku, często
współistniejące ze schorzeniami ogólnoukładowymi, wpływającymi na widzenie. Program studiów 2.
stopnia zakłada dużą ilość godzin zajęć klinicznych, a także omawianie ciekawych przypadków
klinicznych na zajęciach seminaryjnych. Po otwarciu studiów II stopnia w zakresie biofizyki i
biochemii widzenia WF UW stałaby się trzecim polskim ośrodkiem uniwersyteckim kształcącym w
zawodach paramedycznych związanych z ochroną wzroku w systemie dwustopniowych studiów
dziennych (obok Wydziału Fizyki Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu, kształcącego
optometrystów w ramach kierunku biofizyka i Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu prowadzącego
kierunek Optometria). W Hiszpanii, z którą Polska jest często porównywana, działa dwanaście takich
ośrodków. W roku 2020 nastąpi kulminacja globalnych działań w ramach akcji VISION 2020 The
Right to Sight. (symbolem 20/20 oznacza się w optometrii pełną ostrość widzenia). Wykształcenie do
tego czasu kilku roczników magistrów biofizyki i biochemii widzenia pozwoliłoby naszej uczelni
włączyć się w tą akcję poprzez zorganizowanie zakrojonych na szeroką skalę badań przesiewowych
oraz przez popularyzację wiedzy dotyczącej ochrony wzroku (http://www.vision2020.org/main.cfm).
W zakładzie Optyki Informacyjnej Wydziału Fizyki prowadzone są od roku 1990 prace badawcze w
dziedzinach mających ścisły związek z problematyką diagnozowania i korygowania wad wzroku.
Prace te prowadzone są we współpracy z Departamentem Optyki Wydziału Fizyki Uniwersytetu w
Walencji i z Uniwersytecką Szkołą Optyczną Uniwersytetu Complutense w Madrycie. Wydział Fizyki
Uniwersytetu Warszawskiego zatrudnia obecnie doktora nauk medycznych, specjalistę okulistę 2.
stopnia (w końcowej fazie przygotowywania habilitacji). (Od 1 października 2012 r. wymiar tego
zatrudnienia zostanie podwyższony do pełnego etatu) oraz dwóch doktorantów, którzy ukończyli
studia 2. stopnia w zakresie optometrii (obecnie na 3. i na 1. roku studiów doktoranckich na WF UW).
Osoby te oraz kadra Wydziału Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego nauczająca przedmiotów
matematyczno-fizycznych, biofizycznych i informatycznych są przygotowane do poprowadzenia
studiów 2. stopnia w zakresie specjalności Biofizyka i biochemia widzenia. Wydział Fizyki
Uniwersytetu Warszawskiego posiada również stosowne zaplecze materialne w postaci laboratorium
optyki fizjologicznej, pracowni optometrii i pracowni kontaktologii.
Celem studiów II stopnia w zakresie Biofizyki i biochemii widzenia jest dostarczenie studentom
wiedzy i umożliwienie nabrania umiejętności praktycznych przygotowujących do rozwiązywania
problemów naukowo-badawczych pojawiających się w nauce o widzeniu (pod kierunkiem
samodzielnych pracowników naukowych) oraz do prawidowego planowania i przeprowadzania
wszechstronnego badania optometrycznego, z wykorzystaniem zaawansowanych urządzeń
diagnostycznych. Badania takie absolwent, wspódziałający z okulistami oraz lekarzami specjalistami w
innych dziedzinach medycyny, będzie potrafił przeprowadzić u pacjentów ze wszystkich grup
wiekowych. Absolwent powinien te umieć nadzorować pracę optyka okularowego-optometrysty i
ortoptystki i być przygotowanym do podjęcia studiów trzeciego stopnia.
B2. Efekty kształcenia
Tabela odniesienia efektów kierunkowych do efektów obszarowych
nazwa kierunku studiów: Zastosowania fizyki w biologii i medycynie
poziom kształcenia: studia II stopnia
profil kształcenia: ogólnoakademicki
efekty kształcenia: osoba posiadąjąca kwalifikacje drugiego stopnia
symbol
kierunkowych
efektów kształcenia
odniesienie do
obszarowych
efektów
kształcenia
Wiedza
K_W01
K_W02
K_W03
K_W04
K_W05
K_W06
posiada rozszerzoną wiedzę ogólną w wybranych obszarach nauk fizycznych, chemicznych i biologicznych a
także w zakresie ich historycznego rozwoju, wzajemnego powiązania i znaczenie dla postępu nauk ścisłych i
przyrodniczych, poznania świata i rozwoju ludzkości; potrafi samodzielnie odtworzyć podstawowe
twierdzenia i prawa oraz ich dowody; rozumie złożone zjawiska i procesy fizyczne, chemiczne i biologiczne
w zakresie specjalności przewidzianej programem studiów; rozumie istotę i znaczenie interdyscyplinarnego
podejścia w naukach ścisłych i przyrodniczych oraz możliwości jego szerokiego wykorzystania
posiada pogłębioną wiedzę w zakresie zaawansowanej matematyki, metod matematycznych oraz technik
obliczeniowych, numerycznych i informatycznych, konieczną do rozwiązywania i modelowania problemów
fizycznych w wybranym ze względu na specjalność w obszarze nauk fizycznych i w zakresie innych dziedzin
naukowych przewidzianych programem studiów
posiada wiedzę w zakresie fizykochemicznych i biologicznych podstaw nauk o zdrowiu, w obszarze dziedzin
i dyscyplin naukowych właściwych dla studiowanego kierunku; rozumie zasady funkcjonowania sprzętu i
aparatury stosowanych w dyscyplinach naukowych o profilu medycznym, właściwych dla studiowanego
kierunku
zna zaawansowane techniki doświadczalne, obserwacyjne i numeryczne pozwalające zaplanować i wykonać
złożony eksperyment fizyczny, chemiczny i biologiczny
zna teoretyczne zasady działania układów pomiarowych i aparatury badawczej, specyficznych dla obszaru
fizyki, chemii i biologii związanych z wybraną specjalnością
posiada pogłębioną wiedzę szczegółową z fizyki, chemii lub biologii w zakresie wybranej specjalności
K_W07
posiada wiedzę o aktualnych kierunkach rozwoju nauk ścisłych, przyrodniczych i medycznych, w obrębie
obranej specjalności, a w szczególności zna terminologię z zakresu tych dyscyplin
K_W08
zna zasady bezpieczeństwa i higieny pracy w stopniu pozwalającym na samodzielną pracę w obszarze
odpowiadającym obranej specjalności
X2A_W01
X2A_W03
P2A_W01
P2A_W02
P2A_W03
P2A_W04
X2A_W02
X2A_W04
P2A_W04
P2A_W06
M1_W01
M2_W07
X2A_W03
P2A_W07
X2A_W05
P2A_W07
X2A_W01
P2A_W01
X2A_W06
P2A_W05
M1_W10
X2A_W07
P2A_W09
K_W09
K_W10
K_W11
ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych, etycznych i finansowych, związanych z
działalnością naukową i dydaktyczną
zna i rozumie podstawowe pojęcia i zasady z zakresu ochrony własności przemysłowej i prawa autorskiego
oraz konieczność zarządzania zasobami własności intelektualnej; potrafi korzystać z zasobów informacji
patentowych
zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z
zakresu szeroko rozumianych nauk ścisłych, przyrodniczych i medycznych
X2A_W08
P2A_W08
X2A_W09
P2A_W10
M2_W11
X2A_W10
P2A_W11
M2_W12
Umiejętności
K_U01
potrafi zastosować metodę naukową w rozwiązywaniu problemów, realizacji eksperymentów i wnioskowaniu
K_U02
posiada umiejętności planowania i przeprowadzenia zaawansowanych eksperymentów lub obserwacji w
obszarach fizyki, chemii i biologii właściwych dla studiowanego kierunku; potrafi opracować uzyskane
wyniki z wykorzystaniem metod numerycznych i komputerowych, umie posługiwać się zaawansowanym
technicznie sprzętem i aparaturą badawczą i współdziałać ze specjalistami z zakresu medycyny; potrafi
posługiwać się wyspecjalizowanymi narzędziami i technikami informatycznymi w celu pozyskiwania
danych, a także analizować i krytycznie oceniać te dane
potrafi dokonać krytycznej analizy wyników pomiarów, obserwacji lub obliczeń teoretycznych i
modelowania komputerowego wraz z oceną dokładności wyników oraz posiada umiejętność interpretacji
danych doświadczalnych na gruncie teorii i modeli teoretycznych
potrafi znajdować niezbędne informacje w literaturze fachowej, zarówno z baz danych jak i innych źródeł;
potrafi odtworzyć tok rozumowania lub przebieg eksperymentu opisanego w literaturze z uwzględnieniem
poczynionych założeń i przybliżeń, potrafi poszerzać na tej podstawie wiedzę w zakresie uprawianej przez
siebie dyscypliny
K_U03
K_U04
K_U05
K_U06
K_U07
posiada umiejętność syntezy metod i idei z różnych obszarów fizyki; chemii i biologii oraz wybranych
dziedzin medycyny, jest w stanie zauważyć, że odległe nieraz zjawiska mogą być opisane przy użyciu
podobnego modelu
potrafi zaadaptować wiedzę i metodykę fizyki, a także stosowane metody doświadczalne i teoretyczne do
pokrewnych dyscyplin naukowych: chemii, biologii oraz wybranych zagadnień medycznych, stosownie do
specjalności
potrafi przedstawić wyniki badań (eksperymentalnych, teoretycznych lub obliczeniowych) w formie
pisemnego raportu (w języku polskim i angielskim), w formie ustnej (w języku polskim i angielskim), w
formie prezentacji multimedialnej, plakatu konferencyjnego; posiada umiejętności niezbędne do opracowania
materiału badawczego w formie pracy magisterskiej oraz podstawowe umiejętności przygotowania publikacji
naukowej (w języku polskim i angielskim) pod kierunkiem opiekuna naukowego
X2A_U04
P2A_U04
X2A_U01
P2A_U01
P2A_U05
M2_U02
M2_U06
X2A_U02
P2A_U03
P2A_U06
X2A_U03
X2A_U06
X2A_U07
P2A_U02
P2A_U07
X2A_U05
X2A_U04
X2A_U05
X2A_U08
X2A_U09
P2A_U08
P2A_U09
P2A_U10
K_U08
K_U09
K_U10
potrafi skutecznie komunikować się zarówno ze specjalistami jak i niespecjalistami w zakresie problematyki
właściwej dla studiowanego obszaru nauk ścisłych i przyrodniczych oraz w zakresie obszarów leżących na
pograniczu pokrewnych dyscyplin naukowych
potrafi określić kierunki dalszego doskonalenia wiedzy i umiejętności (w tym samokształcenia) w zakresie
wybranej specjalności oraz poza nią
posługuje się językiem angielskim w stopniu pozwalającym na samodzielne uzupełnianie wykształcenia oraz
komunikację ze specjalistami w zakresie tej samej lub pokrewnej specjalności, zgodnie z wymogami
określonymi dla poziomu B2+ Europejskiego Systemu Opisu Kształcenia Językowego
M2_U13
M2_U14
X2A_U05
X2A_U06
P2A_U10
X2A_U07
P2A_U11
X2A_U10
P2A_U12
M2_U15
Kompetencje społeczne
K_K01
K_K02
K_K03
K_K04
K_K05
K_K06
K_K07
rozumie potrzebę konieczność uczenia się przez całe życie w warunkach szybkiego wzrostu poziomu wiedzy
naukowej i zmieniających się warunkach życia, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych
osób
potrafi współdziałać i pracować w grupach, w tym interdyscyplinarnych zespołach zrzeszających
pracowników różnych dziedzin i dyscyplin badawczych; jest świadoma własnych ograniczeń i wie, kiedy
zwrócić się do ekspertów
potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonych zadań i przedsięwzięć o
zróżnicowanym, interdyscyplinarnym charakterze
rozumie i docenia znaczenie uczciwości intelektualnej w działaniach własnych i innych osób; ma
świadomość problemów etycznych w kontekście rzetelności badawczej (plagiat czy autoplagiat); ma
świadomość rozstrzygającej roli eksperymentu w weryfikacji teorii fizycznych; ma świadomość istnienia
metody naukowej w gromadzeniu wiedzy
rozumie potrzebę systematycznego zapoznawania się z czasopismami naukowymi i popularnonaukowymi
podstawowymi w wybranym obszarze nauk ścisłych i przyrodniczych, w celu poszerzenia i pogłębienia
wiedzy; jest świadomy zagrożeń przy pozyskiwaniu informacji z niezweryfikowanych źródeł, w tym z
Internetu
ma świadomość odpowiedzialności za podejmowane inicjatywy badań, eksperymentów lub obserwacji;
rozumie społeczne aspekty praktycznego stosowania zdobytej wiedzy i umiejętności oraz związaną z tym
odpowiedzialności
potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
X2A_K01
P2A_K01
M2_K01
X2A_K02
P2A_K02
M2_K02
X2A_K03
P2A_K03
X2A_K04
P2A_K04
X2A_K05
P2A_K05
X2A_K06
P2A_K06
X2A_K07
P2A_K07
Efekty kierunkowe nie uwzględniają wielu efektów obszarowych, gdyż nie jest możliwe aby w okresie dwóch lat kształcenia osiągnąć wszystkie efekty z
trzech obszarów kształcenia. Z punktu widzenia zadań zawodowych realizowanych przez specjalistę w zakresie biofizyki i biochemii widzenia nie jest też
konieczne aby posiadał on wiedzę i wszystkie umiejętności np. magistra fizyki, magistra biologii i magistra zdrowia publicznego.
Tabela efektów kierunkowych w odniesieniu do form realizacji modułów kształcenia
symbol
kierunkowych
efektów
kształcenia
K_W01
K_W02
K_W03
K_W04
K_W05
K_W06
K_W07
K_W08
K_W09
K_W10
K_W11
K_U01
K_U02
K_U03
K_U04
K_U05
K_U06
K_U07
K_U08
K_U09
K_U10
K_K01
K_K02
K_K03
K_K04
K_K05
K_K06
K_K07
formy realizacji efektów kształcenia
wykład ćwiczenia seminariu projekt (w laboratoria praktyki
m
tym praca
lub
magisterska) warsztaty
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Tabela efektów kierunkowych w odniesieniu do metod ich weryfikacji
symbol
kierunkowych
efektów
kształcenia
egzamin
ustny
metody weryfikacji efektów kształcenia
egzamin test projekt (w
esej/ sprawdzian
pisemny
tym praca raport pisemny
magisterska)
K_W01
K_W02
K_W03
K_W04
K_W05
K_W06
K_W07
K_W08
K_W09
K_W10
K_W11
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
K_U01
K_U02
K_U03
K_U04
K_U05
K_U06
K_U07
K_U08
K_U09
K_U10
+
+
K_K01
K_K02
K_K03
K_K04
K_K05
K_K06
K_K07
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Matryca efektów kształcenia
Znakami -, +, ++, +++, zaznaczamy, w jakim stopniu w trakcie realizacji danego modułu lub przedmiotu osiągane są kierunkowe efekty kształcenia. Jeśli zapis w
tabelce wykazuje, że danego efektu nie udaje się osiągnąć w zadawalającym stopniu w żadnym ze wskazanych modułów lub przedmiotów, oznacza to, że należy
przemodelować program dodając nowe moduły lub przedmioty. Jeśli zaś w tabeli podobne efekty osiągane są w stopniu zadawalającym w kilku modułach należy
rozważyć likwidację lub scalenie niektórych z nich.
moduły/bloki kształcenia (przedmioty/grupy przedmiotów)
symbol
kierunkowych
Pracownie
Seminaria
MED Proseminarium
FIZ MAT- CHEM Pracownia BIOL
efektów kształcenia
INF
fizyczna II
specjalistyczne
specjalistyczne
studenckie B2+
stopnia
doświadczalne
(SEM))
(LAB-D)
lub
komputerowe
(LAB-K)
K_W01
+++
+
K_W02
K_W03
K_W04
++
+++
K_W05
K_W06
K_W07
K_W08
K_W09
K_W10
K_W11
K_U01
K_U02
K_U03
K_U04
K_U05
K_U06
K_U07
K_U08
K_U09
+++
+++
Pracownia
OGN Praktyki
specjalistyczna II
studenckie
i
PRACA
MAGISTERSKA
++
++
+
+
++
+
++
+
+++
+
+++
+
+++
++
+++
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+++
+++
+++
+++
+
+
+++
+++
+
+
+
+++
+
+
+++
+++
+++
+++
++
+
+++
+++
+
+++
+++
+++
+
+
+
+++
++
++
+++
+
+
+
+++
++
++
+++
++
++
++
+
+
+
++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
++
+
+++
+++
++
++
+++
+++
K_U10
K_K01
K_K02
K_K03
K_K04
K_K05
K_K06
K_K07
+
+
+
+
+
+
+
+++
+++
++
+
+
+
+
+++
+++
+++
++
++
+
+
+++
+
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+++
+
+++
+++
+++
+++
+
+
++
+++
B3. Program studiów
liczba punktów ECTS konieczna dla uzyskania kwalifikacji (tytułu zawodowego) określonej dla
rozpatrywanego programu kształcenia – 120 ECTS
łączna liczba punktów ECTS, którą student musi uzyskać na zajęciach wymagających bezpośredniego
udziału nauczycieli akademickich i studentów – minimum 70 ECTS
łączna liczba punktów ECTS, którą student musi uzyskać w ramach zajęć z zakresu nauk
podstawowych, do których odnoszą się efekty kształcenia dla określonego kierunku, poziomu i profilu
kształcenia:
- Fizyka Medyczna: 42 ECTS
- Neuroinformatyka: 39 ECTS
- Biofizyka molekularna: 43 ECTS
- Projektowanie molekularne i bioinformatyka 34 ECTS
- Biofizyka i biochemia widzenia : 18 ECTS
łączna liczba punktów ECTS, którą student musi uzyskać w ramach zajęć o charakterze praktycznym,
w tym zajęć laboratoryjnych i projektowych [jeśli są w programie]
- Fizyka Medyczna: 78 ECTS
- Neuroinformatyka: 50 ECTS
- Biofizyka molekularna: 66,5 ECTS
- Projektowanie molekularne i bioinformatyka 66,5 ECTS
- Biofizyka i biochemia widzenia 45,5 ECTS
wymiar, zasady i forma odbywania praktyk, w przypadku, gdy program kształcenia przewiduje
praktyki
Biofizyka molekularna, Projektowanie molekularne i bioinformatyka: wymiar: 2 tygodnie (2
ECTS), zasady: porozumienie między Wydziałem Fizyki UW a instytucją zewnętrzną (instytucją
naukowo-badawczą lub wdrożeniową), ubezpieczenie studenta przez uczelnię, forma odbywania
praktyk: zgodnie z indywidualnymi ustaleniami z opiekunem praktyk i opiekunem pracy magisterskiej
dotyczącymi zakresu obowiązków praktykanta (praktyka może być związana z przygotowaniem
wyników badań w ramach pracy magisterskiej).
dla kierunku przyporządkowanego do więcej niż jednego obszaru kształcenia określenie procentowego
udziału liczby punktów ECTS dla każdego z tych obszarów w łącznej liczbie punktów ECTS
Fizyka medyczna: 120 ECTS w tym ścisłe
ogólnouniwersyteckie 8%
Neuroinformatyka: 120 ECTS.,
67%, przyrodnicze 9%, medyczne
16%,
w tym ścisłe: 75 %, przyrodnicze: 17%, medyczne 0%,
Biofizyka molekularna: w tym ścisłe: 65% ECTS, przyrodnicze: 24% ECTS, medyczne: 5%,
Projektowanie molekularne i bioinformatyka: w tym ścisłe: 83% ECTS, przyrodnicze: 3% ECTS,
medyczne: 8%, ogólnouniwersyteckie 6%
Biofizyka i biochemia widzenia: w tym ścisłe: 30% ECTS, przyrodnicze: 10% ECTS, medyczne:
54%, ogólnouniwersyteckie 6%
LISTA FIZ (efekty kształcenia: K_W01, K_W04, K_W05, K_W06, K_W07, K_U01, K_U02,
K_U03, K_U05, K_U06, K_K01, K_K03, K_K05)
Nazwa przedmiotu
wykład
Współczesne metody
30
doświadczalne fizyki materii
Elektrodynamika dla
30
neuroinformatyków
Podstawy fizyki kwantowej i
30
budowy
Wybrane zagadnienia z fizyki
30
współczesnej (do wyboru)
Wykład uzupełniajacy z fizyki (do 30 (lub wi
wyboru)
ecej)
Molekularna mechanika kwantowa
30
punkty
ECTS
6
forma
zaliczenia
egzamin
6
egzamin
30
6
egzamin
30
6
egzamin
6
egzamin
6
egzamin
6
egzamin
ćwiczenia
konwersatorium
30
30
30 (lub
więcej)
30
Biofizyka doświadczalna
60
Wybrane aspekty fizyki
45
45
9
egzamin
Wstęp do biofizyki
30
30
5
egzamin
Wstep do optyki fourierowskiej
14
16
3
egzamin
Fizyka statystyczna
30
30
6
egzamin
Stochastyczny opis fizycznych
zjawisk
Metody biologii strukturalnej
30
30
6
egzamin
30
30
5
egzamin
LISTA MAT-INF (efekty kształcenia: K_W02, K_U01, K_U02, K_U03, K_U01, K_U02, K_U03)
Nazwa przedmiotu
punkty
ECTS
9
forma
zaliczenia
egzamin
30
6
egzamin
30
30
60
30
8
6
egzamin
egzamin
30
30
5
egzamin
15
45
6
zaliczenie na
ocenę
30
30
5
egzamin
60
30
8
egzamin
30
30
5
egzamin
60
5
egzamin
30
3
egzamin
wykład
ćwiczenia
Wybrane zagadnienia matematyki
45
45
Bioinformatyka i modelowanie
30
Statystyka II
Programowanie zaawansowane
Modelowanie matematyczne
procesów w biologii i medycynie
Modelowanie komputerowe układu
nerwowego
Algorytmika i metody obliczeniowe
bioinformatyki
Metody matematyczne i
obliczeniowe fizyki
Metody wirtualnej rzeczywistości
w modelowaniu układów
biomolekularnych
Metody modelowania
matematycznego i komputerowego
w
naukach
przyrodniczych
Metody
statystyczne
w
epidemiologii
konwersatorium
Technologie w skali genomowej II
30
60
7
egzamin
Modelowanie złożonych systemów
biologicznych
30
60
7
egzamin
Lista CHEM (efekty kształcenia: K_W01, K_W02, K_W04, K_W06, K_U01, K_U02, K_U03,
K_U05, K_U06, K_K01, K_K05)
Nazwa przedmiotu
Mechanizmy reakcji w chemii
organicznej i bioorganicznej
Interpretacja widm
spektroskopowych związków
Makromolekuły w procesie
widzenia
15
15
punkty
ECTS
3
15
15
3
egzamin
4
egzamin
wykład
ćwiczenia
30
Lista Pracownia fizyczna II stopnia (efekty kształcenia:
K_U02, K_U03, K_U07, K_K02, K_K03, K_K04, K_K05)
Nazwa przedmiotu
konwersatorium
wykład
ćwiczenia
forma
zaliczenia
egzamin
K_W04, K_W05, K_W07, K_U01,
konwersatorium
punkty
ECTS
forma
zaliczenia
Pracownia fizyczna II stopnia A
45
5
zaliczenie
na ocenę
Pracownia fizyczna II stopnia B
45
5
zaliczenie
na ocenę
Pracownia fizyczna stopnia II
OA
45
5
zaliczenie
na ocenę
Lista BIOL efekty kształcenia:
K_K05)
Nazwa przedmiotu
K_W01, K_W04, K_W06, K_U01, K_U02, K_U06, K_K01,
wykład
Genomika z inżynierią genetyczną
30
Neurobiologia
Sygnały bioelektryczne
ćwiczenia
60
konwersatorium
punkty
ECTS
forma
zaliczenia
8
egzamin
30
3
egzamin
15
2
Egzamin
Lista LAB-D (efekty kształcenia: K_W04, K_W05, K_W07, K_U01, K_U02, K_U03, K_U07,
K_K01, K_K02, K_K03, K_K04 K_K01, K_K05)
Nazwa przedmiotu
wykład
ćwiczenia
konwersatorium
punkty
ECTS
forma
zaliczenia
Pracownia inżynierii genetycznej
75
5
zaliczenie na
ocenę
Pracownia biofizyki
doświadczalnej
105
10
ocena
Laboratorium diagnostyki
radiacyjnej
90
8
ocena
Pracownia sygnałów
bioelektrycznych
60
6
zaliczenie na
ocenę
Lista LAB-K (efekty kształcenia: K_W04, K_W05, K_W07, K_U01, K_U02, K_U03, K_U07,
K_K01, K_K02, K_K03, K_K04 K_K01, K_K05)
Nazwa przedmiotu
punkty
ECTS
forma
zaliczenia
30
5
egzamin
45
6
zaliczenie na
ocenę
120
10
zaliczenie na
ocenę
wykład
ćwiczenia
Modelowanie matematyczne
procesów w biologii i medycynie
30
nerwowego
15
Pracownia projektowania
molekularnego i bioinformatyki
konwersatorium
Lista SEM . (efekty kształcenia: K_W01, K_W04, K_W05, K_W06, K_W07, K_U03, K_U04,
K_U05, K_U06, K_U07, K_U09, K_K01, K_K04, K_K05
Nazwa przedmiotu
Seminarium biofizyki oraz
projektowania molekularnego i
bioinformatyki
Seminarium fizyki biomedycznej
Seminarium nauk o widzeniu
wykład
ćwiczenia
konwersatorium
punkty
ECTS
30
3
30
3
120
12
forma
zaliczenia
zaliczenie na
ocenę
ocena
Lista MED. (efekty kształcenia: K_W03, K_W04, K_W05, K_W06, K_U02, K_U05,
K_U06_K_U08)
Nazwa przedmiotu
punkty
ECTS
6
forma
zaliczenia
egzamin
30
5
egzamin
30
30
5
egzamin
30
30
6
egzamin
90
7
ocena
6
egzamin
4
egzamin
wykład
ćwiczenia
Podstawy medycyny molekularnej
30
30
Projektowanie leków
30
Fizyczne podstawy radioterapii
Planowanie radioterapii
Staż z diagnostyki radiacyjnej
konwersatorium
Obrazowanie medyczne
60
Optometria geriatryczna
i niedowidzenie
30
Farmakologia oczna
30
3
egzamin
Ochrona radiologiczna I
30
3
egzamin
Optometria pediatryczna
30
3
egzamin
Kliniczne aspekty pomiaru refrakcji
15
45
7
egzamin
Ortoptyka i ćwiczenia wzrokowe
15
15
3
egzamin
Lista OGN.(efekty kształcenia: K_W09, K_W10, K_K04)
Nazwa przedmiotu
wykład
ćwiczenia
konwersatorium
punkty
ECTS
1
forma
zaliczenia
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
Własność intelektualna i
przedsiębiorczość
Przedmiot ogólnouniwersytecki
30
30
3
Przedmiot do wyboru z listy
wydziałów matematycznoprzyrodniczych
45
4
30
3
zaliczenie na
ocenę
6
zaliczenie na
ocenę
wydziałów
matematycznoprzyrodniczych
30
45(30)
30
(15)
5
zaliczenie na
ocenę lub
egzamin
Fizyka medyczna
I semestr
Nazwa przedmiotu
Pracownia fizyczna stopnia II A
Wybrane przedmioty z bloku FIZ
Przedmioty do wyboru z listy
wydziałów matematycznoprzyrodniczych lub dozymetria1
Wykła Ćwiczeni Konwersatoriu
d
a
m
Punkty
ECTS
45
75
75
30
30
30
30
5
15
Forma zaliczenia
zaliczenie na
ocenę
egzamin
6
egzamin
1
egzamin
zaliczenie na
ocenę
3
Łączna liczba godzin: 315
Łączna liczba punktów ECTS: 30
II semestr
Nazwa przedmiotu
Pracownia fizyczna stopnia II B
Fizyczne podstawy radioterapii
Neurobiologia
Wykład Ćwiczenia
Konwersatoriu
m
Punkty
ECTS
45
30
30
60
15
5
5
3
9
30
60
2
30
3
30
3
Forma zaliczenia
zaliczenie na
ocenę
egzamin
egzamin
egzamin
egzamin
egzamin lub
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
III semestr
Nazwa przedmiotu
Wykład Ćwiczenia
Statystyka II
30
60
Modelowanie matematyczne procesów
30
30
w biologii i medycynie
Planowanie radioterapii
30
30
Laboratorium diagnostyki radiacyjnej
90
Konwersatoriu
m
Punkty
ECTS
8
5
30
6
8
3
Forma zaliczenia
egzamin
egzamin
egzamin
ocena
ocena
1
Dozymetria (Ochrona radiologiczna 2) jest przedmiotem uzupełniającym, zalecanym dla studentów, którzy nie zaliczyli
takiego przedmiotu w toku wcześniejszych studiów.
IV semestr
Nazwa przedmiotu
Proseminarium magisterskie B2+e
Wykład
Ćwiczeni Konwersatoriu
a
m
15
30
Punkty
ECTS
2
2
6
Forma zaliczenia
ocena
ocena
egzamin lub
zaliczenie na
ocenę
20
egzamin
60
Przedmioty ogólnouniwersyteckie
Pracownia specjalistyczna II i praca
magisterska
240
Łącznie przez 4 semestry: 1320 godzin i 120 ECTS
Neuroinformatyka
I semestr
Nazwa przedmiotu
Elektrodynamika dla
neuroinformatyków
Wykła Ćwiczeni
d
a
Konwersatorium Punkty ECTS
75
75
15
30
30
Forma
zaliczenia
egzamin
6
egzamin
60
5
egzamin
30
1
egzamin
3
zaliczenie na
ocenę
30
II semestr
Nazwa przedmiotu
Programowanie zaawansowane
Wykład
60
30
Ćwiczeni
a
Konwersatorium Punkty ECTS Forma zaliczenia
60
10
egzamin
30
6
egzamin
60
8
30
3
30
3
egzamin
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
III semestr
Nazwa przedmiotu
Wykład
Modelowanie matematyczne procesów
30
w biologii i medycynie
15
nerwowego
Statystyka II
30
wydziałów matematyczno30
przyrodniczych
Ćwiczeni
a
30
5
45
6
60
8
zaliczenie na
ocenę
egzamin
3
egzamin
30
3
Proseminarium magisterskie B2+
15
2
30
3
egzamin
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
IV semestr
Nazwa przedmiotu
Wykład
Ćwiczeni
a
30
3
30
3
15
2
30
2
Pracownia specjalistyczna II i praca
magisterska
240
Łączna liczba punktów ECTS: 30,
20
egzamin
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
zaliczenie na
ocenę
egzamin
I semestr
Nazwa przedmiotu
Wykła Ćwiczenia Konwersatoriu
m
d
45
30
30
Punkty
ECTS
5
6
zaliczenie na ocenę
egzamin
6
egzamin
9
egzamin
1
egzamin
3
egzamin lub zaliczenie
na ocenę
d
m
45
30
30
Punkty
ECTS
5
6
Forma zaliczenia
d
m
60
30
30
30
Punkty
ECTS
6
3
6
Forma zaliczenia
120
9
ocena
15
15
3
egzamin
15
15
3
egzamin
Pracownia fizyczna II stopnia A
Wybrane zagadnienia z fizyki
współczesnej (do wyboru z listy
studiów I stopnia)*
Wykład uzupełniający z fizyki (do 30 (lub 30 (lub
wyboru)**
więcej) więcej)
Wybrane zagadnienia matematyki 45
45
30
30
Forma zaliczenia
* zalecany wykład: Wstęp do optyki i fizyki materii skondensowanej
** zalecany wykład: Termodynamika z elementami fizyki statystycznej
II semestr
Nazwa przedmiotu
Pracownia fizyczna II stopnia B
Molekularna mechanika
egzamin
kwantowa
Podstawy medycyny molekularnej 30
30
6
egzamin
Neurobiologia
30
3
egzamin
Genomika z inżynierią
30
60
8
genetyczną*
Praktyki studenckie (2 tygodnie)
2
zaliczenie
* Wykład do wyboru z wykładem „Genetyka z inzynierią genetyczną” (Wydział Biologii UW)
III semestr
Nazwa przedmiotu
Biofizyka doświadczalna
Bioinformatyka i modelowanie
Pracownia biofizyki
doświadczalnej
Mechanizmy reakcji w chemii
organicznej i bioorganicznej
Interpretacja widm
spektroskopowych związków
organicznych
egzamin
ocena
egzamin
IV semestr
Nazwa przedmiotu
projektowania
Proseminarium studenckie B2+
Pracownia specjalistyczna II i
praca magisterska
m
d
45
240
Łącznie przez 4 semestry 1275 godzin i 120 ECTS
Punkty
ECTS
Forma zaliczenia
30
3
30
3
4
egzamin lub zaliczenie
na ocenę
20
egzamin
Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka
I semestr
Nazwa przedmiotu
m
d
Algorytmika i metody
30
30
obliczeniowe bioinformatyki
Metody matematyczne i
60
30
obliczeniowe fizyki
Fizyka statystyczna
30
30
Projektowanie leków
30
30
Metody biologii strukturalnej
30
30
30
II semestr
Nazwa przedmiotu
d
m
Molekularna mechanika kwantowa 30
30
Metody wirtualnej rzeczywistości
30
30
w bioinformatyce
Metody modelowania
45
matematycznego i komputerowego
w naukach przyrodniczych
Podstawy medycyny molekularnej
30
30
Stochastyczny opis fizycznych
30
30
zjawisk
Praktyki studenckie (2 tygodnie)
III semestr
Nazwa przedmiotu
Wykład Ćwiczenia Konwersatoriu
m
Technologie w skali genomowej II 30
60
Modelowanie złożonych
30
60
systemów biologicznych
60
Pracownia projektowania
120
Punkty
ECTS
5
Forma zaliczenia
8
egzamin
6
5
5
egzamin
egzamin
egzamin
1
egzamin
Punkty
ECTS
6
6
Forma zaliczenia
4
egzamin
6
6
egzamin
egzamin
2
zaliczenie
Punkty
ECTS
7
Forma zaliczenia
7
egzamin
6
egzamin lub
10
egzamin
egzamin
egzamin
IV semestr
Nazwa przedmiotu
projektowania molekularnego i
bioinformatyki
Proseminarium studenckie B2+
Pracownia specjalistyczna II i
praca magisterska
Wykł
ad
Ćwicze
nia
Konwersatori
um
30
30
45
240
Łącznie przez 4 semestry 1365 godzin i 120 ECTS
Punkty
ECTS
3
3
4
20
Forma zaliczenia
egzamin lub
egzamin
I semestr
Nazwa przedmiotu
Podstawy fizyki kwantowej i
budowy materii z elementami
termodynamiki
Obrazowanie medyczne
Makromolekuły w procesie
widzenia
Wstęp do optyki fourierowskiej
Optometria geriatryczna i
niedowidzenie
d
a
m
30
Punkty
ECTS
30
60
30
14
Forma zaliczenia
16
6
6
egzamin
egzamin
4
3
egzamin
egzamin
4
lub egzamin
4
3
egzamin
45
30
30
II semestr
Nazwa przedmiotu
Pracownia fizyczna stopnia II OA
Farmakologia oczna
Ochrona radiologiczna I
Neurobiologia
Wstęp do biofizyki
Optometria pediatryczna
d
a
m
45
30
30
30
30
30
30
45(30)
Punkty
ECTS
5
3
3
3
5
3
(15)
5
3
30
Forma zaliczenia
egzamin
egzamin
egzamin
egzamin
egzamin
lub egzamin
III semestr
Nazwa przedmiotu
Pracownia fizyczna stopnia II OB
Metody statystyczne w
epidemiologii
Kliniczne aspekty badania refrakcji
Ortoptyka i ćwiczenia wzrokowe
Wykła
Konwersatoriu
d Ćwiczenia
m
45
30
15
15
45
15
Punkty
ECTS
5
3
7
3
egzamin
egzamin
egzamin
3
3
3
2
lub egzamin
egzamin
30
30
30
15
30
Forma zaliczenia
1
egzamin
IV semestr
Nazwa przedmiotu
Proseminarium magisterskie B2
Seminarium
Pracownia specjalistyczna i praca
magisterska
Wykład
Ćwiczeni Konwersatoriu
a
m
15
30
60
240
Łączna liczba punktów ECTS: 30,
Punkty
ECTS
2
2
6
Forma zaliczenia
egzamin lub
20
egzamin
ZAŁĄCZNIK C
Cl. Informacja o minimum kadrowym
Informacje o dorobku naukowym tych nauczycieli akademickich, którzy będą stanowili minimum
kadrowe na proponowanym nowym kierunku. Przypisanie nazwisk do konkretnych wykładów jest
orientacyjne i może ulec zmianie. Inne przedmioty, jak na przykład wykłady i ćwiczenia z fizyki i
matematyki, prowadzone będą przez pracowników Wydziału Fizyki, Matematyki, Chemii lub Biologii
nieuwzględnionych w poniższej liście. Na Wydziale Fizyki pracuje 216 nauczycieli akademickich , a
studiuje 864 osób, co daje liczbę 4 studenta na jednego nauczyciela akademickiego (stan na koniec
roku 2011).
1. Imię i nazwisko: Jan Antosiewicz
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk fizycznych)
Kariera naukowa: magisterium 1978, doktorat 1985, habilitacja 1999
1978 – 1986 asystent, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW
1986 – 2001 adiunkt, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW
2002 – do chwili obecnej - prof. UW, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW
1986 – 1988 staż podoktorski, Instytut Maxa Plancka, Getynga, Niemcy
1992 – 1992 staż podoktorski, Uniwersytet Houston w Houston, Texas i Uniwersytet Kalifornijski w
San Diego, Kalifornia, USA
Ważniejsze publikacje naukowe (max.5):
The nature of protein dipole moment: Experimental and calculated permanent dipole of αchymotrypsin. J. Antosiewicz and D. Porschke, Biochemistry, 28, 10072-10078 (1989)
Prediction of pH-dependent properties of proteins. J. Antosiewicz, J. A. McCammon and M. K.
Gilson, J. Mol. Biol., 238, 415-436 (1994)
Computation of dipole moments of proteins, J. Antosiewicz, Biophys. J., 69, 1344-1354 (1995)
Effects of pH in the kinetics on binding of mRNA-cap analogues by translation initiation factor
eIF4E. M. Długosz, E. Błachut-Okrasińska, E. Bojarska, E. Darzynkiewicz and J. M. Antosiewicz,
Eur. J. Biophys., 31, 608-616 (2003)
Effects of solute-solvent proton exchange on polypeptide chain dynamice. A constant pH molecular
dynamics study, M. Długosz and J. M. Antosiewicz, J. Phys. Chem. B, 109, 13777-13784 (2005)
Prowadzone zajęcia:
Wykłady: Wstęp do Biofizyki, Wstęp do Fizyki (Uniwersytet Warmińsko-Mazurski), Biofizyka
molekularna II, Biofizyka molekularna dla biologów, Fizyka z matematyką
Pracownie: I Pracownia fizyczna, II Pracownia fizyczna, Pracownia z chemii fizycznej, Pracownia z
biofizyki molekularnej, Pracownia biofizyki dla zaawansowanych, Pracownia licencjacka
Inne: Ćwiczenia rachunkowe do Wstępu do Fizyki, Opieka nad magistrantami i doktorantami
2.Imię i nazwisko: Maria Agnieszka Bzowska
1984 – 1990 - asystent, Zakład Biofizyki,Wydział Fizyki, UW
1990 – do chwili obecnej - adiunkt, zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW
1.
G. Koellner, M. Luić, D. Shugar, W. Saenger, A. Bzowska, Crystal structure of calf spleen
purine nucleoside phosphorylase in a complex with hypoxanthine at 2.15 Å resolution. J. Mol. Biol.
265, 202-216 (1997)
2.
A. Bzowska, E. Kulikowska, D. Shugar, Purine nucleoside phosphorylase: properties,
functions and clinical aspects. Pharmacology & Therapeutics 88, 349-425 (2000)
3.
G. Koellner, A. Bzowska, B. Wielgus-Kutrowska, M. Luić, T. Steiner, W. Saenger, J.
Stępiński, Open and closed conformation of the E. coli purine nucleoside phosphorylase active center
and implications for the catalytic mechanism. J. Mol. Biol. 315, 351-371 (2002)
4.
A. Bzowska, Calf spleen purine nucleoside phosphorylase: complex kinetic mechanism,
hydrolysis of 7-methylguanosine, and oligomeric state in solution. Biochim. Biophys. Acta 1596,
293-317 (2002)
5.
A. Bzowska, G. Koellner, B. Wielgus-Kutrowska, A. Stroh, G. Raszewski, A. Holý, T.
Steiner, J. Frank Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase with two full trimers
in the asymmetric unit: important implications for the mechanism of catalysis. J. Mol. Biol. 342,
1015-1032 (2004)
Prowadzone zajęcia::
Wykłady: Biofizyka molekularna II
biofizyki molekularnej, Pracownia podstaw biofizyki, Pracownia biofizyki dla zaawansowanych,
Pracownia licencjacka
Inne: Opieka nad magistrantami i doktorantami
3.Imię i nazwisko: Edward Darżynkiewicz
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk biologicznych w zakresie biofizyki)
Kariera naukowa: magisterium 1970, doktorat 1976 (doktor nauk chemicznych), habilitacja 1994
1970 – 2001 pracownik naukowo-dydaktyczny Wydziału Fizyki UW;
2001 – do chwili obecnej profesor UW, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki UW;
1978 – 1980 - zagraniczny staż naukowy, Roche Inst. of Molecular Biology, Nutley, NY (USA)
1984, 1985, 1987 – trzymiesięczne wizyty (visiting professor) w University of Southern California,
Los Angeles (USA)
1.
Y. Yoffe, J. Żuberek, A. Lerer, M. Lewdorowicz, J. Stępiński, M. Altmann, E.
Darżynkiewicz, M. Shapira, Binding Specificities and Potential Roles of Isoforms of Eukaryotic
Initiation Factor 4E in Leishmania, Eukaryotic Cell, 5, 1969-1979 (2006)
2.
E. Grudzień, M. Kałek, J. Jemielity, E. Darżynkiewicz, R.E. Rhoads, Differential Inhibition of
mRNA Degradation Pathways by Novel Cap Analogs, J. Biol. Chem., 281, 1857-1867 (2006)
3.
S.V. Slepenkov, E. Darżynkiewicz, R.E. Rhoads, Stopped-flow kinetic analysis of eIF4E and
phosphorylated eIF4E binding to cap analogs and capped oligoribonucleotides - Evidence for a onestep binding mechanism, J. Biol. Chem., 281, 14927-14938 (2006)
4.
G. Cheng, L. Cohen, C. Mikhli, M. Jankowska-Anyszka, J. Stępiński, E. Darżynkiewicz, R.E.
Davis, In vivo translation and stability of trans-spliced mRNAs in nematode embryos, Mol. Biochem.
Parasitology, 153, 95-106 (2007)
5.
J. Żuberek, D. Kubacka, A. Jabłonowska, J. Jemielity, J. Stępiński, N. Sonenberg, E.
Darżynkiewicz, Weak binding affinity of human 4EHP for mRNA cap analogs, RNA, 13, 691-697
(2007)
Wykłady: Chemia organiczna, część wykładu z Biochemii, Genetyka molekularna, Biochemia (dla
ZFBM), Biologia molekularnej z genetyką
Pracownie: Pracownia chemii fizycznej, Pracownia z biochemii, Pracownia z genetyki, Pracownia
biofizyki dla zaawansowanych, Pracownia licencjacka
2
4.Imię i nazwisko: Tomasz Grycuk
Stopień naukowy: dr (doktor nauk fizycznych)
Kariera naukowa: magisterium 1991, doktorat 2002
1992 – 2002 - asystent, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW
2002 – do chwili obecnej - adiunkt, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW
1.
J. Antosiewicz, T. Grycuk, D. Porschke, Brownian dynamics simulations of electrooptical
transients for solutions of rigid macromolecules, J. Chem. Phys., 95, 1354-1360 (1991)
2.
T. Grycuk, Revision of the model system concept for the prediction of pKa's in proteins, J.
Phys. Chem. B, 106, 1434-1445 (2002)
3.
T. Grycuk, Deficiency of the Coulomb-field approximation in the generalized Born model:
An improved formula for Born radii evaluation, J. Chem. Phys., 119, 4817-4826 (2003)
Ćwiczenia rachunkowedo wykładów: Wstęp do Fizyki I-IV, Fizyka z matematyką, Fizyka atomów,
cząsteczek i makrocząsteczek biologicznych
Pracownie: I Pracownia Fizyczna, Technologii Informacyjnej, Praktyka programowania
5.Imię i nazwisko: Jacek Jemielity
Stopień naukowy: dr (doktor nauk chemicznych)
Kariera naukowa: magisterium 1997, doktor 2002
1997 – 2002 Studia Doktoranckie, Wydział Chemii UW
2002 – do chwili obecnej - adiunkt w Zakładzie Biofizyki IFD UW
• Kalek M., Jemielity J., Darzynkiewicz Z.M., Bojarska E., Stepinski J., Stolarski R., Davis R.E.,
Darzynkiewicz E., Enzymatically Stable 5’ mRNA Cap Analogs: Synthesis and Binding Studies with
Human DcpS Decapping Enzyme. Bioorganic and Medicinal Chemistry 14, 3223-3230 (2006)
• Grudzien E., Kalek M., Jemielity J, Darzynkiewicz E, Rhoads RE; Differential inhibition of
mRNA degradation pathways by novel cap analogs. Journal of Biological Chemistry 281, 1857-1867
(2006)
• Kalek, M., Jemielity, J., Stepinski, J., Stolarski, R., Darzynkiewicz, E., A direct method for the
synthesis of nucleoside 5'-methylenebis(phosphonate)s from nucleosides. Tetrahedron Letters 46,
2417-2421 (2005)
• Zuberek J., Jemielity J., Jablonowska A., Stepinski A., Dadlez M., Stolarski R., Darzynkiewicz E.,
, Influence of electric charge variation at residues 209 and 159 on interaction of eIF4E with the
mRNA 5' terminus, Biochemistry 43, 5370-5379 (2004)
• Jemielity J, Fowler T, Zuberek J, Stepinski J, Lewdorowicz M, Niedzwiecka A, Stolarski R,
Darzynkiewicz E, Rhoads RE; Novel "anti-reverse" cap analogs with superior translational properties
RNA 9; 1108-1122 (2003)
Wykłady: 1/3 Wykładu z biochemii, Chemia bioorganiczna, Chemia medyczna i projektowanie leków
Pracownie: Pracownia z chemii organicznej dla biologów (Wydział Chemii UW), Pracownia z
identyfikacji związków organicznych (Wydział Chemii UW), Pracownia z chemii fizycznej,
Pracownia z biochemii, Pracownia chemii, Pracownia biofizyki dla zaawansowanych
Inne: Opieka nad licencjatami, magistrantami i doktorantami
3
6.Imię i nazwisko: Borys Kierdaszuk
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk fizycznych w zakresie biofizyki)
1984 – 1985 asystent, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW
1.
Włodarczyk J. and Kierdaszuk B., Interpretation of fluorescence decays using a power-like
model. Biophysical Journal, 85, 589-598 (2003)
2.
Lapinski L., Ramaekers R., Kierdaszuk B., Maes G., Nowak M.J., Photochemical syn-anti
isomerisation reactions in N4-methoxycytosines. A matrix isolation study. Journal of Photochemistry
and Photobiology A: Chemistry, 163, 489-495 (2004)
3.
Dandanell G., Szczepanowski R.H., Kierdaszuk B., Shugar D., Bochtler M., Escherichia coli
Purine Nucleoside Phosphorylase II, the product of the xapA gene. Journal of Molecular Biology,
348, 113-125 (2005)
4.
Włodarczyk J., Kierdaszuk B., Fluorescence decay heterogeneity model based on electron
transfer processes in an enzyme-ligand complex. Acta Physics Polonica, 107, 883-894 (2005)
5.
Lapinski L., Nowak M.J., Sobolewski A., Kierdaszuk B., Photoisomerizations of N4hydroxycytosines Journal of Physical Chemistry A, 110:5038–5046 (2006)
Wykłady: Wstęp do spektroskopii molekularnej, Biofizyka molekularna I, Biofizyka molekularna II,
Wykłady monograficzny: Spektroskopia emisyjna cząsteczek biologicznych i jej zastosowania
biomedyczne, Fizyka atomu, cząsteczki i makrocząsteczki, Metody fizyczne w biologii i medycynie
Ćwiczenia do wykładu: Fizyka atomu, cząsteczki i makrocząsteczki
biochemii, Pracownia podstaw biofizyki
7.Imię i nazwisko: Joanna Kowalska
Stopień naukowy: doktor nauk fizycznych w zakresie biofizyki
Kariera naukowa: licencjat – 2005, Wydział Biologii UW, magisterium – 2006, Wydział Chemii UW
, doktorat – 2010, Wydział Fizyki UW
2002 – 2006 Studia międzywydziałowe w ramach MISMaP, UW
2006 – 2010 Studia Doktoranckie, Wydział Fizyki UW
X 2010 – I 2011 – wykładowca, Zakład Biofizyki Instytutu Fizyki Doświadczalnej, Wydział Fizyki
UW
• Kuhn,A.N., Diken,M., Kreiter,S., Selmi,A., Kowalska,J., Jemielity,J., Darzynkiewicz,E., Huber,C.,
Tureci,O. and Sahin,U. (2010) Phosphorothioate cap analogs increase stability and translational
efficiency of RNA vaccines in immature dendritic cells and induce superior immune responses in
vivo. Gene Ther.
• Kowalska,J., Lukaszewicz,M., Zuberek,J., Darzynkiewicz,E. and Jemielity,J. (2009)
Phosphoroselenoate Dinucleotides for Modification of mRNA 5' End. Chembiochem., 10, 2469-2473.
• Kowalska,J., Lukaszewicz,M., Zuberek,J., Ziemniak,M., Darzynkiewicz,E. and Jemielity,J. (2009)
Phosphorothioate analogs of m7GTP are enzymatically stable inhibitors of cap-dependent translation.
Bioorg. Med. Chem. Lett., 19, 1921-1925.
• Kowalska,J., Lewdorowicz,M., Zuberek,J., Grudzien-Nogalska,E., Bojarska,E., Stepinski,J.,
Rhoads,R.E., Darzynkiewicz,E., Davis,R.E. and Jemielity,J. (2008) Synthesis and characterization of
mRNA cap analogs containing phosphorothioate substitutions that bind tightly to eIF4E and are
resistant to the decapping pyrophosphatase DcpS. RNA., 14, 1119-1131.
4
5. Grudzien-Nogalska,E., Jemielity,J., Kowalska,J., Darzynkiewicz,E. and Rhoads,R.E. (2007)
Phosphorothioate cap analogs stabilize mRNA and increase translational efficiency in mammalian
cells. RNA., 13, 1745-1755.
Ćwiczenia do wykładów: Chemia Organiczna - ćwiczenia, Chemia Bioorganiczna
Pracownie: Praktikum chemii, Pracownia chemii, Pracownia chemii fizycznej, Pracownia biochemii,
Pracownia biofizyki dla zaawansowanych
Inne:opieka nad studentami
8.Imię i nazwisko: Bogdan Lesyng
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk fizycznych w zakresie biofizyki)
Tytuł naukowy: profesor
Kariera naukowa: magisterium 1972, doktorat 1976, habilitacja 1985, tytuł profesora 1997
Stypendysta Fundacji Humboldta w MPI of Experimental Medicin, Goettingen
„Visiting profesor” na Uniwersytetach w Pittsburgu, Houston, San Diego i Berlinie
1. B. Lesyng, P. Bala, D. Erwin, EUROGRID - European Computational Grid Testbed, J. Parallel &
Distributed Computing, 63, 590-596 (2003)
2. B. Lesyng, W. Rudnicki, Molecular Modelling in Drug Design, in “Optimization of Aerosol Drug
Delivery“, Kluwer, Dordrecht, pp.23-48, 2003; ISBN 1-4020-1651-4
3. M. Wojciechowski, B. Lesyng, Generalized Born Model: Analysis, Refinement and Applications
to Proteins, J. Phys. Chem. B, 108, 18368-18376 (2004)
4. T. J. Lampidis, C. M. Kurtoglu, J. C. Maher, H. Liu, A. Krishan, V. Sheft, S. Szymanski, I. Fokt,
W. R. Rudnicki, K. Ginalski, B. Lesyng, W. Priebe, Efficacy of 2-halogen Substituted D-glucose
Analogs in Blocking Glycolysis and Killing ‘‘hypoxic tumor cells’’, Cancer Chemother. &
Pharmacol, 58, 725-734 (2006)
5. Gorecki, J. Trylska, B. Lesyng, Causal Relations in Molecular Dynamics from the Multivariate
Autoregressive Model, Europhys. Lett., 75, 503–509 (2006)
Wykłady: Wstęp do modelowania matematycznego i komputerowego w naukach przyrodniczych
(wykład z pracownią komputerową), Metody bioinformatyki i modelowania układów
biomolekularnych, część wykładu z Modelowania układów materiałowych (ICM UW), Wstęp do
biofizyki, Mechanika kwantowa II dla studentów biofizyki – wykład i ćwiczenia, Modelowanie
molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna, Wstęp do bioinformatyki
Pracownie: Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna
9.Imię i nazwisko: Maciej Łukaszewicz
Stopień naukowy: dr (doktor nauk biologicznych)
2000 – 2004 Studia doktoranckie (School of Biosciences, University of Birmingham, Wielka
Brytania)
2004 – 2005 Staż podoktorski (School of Biology, University of Leeds, Wielka Brytania)
2006 – 2009 Starszy referent inżynieryjno-techniczny, Zakład Biofizyki IFD UW
5
2009 – do chwili obecnej – wykładowca, akład Biofizyki Instytutu Fizyki Doświadczalnej, Wydział
Fizyki UW
1.Kowalska J, Lukaszewicz M, Zuberek J, Darzynkiewicz E, Jemielity J. „Phosphoroselenoate
dinucleotides for modification of mRNA 5' end” ChemBioChem. Oct 12;10(15):2469-73. (2009).
2.Rydzik A, Lukaszewicz M, Zuberek J, Kowalska J, Darzynkiewicz ZM, Darzynkiewicz E and
Jemielity J. „Synthetic dinucleotide mRNA cap analogs with tetraphosphate 5’,5’ bridge, containing
methylenebis(phosphonate) modification” Org. Biomol. Chem., Nov 21;7(22):4763-76 (2009).
3.Banerjee H, Palenchar J.B, Lukaszewicz M, Bojarska E, Stepinski J, Jemielity J, Guranowski A,
Wah D, Darzynkiewicz E and Bellofatto V. „Identification of the HIT-45 protein from Trypanosoma
brucei as an FHIT protein/dinucleoside triphosphatase: substrate specificity studies on the
recombinant and endogenous proteins” RNA 15(8):1554-64(2009).
4.Kowalska J, Lukaszewicz M, Zuberek J, Ziemniak M, Darzynkiewicz E, Jemielity J.
„Phosphorothioate analogs of m7GTP are enzymatically stable inhibitors of cap-dependent translation”
Bioorg. Med. Chem. Lett. 19, 1921-1925, (2009).
5. Lukaszewicz M, Kostelidou K, Bartosik AA, Cooke GD, Thomas CM, Jagura-Burdzy G.
Functional dissection of the ParB homologue (KorB) from IncP-1 plasmid RK2. Nucleic Acids Res.
30(4): 1046-55 (2002).
Wykłady: Wstęp do biologii, Biologia komórki B
Pracownie: Pracownia genetyczna, Pracownia
zaawansowanych
biochemiczna,
Pracownia
biofizyki
dla
10.Imię i nazwisko: Anna Modrak-Wójcik
1992 – 1998 Studia Doktoranckie w Zakładzie Biofizyki, Wydział Fizyki UW
1998 – 2000 pracownik inżynieryjno-techniczny w Zakładzie Biofizyki, Wydział Fizyki UW
2001 – do chwili obecnej - adiunkt, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki UW
• A. Modrak-Wójcik, A. Kirilenko, D. Shugar, B. Kierdaszuk, Role of ionization of the phosphate
cosubstrate on phosphorolysis by purine nucleoside phosphorylase (PNP) of bacterial (E. coli) and
mammalian (human) origin. Eur Biophys J. 8, (2007)
• A. Modrak-Wójcik, K. Stępniak, B. Kierdaszuk, A. Bzowska, Is purine nucleoside phosphorylase
an example of a morpheein? J. Phys.: Condens. Matter 19, 285219-25 (2007)
• A. Modrak-Wójcik, K. Stępniak, V. Akoev, M. Żółkiewski, A. Bzowska, Molecular architecture
of E. coli purine nucleoside phosphorylase studied by analytical ultracentrifugation and CDspectroscopy. Protein Science 15, 1794-1800 (2006)
• B. Kierdaszuk, A. Modrak-Wójcik, J.Wierzchowski, D. Shugar, Formycin A and its N-methyl
analogues, specific inhibitors of E. coli purine nucleoside phosphorylase (PNP): induced tautomeric
shifts on binding to enzyme, and enzyme-ligand fluorescence resonance energy transfer. Biochim
Biophys Acta 1476, 109-128 (2000)
• B. Kierdaszuk, A. Modrak-Wójcik, D. Shugar, Binding of phosphate and sulfate anions by purine
nucleoside phosphorylase from E. coli: ligand-dependent quenching of enzyme intrinsic fluorescence.
Biophys Chem. 63, 107-118 (1997)
Pracownie: I Pracownia fizyczna , Pracownia Dydaktyki Fizyki, Pracownia Biochemiczna, Pracownia
podstaw biofizyki, Analiza niepewności pomiarowych i pracownia wstępna, Pracownia licencjacka
Ćwiczenia rachunkowe do wykładów: Mechanika, Elektryczność i magnetyzm, Fale i drgania,
6
11.Imię i nazwisko: Janusz Stępiński
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk chemicznych w zakresie chemii)
1970 – 1999 - pracownik naukowo-dydaktyczny Wydziału Chemii UW;
1999 – do chwili obecnej - adiunkt, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki UW;
1981 – 1983 - zagraniczny staż naukowy w Institute for Biomedical Research, University of Texas at
Austin (USA).
Ważniejsze publikacje naukowe (max. 5):
1.
M. Kałek, J. Jemielity, J. Stępiński, R. Stolarski, E. Darżynkiewicz, A direct method for the
synthesis of nucleoside 5'-methylenebis(phosphonate)s from nucleosides, Tetrahedron Lett., 46, 24172421 (2005)
2.
J. Stępiński, J. Żuberek, J. Jemielity, M. Kałek, R. Stolarski, E. Darżynkiewicz, Novel
Dinucleoside 5',5'-Triphosphate Cap Analogues. Synthesis and Affinity for Murine Translation Factor
eiF4E, Nucleos. Nucleot. Nucl. Acids, 24, 629-633 (2005)
3.
M. Kałek, J. Jemielity, Z. M. Darzynkiewicz, E. Bojarska, J. Stępiński, R. Stolarski, Richard
E. Davis, E. Darżynkiewicz, Enzymatically stable 5' mRNA cap analogs: Synthesis and binding
studies with human DcpS decapping enzyme, Bioorg. Med. Chem., 14, 3223-3230 (2006)
4.
Y. Yoffe, J. Żuberek, A. Lerer, M. Lewdorowicz, J. Stępiński, M. Altmann, E.
Darżynkiewicz, M. Shapira, Binding Specificities and Potential Roles of Isoforms of Eukaryotic
Initiation Factor 4E in Leishmania, Eukaryotic Cell, 5, 1969-1979 (2006)
5.
J. Stępiński, J. Wójcik, A. Sienkiewicz, A. Niedźwiecka, Synthesis and NMR spectral
properties of spin labelled mRNA 5’ cap analogue, a new tool for biochemical studies of cap binding
proteins, J. Phys. Condens. Mat., 19, 285202 (2007)
Wykłady: Wykład monograficzny Fizykochemiczne metody oznaczania struktury cukrów i ich
pochodnych, Chemia organiczna, Biochemia
Pracownie: Pracownia Preparatyki Chemii Organicznej, Pracownia Analizy Organicznej i Chemii
Bioorganicznej (Wydział Chemii UW), Pracownia Chemii Fizycznej, Pracownia chemii
12.Imię i nazwisko: Ryszard Stolarski
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk przyrodniczych w zakresie biofizyki)
Tytuł naukowy: profesor
Kariera naukowa: magisterium 1975, doktorat 1982, habilitacja 1992, tytuł profesora 2006
1975 – do chwili obecnej - pracownik naukowo-dydaktyczny Wydziału Fizyki UW;
1975 – 1982 asystent, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki UW;
1982 – 1993 adiunkt, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki UW
1993 – do chwili obecnej - profesor nadzw. Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki UW
1983 – 1985 stypendium im. Alexandra von Humboldta, Uniwersytet im. J.W. Goethego,
Frankfurt/M, Niemcy
1989 – 1990 stypendium naukowe, Uniwersytet Kalifornijski, San Francisco, USA
1.
R. Stolarski, W. Egan, T.L. James: Solution structure of the EcoRI DNA octamer containing
5-fluorouracil via restrained molecular dynamics using distance and torsion angle constraints
extracted from NMR spectral simulations, Biochemistry 31, 7027-7042 (1992)
2.
M. Jankowska-Anyszka, B.J. Lamphear, E.J. Aamodt, T. Harrington, E. Darżynkiewicz, R.
Stolarski, R.E. Rhoads: Multiple isoforms of eukaryotic protein synthesis initiation factor 4E in
7
Caenorhabditis elegans can distinguish between mono- and trimethylated mRNA cap strustures,
Journal of Biological Chemistry 273, 10538-10542 (1998)
3.
A. Niedźwiecka, J. Marcotrigiano, J. Stępiński, , M. Jankowska-Anyszka, A. WysłouchCieszyńska, M. Dadlez, A.-C. Gingras, P. Mak, E. Darżynkiewicz, N. Sonenberg, S.K. Burley, R.
Stolarski: Biophysical studies of eIF4E cap-binding protein: Recognition of mRNA 5' cap structure
and synthetic fragments of eIF4G and 4E-BP1 proteins, Journal of Molecular Biology 319, 615-635
(2002)
4.
K. Ruszczyńska, K. Kamieńska-Trela, J. Wójcik, J. Stępiński, E. Darżynkiewicz, R. Stolarski:
Charge distribution in 7-methylguanine regrading cation- interaction with protein factor eIF4E,
Biophysical Journal 85, 1450-1456 (2003)
5.
R. Worch, A. Niedzwiecka, J. Stępiński, C. Mazza, M. Jankowska-Anyszka, E.
Darżynkiewicz, S. Cusack, R. Stolarski: Specificity of recognition of mRNA 5’ cap by human nuclear
cap-binding complex, RNA 11, 1355-1363 (2005)
Wykłady: Biofizyka molekularna I, Biofizyka molekularna II, Biofizyka (Wydział Biologii UW),
Spektroskopia molekularna, Struktura i funkcja makrocząsteczek biologicznych
Pracownie: I Pracownia fizyczna, II Pracownia fizyczna, Pracownia z chemii fizycznej, Pracownia
biofizyki.
Inne: Opieka nad magistrantami i doktorantami.
13.Imię i nazwisko: Beata Wielgus-Kutrowska
1993 – 1998 Studia doktoranckie, Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej, Uniwersytet
Warszawski
2000 do chwili obecnej - adiunkt Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej, Uniwersytet
Warszawski,
2003 Staż podoktorski w laboratorium dr. Patricii Clark, University of Notre Dame, Notre Dame,
Indiana, USA
1. B. Wielgus-Kutrowska, A. Bzowska, Probing the mechanism of purine nucleoside phosphorylase
by steady-state kinetic studies and ligand binding characterization determined by fluorimetric
titrations. Biochim. Biophys. Acta 1764, 887-902 (2006)
2. A. Bzowska, G. Koellner, B. Wielgus-Kutrowska, A. Stroh, G. Raszewski, A. Holý, T. Steiner, J.
Frank, Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase with two full trimers in the
asymmetric unit: important implications for the mechanism of catalysis. J. Mol. Biol. 342, 1015-1032
(2004)
3. B. Wielgus-Kutrowska, A. Bzowska, J. Tebbe, G. Koellner and D. Shugar, Purine nucleoside
phosphorylase from Cellulomonas sp.: physicochemical properties and binding of substrates
determined by ligand-dependent enhancement of enzyme intrinsic fluorescence, and by protective
effects of ligands on thermal inactivation of the enzyme. Biochim. Biophys. Acta 1597, 320-334
(2002)
4. J. Tebbe, A. Bzowska, B. Wielgus-Kutrowska, W. Schröder, Z. Kazimierczuk, D. Shugar, W.
Saenger, W. and G. Koellner, Crystal structures of purine nucleoside phosphorylase (PNP) from
Cellulomonas sp. and its implications of the molecular mechanism of trimeric PNPs. J. Mol. Biol.
294, 1239-1255 (1999)
5. B. Wielgus-Kutrowska, E. Kulikowska, J. Wierzchowski, A. Bzowska and D. Shugar,
Nicotinamide riboside - an unusual, non-typical substrate of purified purine nucleoside
phosphorylases. Eur. J. Biochem. 243, 408-414 (1997)
8
Wykłady: Metody biofizyki molekularnej
Pracownie: I Pracownia fizyczna, II Pracownia fizyczna, Pracownia dydaktyki fizyki, Pracownia
biochemii, Pracownia biofizyki molekularnej
IĆwiczenia do wykładu: Wstęp do fizyki I i II
Inne: Opieka nad magistrantami
14.Imię i nazwisko: Joanna Żuberek
1999 – 2006 Studia doktoranckie, Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej, Uniwersytet
Warszawski
1.
Zuberek, J., Kubacka, D., Jablonowska, A., Jemielity, J., Stepinski, J., Sonenberg, N.,
Darzynkiewicz. E., Weak binding affinity of human 4EHP for mRNA cap analogs. RNA 13: 691-697
(2007)
2.
Joffe, Y., Zuberek, J., Lerer, A., Lewdorowicz, M., Stepinski, J., Altmann, M.,
Darzynkiewicz, E., and Shapira, M., Binding Specificities and Potential Roles of Isoforms of
Eukaryotic Initiation Factor 4E in Leishmania. Eukaryot. Cell 5: 1969-1979 (2006)
3.
Yoffe Y., Zuberek J., Lewdorowicz M., Zeira Z., Keasar C., Shaanan B., Orr-Dahan I.,
Jankowska-Anyszka M., Darzynkiewicz E., Shapira M., Cap binding activity of a eIF4E homologue
from Leishmania. RNA, 10: 1764-1775 (2004)
4.
Zuberek J., Jemielity J., Jablonowska A., Stepinski J., Dadlez M., Stolarski R.,
Darzynkiewicz E., Influence of electric charge at residues 209 and 159 on the interaction of eIF4E
with the mRNA 5’ terminus. Biochemistry, 43: 5370-5379 (2004)
5.
Zuberek J., Wyslouch-Cieszynska A., Niedzwiecka A., Dadlez M., Stepinski J., Augustyniak
W., Gingras A-C., Zhang Z., Burley S. K., Sonenberg N., Stolarski R., Darzynkiewicz E.,
Phosphorylation of eIF4E attenuates its interaction with mRNA 5' cap analogs by electrostatic
repulsion; Intein-Mediated Protein Ligation strategy to obtain phosphorylated protein. RNA, 9: 52-61
(2003)
Wykłady: Wykład z biologii molekularnej z genetyką
Pracownie: I pracownia fizyczna, Pracownia z biochemii, Pracownia z biofizyki, Praktikum z
mikrobiologii ogólnej i genetyki bakterii, Pracownia biologii molekularnej
Ćwiczenia rachunkowe do wykładów: Wstęp do Fizyki I, Wstęp do Fizyki V (licencjat), Semestr
wyrównawczy -fizyka
15.Imię i nazwisko: Marek Kowalczyk-Hernandez
• Kowalczyk, M., “Coherent noise and visual perception” w Tecnologías ópticas de compensación
visual, pod redakcją E. Bernabeu i J. Alda, (Sociedad Española de Optica, Madrid 1990) str. 75-84.
• Kowalczyk, M., C. J. Zapata Rodríguez, and M. Martínez-Corral, "Asymmetric apodization in
confocal scanning systems," Applied Optics 37, 8206-8214 (1998).
• Furlan, W. D., L. Muñoz-Escrivá, and M. Kowalczyk, “The Jackson cross cylinder. A simple
formulation of its optical principle,” Optica Applicata 30, 421-429 (2000).
• Sagan, A., S. Nowicki, R. Buczyński , M. Kowalczyk, and T. Szoplik, „Imaging phase objects
with square-root, Foucault, and Hoffman real filters: a comparison” Applied Optics (USA) 42, 58165824 (2003).
• Kowalczyk, M., T. Cichocki, M. Martínez-Corral, and L. Muñoz-Escrivá, “Sampling expansions
9
for three-dimensional light amplitude distribution in the vicinity of an axial image point” Journal of
the optical society of America A (USA) 20, 2390 – 2392 (2003).
Wykłady: Optyka fourierowska, Wstęp do klasycznej optyki statystycznej, I pracownia fizyczna, II
pracownia fizyczna, Optyka fizjologiczna, percepcja wzrokowa, Optometria I, Optometria II,
16. Imię i nazwisko: Konrad Bajer
Kariera naukowa: magisterium 1980, doktorat 1989, habilitacja 2005.
• Mizerski, K.A. & Bajer, K. 2007 On the effect of mantle conductivity on the super-rotating jets
near the liquid core surface. Phys. Earth. Planet. Int. 160 (3-4) 245–268.
• Rosa, B., Bajer, K., Haman, K.E. & Szoplik, T. 2005 Optimisation of the ultrafast aircraft
thermometer. J. Atmos. Oceanic Technol. 22, 7, 988–1003.
• Bajer, K. 2005 Abundant singularities. Fluid Dyn. Res. 36 (4-6) 301–317.
• Bajer, K., Bassom, A. P. & Gilbert, A. D. 2004 Vortex motion in a weak background shear flow. J.
Fluid Mech. 509, 281–304.
• Bajer, K., Bassom, A. P. & Gilbert, A. D. 2001 Accelerated diffusion in the centre of a vortex. J.
Fluid Mech. 447, 395–411.
Wyklady: Podstawy hydrodynamiki, Wybrane zagadnienia hydrodynamiki, Mechanika płynów,
Wstęp do fizyki środowiska, Fizyka płynów, Środowisko wzrokowe
17. Imię i nazwisko: Rafał Kasztelanic
Kariera naukowa: magisterium 1993, doktorat 1997.
• R. Kasztelanic, R. Kotyński, H. Thienpot, K. Chałasińska-Macukow, „Analysis of Multiparameter
Optical Sensor Data with Composite Filtering Algorithms”, Proc. SPIE, 227-230, 2004.
• R. Kasztelanic, R. Kotyński, „Analysis of data from optical sensors with composite filtering”,
Proc. SPIE 5855, Optical Fibre Sensors Conference, 824-827, 2005.
• R. Kasztelanic, “Deep proton lithography outside the vacuum setup”, Proceedings of SPIE, Vol.
5948, 2005.
• R. Kasztelanic, “2.5 Dimension structures in deep proton lithography”, Proceedings of SPIE, Vol.
6185, 2006.
• R. Kasztelanic, W. Grabowski, A. Sagan, J. Liu, R. Buczyński, A. Waddie, M. Taghizadeh,
“Semi-derivative real filter for quality measurement of microlenses array”, Proceedings of SPIE, Vol.
6189, 2006.
Wykłady: Elementy fotoniki, Optyczne przetwarzannie informacji, Optyka Furierowska, Fizyczne
metody badania środowiska, Kurs Matlab I, II, III
Ćwiczenia rachunkowe do wykłaów: Optyka geometryczna i instrumentalna, Laboratorium optyki
geometrycznej i instrumentalnej, Technologie cyfrowe
10
18. Imię i nazwisko: Ryszard Buczyński
Stopień naukowy: dr inż. (doktor nauk fizycznych)
Kariera naukowa: magisterium 1993, doktorat 1999,
1. V. Mitrofanov, Y. M. Linik, R. Buczyński, D. Pysz, D. Lorenc, I. Bugar, A. A. Ivanov, M. V.
Alfimov, A. B. Fedotov, and A. M. Zheltikov, "Highly birefringent silicate glass photonic-crystal
fiber with polarization-controlled frequency-shifted output: A promising fiber light source for
nonlinear Raman microspectroscopy," Opt. Express 14, 10645-10651 (2006)
2. R. Buczynski, „Photonic crystal fibers“, Acta Physica Polonica A, 106(2), str. 141-168, 2004.
3. R. Buczynski, T. Szoplik, M. Taghizadeh, I. Veretennicoff, H. Thienpont, Mathematical
morphology operations with a comparator array processor, Optics Letters 27(20), str. 1818-1820,
2002.
4. R. Buczynski, T. Szoplik, I. Veretennicoff, H. Thienpont, “Photonic morphological image
processing”, rozdz. w “Optoelectronic Information Processing: Optics for Information Systems” pod
red. Ph. Refregier, B. Javidi,, C. Ferreira, S. Vallmitjana, SPIE Press, CR81, str. 289-313, 2001).
5. R. Buczynski, Khoi Bui Viet, T. Szoplik, I. Veretennicoff, H. Thienpont, “Photonic systems for
local image process”, Opto-electronic Review, 9(3) , str. 215-228, 2001.
Wykłady: Matlab I, Matlab II, Matlab III, II Pracownia, Elementy fotoniki.
Pracownie: Laboratorium optyki geometrycznej i instrumentalnej
19. Imię i nazwisko: Jacek Pniewski
• T.J. Antosiewicz, W.M. Saj, J. Pniewski, and T. Szoplik, Optimization of optical transmittance of
a layered metamaterial on active pairs of nanowires, Opt. Express 14, 3389-3395 (2006).
http://www.opticsinfobase.org/abstract.cfm?URI=oe-14-8-3389
• J. Pniewski and T. Szoplik, Group front evolution of Gaussian beam refracted from a right- to
left-handed medium, Opt. Express 14, 8232-8239 (2006).
http://www.opticsinfobase.org/abstract.cfm?URI=oe-14-18-8232
• W.M. Saj, T.J. Antosiewicz, J. Pniewski and T. Szoplik, Energy transport in plasmon waveguides
on chains of metal nanoplates, Opto-Electronics Review 14(3), 167-262 (2006).
http://www.springerlink.com
• K. Krol, J. Pniewski, and R. Kotynski, Filtering properties of the LHM-RHM layered structures,
Proc. SPIE 6581, 658110 (2007). 5.D. Pysz, I. Kujawa, R. Stepien, R. Dominiak, J. Pniewski, and T.
Szoplik, Two-dimensional metal-glass photonic crystal, Proc. SPIE 6608, 66080K (2007).
Wykłady: Optyka geometryczna i instrumentalna, z ćwiczeniami,. Przyrządy optometryczne
Pracownie: II Pracownia, Pracownia Wstępna, Ćwiczenia do wykładu "Nieliniowe przetwarzanie
obrazów", III Pracownia, Programowanie II, Pracownia Fizycznych Metod Badania Środowiska;
11
20. Imię i nazwisko: Anna Maria Ambroziak (od października 2012)
Stopień naukowy dr (doktor nauk medycznych)
Kariera naukowa 1996 – dyplom lekarza; 2001 – specjalizacja I stopnia z okulistyki, 2004 –
specjalizacja II stopnia z okulistyki; 2007 - doktorat
1. Katarzyna Tońska, Marzena Kurzawa, Anna M. Ambroziak, Magdalena Korwin, Jacek P. Szaflik, Ewa
Grabowska, Jerzy Szaflik, Ewa Bartnik, “A family with 3460G>A and 11778G>A mutations and
haplogroup analysis of Polish Leber hereditary optic neuropathy patients”, Mitochondrion vol. 8 (2008) 383
2. Anna M. Ambroziak, Jacek P. Szaflik, Adam Hapunik, „Evaluation of effectiveness and tolerance of
treatment with Azithromycin 1.5% eye drops in bacterial conjunctivitis” Klinika Oczna 1-3(2009) 46-50:
3. R. Sulak, A. Ambroziak, A. Kamińska, „Keratopatie metaboliczne – obraz kliniczny najczęstszych
jednostek chorobowych”, Okulistyka 2(2009) 29-33,
4. Szaflik Jacek P., Kłopotowski M., Kołodziejska U, Ambroziak A.M, Chojnowska J, Szaflik Jerzy, „Choroba
Fabry’eg o – zmiany w morfologii rogówki obserwowane za pomocą mikroskopii konfokalnej”, Okulistyka
2(2009)101-106,
5. M. Korwin, E. Langwińska-Wośko, Anna M. Ambroziak, A. Zaleska-Żmijewska, „Ocena jakości życia u
pacjentów z pseudosoczewkowością po kapsulotomii Nd:YAG”, ) Okulistyka 1(2009) 72-75;
Wykład: Anatomia i neurofizjologia układu wzrokowego, Podstawy patologii układu wzrokowego;
promotor prac licencjackich
21. Imię i nazwisko: Zygmunt Szefliński
Stopień naukowy : dr hab. (doktor hablilitowany nauk fizycznych)
Ważniejsze publikacje naukowe (max 5):
15. Giant Dipole Resonances Built on Excited States in 90Zr Through Radiative Proton Capture.
Z.Szefliński, G.Szeflińska, H.V.Klapdor, K.Grotz, J.Metzinger, Z.Wilhelmi, T.Rząca-Urban. Nucl.
Phys., A467 (1987) 397
16. Isotopic Composition of High Activity Particles released in the Chernobyl Accident. Experiment
and Basic Analysis. S. Osuch, M. Dąbrowska, P. Jaracz, J. Kaczanowski, Le Van Khoi, S. Mirowski,
E. Piasecki, G. Szeflińska, Z. Szefliński, J. Tropiło, Z. Wilhelmi. J. Jastrzębski, L. Pieńkowski. Health
Physics, Vol. 57 (1989) 707
17. Upper Limit of Neutron Emission from the Chemical Reaction of LiD with Heavy Water. Z.
Szefliński, M. Kozłowski, S. Osuch, P. Sawicki, G. Szeflińska, Z. Wilhelmi, K.B. Starowieyski, M.
Tkacz, Phys Lett. A168(1992) 83
18. An irradiation facility with a horizontal beam for radiobiological studies, J. Czub, D. Banaś, J.
Braziewicz, J. Choiński, M. Jaskóla, A. Korman, Z. Szefliński i A. Wójcik. Radiation Protection
Dosimetry, 122(2006) 207
19. Książka: Wstęp do fizyki jadra atomowego i cząstek elementarnych Ewa Skrzypczak i Zygmunt
Szefliński. PWN, Warszawa 1995 wydanie II poprawione PWN, Warszawa 2002.
Wykład: Fizyka promieniowania jonizującego, monograficzny Fizyka jądrowa w nowoczesnych
technologiach i medycynie
Ćwiczenia laboratoryjne z fizyki, Ćwiczenia rachunkowe z fizyki, ćwiczenia rachunkowe „Wstęp do
fizyki jadra atomowego i cząstek elementarnych” Wykład „Fizyka Ia”, Wykład monograficzny
„Metody eksperymentalne fizyki jądrowej”, Wykład
Pracownia technik pomiarowych podstaw fizyki
12
22. Imię i nazwisko: Piotr Suffczyński
1. Suffczynski P., Pijn J.P., Pfurtscheller G. and Lopes da Silva, F.H.. Event related dynamics of
alpha rhythms: a neuronal network model of focal ERD/surround ERS. /Event-Related
Desynchronization Handbook of Electroencephalography and Clinical Neurophysiology/, G.
Pfurtscheller and F.H. Lopes da Silva (Eds.) Revised Series, Vol. 6: 67 - 85. Elsevier Science B.V. ,
1999.
2. Suffczynski P., Kalitzin S. and Lopes da Silva F.H. Computational model of thalamo-cortical
networks: dynamical control of alpha rhythms in relation to focal attention. /Int. J. Psychophysiol./
43: 25-40, 2001.
3. Suffczynski, P., Kalitzin S. & Lopes da Silva, F.H. Dynamics of non - convulsive epileptic
phenomena modeled by a bistable neuronal network. /Neuroscience/, 126(2): 467-484, 2004
5. Suffczynski P, Lopes da Silva FH, Parra J, Velis D, Bouwman B, van Rijn CM, van Hese P., Boon
P., Khosravani H., Derchansky. M., Carlen P. and Kalitzin S. Dynamics of epileptic phenomena
determined from statistics of ictal transitions. /IEEE TBME/ 53(3): 524-532, 2006
Wyklady: Bioelektyczność i elementy biocybernetyki, Neurobiologia, Sygnały Bioelektryczne
Ćwiczenia do wykładów: Fizyka III (Drgania i Fale), V (Termodynamika), Wnioskowanie
Statystyczne, Analiza Sygnałów
Inne: opieka nad licencjatami i magistrantami
23. Imię i nazwisko: Jarosław Żygierewicz
20. J. Żygierewicz, J. Mazurkiewicz, P.J. Durka, P.J. Franaszczuk, N.E. Crone: Estimation of shorttime cross-correlation between frequency bands of event related EEG, Journal of Neuroscience
Methods Vol 157/2 pp. 294-302, 2006
21. A. Grabska-Barwinska and J. Żygierewicz: A Model of Event Related EEG Synchronization
Changes in Beta and Gamma Frequency Bands Journal of Theoretical Biology Vol: 238, Issue: 4, pp.
901-913, 2006
22. J. Żygierewicz, P.J. Durka, H. Klekowicz, P.J. Franaszczuk, N.E. Crone Computationally efficient
approaches to calculating significant ERD/ERS changes in the time-frequency plane Journal of
Neuroscience Methods 145, pp. 267-276, 2005
23. P.J. Durka, J. Żygierewicz, H. Klekowicz, J. Ginter, K.J. Blinowska: On the statistical significance
of event-related EEG desynchronization and synchronization in the time-frequency plane, IEEE
Transactions on Biomedical Engineering Vol. 51, Issue 7, pp. 1167-1175, 2004
24. J.Żygierewicz, P. Suffczyński and K. Blinowska: A model of sleep spindles generation,
Neurocomputing, 38-40, (1-4), pp. 1619-1625, 2001
Wykłady: Modelowanie Matematyczne w Biologii i Medycynie, Sieci Neuropodobne, Sztuczne Sieci
Neuronowe
13
Ćwiczenia: Pracownia Komputerowa, Wnioskowanie Statystyczne i Analiza Sygnałów, statystyczne i
podst. pakietu Matlab, Pracownia pomiaru sygnałów biologicznych, Pracownia EEG
Inne: Proseminarium Magisterskie Fizyki Medycznej., opieka nad licencjatami i magistrantami
24. Imię i nazwisko: Maciej Kamiński
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk fizycznych w zakresie fizyki biomedycznej)
25. M. Kamiński, K. Blinowska. A new method of the description of the information flowin brain
structures. Biol. Cybern. 65, 203-210 (1991).
26. P. J. Franaszczuk, G. K. Bergey, M. Kamiński. Analysis of mesial temporal seizure onset and
propagation using the directed transfer function method. Electroenceph. Clin. Neurophys. 91, pp. 413427, 1994.
27. M. Kamiński, M. Ding, W. Truccolo, S. Bressler Evaluating causal relations in neural systems:
Granger causality, directed transfer function and statistical assessment of significance Biol. Cybern.
85, 145-157, 2001.
28. 4. M. Kamiński, H. Liang Causal influence: advances in neurosignal analysis Critical Reviews in
Biomedical Engineering 33(4), 347-430, 2005.
29. M. Kamiński. Determination of transmission patterns in multichannel data Philosophical
Transactions of The Royal Society B 360, 947-952, 2005.
Prowadzone zajęcia:::
Wykłady: Fizyka I, Fizyka II – wykłady i ćwiczenia,
Ćwiczenia do wykladu: Fizyka II
Pracownie: Pracownia Fizyczna,
Inne: pokazy do wykładów: Fizyka I, Fizyka II, Fizyka dla chemików.
25. Imię i nazwisko: Piotr Durka
Stopień naukowy: dr hab. (doktor habilitowany nauk fizycznych w zakresie fizyki biomedycznej)
30. P.J. Durka: Matching Pursuit and Unification in EEG Analysis, ISBN 978-1-58053-304-1, Artech
House 2007
31. P.J. Durka: Time-frequency microstructure and statistical significance of ERD and ERS, Progress
in Brain Research, No. 159, Ch. Neuper and W. Klimesch (Eds.), Chapter 8, pp. 121-133, 2006
32. P.J. Durka, A. Matysiak, E.M. Montes, P. Valdes Sosa, K.J. Blinowska: Multichannel matching
pursuit and EEG inverse solutions. Journal of Neuroscience Methods, 148(1):49–59, 2005.
33. P.J. Durka, J. Żygierewicz, H. Klekowicz, J. Ginter, K.J. Blinowska: On the statistical significance
of event-related EEG desynchronization and synchronization in the time-frequency plane, IEEE
Transactions on Biomedical Engineering Vol. 51, Issue 7, pp. 1167-1175, July 2004
34. P.J. Durka, D. Ircha, K.J. Blinowska: Stochastic time-frequency dictionaries for Matching Pursuit,
IEEE Transactions on Signal Processing, vol. 49, No. 3, pp. 507-510, March 2001
Wykłady: Informatyka, Wnioskowanie Statystyczne, Analiza Sygnałów, Technologie cyfrowe,
Statystyka
Inne: opieka nad magistrantami i doktorantami
14
26.Imię i nazwisko: Grzegorz Brona
Stopień naukowy: dr
2008 do chwili obecnej adiunkt, Zakład Cząstek i Oddziaływań Fundamentalnych
2009-2011 staż podoktorski, CERN, Genewa, Szwajcaria
1. S. Chatrchyan ... G. Brona ... et al.; Search for Supersymmetry in Events with b Jets and Missing
Transverse
Momentum at the LHC; Journal of High Energy Physics 07 (2011) 113
2. S. Chatrchyan ... G. Brona ... et al.; Search for Same-Sign Top-Quark Pair Production at sqrt(s) = 7
TeV and
Limits on Flavour Changing Neutral Currents in the Top Sector; Journal of High Energy Physics 08
(2011) 005
3. S. Chatrchyan ... G. Brona ... et al.; Measurement of the Ratio of the 3-jet to 2-jet Cross Sections in
pp
Collisions at sqrt(s) = 7 TeV; Physics Letters B702 (2011) 336-354
4. S. Chatrchyan ... G. Brona ... et al.; Measurement of the t t-bar production cross section and the top
quark mass in the dilepton channel in pp collisions at sqrt(s) =7 TeV. Journal of High Energy Physics
07 (2011) 049
5. S. Chatrchyan ... G. Brona ... et al.; Indications of suppression of excited Upsilon states in PbPb
collisions at
sqrt(s) = 2.76 TeV. Physical Review Letters 107 (2011) 052302
Ćwiczenia do wykładów: Szczególna Teoria Względności, Mechanika, Fizyka elementarnea, Wstępu
do fizyki, termodynamika, Rachunek błędu pomiarowego, Wstęp do fizyki jądra atomowego i cząstek
elementarnych, Wstęp do informatyki dla biologów,
Pracowniw: Pracownia Fizyczna I, Technologii Informacyjnej
27.Imię i nazwisko: Beata Brzozowska
Stopień naukowy: dr (doktor nauk fizycznych w zakresie fizyki cząstek i oddziaływań
fundamentalnych)
1). ZEUS Collaboration, Scaled momentum spectra in deep inelastic scattering at HERA, Journal of
High Energy Physics 1006:009,2010
2). T. Tymieniecka, B. Brzozowska, Limiting fragmentation in e+ e- annihilation and e p deep
inelastic scattering, Acta Phys.Polon.B40:2175-2187,2009
3). B. Brzozowska (dla współpracy ZEUS), Scaled momentum spectra in the current region of the
Breit frame at HERA, 15th International Workshop on Deep-Inelastic Scattering and Related Subjects
(DIS2007), Munich, Germany, 16-20 Apr 2007. Published in *Munich 2007, Deep-inelastic
scattering, vol. 2* 1069-1072
4). ZEUS Collaboration, A QCD analysis of ZEUS diffractive data, Nuclear Physics B, vol. 831,
Issue: 1-2, Pages: 1-25, 2010
Ćwiczenia do wykładów: Fizyka I, Elektryczność i magnetyzm
Pracownie: Technik Pomiarowych, Pracownia Komputerowa
15
28.Imię i nazwisko: Artur Kalinowski
Stopień naukowy: dr (doktor nauk przyrodniczych w zakresie fizyki cząstek elementarnych)
Kariera naukowa: magisterium 2002, doktorat 2006,
2007 – do chwili obecnej adiunkt Wydziału Fizyki UW, Zakład Cząstek i Oddziaływań
Fundamentalnych Instytutu Fizyki Doświadczalnej
2011 – 2013 – subsydium dla młodych uczonych w ramach programu HOMING PLUS Fundacji na
Rzecz Nauki Polskiej
1. CMS Collaboration, Measurement of the weak mixing angle with the Drell-Yan process in protonproton collisions at the LHC, Phys.Rev. D84 (2011) 112002
2. CMS Collaboration, Measurement of energy flow at large pseudorapidities in pp collisions at sqrt(s)
= 0.9 and 7 TeV, JHEP 1111 (2011) 148
3. CMS Collaboration, Search for a Vector-like Quark with Charge 2/3 in t + Z Events from pp
Collisions at sqrt(s) = 7 TeV, Phys.Rev.Lett. 107 (2011) 271802
4. CMS Collaboration, Search for Supersymmetry at the LHC in Events with Jets and Missing
Transverse Energy, Phys.Rev.Lett. 107 (2011) 221804
5. CMS Collaboration,Measurement of the t t Production Cross Section in pp Collisions at 7 TeV in
Lepton + Jets Events Using b-quark Jet Identification, Phys.Rev. D84 (2011) 092004
Ćwiczenia do wykładów: Informatyka, Zaawansowana Pracownia Komputerowa, Programowanie,
Wstęp do fizyki, mechanika, Wstęp do fizyki, elektromagnetyzm, Technologia Informacyjna
Pracownie: Pracownia elektroniczna, III pracownia,
Inne: opieka nad licencjatami i magistrantami.
29.Imię i nazwisko: Rafał Kotyński
Tytuł naukowy: Kariera naukowa: magisterium 1994, doktorat 2000, przewód habilitacyjny rozpoczęty w
październiku 2011
2001 – do chwili obecnej - pracownik naukowo-dydaktyczny Wydziału Fizyki UW, Zakład Optyki
Informacyjnej, IGF
2001– obecnie, adiunkt, Zakład Optyki Informacyjnej, Wydział Fizyki UW
2001 – 2004 – staż podoktorski na Vrije Universiteit Brussel, Belgia – 3 lata
Kotyński, R., Stefaniuk, T. “Multiscale analysis of subwavelength imaging with metadielectric
multilayers,” Optics Letters, Vol. 35, pp. 1133-1135 (OSA, 2010);
Kotyński, R., Antosiewicz, T. J., Król, K., Panajotov, K. “Two-dimensional point spread matrix of
layered metal–dielectric imaging elements,” Journal of the Optical Society of America A, Vol. 28, pp.
111-117 (OSA, 2011);
Pastuszczak, A., Kotyński, R. “Optimised low-loss multilayers for imaging with sub-wavelength
resolution in the visible wavelength range,” Journal of Applied Physics, Vol. 109, 084302, (AIP, 2011);
Kotyński, R., Stefaniuk, T., Pastuszczak, A. “Sub-wavelength diffraction-free imaging with low-loss
metal-dielectric multilayers,” Applied Physics A, Vol. 103, pp. 905-909, (Springer, 2011);
M. Dems, R. Kotynski, and K. Panajotov, "PlaneWave Admittance Method— a novel approach for
determining the electromagnetic modes in photonic structures," Opt. Express 13, 3196-3207 (OSA, 2005)
16
Wykłady: Fotonika (współprowadzone), Metody obliczeniowe mikrooptyki i Fotoniki (I i II)
Pracownie: I Pracownia fizyczna, III Pracownia fotoniki, Pracownia specjalistyczna fotoniki
Inne: opieka nad licencjatami i magistrantami.
30.Imię i nazwisko: Izabela Skwira-Chalot
Stopień naukowy: doktor nauk przyrodniczych w zakresie fizyki jądrowej
Przebieg pracy naukowej:
11.06.2003 – Wydział Fizyki UW – tytuł zawodowy magistra,
14.12.2009 – Instytut Fizyki Doświadczalnej Wydział Fizyki UW – stopień naukowy doktora,
01.02.2010 – do chwili obecnej – adiunkt, Zakład Fizyki Jądra Atomowego Instytutu Fizyki
Doświadczalnej, Wydział Fizyki UW,
• I. Skwira-Chalot, K. Siwek-Wilczyńska, J. Wilczyński, …, Fast ternary and quaternary breakup
of the 197Au + 197Au system in collisions at 15 MeV/nucleon, Phys. Rev. Lett. 101 (2008) 262701
• I. Skwira-Chalot, K. Siwek-Wilczyńska, J. Wilczyński, Mass and energy correlations in fast
ternary break-up of 197Au + 197Au system, Intl. J. of Mod. Phys. E 18 (2009) 1066
• J. Wilczyński, I. Skwira-Chalot, K. Siwek-Wilczyńska, …, Observation of fast collinear
partitioning of the 197Au+197Au system into three and four fragments of comparable size, Phys. Rev. C
81 (2010) 024605
• J. Wilczyński, I. Skwira-Chalot, K. Siwek-Wilczyńska, …, Aligned breakup of heavy nuclear
systems as a new type of deep inelastic collisions at small impact parameters, Phys. Rev. C 81 (2010)
067604
• I. Skwira-Chalot, K. Siwek-Wilczyńska, J. Wilczyński, Impact-parameter depedence of ternary
and quaternary reseparation of heavy colliding systems, Intl. J. of Mod. Phys. E 19 (2010) 713
Ćwiczenia do wykładów: Fizyka z Matematyką I, Fizyka z Matematyka II, Fizyka promieniowania
jonizującego, Informatyka (dla studentów Wydziału Biologii)
Inne: Zajęcia wyrównawcze dla studentów I roku na kierunku Zastosowania fizyki w biologii i
medycynie, Zajęcia w ramach programu START dla studentów I roku na kierunku Energetyka i
Chemia jądrowa, Warsztaty dla uczniów w ramach Letniej Szkoły Fizyki.
31.Imię i nazwisko: Rafał Kuś
Stopień naukowy: dr (Stopień doktora nauk fizycznych w zakresie fizyki)
Tytuł naukowy: Kariera naukowa: magisterium 2002, doktorat 2007
2008 – do chwili obecnej - pracownik naukowo-dydaktyczny Wydziału Fizyki UW, Zakład Fizyki
Biomedycznej Instytutu Fizyki Doświadczalnej
1. R. Kuś, M. Kamiński, K. J. Blinowska. Determination of EEG Activity propagation: Pair-Wise
Versus Multichannel Estimate. IEEE Transaction on Biomedical Engineering 51:1501 - 1510,
2004.
2. Anna Korzeniewska , Piotr J. Franaszczuk, Ciprian M. Crainiceanu, Rafał Kuś, Nathan E. Crone.
Dynamics of large-scale cortical interactions at high gamma frequencies during word production:
Event related causality (ERC) analysis of human electrocorticography (ECoG). NeuroImage 56:
2218–2237, 2011.
3. A. Korzeniewska, C. M. Crainiceanu, R. Kuś, P. J. Franaszczuk, N. E. Crone. Dynamics of eventrelated causality (ERC) in brain electrical activity. Human Brain Mapping 29:1170–1192, 2008.
17
4. C. Sielużycki, R. König, A. Matysiak, D. Ircha, R. Kuś, P. J. Durka. Single-trial evoked brain
responses modelled by multivariate matching pursuit. IEEE Transactions on Biomedical
Engineering, 56:74 - 82, 2009.
5. K.J. Blinowska, B. Trzaskowski, M. Kaminski, R. Kuś. Multivariate autoregressive model for a
study of phylogenetic diversity. Gene 435:104-118, 2009.
Wykłady: Obrazowanie Medyczne
Ćwiczenia do Wykładów: Fizyka I (Mechanika), Fizyka II (Elektryczność i Magnetyzm), Fizyka III
(Drgania i Fale), Wnioskowanie Statystyczne, Analiza Sygnałów.
Pracownie: Pracownia Sygnałów Bioelektrycznych, Pracownia EEG.
Inne: opieka nad licencjatami i magistrantami
32.Imię i nazwisko: dr hab. Ernest Aleksy Bartnik
Stopień naukowy: dr hab.
Kariera naukowa: magisterium, doktorat
Magisterium 1971, doktorat 1976, habilitacja 1994
adiunkt w Instytucie Fizyki Teoretycznej, Wydział Fizyki UW, Katedra Oddziaływań Silnych i
Elektrosłabych
1. Bartnik E.A., Blinowska K.J.,Tuszynski J.A. (1991): The possibility of an excitonic fast and
nearly lossless energy transfer in biomolecular systems , Phys. Lett.A 1991 (159) 67.
2. Bartnik E.A., Blinowska K.J. (1992): Wavelets - new method of evoked potential analysis,
Med. & Biol. Computing,30 (1992) 125 .
3. Bartnik E.A., Blinowska K.J., Durka P.J. (1992): Single evoked potential reconstruction by
means of wavelet transform, Biol. Cyb. 1 (1992) 123.
4. Bartnik E.A., Tuszynski J.A. (1992): Theoretical models of energy transfer in Scheibe
aggregates, Phys. Rev. E48 (1993) 1516.
5. Bartnik E.A., Tuszynski J.A., Sept D.(1995): Effects of distance dependence of exciton hopping on
the Davydov soliton, Phys. Lett. A204, (1995) 263
Wykłady: wszystkie kursowe wykłady teoretyczne na Wydziale Fizyki UW (w tym 3 opracowane
przez siebie) i jeden monograficzny, 2 zaproszone cykle wykładów za granicą, Metody matematyczne
i obliczeniowe fizyki, Metody modelowania matematycznego i komputerowego w naukach
przyrodniczych
Inne: opieka nad magistrantami i doktorantami i licencjatami
33.Imię i nazwisko: Paweł Daniluk
Stopień naukowy: dr (doktor nauk matematycznych)
Tytuł naukowy: Kariera naukowa: magisterium 2003, doktorat 2011
2011- Wykładowca, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski
2009- Specjalista, Pracownia Bioinformatyki, Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej, PAN
2007- Starszy informatyk, Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski, Centrum
Doskonałości BioExploratorium
2006-2007
Pracownik naukowy i administrator systemów (umowa o dzieło i umowa-zlecenie),
Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski, Centrum Doskonałości
BioExploratorium
2005-2007
Research Assistant, Genome Center, University of California, Davis, CA. Protein
Structure Prediction Center.
18
2003-2005
Staff Scientist, Biology and Biotechnology Research Program, Lawrence Livermore
National Laboratory, Livermore, CA. Protein Structure Modeling and Prediction Research Group.
2002-2003
Participating Student Guest, Biology and Biotechnology Research Program, Lawrence
Livermore National Laboratory, Livermore, CA. Protein Structure Modeling and Prediction Research
Group.
- Kryshtafovych A., Prlic A., Dmytriv Z., Daniluk P., Milostan M., Eyrich V., Hubbard T., Fidelis K.,
New tools and expanded data analysis capabilities at the Protein Structure Prediction Center. Proteins
2007; 69 Suppl 8:19-26.
- Strombergsson H., Daniluk P., Kryshtafovych A., Fidelis K., Wikberg J.E., Kleywegt G.J., Hvidsten
T.R.., Interaction Model Based on Local Protein Substructures Generalizes to the Entire Structural
Enzyme-Ligand Space. J Chem Inf Model. 2008 Nov; 48(11):2278-88.
- Björkholm P., Daniluk P., Kryshtafovych A., Fidelis K., Andersson R., Hvidsten T.R., Using multidata hidden Markov models trained on local neighborhoods of protein structure to predict residueresidue contacts. Bioinformatics 2009 May 15; 25(10):1264-70.
- Kryshtafovych A., Krysko O., Daniluk P., Dmytriv Z., Fidelis K., Protein structure prediction center
in CASP8. Proteins 77 Suppl 9, 5 (2009)
- Daniluk P., Lesyng B., A novel method to compare protein structures using local descriptors. BMC
Bioinformatics 12, 3440 (2011)
Wykład Bazy danych i usługi sieciowe, Programowanie i projektowanie obiektowe
Inne: Ćwiczenia do wykładów: Wstępu do metod modelowania, Bazy danych i usługi sieciowe,
Programowanie i projektowanie obiektowe
34.Imię i nazwisko: Krystiana Anna Krzyśko
Stopień naukowy: dr (doktor nauk chemicznych)
2003-2006 Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej, 02-109 Warszawa, ul
Księcia Trojdena 4 (asystent)
2007 Instytut Farmaceutyczny, 01-793 Warszawa, ul. Rydgiera 8 (pracownik techniczny)
od 12.2010 Moleculin, LLC 1225 North Loop West Suite 725 Houston, TX 77008 (konsultant)
od 11.2009 Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej, Wydział Fizyki, Uniwersytet
Warszawski, 02-089 Warszawa, ul. Żwirki i Wigury 93 (wykładowca)
C. Zekanowski, M.P. Golan, K.A. Krzysko, D. Religa, W. Lipczynska-Lojkowska, S. Filipek, A.
Kowalska, G. Rossa, B. Peplonska, M. Styczynska, A. Maruszak, M. Wender, J. Kulczycki, M.
Barcikowska, and J. Kuznicki; Two novel presenilin-1 gene mutations connected with frontotemporal
dementia-like phenotype: genetic and bioinformatic assessment.; Experim. Neurology, Jul 200(1) 82-8
(2006)
•
M. Cieplak, S. Filipek, H. Janovjak, and K.A. Krzysko Pulling Single Bacteriorhodopsin out of a
Membrane: Comparison of simulation and experiment.; Biochim. Biophys. Acta - Biomembranes, Apr
1758(4) 537-44 (2006)
•
S. Filipek, A. Modzelewska and K.A. Krzysko; Molecular Materials with Specific Interactions –
Modeling and Design, Editet by W.A. Sokalski, chapter 11, Dimerization and oligomerization of
rhodopsin and other G protein-coupled receptors, Volume 4, DOI: 10.1007/1-4020-5372-X (2007)
•
K.A. Krzysko, M. Kolinski and S. Filipek; Molecular modelling of the complex of oligomeric
rhodopsin and its G protein.; J. Phys.: Condens. Matter 19 (2007)
•
K. Jozwiak, K.A. Krzysko, L. Bojarski, M. Gacia, S. Filipek, “Molecular models of the interface
between APH-1 and presenilin involving GxxxG motifs”, ChemMedChem 3, 627-634 (2008).
•
A. A. Ahmed, J. Goldsmith, I. Fokt, X-F. Le, K A. Krzysko, B. Lesyng, R. C. Bast and W.
Priebe; A genistein derivative, ITB-301, induces microtubule depolymerization and mitotic arrest in
•
19
multidrug-resistant ovarian cancer.; Cancer Chemother Pharmacol, Oct;68(4):1033-44, Feb 22 14320843 (Electronic), (2011)
Wykłady: Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna
Pracownie: Pracownia technologii informacyjnej, Zajęcia komputerowe (HTML) dla ostatniego roku
specjalizacji edytorsko-wydawniczej
Ćwiczenia do wykładów: Chemia medyczna i podstawy projektowania leków, Modelowanie
molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna, Podstawy chemii
Inne: Opieka nad licencjatami i magistrantami
35.
Imię i nazwisko:
prof. dr hab. Jan Bartelski
36. Imię i nazwisko: Krzysztof Wiśniewski
Stopień naukowy: doktor
Kariera naukowa:
magisterium 1995, doktorat 2000
Zatrudnienie:
1995-2000 doktorant Wydziału Fizyki UW, Zakład Fizyki Jądra Atomowego
2002adiunkt Zakład Fizyki Jądra Atomowego, Wydział Fizyki UW
Naukowe pobyty zagraniczne:
1996-1998 staż doktorancki Gesellschaft für Schwerionenforschung Darmstadt, Niemcy
2000-2003 pracownik naukowo-dydaktyczny Physikalisches Institut, Universität Heidelberg, Niemcy
2009pracownik naukowo-dydaktyczny Physikalisches Institut, Universität Heidelberg, Niemcy
Tematyka badawcza:
Zderzenia ciężkich jonów przy energiach relatywistycznych, produkcja cząstek dziwnych, detektory
RPC.
Wybrane publikacje z ostatnich 5 lat:
K.Wisniewski et al.,„Direct comparison of phase space distributions of K- and K+ mesons in heavy
ion collisions at SIS energies: Evidence for in-medium modifications of
kaons?”,Eur.Phys.J.A9,515,2000.
M.LBenabderrahmane,N.Herrmann,K.Wisniewski et al.,„Measurement of the in-medium K0 inclusive
cross section in pi- -induced reactions at 1.15-GeV/c”,Phys.Rev.Lett.102,182501,2009
K.Wisniewski,”Strangeness production in heavy-ion collisions at intermediate energies revisited with
pions”,Acta Phys.Polon.B41,415,2010
X.Lopez at al.,”Measurement of $K^*(892)^0$ and $K^0$ mesons in Al+Al collisions at 1.9$A$
GeV”,Phys.Rev.C81:061902,2010
W.Reisdorf et al.,”Systematics of azimuthal asymmetries in heavy ion collisions in the 1 A GeV
regime”,Nucl.Phys.A876:1,2012
Zajęcia dydaktyczne prowadzone dotychczas:
Ćwiczenia do wykładów „Wstęp do fizyki”, pokazy do wykładów „Fizyka Jądra Atomowego”,
Pracownie I,II,III, wykład „Fizyka jądrowa w nowoczesnych technologiach i medycynie” ,opieka nad
magistrantami
20
C2. Informacja o infrastrukturze zapewniającej prawidłową realizację celów kształcenia:
Sale wykładowe: 11 sal o całkowitej powierzchni 1331 m2, sale ćwiczeniowe: 13 sal o całkowitej
powierzchni 475 m2. Laboratoria studenckie: I Pracownia Fizyczna (35 stanowisk), II Pracownia
Fizyczna (41 stanowisk), Pracownia Elektroniczna (28 stanowisk), Pracownia Dydaktyki Fizyki (36
stanowisk), III Pracownia, Pracownia Specjalistyczna. Stanowiska III Pracowni i Pracowni
Specjalistycznej znajdują się w zakładach naukowych instytutów prowadzących specjalizacje ogółem około 80 stanowisk. Dla potrzeb nowego kierunku Wydział utworzył już Pracownię
optometrii i kontaktologii w trakcie przygotowania są Pracownię optyki geometrycznej i
instrumentalnej, oraz Pracownię optyki fizjologicznej i Pracownię technologii okularowych. Wydział
Fizyki zamierza utworzyć Pracownię biofizyki widzenia, Pracownię chemiczną, Pracownię biologii
molekularnej, Pracownię biofizyki oraz Laboratorium dozymetrii i ochrony radiologicznej.
Dostęp do komputerów i Internetu: Wydział Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego na początku lat 1990
odegrał pionierską rolę we wprowadzaniu Internetu i WWW w Polsce. Obecnie, w każdym z siedmiu
budynków, w których mieści się Wydział Fizyki, pracownicy i studenci mają dostęp do komputerów
połączonych sieciami Ethernet 10/100 Mb/s, zintegrowanymi w jednolitą sieć komputerową i
połączonymi z Internetem poprzez dedykowane kanały o dużej przepustowości danych, zestawione w
międzykampusowej sieci teleinformatycznej Uniwersytetu Warszawskiego w technologii ATM. W
wydziałowej sieci komputerowej znajdują się:
A. serwery podstawowych usług internetowych, serwery udostępniające zbiory danych i drukarki,
B. pięć wyspecjalizowanych klastrów obliczeniowych,
C. około 1000 komputerów przeznaczonych dla pracowników naukowych, studentów wykonujących
prace dyplomowe oraz administracji,
D. dodatkowo 50 komputerów w 4 salach dydaktycznych, 25 komputerów w studenckich pracowniach
fizycznych i 48 komputerów w 4 studenckich salach pracy własnej.
Studenci Wydziału mają również dostęp (bezprzewodowy i kablowy) do sieci z własnych komputerów
przenośnych, otrzymują indywidualne konta komputerowe z dostępem do poczty elektronicznej i
serwisów informacyjnych uczelni (w tym systemu obsługi studiów USOS, katalogów bibliotecznych i
czasopism), mogą tworzyć własne strony WWW i pracować z wykorzystaniem różnego
oprogramowania (w tym pakietów Mathematica, Matlab, Maple). Wykorzystywane są systemy
operacyjne GNU/Linux i Microsoft Windows (w ramach wydziałowej licencji MSDN).
21
C3. Informacja o dostępie do biblioteki wyposażonej w literaturę związaną ze specjalnością:
Studenci Wydziału Fizyki mają bezpośredni i elektroniczny dostęp do Biblioteki Uniwersyteckiej
w Warszawie. Księgozbiór niezbędny zarówno do pracy badawczej jak i studiów znajduje się w
bibliotekach jednostek wydziałowych:
•
•
•
•
Biblioteka naukowa (Biblioteka Instytutu Fizyki Teoretycznej im. W. Rubinowicza)
Biblioteka studencka (Biblioteka Instytutu Fizyki Doświadczalnej)
Biblioteka Obserwatorium Astronomicznego
Biblioteka Instytutu Geofizyki
Wielkość księgozbiorów na koniec 2010 roku przedstawiała się następująco:
Książki
Czasopisma
Biblioteka IFT - naukowa
32 785
30 732)
Biblioteka IFD – studencka
27 784
5 326
Zbiory specjalne
Razem
498
64 015
-
33 110
837
4 878
Biblioteka IGF 1)
4 041
Biblioteka Obserwatorium
Astronomicznego
8 909
10 688
256
19 853
Razem
73519
46746
1 591
121856
-
Studenci i pracownicy Wydziału Fizyki mają dostęp do pełnotekstowych elektronicznych wersji około
5 135 tytułów czasopism naukowych z fizyki, biologii i chemii i dziedzin pokrewnych oraz 50 baz
danych: MEDLINE, INSPEC, SCI-Ex Science Citation Index, Scopus (Elsevier). Elektroniczne bazy
danych (czasopisma i bazy bibliograficzne) dostępne są ze wszystkich komputerów na Wydziale oraz
z komputerów domowych pracowników i studentów posiadających uniwersytecką elektroniczną kartę
biblioteczną BUW (dostęp poprzez numer i hasło karty). W bibliotekach Wydziału użytkownicy
dysponują 15 terminalami komputerowymi zapewniającymi dostęp do wszystkich abonowanych baz
danych i umożliwiającymi drukowanie artykułów na miejscu lub zapisywanie ich na nośnikach
elektronicznych. Większość zbiorów bibliotecznych została już wprowadzona do katalogu
elektronicznego. Dla około 80% książek elektroniczne opisy bibliograficzne uzupełnione zostały o
hasła przedmiotowe języka KABA.
Na terenie Kampusu Ochota, gdzie odbywa się duża część zajęć, zlokalizowane są biblioteki
Wydziału Chemii UW, Wydziału Biologii UW, Instytutu Biologii Doświadczalnej PAN oraz Instytutu
Biochemii i Biofizyki PAN. W bibliotekach tych znajduje się księgozbiór z zakresu biologii i chemii
niezbędny zarówno do pracy badawczej jak i studiów osobom podejmującym naukę zarówno na
kierunku fizyka i astronomia, jak również na nowych kierunkach studiów (Zastosowania fizyki w
biologii i medycynie) makrokierunkach (Inżynieria nanostruktur oraz Energetyka i chemia jądrowa).
22
C4. Informacja o prowadzonych przez jednostkę badaniach naukowych w dyscyplinie lub
dziedzinie związanej z nowym kierunkiem.
Neuroinformatyka, Fizyka medyczna
Tematykę badawczą realizowaną w Zakładzie Fizyki Biomedycznej IFD można ująć w następujących
punktach.
(A) Interfejsy mózg-komputer – pierwsze w Kraju implementacje, udział w 7PR UE, nowatorskie
rozwiązania sprzętowe i matematyczne.
(B) Analiza polisomnogramów, detekcja grafoelementów w sygnałach EEG, zastosowania w ocenie
prognoz pacjentów w śpiączce, detekcja potencjałów pochodzenia pozamózgowego.
(C) Potencjały (w EEG) i pola (w MEG) wywołane – klasyczne średnie w dziedzinie czasu,
lokalizacja źródeł, analiza czas-częstość zjawisk desynchronizacji i synchronizacji związanych z
bodźcem, metodologia oceny istotności statystycznej.
(D) Analiza czas-częstość otoemisji akustycznych (OAE).
(E) Analiza czynności epileptycznej w EEG i ECoG, weryfikacja kliniczna lokalizacji źródeł (problem
odwrotny w EEG), detekcja iglic epileptycznych.
(F) Analiza propagacji czynności bioelektrycznej w sensie przyczynowości Grangera.
(G) Komputerowe wspomaganie analizy obrazów ultrasonograficznych.
(H) Badanie przeżywalności materiału biologicznego napromienianego kwantami gamma i wiązkami
jonów.
(I) Badanie skuteczności biologicznej (RBE) dla wiązek ciężkich jonów przy wysokim liniowym
przekazie energii (LET).
(J) Efekt obserwatora (bystander effect) w oddziaływaniu promieniowania jonizującego z materiałem
biologicznym.
(K) Optymalizacja zdolności rozdzielczej skanerów używanych w diagnostyce radiacyjnej.
Modelowanie i budowa sprzętu.
(L) Modelowanie synchronizacji i desynchronizacji EEG związanej z bodźcem.
(M) Modelowanie generacji epileptycznych napadów nieświadomości.
(N) Przewidywanie i zatrzymanie napadu epileptycznego za pomocą stymulacji elektrycznej mózgu.
(O) Modelowanie wpływu leków antynapadowych.
(P) Analiza zjawisk krytycznych na rynkach finansowych i w układach epileptycznych
Ważniejsze publikacje z zakresu fizyki medycznej (5)
1. An irradiation facility with a horizontal beam for radiobiological studies, J. Czub, D. Banaś, J.
Braziewicz, J. Choiński, M. Jaskóla, A. Korman, Z. Szefliński i A. Wójcik. Radiation Protection
Dosimetry, 122(2006) 207
2. J. Czub, D.Banaś, A.Błaszczyk, J.Braziewicz , I.Buraczewska, J.Choiński, U.Górak,
M.Jaskóła, A.Korman, A.Lankoff, H.Lisowska, A.Łukaszek, Z.Szefliński,.A..Wójcik Biological
Effectiveness of 12C and 20Ne Ions with Very High LET. Int. J. Radiat. Biol. 84(2008)821-829
3. J. Czub, D.Banaś, A.Błaszczyk, J.Braziewicz , I.Buraczewska, J.Choiński, U.Górak,
M.Jaskóła, A.Korman, A.Lankoff, H.Lisowska, A.Łukaszek, Z.Szefliński,.A..Wójcik Biological
Effectiveness of 12C and 20Ne Ions with Very High LET. Int. J. Radiat. Biol. 84(2008)821-829
23
4. J.Czub, D.Banaś, A.Błaszczyk, J.Braziewicz, I.Buraczewska, J.Choiński, U.Górak,
M.Jaskóła, A.Korman, A.Lankoff, H.Lisowska, A.Łukaszek, Z.Szefliński, A.Wójcik,
Cell
Survival and Chromosomal Aberrations in CHO-K1 Cells Irradiated by Carbon Ions. Applied
Radiation Isotopes 67(2009)447-453,
5. Zygmunt Szeflinski, , “Status of medical physics in Poland” Published in Journal of Medical
Physic in the Baltic States,
ISSN 1822-5721, p 41-43, Materials of IAEA
SEMINAR&WORKSHOP - Synergy of nuclear sciences and medical physics: Education and
training of medical physicists in the Baltic States 22-24 September 2010, Kaunas Lithuania
Ważniejsze publikacje z zakresu neuroinformatyki (5)
1. Database of Epileptic EEG with MRI and Postoperational Assessment of Foci—a Real World
Verification for the EEG Inverse Solutions. Piotr Zwoliński, M. Roszkowski, Jarosław
Żygierewicz, Stefan Haufe, Guido Nolte, Piotr Durka, NEUROINFORMATICS, Tom 8, Nr 4, r.
2010, str. 285-299.
2. Fully parametric sleep staging compatible with the classical criteria, Urszula Malinowska,
Hubert
Klekowicz,
Andrzej
Wakarow,
Szymon
Niemcewicz,
Piotr
Durka,
NEUROINFORMATICS, Tom 7, Nr 4, r. 2009, 245-253.
3. Granger causality and information flow in multivariate processes, Katarzyna CieślakBlinowska, Rafał Kuś, Maciej Kamiński, PHYSICAL REVIEW E, Tom 70 r. 2004, 050902.
4. Evaluation of causal relations in neural systems: Granger Causality, Directed Transfer
Function (DTF) and Statistical Assesment of Significance, Maciej Kamiński, Mingzhou Ding,
Steven Bressler, Wilson Truccolo-Filho, BIOLOGICAL CYBERNETICS, Tom 85 r. 2001, str.
145-157.
5. Active paradigms of seizure anticipation - a computer model evidence for necessity of
simulation, Piotr Suffczyński, S. Kalizin, Fernando Lopes da Silva, J. Parra, Demetrios Velis, F.
Wendling, PHYSICAL REVIEW E, Tom 78, r. 2008, 051917.
Biofizyka molekularna, Projektowanie molekularne i bioinformatyka
Zakład Biofizyki IFD prowadzi badania naukowe w zakresie doświadczalnej i teoretycznej biofizyki
molekularnej, ujęte w siedmiu podstawowych tematach badawczych. Prace dotyczą analizy struktur,
dynamiki, oddziaływań i funkcjonowania polimerów biologicznych zarówno in vitro, in vivo jak też in
silico. Mają charakter interdyscyplinarny i zakładają współdziałanie grup badawczych o różnych
profilach: (bio)fizycznym, chemicznym, (bio)medycznym i informatycznym. Celem praktycznym
badań o charakterze podstawowym jest m.in. racjonalne projektowanie środków
chemioterapetycznych (rational drug design)
Aktualnie prowadzone są badania doświadczalne obejmują następujące zagadnienia.
(A) Badania faktorów białkowych, które specyficznie wiążą końce 5’ RNA kap i są zaangażowane w
procesy inicjacji biosyntezy białek w eukaryotach (translacja), składania (splicing) i metabolizmu
mRNA oraz transportu wewnątrzkomórkowego.
(B) Syntezy chemiczne analogów RNA 5’ kap o potencjalnym zastosowaniach praktycznych w
inżynierii genetycznej (zgłoszenia patentowe) i biotechnologii,
(C) Badania enzymów z rodziny fosforylaz nukleozydów purynowych (PNP), kluczowych dla
mechanizmów odpornościowych oraz ich inhibitorów, kinaz białkowych i kinaz nukleozydowych
(enzymy fosforylujące) oraz proteaz kodowanych przez wirusa HIV.
(D) Analiza białka zielonej fluorescencji GFP (green fluorescent protein) i jego mutantów (nagroda
Nobla z chemii w 2008 r), w tym problematyka zwijania (protein folding)
(E) Rozwijane są metody badawcze w zakresie m. in. spektroskopii emisyjnej, analizy dynamiki
białek i kompleksów z wykorzystaniem spektrometrii masowej (MS), kinetyki procesów asocjowania
makromolekuł i tworzenia kompleksów enzym-substrat z wykorzystaniem m. in. pomiarów
powierzchniowego rezonansu plazmonowego SPR (surface plasmon resonance).
24
W teoretycznych badaniach dotyczących projektowania molekularnego i bioinformatyki rozwijane są i
stosowane wieloskalowe metody modelowania matematycznego i komputerowego. Badania obejmują
struktury i funkcje układów biomolekularnych. Rozwijane są i stosowane metody klasycznej (MD),
kwantowej (QD) i klasyczno-kwantowej (QCMD), dynamiki molekularnej, metody Monte Carlo
(MC) oraz metody informatyki stosowanej. Złożona dynamika badanych układów analizowana jest z
wykorzystaniem metod analizy sygnałów połączonej z analizą przyczynowości zdarzeń (causality
analysis; wspólny z Zakładem Fizyki Biomedycznej europejski projekt DECIDE. W szczególności,
realizowane są następujące zagadnienia.
(A) Symulacje MD i QCMD transferu (hopping) protonów,
(B) Obliczenia kwantowe energii wiązania fragmentów białek z analogami RNA 5’ kap.
(C) Wyznaczanie energii swobodnej hydratacji oraz analiza fizycznych mechanizmów oddziaływań
hydrofobowych (problem wnęk hydrofobowych w dużych cząsteczkach biologicznych),
(D) Obliczenia swobodnych energii Gibbsa asocjacji białek z białkami i ligandami niebiałkowymi, z
uwzględnieniem wymiany protonów grup miareczkowalnych białek z otoczeniem,
(E) Opracowanie środowiska symulacyjnego do prowadzenia „dockingu” ligandów z białkami,
(F) Zastosowanie technik wirtualnej rzeczywistości (wizualizacja 3D połączona z generowaniem sił
reakcji wirtualnego obiektu molekularnego) do badania mechanizmów specyficznego rozpoznawania
się układów biomolekularnych,
(G) Budowa środowiska obliczeniowego i stworzenie serwisu WEBowego do porównywania i
klasyfikacji trójwymiarowych struktur białkowych.
(H) Analiza baz danych - zlokalizowano i/lub zaprojektowano przeszło 50 potencjalnych inhibitorów
kinaz białkowych JAK i RIO, których nadaktywność prowadzi do różnorodnych schorzeń
nowotworowych lub autoimmunologicznych.
(I) Analiza mechanizmów ekspresji genów z wykorzystaniem technik mikromacierzowych (Centrum
Doskonałości BioExploratorium).
(P) Analiza zjawisk krytycznych na rynkach finansowych i w układach epileptycznych
Ważniejsze publikacje z zakresu biofizyki (7)
1. “Prediction of pH-dependent properties of proteins” Jan Antosiewicz, J. Andrew McCammon,
Michael K. GilsonJournal of Molecular Biology 238 415-436 1994 cytowania: 558 razy
2. “The determinants of pK(a)s in proteins” Jan Antosiewicz, J. Andrew McCammon, Michael K.
Gilson
Biochemistry 35, 7819-7833, 1996 cytowania: 305 razy
3. “A nuclear cap-binding protein complex involved in pre-messenger-rna splicing”
Elisa Izaurralde, Joe Lewis, Caroline McGuigan, Marzena Jankowska†, Edward Darzynkiewicz,
Iain W. Mattaj Cell 78, 657-668, 1994 cytowania: 275 razy
4. “Hierarchical phosphorylation of the translation inhibitor 4E-BP1” Anne-Claude Gingras, Brian
Raught, Steven P. Gygi, Anna Niedźwiecka, Mathieu Miron, Stephen K. Burley, Roberto D.
Polakiewicz, Aleksandra Wyslouch-Cieszynska, Ruedi Aebersold, Nahum Sonenberg Genes &
Development 15, 2852-2864, 2001 cytowania: 271 razy
5. “Purine nucleoside phosphorylases: properties, functions, and clinical aspects” Agnieszka
Bzowska, Ewa Kulikowska, E; David Shugar Pharmacology & Therapeutics 88, 349-425, 2000
cytowania: 177 razy
6. “Biophysical studies of eIF4E cap-binding protein: Recognition of mRNA 5 ' cap structure and
synthetic fragments of eIF4G and 4E-BP1 proteins” Anna Niedzwiecka, Joseph Marcotrigiano,
Janusz Stepinski, Marzena Jankowska-Anyszka, Aleksandra Wyslouch-Cieszynska, Michal
25
Dadlez, Anne-Claude Gingras, Pawel Mak, Edward Darzynkiewicz, Nahum Sonenberg, Stephen
K. Burley, Ryszard Stolarski,
Journal of Molecular Biology 319, 615-635, 2002 cytowania: 142 razy
7. “MicroRNA inhibition of translation initiation in vitro by targeting the cap-binding complex
eIF4F”
Géraldine Mathonnet, Marc R. Fabian, Yuri V. Svitkin, Armen Parsyan, Laurent Huck, Takayuki
Murata, Stefano Biffo, William C. Merrick, Edward Darzynkiewicz, Ramesh S. Pillai, Witold
Filipowicz, Thomas F. Duchaine, Nahum Sonenberg
Science 317, 1764-1767, 2007
cytowania: 103 razy
(A) Wykorzystanie dynamiki struktury plamkowej promieniowania laserowego rozproszonego na
obiektach ruchomych do samooceny stanu refrakcji oka.
(B) Wykorzystanie formalizmu wektorowego do opisu działania skrzyżowanego cylindra Jacksona –
podstawowego elementu optycznego w układzie pomiaru całkowitego astygmatyzmu oka
© Pomiar funkcji fazowej aberracji frontu falowego wprowadzanych przez oko metoda filtracji
przestrzennej z wykorzystaniem filtru pierwiastkowego
(D) Zwiększanie zdolności rozdzielczej skaningowego oftalmoskopu konfokalnego
C5. Informacja o liczbie studentów stacjonarnych i niestacjonarnych oraz proporcji - na każdych
prowadzonych przez jednostkę studiach oraz udokumentowanie (dla studiów stacjonarnych), że co
najmniej połowa programu kształcenia jest realizowana w postaci zajęć dydaktycznych wymagających
bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich i studentów
Aktualnie (stan na początek roku 2012) na Wydziale Fizyki na kierunku Zastosowania fizyki w
biologii i medycynie studiuje:
studentów stacjonarnych: rozpoczęcie od roku akademickiego 2012/2013
studentów niestacjonarnych: brak
Stosunek liczby nauczycieli akademickich stanowiących minimum kadrowe dla kierunku studiów do
liczby studentów na tym kierunku wynosi: 1: 5,0 rozpoczęcie od roku akademickiego 2012/2013
Składowe:
liczba nauczycieli stanowiących minimum kadrowe – 24
liczba studentów na kierunku – studia stacjonarne – 120 (przewidywane w roku akademickim
2013/2014)
Załączone programy studiów dokumentują, że wszystkie prowadzone zajęcia (z wyjątkiem praktyk
wakacyjnych): wykłady, ćwiczenia rachunkowe, ćwiczenia laboratoryjne i seminaria wymagają
bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich i studentów.
26
ZAŁĄCZNIK E
E1. Uchwała(y) rady wydziału/rad wydziałów/rady międzywydziałowej jednostki organizacyjnej
wnioskująca(e) do Senatu UW o utworzenie kierunku oraz Porozumienia.
27
28

zfbm ii st -po poprawkach bbw-1 - Senat UW

Transkrypt

Podobne dokumenty

Laborant Miejsce pracy: Środowiskowe Laboratorium Fizyki

zajęcia wyrównawcze z fizyki

FORMULARZ ZGŁOSZENIA

Kosmiczna winda - Katedra Fizyki

Instytut Fizyki PAN w Warszawie

Aleksandra Kulik Jestem humanistką, niełatwo przychodzi mi

Seminaria środowiskowe „Problemy dydaktyki fizyki

Rekrutacja_OPUS8 - Instytut Fizyki Teoretycznej