biologiczne bazy danych sylabus - BIOL-CHEM UWB

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH
SYLABUS
Elementy składowe
sylabusu
Opis
Nazwa jednostki
prowadzącej kierunek
Nazwa kierunku studiów
Poziom kształcenia
Profil studiów
Forma studiów
Kod przedmiotu
Język przedmiotu
Uniwersytet w Białymstoku, Wydział Biologiczno-Chemiczny, Instytut Biologii
Rodzaj przedmiotu
Rok studiów /semestr
Wymagania wstępne (tzw.
sekwencyjny system zajęć i
egzaminów)
Liczba godzin zajęć
dydaktycznych z podziałem
na formy prowadzenia zajęć
Obowiązkowy, moduł specjalnościowy biologia eksperymentalna i molekularna
III rok / VI semestr
Założenia i cele przedmiotu
Metody dydaktyczne oraz
ogólna forma zaliczenia
przedmiotu
biologia
studia pierwszego stopnia
ogólnoakademicki
stacjonarne
0200-BS1-6BBD
polski
Znajomość zagadnień z zakresu genetyki i umiejętność obsługi komputera oraz korzystania
z programów komputerowych i źródeł internetowych.
wykład - 15 godz.
laboratoria - 30 godz.
Po ukończeniu przedmiotu student ma wymienić i opisać biologiczne bazy danych dostępne
w sieci. Student powinien posiadać ogólną znajomość oprogramowania
bioinformatycznego oraz zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach
bioinformatycznych, analizowania ich oraz interpretacji uzyskanych wyników.
Metody dydaktyczne: wykład, konsultacje, laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem
programów komputerowych i danych internetowych.
Formy zaliczenia przedmiotu: zaliczenie na ocenę laboratoriów i wykładu
Odniesienie do kierunkowych
efektów kształcenia
Efekty kształceniai
1.Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi dyscyplinami
przyrodniczymi.
2. Student potrafi wskazać podstawowe narzędzia informatyczne niezbędne do opisu
procesów przyrodniczych i podaje ich przykłady.
3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku ojczystym oraz
posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną w języku obcym, korzystając z
dostępnych baz danych.
4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu jej pogłębiania,
aktualizowania i syntetyzowania oraz prezentuje treści naukowe.
5. Pracuje samodzielnie i zespołowo w rozwiązywaniu problemów.
6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze danych literaturowych
i krytycyzm w wyrażaniu opinii.
Punkty ECTS
Bilans nakładu pracy
studentaii
Wskaźniki ilościowe
Data opracowania:
K_W02
K_W12
K_U06, K_U07, K_U15
K_U08
K_K02, K_U16
K_K03
4
Ogólny nakład pracy studenta: 100 godz. w tym: udział w wykładach: 15 godz.;
udział w zajęciach pozawykładowych: 30 godz.; przygotowanie się do zajęć, zaliczeń,
egzaminów: 49,4 godz.; udział w konsultacjach, zaliczeniach, egzaminie: 5,6 godz.
Nakład pracy studenta związany z zajęciami iii:
Liczba godzin
Punkty ECTS
50,6
2,0
wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela
85,0
3,4
o charakterze praktycznym
19.10.15
Koordynator
przedmiotu:
dr hab. Ada Wróblewska
SYLABUS
B. Informacje szczegółowe
Elementy składowe sylabusu
Opis
Nazwa przedmiotu
Kod przedmiotu
Nazwa kierunku
Nazwa jednostki prowadzącej kierunek
Język przedmiotu
Biologiczne Bazy Danych
0200-BS1-6BBD
Biologia, studia pierwszego stopnia
Wydział Biologiczno-Chemiczny UwB, Instytut Biologii
polski
Rok studiów/ semestr
Liczba godzin zajęć dydaktycznych oraz
forma prowadzenia zajęć
Prowadzący
Treści merytoryczne przedmiotu
trzeci rok, szósty semestr (letni)
15 godz., wykład
Efekty kształcenia wraz ze sposobem ich
weryfikacji
Forma i warunki zaliczenia
przedmiotu
Wykaz literatury podstawowej
i uzupełniającej
dr hab. Ada Wróblewska
1. Bioinformatyka i biologiczne bazy danych. Pierwsze bazy
danych. Różnorodność baz danych.
2. Źródła danych biologicznych i rodzaje danych biologicznych.
3. Biologiczne bazy danych oraz struktura ich rekordów. Podział
baz danych: niesekwencyjne, sekwencyjne, metabazy.
4. Przegląd internetowych biologicznych baz danych o zasięgu
światowym i krajowym. Bazy sekwencji DNA (GenBank,
EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy,
Swiss-Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy
bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf) i inne
bazy wtórne i specjalistyczne.
5. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz
danych. Narzędzia służące do przeglądania i pobierania danych.
6. Wykorzystanie danych zgromadzonych w bazach w badaniach
biologicznych (analiza struktury DNA, RNA, analiza sekwencji
białek, analiza filogenetyczna) - etapy, modele, programy
dostępne w Internecie.
Efekty kształcenia:
1. Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi
dyscyplinami przyrodniczymi.
2. Student potrafi wskazać podstawowe narzędzia informatyczne
niezbędne do opisu procesów przyrodniczych i podaje ich
przykłady.
3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku
ojczystym oraz posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną
w języku obcym, korzystając z dostępnych baz danych.
4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu
jej pogłębiania, aktualizowania i syntetyzowania oraz
prezentuje treści naukowe.
5. Pracuje samodzielnie w rozwiązywaniu problemów.
6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze
danych literaturowych i krytycyzm w wyrażaniu opinii.
Sposoby weryfikacji:
1. Pisemne zaliczenie na ocenę (test zamknięty, pytania otwarte
opisowe)
1. Obecność na zajęciach (dopuszcza się możliwość opuszczenia
dwóch wykładów).
2. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów.
3. Pozytywna ocena zaliczenia wykładu.
Literatura podstawowa:
1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.
Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,
Warszawa.
2. Higgs P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja
molekularna. PWN, Warszawa.
3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
4. http://www.embl.de/
5. http://www.ddbj.nig.ac.jp/
Literatura uzupełniająca:
1. Xiong J. 2009. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa.
2. http://www.ensembl.org/info/index.html
3. http://www.gbif.org/
……………………………….
podpis osoby składającej sylabus
i
Opis zakładanych efektów kształcenia w zakresie wiedzy, umiejętności i kompetencji społecznych, z uwzględnieniem form zajęć.
Uwzględnia się tylko efekty możliwe do sprawdzenia (mierzalne / weryfikowalne).
ii Przykładowe rodzaje aktywności: udział w wykładach, ćwiczeniach, przygotowanie do zajęć, udział w konsultacjach,
realizacja zadań projektowych, pisanie eseju, przygotowanie do egzaminu. Liczba godzin nakładu pracy studenta powinna
być zgodna z przypisanymi do tego przedmiotu punktami ECTS wg przelicznika : 1 ECTS – 25÷30 h.
iii Zajęcia wymagające bezpośredniego udziału nauczyciela są to tzw. godziny kontaktowe (również te nieujęte w rozkładzie
zajęć, np. konsultacje lub zaliczenia/egzaminy). Suma punktów ECTS obu nakładów może być większa od ogólnej liczby
punktów ECTS przypisanej temu przedmiotowi.
SYLABUS
C. Informacje szczegółowe
Elementy składowe sylabusu
Nazwa przedmiotu
Kod przedmiotu
Nazwa kierunku
Nazwa jednostki prowadzącej kierunek
Język przedmiotu
Rok studiów/ semestr
Liczba godzin zajęć dydaktycznych oraz
forma prowadzenia zajęć
Prowadzący
Treści merytoryczne przedmiotu
Efekty kształcenia wraz ze sposobem ich
weryfikacji
Forma i warunki zaliczenia
przedmiotu
Opis
Biologiczne Bazy Danych
0200-BS1-6BBD
Biologia, studia pierwszego stopnia
Wydział Biologiczno-Chemiczny UwB, Instytut Biologii
polski
trzeci rok, szósty semestr (letni)
30 godz., laboratorium
dr hab. Ada Wróblewska
1. Podział biologicznych baz danych. Niesekwencyjne bazy
danych: Zasady działania oraz porównanie wyników
uzyskanych z baz danych Ebsco, Google Scholar, PubMed,
Scopus oraz Web of Knowledge . Wyszukiwanie rekordów
według określonych kryteriów (nazwisko i imię, hasło, data
publikacji, itp.) oraz przygotowanie zestawień opisujących te
rekordy.
2. Zastosowanie innych biologicznych baz danych o zasięgu
światowym i krajowym. Opis biologii i historii wybranych
gatunków roślin i zwierząt z zastosowaniem poznanych baz
danych.
3. Sekwencyjne bazy danych:
a) Entrez (NBCI, USA), analiza wybranych rekordów określonych
gatunków roślin i zwierząt z zastosowaniem wybranych
podkatalogów: ‘Genome’, ‘Nucleotide’, ‘UniGene’ i
‘Taxonomy’ oraz narzędzi udostępnionych w tych
podkatalogach.
b) Integracja baz danych NIH (GenBank), EBI (EMBL) i NIG
(DDBJ).
1. Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi
dyscyplinami przyrodniczymi.
2. Student wskazuje podstawowe narzędzia informatyczne
niezbędne do opisu procesów przyrodniczych i podaje ich
przykłady.
3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku
ojczystym oraz posiłkuje się prostą terminologią
specjalistyczną w języku obcym, korzystając z dostępnych baz
danych.
4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w
celu jej pogłębiania, aktualizowania i syntetyzowania oraz
prezentuje treści naukowe.
5. Pracuje samodzielnie i zespołowo w rozwiązywaniu
problemów.
6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze
danych literaturowych i krytycyzm w wyrażaniu opinii.
Sposoby weryfikacji:
1. Przygotowanie sprawozdania z wybranego zagadnienia i jego
zaliczenie.
1. Obecność na zajęciach (dopuszczalna nieobecność na jednym
ćwiczeniu).
2. Pozytywna ocena ze sprawozdania.
Wykaz literatury podstawowej
i uzupełniającej
Literatura podstawowa:
1. Falagas, M.E., Pitsouni, E.I., Malietzis, G.A., Pappas, G. 2008.
Comparison of PubMed, Scopus, Web of Science, and Google
Scholar: strengths and weaknesses. FASEB J 22: 338-342.
2. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3. http://www.embl.de/
4. http://www.ddbj.nig.ac.jp/
5. http://wokinfo.com/
6. http://www.gbif.org/
……………………………….
podpis osoby składającej sylabus