Oznaczanie genetycznych markerów nowotworów

Oznaczanie
genetycznych
markerów nowotworów
Rozwiązanie jednego z największych ograniczeń w badaniach nad
genetyką nowotworów, jakim jest heterogeniczność próbek pobieranych z
guzów nowotworowych, stało się możliwe dzięki wykorzystaniu
innowacyjnej technologii nazwanej DEPArray™.
Naukowcy z Silicon Biosystems we Włoszech zaprezentowali światu rewolucyjną
metodę, która dzięki sekwencjonowaniu nowej generacji (ang. next generation
sequencing, NGS) pozwala z niesłychaną precyzją izolować komórki nowotworowe
guza z niewielkich próbek tkanek utrwalonych w parafinie (ang. formalin-fixed,
paraffin-embedded, FFPE).
Nowoczesna onkologia potrzebuje dogłębnego zrozumienia genetycznej
charakterystyki nowotworów.
Materiał genetyczny uzyskany z tkanek FFPE charakteryzuje się niską jakością z
powodu dużego stopnia degradacji (zachodzi ona przed zakończeniem procesu
utrwalania w formalinie). Co więcej, samo utrwalanie powoduje powstawanie
wiązań krzyżowych pomiędzy cząsteczkami kwasów nukleinowych i białek oraz
modyfikuje kowalencyjnie RNA. Utrudnia to izolację oraz ilościową i jakościową
analizę materiału genetycznego. Tymczasem technologie NGS mają olbrzymi
potencjał, ale ich dokładność jest ograniczona z powodu mieszaniny odmiennych
typów komórek w różnych proporcjach, jaką stanowią próbki tkanek z biopsji.
Samo NGS daje niejasny obraz profilu genetycznego guza, nie pozwalając na
wykrycie mutacji somatycznych czy utraty heterozygotyczności komórek
nowotworowych. Zróżnicowanie komórek nowotworowych samo w sobie jest
ograniczeniem w identyfikacji czynników indukujących rozwój nowotworu. Jeżeli
czynniki te występują w niewielkich ilościach, ich genetyczne warianty mogą nie
zostać wykryte z powodu rozcieńczenia próbek. Problem heterogeniczności
próbek częściowo rozwiązują technologie takie jak laserowe pozyskiwanie
mikroskrawków (ang. laser capture microdissection) oraz sortowanie za pomocą
cytometrii przepływowej (ang. FACS sorting). Niestety nadal ich dokładność i
czystość uzyskiwanych próbek nie jest wystarczająca, aby efektywnie zastosować
je w warunkach klinicznych. Ogranicza je rozmiar i jakość dostarczanych próbek.
System sortowania komórek DEPArray™, bazując na zawartości DNA i
markerach fenotypowych komórek, rozdziela je ze 100% dokładnością.
Stało się możliwe sortowanie różnych populacji komórek: zrębu, guzów
diploidalnych czy hiperploidalnych. Zasada działania DEPArray™ została również
zademonstrowana na próbkach FFPE z niską zawartością komórek (5%). Próbki
takie są trudne do właściwej analizy genetycznej i zwykle wiążą się ze złym
rokowaniem dla pacjenta. Nowa technika umożliwiła określenie prawdziwie
pozytywnych wariantów sekwencji, utraty heterozygotyczności oraz ustalenie
liczby kopii tych wariantów.
Naukowcy zaprezentowali światu rewolucyjną metodę, która pozwala z
niesłychaną precyzją izolować komórki nowotworowe guza
Źródło freeimages.com, autor Svilen Milev
Technologia DEPArray™ w połączeniu z analizą NGS jest metoda czułą i
specyficzną, pozwalającą na uzyskanie z próbek FFPE wyczerpującej informacji
genetycznej, bez względu na ploidię komórek i wielkość pobranej próbki. W
związku z tym, metoda ta może zrewolucjonizować badania nad nowotworami i
przyczynić się do opracowania nowego złotego standardu dokładności w
onkologii.
mgr Agnieszka Helis, diagnosta laboratoryjny
Piśmiennictwo:
Bolognesi C. et al. Digital Sorting of Pure Cell Populations Enables Unambiguous
Genetic Analysis of Heterogeneous Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tumors by
Next Generation Sequencing. Scientific Reports, 11 Feb 2016.
Data publikacji: 26.02.2016r.