cobas® TaqScreen DPX Test

cobas® TaqScreen DPX Test
for use on the cobas s 201 system
DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO.
cobas® TaqScreen DPX Test
®
cobas TaqScreen DPX Control Kit
®
cobas TaqScreen Wash Reagent
DPX
96 Tests
P/N: 05509203 190
DPX CTL
12 Sets
P/N: 05509181 190
5.1 L
P/N: 04404220 190
TS WR
ZASTOSOWANIE
Test cobas® TaqScreen DPX do stosowania z systemem cobas s 201 jest testem in vitro opartym na
amplifikacji kwasu nukleinowego służącym do bezpośredniego ilościowego oznaczania DNA
genotypów 1, 2 i 3 parwowirusa B19 i bezpośredniego wykrywania jakościowego RNA genotypów I, II i III
wirusa zapalenia wątroby typu A (HAV) w ludzkim osoczu.
Test cobas® TaqScreen DPX jest przeznaczony do użycia jako test wewnątrzprocesowy w celu
oznaczania ilościowego wyłącznie DNA parwowirusa B19 lub jednoczesnego oznaczania ilościowego
DNA parwowirusa B19 i wykrywania RNA wirusa zapalenia wątroby typu A w osoczu ludzkim
przeznaczonym do dalszej obróbki. Można używać osocze z krwi pełnej (odzyskane) lub zebrane przez
aferezę (osocze wyjściowe). Można testować próbki od wszystkich dawców lub pul produkcyjnych
w formie pojedynczych próbek lub pul złożonych z równych objętości poszczególnych próbek.
Ten test nie jest przeznaczony do stosowania z próbkami krwi pępowinowej.
Ten test nie jest przeznaczony do stosowania jako narzędzie diagnostyczne.
PODSUMOWANIE ORAZ OPIS TESTU
®
W teście cobas TaqScreen DPX zastosowano kilka barwników, co umożliwia jednoczesne wykrywanie
docelowych kwasów nukleinowych bez konieczności stosowania testów identyfikacyjnych. Na podstawie
zainstalowanego pliku definicji testu (Test Definition File, TDF) test cobas® TaqScreen DPX przedstawia
wyniki analizy ilościowej B19 i jakościowej HAV lub wyłącznie wynik analizy ilościowej B19.
Ludzki parwowirus B19 (B19) należący do rodzaju Erythrovirus z rodziny Parvoviridae1 jest małym
wirusem pozbawionym otoczki, zawierającym pojedynczą nić DNA. Wśród ludzkich erytrowirusów
wyróżnia się trzy genotypy: genotyp 1 (szczepy B19), genotyp 2 (szczepy A6) i genotyp 3 (szczepy
V9/D91.1)1. Wirus B19 występuje na całym świecie. Badania serologiczne wykazały, że u co najmniej
50% osób dorosłych występują we krwi przeciwciała IgG przeciwko wirusowi B19 wskazujące na
2, 3
przebyte zakażenie . Zakażenie wirusowe wiąże się z objawami klinicznymi, których manifestacja
i nasilenie zależą od stanu immunologicznego i hematologicznego pacjenta4. W przypadku osób
immunokompetentnych zakażenie przebiega bezobjawowo lub objawy są łagodne, obejmujące rumień
zakaźny (choroba piąta) u dzieci i artropatię u dorosłych. Wirus B19 może jednak powodować również
poważne schorzenia, takie jak przejściowa niedokrwistość aplastyczna u osób z zaburzeniami
hematologicznymi i obrzęk uogólniony płodu, niedokrwistość wrodzoną oraz obumarcie płodu
u ciężarnych4. Występowanie wirusa B19 w krwi i osoczu dawców może wahać się od 0,003% do 0,6%
w zależności od tego, czy pobrano krew w sezonie epidemicznym czy poza nim5, 6.
Wirus B19 przenosi się zwykle drogą kropelkową, możliwe jest jednak przeniesienie go przez produkty
osoczopochodne, co jest związane z wielkością pul osocza, częstością występowania ostrych,
niewidocznych klinicznie zakażeń wirusem B19, wysokim poziomem wirusa we krwi zakażonych dawców
(do 1012 IU/ml) i opornością wirusa B19 na większość standardowych procedur inaktywacji/usuwania,
takich jak metoda rozpuszczalnik/detergent (S/D) lub pasteryzacja7. Istnieją doniesienia o obecności
DNA wirusa B19 w pulach osocza i produktach osoczopochodnych8–10 i liczne doniesienia
o przenoszeniu wirusa B19 przez podanie produktów osoczopochodnych, zwłaszcza czynników
krzepnięcia7, 11–13.
Część Informacje dotyczące wersji dokumentu znajduje się na końcu niniejszego dokumentu.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
1
Wirus zapalenia wątroby typu A (HAV) należący do grupy hepatowirusów z rodziny Picornaviridae14 jest
małym, pozbawionym otoczki wirusem RNA. HAV występuje na całym świecie, jest przenoszony drogą
fekalno-oralną, głównie w przypadku bliskiego, osobistego kontaktu. Epidemie występują często w
krajach rozwijających się, gdzie zakażenia występują głównie u osób we wczesnym okresie życia, co
15
skutkuje wysokim odsetkiem osób z przeciwciałami przeciwko HAV w populacji . Z kolei w krajach
uprzemysłowionych spadek zapadalności spowodował, że zakażenia występują głównie u osób
16
dorosłych . Zakażenia HAV u ludzi mogą mieć różny przebieg, od bezobjawowych, głównie u małych
dzieci, do zapalenia wątroby o gwałtownym przebiegu, i w niektórych przypadkach prowadzą do zgonu.
W północnej Europie oraz w Japonii, Kanadzie i USA częstość występowania w ogólnej populacji jest
niewielka (ok. 0,01%), a zachorowania występują głównie w grupach podwyższonego ryzyka, na
17
przykład u osób podróżujących do regionów endemicznego występowania wirusa . Wyróżniono kilka
genotypów HAV (I–VI), przy czym u ludzi występują genotypy I, II i III18,19. Zakaźny HAV może być
20
wykryty we krwi w okresie okienka serologicznego , jednak ryzyko przeniesienia HAV jest niewielkie
podczas transfuzji. Podobnie jak w przypadku wirusa B19, trudno jest inaktywować HAV metodą S/D lub
przez pasteryzację. Istnieją też doniesienia o przeniesieniu HAV w produktach osoczopochodnych,
głównie w czynnikach krzepnięcia21–23.
Skażenie pul osocza wirusami B19 i HAV można wykryć testami wykorzystującymi kwasy nukleinowe.
W związku z tym na początku XXI wieku niektórzy producenci osocza zainicjowali badania
z wykorzystaniem kwasów nukleinowych (Nucleic Acid Testing, NAT) do wykrywania DNA wirusa B19
i RNA HAV w osoczu przeznaczonym do dalszej obróbki. Miały one na celu ograniczenie zawartości
wirusa B19 w pulach osocza i wyeliminowanie próbek osocza zakażonych HAV. Takie badania są
nazywane badaniami wewnątrzprocesowymi. Ze względu na doniesienia o obecności przeciwciał IgG
przeciwko wirusowi B19 w pulach osocza i przenoszeniu wirusa B19 przez produkty zawierające
> 104 IU/ml DNA B197 zaproponowano przyjęcie ograniczenia zawartości DNA B19 w puli osocza do
4
dalszej obróbki do < 10 IU/ml jako wymóg prawny amerykańskiej Agencji ds. Żywności i Leków (Food and
Drug Administration, FDA) i Unii Europejskiej wobec osocza przeznaczonego do produkcji przeciwciał
przeciwko antygenowi D i osocza poddanego obróbce mającej na celu inaktywację wirusów24, 25, 26. Nie
określono obecnie wymogów prawnych dotyczących testów na obecność HAV w pulach osocza. Jednak
zgodnie z wymogami prawnymi obowiązującymi na obszarze Unii Europejskiej testy NAT HAV pul
osocza wykonywane w ramach badań wewnątrzprocesowych powinny umożliwiać wykrywanie kontroli
26
zawierających 100 IU/ml RNA HAV .
Test cobas® TaqScreen DPX jest testem podwójnym, umożliwiającym jednoczesne wykrywanie
parwowirusa B19 i wirusa HAV w próbkach ludzkiego osocza od pojedynczych dawców lub w pulach
osocza. Stosowanie technologii wielu barwników umożliwia identyfikację każdego z docelowych wirusów
bez konieczności stosowania dalszych testów identyfikacyjnych. Ponadto test umożliwia oznaczenie
ilościowe (w IU/ml) wirusa B19 z zastosowaniem standardu Quantitation Standard (QS), opartego
bezpośrednio na międzynarodowym standardzie WHO dla wirusa B1927. Standard QS wraz z kontrolą
wewnętrzną (internal control, IC) (dla docelowego HAV) ulega ekstrakcji i amplifikacji jednocześnie
®
z każdą próbką. Test cobas TaqScreen DPX wykorzystuje ogólną technikę przygotowywania kwasów
nukleinowych w urządzeniu COBAS® AmpliPrep. DNA wirusa B19 i RNA wirusa HAV wraz z QS i IC są
amplifikowane i wykrywane w pojedynczej próbówce przy użyciu zautomatyzowanej techniki PCR w
®
®
czasie rzeczywistym w analizatorze COBAS TaqMan . Identyfikacja docelowych wirusów, QS i IC jest
możliwa dzięki zastosowaniu sond wyznakowanych fluorescencyjnie i wykrywanych w osobnych
®
®
kanałach analizatora COBAS TaqMan . W teście stosowany jest enzym AmpErase (uracylo-Nglikozylaza) umożliwiający redukcję potencjalnego zanieczyszczenia produktami amplifikacji
przeprowadzonej uprzednio (amplikonem).
ZASADY PROCEDURY
Test cobas® TaqScreen DPX do stosowania z systemem cobas s 201 jest oparty na 4 głównych
procesach:
1. Zautomatyzowane pulowanie próbek i pipetowanie kontroli przy użyciu urządzenia pipetującego
Hamilton MICROLAB® STAR/STARlet IVD (opcjonalnie)
2. Zautomatyzowane przygotowywanie próbek przy użyciu urządzenia COBAS® AmpliPrep
3. Zautomatyzowana amplifikacja kwasu nukleinowego oraz zautomatyzowana detekcja w czasie
rzeczywistym produktów reakcji PCR przy użyciu analizatora COBAS® TaqMan®
4. Zautomatyzowane zarządzanie danymi przy użyciu oprogramowania do pulowania i zarządzania
danymi (PDM)
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
2
Zautomatyzowane pulowanie próbek i pipetowanie przy użyciu urządzenia pipetującego Hamilton
MICROLAB STAR/STARlet IVD
Urządzenie pipetujące Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD pozwala na automatyzację
pipetowania próbek od pojedynczych dawców, pulowanie próbek uzyskanych od wielu dawców oraz
pipetowanie odczynników kontrolnych testu. System cobas s 201 umożliwia rozstrzygnięcie
reaktywnych pul osocza do uzyskania wyników dla poszczególnych próbek. System cobas s 201
służy do przetwarzania próbek w partiach. Partię definiuje się jako zbiór próbek i kontroli, które są
pipetowane, ekstrahowane, amplifikowane i wykrywane łącznie. Po zakończeniu pipetowania partii
w urządzeniu pipetującym Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD cały statyw na próbki jest
przenoszony do urządzenia COBAS® AmpliPrep w celu przeprowadzenia następnego etapu.
®
Zautomatyzowane przygotowywanie próbek przy użyciu urządzenia COBAS AmpliPrep
Cząsteczki kwasów nukleinowych z próbek i dodanej kontroli wewnętrznej (internal control, IC) Armored
HAV RNA oraz cząsteczki standardu QS DNA parwowirusa B19 w osłonce faga lambda (które służą jako
kontrola procesów przygotowywania próbek i amplifikacji / detekcji / oznaczenia ilościowego) są
przetwarzane jednocześnie. Test cobas® TaqScreen DPX zawiera odczynniki do pięciu kolejnych
®
etapów przeprowadzanych w urządzeniu COBAS AmpliPrep. Roztwór proteinazy trawi białka, co
ułatwia lizę, pozwala na inaktywację nukleaz i ułatwia uwalnianie RNA i DNA z cząsteczek wirusa.
Dodanie odczynnika lizującego do próbki powoduje przez denaturację białek lizę wirusa i inaktywację
nukleaz. RNA i DNA są uwalniane i jednocześnie chronione przed nukleazami. Uwolnione kwasy
nukleinowe łączą się z silikonową powierzchnią dodanych szklanych cząstek magnetycznych. Jest to
spowodowane głównie sumarycznym dodatnim ładunkiem na powierzchni szklanej cząstki
i sumarycznym ujemnym ładunkiem kwasów nukleinowych wynikającym ze stężenia soli chaotropowej
i siły jonowej odczynnika lizującego. Odczynnik płuczący pozwala na usunięcie niezwiązanych substancji
i zanieczyszczeń, takich jak zdenaturowane białka, fragmenty komórek i potencjalne inhibitory reakcji
PCR (takie jak hemoglobina itp.), oraz zmniejszenie stężenia soli. Oczyszczone kwasy nukleinowe są
odłączane do szklanych cząstek magnetycznych w podwyższonej temperaturze za pomocą buforu do
elucji.
Zautomatyzowana amplifikacja i detekcja kwasu nukleinowego przy użyciu analizatora COBAS®
TaqMan®
Po wyizolowaniu oczyszczonych kwasów nukleinowych z ludzkiego osocza podczas zautomatyzowanego
przygotowania próbek, do amplifikacji i detekcji RNA HAV i RNA IC oraz amplifikacji i oznaczenia
ilościowego DNA B19 i DNA QS używa się odczynnika cobas® TaqScreen DPX Master Mix (MMX). Po
zaktywowaniu przez dodanie octanu manganu odczynnik cobas® TaqScreen DPX Master Mix umożliwia
odwrotną transkrypcję (dla docelowych RNA), a następnie amplifikację PCR wysoce konserwatywnych
regionów RNA HAV, RNA IC, DNA parwowirusa B19 i DNA QS przy użyciu specyficznych starterów.
Amplikony są wykrywane przez hybrydyzację ze swoistymi sondami oligonukleotydowymi. Amplifikacja,
hybrydyzacja i detekcja zachodzą jednocześnie.
Odwrotna transkrypcja oraz amplifikacja PCR
Reakcje odwrotnej transkrypcji i amplifikacji przeprowadza się przy użyciu termostabilnego
rekombinowanego enzymu, polimerazy DNA Z05. W obecności jonów manganowych (Mn2+)
polimeraza DNA Z05 uzyskuje aktywność odwrotnej transkryptazy i polimerazy DNA. Dzięki temu
możliwy jest przebieg reakcji odwrotnej transkrypcji i amplifikacji PCR w tej samej mieszaninie
reakcyjnej.
Podczas amplifikacji PCR wysoka temperatura w kolejnych etapach reakcji umożliwia denaturację
amplikonu docelowego i IC/QS do jednoniciowego DNA. Polimeraza DNA Z05 powoduje wydłużenie
przyłączonych starterów wzdłuż docelowych matryc celem wytworzenia dwuniciowego DNA (amplikonu).
Ten proces powtarza się cyklicznie, a po każdym cyklu podwajana jest ilość amplikonu. Amplifikacja
zachodzi jedynie w obszarze docelowego genomu między starterami; całość genomu nie ulega
amplifikacji.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
3
Zapobieganie zanieczyszczeniu produktami poprzedniej reakcji
Zanieczyszczeniu produktami poprzedniej reakcji zapobiega się, stosując enzym AmpErase (uracylo-Nglikozylaza) oraz trójfosforan dezoksyurydyny (dUTP). Dezoksyurydyna nie występuje w naturalnym
DNA, ale jest zawsze obecna w amplikonie z uwagi na zastosowanie w odczynniku Master Mix
mieszaniny trójfosforanu dezoksyurydyny / trójfosforanu tymidyny jako jednego z dNTP; dlatego
wyłącznie amplikon zawiera dezoksyurydynę. Enzym AmpErase rozpoznaje i katalizuje rozkład nici DNA
28
zawierającego dezoksyurydynę przez otwarcie pierścienia dezoksyrybozy w pozycji C1, przez co DNA
nie może ulegać amplifikacji. DNA zawierający dezoksytymidynę lub RNA zawierający rybourydynę29,30
nie jest rozpoznawany przez enzym. Podczas początkowej fazy odwrotnej transkrypcji enzym AmpErase
katalizuje cięcie produktów poprzedniej reakcji w miejscu reszt dezoksyurydyny. Enzym AmpErase jest
inaktywowany na długo po poddaniu działaniu temperatury powyżej 55°C, dlatego nie niszczy
docelowego amplikonu utworzonego w wyniku przeprowadzanej aktualnie reakcji PCR.
Wykrywanie produktów reakcji PCR31,32
Odczynnik cobas® TaqScreen DPX MMX zawiera sondy wykrywające swoiste dla kwasów nukleinowych
HAV, IC, parwowirusa B19 i QS. Każda sonda wykrywająca jest wyznakowana: 1) jednym z czterech
barwników fluorescencyjnych, który działa jako barwnik reporterowy, i 2) drugim barwnikiem, który
spełnia rolę wygaszacza. Każdej sekwencji docelowej przypisany jest określony barwnik reporterowy,
a fluorescencję, której jest źródłem, mierzy się przy określonej długości fali. We wszystkich sondach
używa się barwnika wygaszacza tego samego typu. W tym systemie można wykrywać wszystkie
amplifikowane kwasy nukleinowe przy różnych długościach fal.
Zanim rozpocznie się amplifikacja PCR, sondy są nienaruszone, a fluorescencja reportera jest wytłumiona
bliskością wygaszacza, na zasadzie efektu przenoszenia energii Förstera. Podczas amplifikacji PCR sondy
hybrydyzują z docelowymi jednoniciowymi sekwencjami DNA i są rozszczepiane przez 5'- i 3'-nukleazową
aktywność polimerazy DNA Z05 w tym samym czasie, kiedy zachodzi amplifikacja. Kiedy barwnik
reporterowy i wygaszacz zostaną rozdzielone przez to rozszczepienie, ujawnia się aktywność
fluorescencyjna barwnika reporterowego. Z każdym cyklem PCR generowana jest zwiększająca się liczba
rozszczepionych sond i jednocześnie wzrasta sumaryczny sygnał barwnika reporterowego.
Detekcji produktów PCR w czasie rzeczywistym towarzyszy niezależny pomiar fluorescencji
poszczególnych uwolnionych barwników reporterowych, reprezentujących docelowe wirusy, IC i QS.
Zautomatyzowane zarządzanie danymi przy użyciu programu PDM
Oprogramowanie Roche PDM pozwala użytkownikowi przeglądać i raportować wyniki.
®
Oprogramowanie Roche PDM interpretuje wyniki testu cobas TaqScreen DPX jako niereaktywne,
reaktywne lub nieważne dla docelowego HAV bądź < wartości odcięcia, ≥ wartości odcięcia lub
nieważne dla docelowego wirusa B19. Oprogramowanie Roche PDM pozwala użytkownikowi nie
tylko odbierać i analizować wyniki PCR, ale także drukować raporty, odszukiwać wyniki, akceptować
wyniki dawców i (opcjonalnie) przesyłać dane do LIS.
MATERIAŁY DOSTARCZONE PRZEZ ROCHE
Do wykrywania RNA HAV oraz oznaczania ilościowego DNA parwowirusa B19 w próbkach osocza
są wymagane i dostarczane trzy zestawy: 1) cobas® TaqScreen DPX Test, 2) zestaw kontrolny
cobas® TaqScreen DPX Control Kit i 3) cobas® TaqScreen Wash Reagent. Karty charakterystyki
substancji niebezpiecznych (Material Safety Data Sheet, MSDS) są dostępne na żądanie
w miejscowym przedstawicielstwie firmy Roche.
cobas® TaqScreen DPX Test
(P/N: 05509203 190)
DPX
96 testów
DPX CS1
(kaseta zawierająca szklane cząstki magnetyczne do oznaczeń DPX)
DPX CS2
(kaseta z odczynnikiem lizującym do oznaczeń DPX)
DPX CS3
(kaseta wieloodczynnikowa do oznaczeń DPX)
DPX CS4
(kaseta z odczynnikami swoistymi dla testu do oznaczeń DPX)
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
4
cobas® TaqScreen DPX Control Kit
®
Zestaw kontrolny cobas TaqScreen DPX
(P/N: 05509181 190)
DPX CTL
12 zestawów
DPX D(+)C
(kontrola podwójna: dodatnia HAV i nisko dodatnia parwowirus B19)
DPX H(+)C
(kontrola wysoko dodatnia parwowirus B19)
DPX (–) C
(kontrola ujemna cobas® TaqScreen DPX)
cobas® TaqScreen Wash Reagent
®
Odczynnik płuczący cobas TaqScreen
(P/N: 04404220 190)
TS WR
5,1 l
TS WR
(odczynnik płuczący cobas® TaqScreen)
INNE MATERIAŁY WYMAGANE, LECZ SPRZEDAWANE OSOBNO
(DO NABYCIA W FIRMIE ROCHE)
Ten test jest przeznaczony do użytku z systemem cobas s 201. System cobas s 201 musi być
zainstalowany i używany przy pełnej konfiguracji systemu. Pojedynczych elementów systemu
cobas s 201 nie można używać jako samodzielnych urządzeń, nie można też zastępować innych
elementów. System cobas s 201 wykorzystuje elementy wymienione poniżej.
Przyrządy i oprogramowanie dla systemu cobas s 201
•
Urządzenie pipetujące Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD (opcjonalnie), stacja robocza
i oprogramowanie Pooling Manager
•
Urządzenie COBAS® AmpliPrep
•
Analizator COBAS® TaqMan®
•
Stacja danych z oprogramowaniem AMPLILINK
•
Serwer Roche PDM Data Manager, stacja robocza i oprogramowanie Data Manager
•
Plik definicji testu DPX dla testu cobas® TaqScreen DPX
•
Plik definicji testu do parwowirusa B19 (B19) dla testu cobas® TaqScreen DPX
Statywy i materiały jednorazowe
•
Statywy na próbki COBAS® AmpliPrep (SK24) (P/N: 28122172001)
•
Statywy na jednostki SPU COBAS® AmpliPrep (P/N: 05471664001)
•
Statywy na odczynniki COBAS® AmpliPrep (P/N: 28122199001)
•
Jednostki przetwarzania próbki (SPU): (P/N: 03755525001)
•
Probówki wejściowe na próbki (probówki S) z klipsami z kodem kreskowym
(P/N: 03137040001)
•
Statywy z końcówkami K (P/N: 03287343001)
•
Opakowanie zawierające probówki K, 12 x 96 (P/N: 03137082001)
•
Nośnik K COBAS® TaqMan® (P/N: 28150397001)
•
Końcówki CO-RE o dużej pojemności (1000 µl) z filtrem (P/N: 04639642001)
•
Płytki głębokodołkowe, oznaczone etykietami z kodami kreskowymi (P/N: 04639634001)
•
Maty zamykające płytki głębokodołkowe (P/N: 04789288001)
•
Nośnik na próbki na 24 probówki testowe (P/N: 04639502001)
•
Nośnik na próbki na 32 probówki testowe (P/N: 04639529001)
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
5
•
Nośnik do końcówek (P/N: 04639545001)
•
Nośnik do płytek głębokodołkowych (P/N: 04639553001)
•
Nośnik na statywy SK24 (P/N: 04639600001)
•
Zestaw aerozolu dezynfekującego Hamilton (P/N: 06254250001)
•
Zestaw detergentu Hamilton MICROLAB (P/N: 06254268001)
•
Rękawice jednorazowe bezpudrowe
ODCZYNNIKI
cobas® TaqScreen DPX Test
(P/N: 05509203 190)
DPX
DPX CS1
MGP
(szklane cząstki magnetyczne)
Szklane cząstki magnetyczne
93% izopropanolu
Xi
96 testów
2 x 48 testów
2 x 7,0 ml
93% (wag.) izopropanolu
Produkt drażniący
F
93% (wag.) izopropanolu
Produkt wysoce łatwopalny
DPX CS2
LYS
(odczynnik lizujący)
Cytrynian sodu dwuwodny
42,5% tiocyjanianu guanidyny
< 14% polidokanolu
0,9% ditiotreitolu
Xn
42,5% (wag.) tiocyjanianu guanidyny
2 x 48 testów
2 x 78 ml
Produkt szkodliwy
DPX CS3
Pase
(roztwór proteinazy)
Bufor TRIS
< 0,05% EDTA
Chlorek wapnia
Octan wapnia
≤ 7,8% proteinazy
Glicerol
Xn
≤ 7,8% (wag.) proteinazy
2 x 48 testów
2 x 3,8 ml
Produkt szkodliwy
EB
(bufor do elucji)
Bufor TRIS
0,2% metylparabenu — środek konserwujący
2 x 7,0 ml
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
6
DPX CS4
DPX MMX-R1
(odczynnik 1 DPX Master Mix)
Octan potasu
Octan manganu
Glicerol
14,4% dimetylosulfotlenku
0,08% azydku sodu
Kwas octowy
2 x 48 testów
2 x 3,0 ml
DPX MMX-R2
(odczynnik 2 DPX Master Mix)
Bufor Tricine
Octan potasu
Wodorotlenek potasu
4,1% dimetylosulfotlenku
Glicerol
Tween 20
< 0,09% dATP, dCTP, dGTP, dUTP, dTTP
< 0,01% preparatu starterów sensownych i antysensownych
parwowirusa B19 i HAV
< 0,01% roztworu znakowanych barwnikiem fluorescencyjnym sond
parwowirusa B19 i HAV
< 0,01% roztworu znakowanych barwnikiem fluorescencyjnym sond
QS parwowirusa B19 i IC HAV
< 0,01% aptameru oligonukleotydowego
< 0,01% polimerazy DNA Z05 (bakteryjnej)
< 0,01% enzymu AmpErase® [uracylo-N-glikozylaza] (bakteryjnego)
0,08% azydku sodu
2 x 2,5 ml
DPX IC/QS
(standard ilościowy i kontrola wewnętrzna DPX)
Bufor TRIS
≤ 0,002% poli-rA RNA (syntetycznego)
EDTA
0,05% azydku sodu
< 0,001% niezakaźnego syntetycznego RNA IC opłaszczonego
białkiem kapsydowym bakteriofaga MS2
< 0,001% niezakaźnego syntetycznego DNA QS B19 opłaszczonego
białkiem kapsydowym bakteriofaga Lambda
2 x 13 ml
cobas® TaqScreen DPX Control Kit
Zestaw kontrolny cobas® TaqScreen DPX
(P/N: 05509181 190)
DPX CTL
12 zestawów
DPX D(+)C
12 x 1,6 ml
(podwójna kontrola dodatnia DPX)
< 0,001% niezakaźnego syntetycznego RNA HAV opłaszczonego
białkiem kapsydowym bakteriofaga MS2
< 0,001% niezakaźnego syntetycznego DNA parwowirusa B19
opłaszczonego białkiem kapsydowym bakteriofaga Lambda
Osocze ludzkie ujemne, niereaktywne w testach licencjonowanych przez amerykańską
Agencję ds. Żywności i Leków (Food and Drug Administration, FDA) w zakresie
przeciwciał IgG i IgM Ab przeciwko parwowirusowi B19, HBsAg, antygenowi
rdzeniowemu HBV Ab, HCV Ab i HIV-1/2 Ab oraz RNA HIV-1. Niereaktywne dla
RNA HAV metodami NAT i dla DNA parwowirusa B19 ≤ 5 IU/ml metodą PCR.
0,1% substancji konserwującej ProClin® 300
Xi
(3:1) mieszanina 5-chloro-2-metylo-2H-izotiazol-3-onu
i 2-metylo-2H-izotiazol-3-onu
Produkt drażniący
R43: Może powodować uczulenie w kontakcie ze skórą
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
7
DPX H(+)C
12 x 1,6 ml
(kontrola silnie dodatnia DPX)
< 0,001% niezakaźnego syntetycznego DNA parwowirusa B19 opłaszczonego
białkiem kapsydowym bakteriofaga Lambda
Osocze ludzkie ujemne, niereaktywne w testach licencjonowanych przez amerykańską
Agencję ds. Żywności i Leków (Food and Drug Administration, FDA) w zakresie
przeciwciał IgG i IgM Ab przeciwko parwowirusowi B19, HBsAg, antygenowi
rdzeniowemu HBV Ab, HCV Ab i HIV-1/2 Ab oraz RNA HIV-1. Niereaktywne dla
RNA HAV metodami NAT i dla DNA parwowirusa B19 ≤ 5 IU/ml metodą PCR.
0,1% substancji konserwującej ProClin 300
Xi
(3:1) mieszanina 5-chloro-2-metylo-2H-izotiazol-3-onu
i 2-metylo-2H-izotiazol-3-onu
Produkt drażniący
R43: Może powodować uczulenie w kontakcie ze skórą
DPX (–) C
(kontrola ujemna cobas® TaqScreen DPX)
Bufor fosforanu sodu
EDTA
0,002% poli-rA RNA (syntetycznego)
Barwnik amarantowy
0,1% substancji konserwującej ProClin 300
Xi
12 x 1,6 ml
(3:1) mieszanina 5-chloro-2-metylo-2H-izotiazolo-3-onu
i 2-metylo-2H-izotiazolo-3-onu
Produkt drażniący
R43: Może powodować uczulenie w kontakcie ze skórą
cobas® TaqScreen Wash Reagent
Odczynnik płuczący cobas® TaqScreen
(P/N: 04404220 190)
TS WR
5,1 l
TS WR
(odczynnik płuczący cobas® TaqScreen)
Cytrynian sodu dwuwodny
0,1% metylparabenu — środek konserwujący
WYMAGANIA DOTYCZĄCE PRZECHOWYWANIA I UŻYTKOWANIA
A. Przez temperaturę pokojową rozumie się temperaturę od 15°C do 30°C.
B. Nie zamrażać odczynników ani kontroli.
C. Odczynniki DPX CS1, DPX CS2, DPX CS3 i DPX CS4 należy przechowywać w temperaturze od
2°C do 8°C. Nieużywane odczynniki są stabilne aż do upływu podanej daty ważności.
D. Po pierwszym użyciu odczynniki zachowują stabilność przez 30 dni w temperaturze od 2°C do
8°C lub do upływu daty ważności, zależnie od tego, co nastąpi wcześniej.
E. Odczynników można używać w nie więcej niż 6 cyklach pracy urządzenia i w sumie przez
maksymalnie 48 godzin pracy urządzenia COBAS® AmpliPrep. Między kolejnymi cyklami pracy
odczynniki należy przechowywać w temperaturze od 2°C do 8°C. Oprogramowanie AMPLILINK
monitoruje łączną liczbę godzin pracy kaset z odczynnikami w urządzeniu COBAS® AmpliPrep
i uniemożliwia wykorzystanie kaset po osiągnięciu w sumie 48 godzin.
F. Oprogramowanie AMPLILINK nie monitoruje liczby cykli pracy urządzenia ze stosowanymi kasetami.
Za usunięcie kaset z odczynnikami po wykonaniu 6 cykli pracy urządzenia odpowiedzialny jest
użytkownik.
G. Odczynniki DPX D(+)C, DPX H(+)C i DPX (–) C należy przechowywać w temperaturze od 2°C do
8°C. Kontrole są stabilne aż do upływu podanej daty ważności. Po otwarciu opakowania
niewykorzystane do badania odczynniki należy wyrzucić.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
8
H. Odczynnik TS WR należy przechowywać w temperaturze od 15°C do 30°C. Nieotwarty odczynnik
TS WR pozostaje stabilny aż do upływu podanej daty ważności. Po otwarciu odczynnik zachowuje
stabilność przez 30 dni w temperaturze od 15°C do 30°C lub do upływu daty ważności, zależnie od
tego, co nastąpi wcześniej.
ŚRODKI OSTROŻNOŚCI
DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO.
A. Próbki mogą być zakaźne. Podczas wykonywania badania należy przestrzegać ogólnych środków
ostrożności33,34. Procedurę tę powinien wykonywać tylko personel biegły w używaniu testu cobas®
TaqScreen DPX i przeszkolony w postępowaniu z materiałem zakaźnym. Należy dokładnie oczyścić
i odkazić wszystkie laboratoryjne powierzchnie robocze świeżo przygotowanym roztworem
podchlorynu sodu 0,5% w wodzie dejonizowanej lub destylowanej (rozcieńczony wybielacz).
Następnie należy przetrzeć powierzchnię etanolem 70%.
B. UWAGA: Odczynniki DPX D(+)C i DPX H(+)C zawierają ludzkie osocze otrzymane z krwi
ludzkiej. Testy wykazały, że zastosowane osocze jest niereaktywne w zakresie przeciwciał
IgG i IgM przeciwko parwowirusowi B19, HBsAg, antygenowi rdzeniowemu HBV Ab, HCV Ab,
HIV-1/2 Ab oraz niereaktywne względem RNA HIV-1 w badaniach metodami NAT. Osocze
przebadano również z zastosowaniem testu cobas® TaqScreen DPX i wykazano, że jest
niereaktywne w kierunku RNA HAV i zawiera ≤ 5 IU/ml DNA parwowirusa B19. Żadna ze
znanych metod badania nie może zaoferować całkowitej pewności, że produkty otrzymane
z ludzkiej krwi nie będą przenosić czynników zakaźnych. Wszystkie materiały pochodzące
z krwi ludzkiej należy uważać za potencjalnie zakaźne i postępować z nimi z zastosowaniem
ogólnych środków ostrożności. W przypadku wylania materiału należy natychmiast
zdezynfekować świeżo przygotowanym roztworem podchlorynu sodu 0,5% (rozcieńczony wybielacz)
lub postępować zgodnie z procedurami przyjętymi w danej instytucji.
C. Należy stosować rutynowe laboratoryjne środki ostrożności. Nie należy pipetować za pomocą ust.
Nie jeść, nie pić ani nie palić w obszarach roboczych. Podczas pracy z próbkami i odczynnikami
zestawu należy stosować ochronne rękawice jednorazowe, fartuchy laboratoryjne oraz osłonę oczu.
Po zakończeniu pracy z próbkami i odczynnikami testowymi należy dokładnie umyć ręce.
D. Odczynniki DPX MMX-R1, DPX MMX-R2 i DPX IC/QS zawierają jako środek konserwujący azydek
sodu. Jeśli roztwory zawierające azydki są usuwane do kanalizacji, należy je rozcieńczyć i spłukać
dużą ilością bieżącej wody. Te środki ostrożności są zalecane w celu uniknięcia odkładania się
złogów w metalowych rurach, co może spowodować zagrożenie wybuchem.
E. Wykazano, że heparyna hamuje reakcję PCR. Do tej procedury nie należy stosować osocza
heparynizowanego.
F. Zaleca się używanie jałowych jednorazowych pipet oraz końcówek pipet wolnych od nukleazy. Jeżeli
w trakcie obsługi i przetwarzania próbek nie jest możliwa odpowiednia kontrola kontaminacji między
próbkami, może dojść do wystąpienia wyników fałszywie dodatnich.
G. Aby uzyskać optymalną skuteczność testu, należy stosować tylko dostarczone lub wymienione
potrzebne materiały jednorazowego użytku.
H. Aby uniknąć krzyżowego zanieczyszczenia próbek lub kontroli, z wszystkimi materiałami zawierającymi
próbki lub kontrole należy postępować zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej.
I.
Przed użyciem należy ocenić wzrokowo każdą kasetę z odczynnikami, probówkę z kontrolą
i odczynnik płuczący, aby się upewnić, że nie ma choćby najmniejszego wycieku. W razie
wystąpienia wycieku nie wolno używać tego materiału do badania.
J.
Należy usuwać wszystkie materiały, które przypadkowo weszły w kontakt z próbkami i odczynnikami,
zgodnie z przepisami krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi.
K. Nie należy używać zestawu testowego cobas® TaqScreen DPX, zestawu kontrolnego cobas®
TaqScreen DPX ani odczynnika płuczącego cobas® TaqScreen po upływie daty ważności. Nie
wolno zamieniać, mieszać ani łączyć odczynników z różnych zestawów ani z różnych serii. Nie
należy umieszczać jednocześnie różnych serii odczynników w urządzeniu COBAS® AmpliPrep.
L. Karty charakterystyki substancji niebezpiecznych (Material Safety Data Sheet, MSDS) są dostępne
na żądanie w miejscowym przedstawicielstwie firmy Roche.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
9
M. Należy unikać kontaktu odczynników ze skórą, oczami i błonami śluzowymi. Jeżeli dojdzie do
kontaktu, należy natychmiast spłukać dużą ilością wody; w przeciwnym razie mogą powstać
oparzenia. Jeżeli dojdzie do rozlania wymienionych odczynników, przed wytarciem należy rozcieńczyć
je wodą.
N. Nie wolno dopuścić do kontaktu odczynnika LYS zawierającego tiocyjanian guanidyny
z roztworem podchlorynu sodu (wybielaczem). Połączenie to może skutkować wytworzeniem
silnie trującego gazu.
O. Należy ściśle przestrzegać podanych procedur i wytycznych w celu zapewnienia prawidłowego
wykonania testu. Wszelkie odchylenia od procedur i wytycznych mogą mieć wpływ na optymalną
skuteczność testu.
P. Należy unikać użycia nadmiernie zhemolizowanych próbek.
Q. Zanieczyszczenie próbek osocza krwinkami czerwonymi (> 5%) może spowodować zahamowanie
reakcji prowadzonych w teście cobas® TaqScreen DPX.
R. W żadnej fazie testu nie należy używać składników z uszkodzonymi etykietami z kodem kreskowym.
PRZYGOTOWANIE KONTROLI I ODCZYNNIKÓW
A. Należy doprowadzić zestaw kontrolny cobas® TaqScreen DPX Control Kit do temperatury pokojowej
przez 30 minut przed włożeniem do urządzenia pipetującego Hamilton MICROLAB STAR/STARlet
IVD lub przed użyciem. Należy ogrzewać odczynniki do testu cobas® TaqScreen DPX w urządzeniu
®
COBAS AmpliPrep przez 30 minut przed użyciem.
POBIERANIE, PRZECHOWYWANIE i MIESZANIE PRÓBEK
Uwaga:
Ze wszystkimi próbkami należy postępować jak z czynnikami zakaźnymi.
Próbki
®
A. Z testem cobas TaqScreen DPX można używać próbki osocza pobrane na EDTA, CPD, CPDA-1,
CP2D, ACD-A, cytrynian sodu 4% i do probówek do przygotowywania próbek osocza BD Vacutainer
(PTT). Należy przestrzegać instrukcji producenta probówek testowych.
B. Krew pobrana na EDTA, CPD, CPDA-1, CP2D, ACD-A, cytrynian sodu 4% i do probówek PTT może
być przechowywana do 72 godzin w temperaturze 2–30°C, a następnie do 48 godzin
w temperaturze 2–8°C przed oddzieleniem osocza. W celu przechowywania dłuższego niż 5 dni
należy oddzielić osocze od krwinek czerwonych i przechowywać w temperaturze 2–8°C przez co
najwyżej 9 dni.
Stabilność preparatu krwi pełnej
30
Temperatura (°C)
Krew pełna
(2°C–30°C)
20
10
Krew pełna
(2°C–8°C)
Osocze
(2°C–8°C)
0
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
Liczba dni
C. Osocze z aferezy pobrane na EDTA, CPD, CPDA-1, CP2D, ACD-A lub cytrynian sodu 4% można
przechowywać do 10 dni od czasu pobrania w temperaturze 2–30°C, po okresie przechowywania do
46 dni w temperaturze 2–8°C.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
10
D. Przedstawione poniżej wskazówki dotyczące objętości osocza oparte są na pipetowaniu ze
szklanych lub plastikowych probówek 13 x 100 mm od dawców w urządzeniu pipetującym Hamilton
MICROLAB STAR/STARlet IVD. Wymienione objętości dotyczą osocza powyżej upakowanych
czerwonych krwinek i są używane podczas pracy z testem cobas® TaqScreen DPX.
Typ puli
Pula główna*
Pula powtórzona
Pula do rozdziału
Minimalna objętość osocza
3 ml
1,5 ml
2 ml
* Uwzględnia tworzenie płytki głębokodołkowej (płytka archiwizacyjna)
E. Nie należy zamrażać krwi pełnej.
F. Zakryte płytki głębokodołkowe można przechowywać w temperaturze ≤ –18°C do 50 dni.
G. Osocze w EDTA, CPD, CPD-A, CP2D, ACD-A lub 4% cytrynianie sodu można przechowywać do
6 miesięcy w temperaturze ≤ –18°C. Nie obserwowano ujemnego wpływu na skuteczność testu,
gdy próbki osocza poddawano 3 cyklom zamrażania i rozmrażania.
H. Przed użyciem należy ogrzać pulę próbek lub próbki od pojedynczych dawców do temperatury
pokojowej.
I.
Inne warunki pobierania i przechowywania musi zweryfikować użytkownik. Jeśli próbki mają być
przesyłane, należy je opakować i oznaczyć zgodnie z odpowiednimi przepisami federalnymi
i międzynarodowymi dotyczącymi transportu próbek i czynników etiologicznych35.
PULOWANIE I PIPETOWANIE PRÓBEK
A.
System cobas s 201 wykorzystuje wszystkie możliwości pipetowania i pulowania urządzenia
pipetującego Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. Za pomocą urządzenia pipetującego
Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD przeprowadza się skanowanie kodów kreskowych
i pulowanie próbek celem wytworzenia puli.
B.
Oprogramowanie PDM w wersji 3 lub nowszej umożliwia zainstalowanie pełnego systemu cobas
s 201 bez urządzenia pipetującego Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD; w takim przypadku
wymagane jest ręczne wprowadzanie kodów kreskowych z numerami identyfikacyjnymi próbki,
statywu SK24 i pozycji oraz klipsa S. Dokładne instrukcje na temat wprowadzania kodów
kreskowych można znaleźć w Podręczniku użytkownika systemu cobas s 201.
C.
Jeśli w teście cobas® TaqScreen DPX pule wykażą reaktywność wobec HAV lub będą mieć
wynik ≥ wartości odcięcia dla wirusa B19, urządzenie pipetujące Hamilton MICROLAB
STAR/STARlet IVD zostanie użyte do pipetowania pojedynczych próbek z płytki głębokodołkowej
lub z oryginalnych probówek z próbkami w celu utworzenia mniejszych pul, podlegających
dalszym testom.
UWAGI PROCEDURALNE
A. Wyposażenie
1. Należy przygotować system cobas s 201 do użytku zgodnie z instrukcjami w Podręczniku
użytkownika systemu cobas s 201.
2. Aby zapewnić prawidłowe działanie urządzenia, należy wykonywać zalecane czynności
konserwacyjne.
B. Odczynniki
1. Należy doprowadzić do temperatury pokojowej odczynniki z zestawu cobas® TaqScreen
DPX Test w urządzeniu COBAS® AmpliPrep przez 30 minut przed użyciem. Zestaw cobas®
TaqScreen DPX Control Kit i odczynnik płuczący cobas® TaqScreen Wash Reagent muszą
przed użyciem uzyskać temperaturę pokojową. Informacje na temat warunków
przechowywania można znaleźć w rozdziale Wymagania dotyczące przechowywania
i użytkowania.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
11
2. Każdy zestaw cobas® TaqScreen DPX Test zawiera ilość materiału wystarczającą do
wykonania łącznie 96 testów, które zaleca się przeprowadzać w partiach składających się
z maksymalnie 24 testów na statyw SK24. Z każdą partią testową lub każdym statywem
SK24 należy przetworzyć po jednym powtórzeniu kontroli ujemnej i dodatniej. W teście
®
cobas TaqScreen DPX próbki i kontrole są poddawane tym samym procesom.
3. Wszystkie odczynniki kontrolne służą do jednorazowego użytku.
4. System pozwoli zapobiec użyciu odczynników z różnych serii, odczynników, w przypadku
których została przekroczona dozwolona liczba godzin w urządzeniu, odczynników,
których data ważności upłynęła, lub pomieszanych kaset z zestawu czterech kaset
poprzednio używanych w systemie. Nie należy umieszczać jednocześnie różnych serii
odczynników w urządzeniu COBAS® AmpliPrep.
C. Przetwarzanie próbek
1. Podczas pracy z próbkami i odczynnikami kontrolnymi należy unikać skażenia rękawiczek.
2. Należy uważać, aby nie doszło do skażenia próbek i kontroli ujemnych dodatnimi
odczynnikami kontrolnymi.
INSTRUKCJA UŻYTKOWANIA
W systemie cobas s 201 przeprowadza się cztery główne procesy: pipetowanie próbek i kontroli
w urządzeniu pipetującym Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD, przygotowywanie próbek
w urządzeniu COBAS® AmpliPrep z użyciem zestawu cobas® TaqScreen DPX Test, amplifikację/
detekcję w analizatorze COBAS® TaqMan® i zarządzanie danymi.
Każdy zestaw cobas® TaqScreen DPX Test zawiera osiem kaset: dwie kasety DPX CS1 ze szklanymi
cząstkami magnetycznymi, dwie kasety DPX CS2 z odczynnikiem lizującym, dwie kasety DPX CS3
z proteazą i buforem do elucji oraz dwie kasety DPX CS4 z kontrolą wewnętrzną oraz odczynnikiem 1 i 2
MMX. Ten zestaw jest używany łącznie z zestawem cobas® TaqScreen DPX Control Kit i odczynnikiem
płuczącym cobas® TaqScreen Wash Reagent.
Uwaga:
Nie należy otwierać kaset.
Uwaga:
Nie należy łączyć odczynników z różnych serii ani z różnych butelek z tej samej serii.
Uwaga:
Nie należy umieszczać jednocześnie kaset z różnych serii w urządzeniu COBAS
AmpliPrep.
Uwaga:
Nie należy oddzielać probówek kontrolnych od adapterów.
®
Należy wykonywać wszystkie wymagane czynności zgodnie z opisem podanym w Podręczniku
użytkownika systemu cobas s 201.
Dokładne instrukcje dotyczące użytkowania można znaleźć w Podręczniku użytkownika systemu cobas
s 201.
A. Pipetowanie próbek i kontroli przy użyciu urządzenia pipetującego Hamilton MICROLAB
STAR/STARlet IVD
Uwaga: Podczas przygotowywania próbek i kontroli należy unikać skażenia rękawic.
Uwaga: Należy wymieszać kontrole, delikatnie odwracając je trzykrotnie, unikając przy tym
powstania pęcherzyków powietrza.
1. Należy wykonać procedury startowe w urządzeniu pipetującym Hamilton MICROLAB
STAR/STARlet IVD, a następnie uruchomić zgodnie z instrukcjami na ekranie program Roche
PDM Pooling Wizard.
2. Należy uważać, aby nie uszkodzić identyfikacyjnego kodu kreskowego na probówkach na
próbki i adapterach probówek z kontrolami. W razie uszkodzenia system nie będzie mógł
rozpoznać próbek ani kontroli.
3. Należy odkręcić probówki kontrolne i włożyć próbki, materiały eksploatacyjne i odczynniki
kontrolne do urządzenia pipetującego Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. Po włożeniu
próbek, materiałów eksploatacyjnych i odczynników kontrolnych urządzenie przenosi
odczynniki kontrolne i próbki do probówek S.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
12
4. Po zakończeniu pipetowania należy przejrzeć alarmy i wydrukować raport (raporty) pulowania.
Należy sprawdzić pule i dołki płytki głębokodołkowej. Należy unieważnić pule i/lub dołki w razie
zaobserwowania zabrudzenia czerwonymi krwinkami lub w przypadku różnych objętości.
®
5. Należy zamknąć probówki S i przenieść statyw (statywy) SK24 do urządzenia COBAS
AmpliPrep celem wykonania ekstrakcji kwasów nukleinowych. Po przeniesieniu do probówek S
wszystkie wirusy docelowe i kontrole zachowują stabilność do 6 godzin w probówce S.
6. Należy zamknąć i przechować płytki głębokodołkowe (jeśli płytki zostały utworzone podczas
pipetowania).
7. Należy usunąć i przechować probówki od dawców. Warunki przechowywania zostały opisane
w rozdziale „Pobieranie, przechowywanie i mieszanie próbek”.
8. Należy usunąć i wyrzucić probówki z odczynnikami kontrolnymi. (Probówki z kontrolami służą
wyłącznie do jednorazowego użytku).
9. Wszystkie zlecenia testu są tworzone automatycznie i przekazywane do wszystkich stacji
danych AMPLILINK w sieci.
B. Przygotowywanie i wkładanie odczynników do testu cobas® TaqScreen DPX
Uwaga: Należy uważać, aby nie uszkodzić etykiet kaset. Czytnik kodów kreskowych
w urządzeniu COBAS® AmpliPrep służy do automatycznego odczytywania kodu
kreskowego na etykiecie każdej z kaset, gdy statywy z odczynnikami są wkładane
do urządzenia.
1. Należy ogrzewać odczynniki przez 30 minut w urządzeniu COBAS® AmpliPrep przed
przetworzeniem pierwszej próbki. Nie jest wymagane żadne inne przygotowywanie
odczynników.
2. Przed rozpoczęciem należy włożyć odpowiednią liczbę kaset, aby dostosować ich liczbę do
®
całkowitej liczby próbek, które będą przetwarzane podczas ciągłej pracy urządzenia COBAS
AmpliPrep. Każda kaseta zawiera ilość odczynników wystarczającą do przeprowadzenia 48
testów. Informacje na temat wkładania odczynników do pracy ciągłej można znaleźć
w Podręczniku użytkownika systemu cobas s 201.
3. Należy umieścić kasetę DPX CS1 w statywie na odczynniki; należy się upewnić, że kod
kreskowy kasety znajduje się w jednej linii z kodem kreskowym statywu, umieszczonym po
prawej stronie statywu. Kasety DPX CS1 należy włożyć razem w osobnym statywie na
odczynniki, oddzielnie od innych kaset.
4. Należy umieścić statyw z odczynnikami zawierający kasety DPX CS1 w pozycji A,
®
wsuwając go aż do kołka blokującego w urządzeniu COBAS AmpliPrep, następnie
zaczekać, aż dioda statywu na odczynniki stanie się zielona, i dopiero wtedy wsunąć
statyw we właściwe miejsce w tylnej części urządzenia. Nie należy umieszczać
jednocześnie różnych serii odczynników w urządzeniu.
5. Należy umieścić po jednym zestawie kaset DPX CS2, DPX CS3 i DPX CS4 na każdą kasetę
DPX CS1 w statywie (statywach) na odczynniki; należy się upewnić, że kody kreskowe kasety
znajdują się w jednej linii z kodem kreskowym statywu umieszczonym po prawej stronie
statywu.
6. Należy umieścić statyw (statywy) na odczynniki w pozycjach B, C, D lub E, wsuwając je aż do
kołka w urządzeniu COBAS® AmpliPrep, następnie zaczekać, aż dioda statywu na odczynniki
stanie się zielona, i dopiero wtedy wsunąć statyw we właściwe miejsce w tylnej części
urządzenia.
7. Diody na pasku stanu urządzenia COBAS® AmpliPrep staną się zielone, gdy wszystkie
wymagane składniki zestawu zostaną włożone i rozpoznane przez system.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
13
C. Ekstrakcja kwasów nukleinowych z pipetowanych próbek i kontroli
Uwaga: Przedstawione poniżej czynności należy wykonać na czystej powierzchni stołu.
1. Należy usunąć opakowanie z pakietu jednostek przetwarzania próbek (SPU), pozostawiając
nietkniętą taśmę i plastikową pokrywę.
2. Mając uchwyt statywu na SPU skierowany do użytkownika, należy włożyć pakiet jednostek
SPU z prawej strony statywu na SPU.
3. Należy usunąć taśmę i plastikową pokrywę z jednostek SPU znajdujących się w statywie.
Należy się upewnić, że wszystkie jednostki SPU są wciśnięte, wyrównane i dokładnie
umieszczone w statywie. Uniesione jednostki SPU mogą spowodować uszkodzenie
urządzenia. Nie należy naciskać na końcówkę S w SPU.
4. Należy umieścić statywy z SPU w urządzeniu COBAS® AmpliPrep statywy na SPU
w pozycjach J, K lub L w taki sposób, aby były do końca wsunięte i rozpoznane.
Jednocześnie w urządzeniu może znajdować się do 72 jednostek SPU. Należy włożyć
wymaganą do testu liczbę jednostek SPU lub w razie potrzeby większą.
5. Należy usunąć opakowanie celofanowe z zapakowanych przez producenta statywów
z probówkami K i końcówkami K, uważając przy tym, aby nie przewrócić statywów. Należy się
upewnić, że wszystkie są prawidłowo osadzone.
6. Należy umieścić jak najmniejszą wymaganą liczbę statywów z probówkami K i końcówkami K
®
w pozycjach M, N, O lub P urządzenia COBAS AmpliPrep.
7. Statywy SK24 zawierające próbki i kontrole napipetowane w urządzeniu pipetującym Hamilton
MICROLAB STAR/STARlet IVD należy umieścić w urządzeniu COBAS® AmpliPrep
w pozycjach F, G lub H. Należy wsunąć statyw aż do zablokowania. Należy sprawdzić status
zakładki Sample, aby się upewnić, że wszystkie próbki w każdym statywie zostały rozpoznane.
8. Należy sprawdzić w oprogramowaniu AMPLILINK, czy do wymaganego przygotowania
próbek włożone są odpowiednie ilości odczynników i materiałów eksploatacyjnych.
9. Należy nacisnąć przycisk Start w oprogramowaniu AMPLILINK, aby rozpocząć procedurę
przygotowania próbek przez urządzenie COBAS® AmpliPrep.
10. Wszystkie nieużywane końcówki K i probówki K pozostaną zablokowane w urządzeniu
COBAS® AmpliPrep i będą używane w następnym przebiegu.
D.
Amplifikacja i detekcja
1. Należy przenieść statyw SK24 zawierający przetworzone próbki do analizatora COBAS®
TaqMan®. Całkowicie wypełniony statyw SK24 należy przenieść do analizatora w ciągu
1 godziny od przygotowania w nim próbek. Analizator COBAS® TaqMan® automatycznie
rozpocznie amplifikację i detekcję. Wyniki partii całkowicie wypełnionych statywów
nieprzeniesionych w ciągu 1 godziny będą nieważne. Wyniki partii statywów SK24
niecałkowicie wypełnionych nieprzeniesionych w ciągu 1 godziny mogą być ważne.
Oprogramowanie AMPLILINK mierzy dozwolony czas między dodaniem odczynnika
Master Mix i rozpoczęciem amplifikacji/detekcji dla każdej z próbek. Jeśli pierwsza
z przetwarzanych próbek przekroczy limit czasowy, cały statyw jest określany jako
nieważny.
2. Po zakończeniu amplifikacji i detekcji w analizatorze COBAS® TaqMan® analizowane próbki
są automatycznie usuwane do pojemnika na odpady.
3. Wyniki są automatycznie akceptowane i przesyłane do oprogramowania PDM.
E. Przeglądanie i drukowanie wyników
1. Należy uruchomić stację roboczą Roche PDM.
2. Należy odszukać nieprzeglądane partie w zakładce „Review Batches” w stacji roboczej Data
Manager.
3. Należy przejrzeć alarmy, podświetlając partię, a następnie klikając przycisk „Next”.
4. Należy przejrzeć wyniki dla kontroli w zakładce „Controls Review”. Kryteria ważności kontroli
można znaleźć w rozdziale „Kontrola jakości”.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
14
5. Należy przejrzeć wyniki puli w zakładce „Pools Review” dla wybranej partii. W razie
konieczności użytkownik może ręcznie unieważnić pule niereaktywne dla HAV i z wynikiem
< wartości odcięcia dla wirusa B19. Próbki od dawców z nieważnych pul należy przebadać
ponownie.
6. Należy przejrzeć i zwolnić wyniki dawców w zakładce „Donor Review” dla wybranej partii.
7. Należy wydrukować raporty i w razie potrzeby przesłać je do laboratoryjnego systemu
informatycznego (LIS).
KONTROLA JAKOŚCI
1. W każdej partii należy uwzględnić jedną kontrolę ujemną (DPX (–) C) i po jednej z dwóch
kontroli dodatnich (DPX D(+)C i DPX H(+)C).
2. Status partii. Status partii jest opisany jako „Complete, Valid”, gdy kontrole partii są ważne.
Jeśli którakolwiek z kontroli w partii jest nieważna, cała partia jest nieważna. Unieważnienie
wyników na podstawie błędów kontroli jest przeprowadzane automatycznie przez
oprogramowanie PDM.
a. Kontrola ujemna
Ważność kontroli ujemnej jest weryfikowana zgodnie z przeprowadzanym testem.
Test DPX (HAV i B19). Aby kontrola ujemna (DPX (–) C) była ważna, interpretowany wynik
musi być niereaktywny zarówno dla HAV, jak i dla parwowirusa B19, a kontrola IC i standard
QS muszą być ważne. Jeśli interpretowany wynik dla kontroli ujemnej jest nieważny, cała
partia jest nieważna i należy ją powtórzyć.
Test tylko na wirusa B19. Aby kontrola ujemna (DPX (–) C) była ważna, interpretowany wynik
musi być niereaktywny dla parwowirusa B19, a odpowiedni standard QS musi być ważny.
Jeśli interpretowany wynik dla kontroli ujemnej jest nieważny, cała partia jest nieważna
i należy ją powtórzyć.
b. Podwójna kontrola dodatnia DPX
Ważność podwójnej kontroli dodatniej DPX jest weryfikowana zgodnie z przeprowadzanym
testem.
Test DPX (HAV i B19). Aby podwójna kontrola dodatnia (DPX D(+)C) była ważna,
interpretowany wynik musi być reaktywny dla HAV, stężenie parwowirusa B19 musi
wynosić od 1,21 x 102 do 1,21 x 103 IU/ml, a odpowiednia kontrola IC i standard QS
muszą być ważne. Jeśli interpretowany wynik dla HAV jest nieważny lub stężenie
parwowirusa B19 jest poza akceptowalnym zakresem, cała partia jest nieważna i należy ją
powtórzyć.
Test tylko na wirusa B19. Aby podwójna kontrola dodatnia (DPX D(+)C) była ważna,
interpretowany wynik musi wskazywać stężenie parwowirusa B19 od 1,21 x 102 do
1,21 x 103 IU/ml, a odpowiedni standard QS musi być ważny. Jeśli interpretowany wynik
wskazuje na stężenie parwowirusa B19 poza akceptowalnym zakresem, cała partia jest
nieważna i należy ją powtórzyć.
c.
Kontrola wysoko dodatnia DPX
Aby kontrola wysoko dodatnia DPX (DPX H(+)C) była ważna, stężenie parwowirusa B19
musi wynosić od 2,43 x 105 do 2,42 x 106 IU/ml, a odpowiadający jej standard QS musi
być ważny. Jeśli stężenie parwowirusa B19 jest poza akceptowalnym zakresem, cała
partia jest nieważna i należy ją powtórzyć.
3. IC dla próbek od dawców
a. Aby próbka od dawcy miała ważny niereaktywny (–) wynik testu dla HAV,
odpowiednia kontrola IC musi być ważna; w przeciwnym razie wynik niereaktywny jest
nieważny i należy ponownie zbadać próbkę dawcy.
b. Ważny wynik dla próbki od dawcy reaktywnej wobec HAV może mieć ważny lub
nieważny wynik przeprowadzonej kontroli IC.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
15
4. QS dla próbek od dawców
a. Aby próbka od dawcy miała ważny wynik testu dla parwowirusa B19, odpowiedni
standard QS musi być ważny; w przeciwnym razie wynik jest nieważny i należy ponownie
zbadać próbkę dawcy.
WYNIKI
1. Wyniki próbek są ważne tylko wówczas, gdy zawierająca je partia jest ważna. Kryteria kontroli
jakości można znaleźć w rozdziale Kontrola jakości. Dla każdej próbki mierzone są cztery parametry:
po jednym dla docelowych wirusów HAV i B19 oraz po jednym dla IC i QS.
Test tylko na wirusa B19. Dla każdej próbki mierzone są dwa parametry: docelowy wirus B19 i QS.
2. Ostateczne wyniki testu mogą być niereaktywne, reaktywne lub nieważne dla docelowego HAV bądź
< wartości odcięcia, ≥ wartości odcięcia lub nieważne dla docelowego wirusa B19.
3. Ostateczny status próbki od dawcy w teście cobas® TaqScreen DPX jest przedstawiany przez
oprogramowanie PDM następująco:
Końcowy status
próbki od dawcy
Completed
Accepted
Completed Unresolved
Accepted Unresolved
Opis
Uzyskano ostateczne wyniki dla każdego docelowego wirusa.
Zaakceptowano ukończony test dla próbki od dawcy.
Termin ważności upłynął, zanim test został zaakceptowany.
Zaakceptowano nierozstrzygnięty ukończony test próbki od dawcy.
Powtarzanie testu dla danej próbki
Probówki z próbkami od dawców z ostatecznym wynikiem nieważnym dla jednego z docelowych
wirusów wymagają powtórnego badania, niezależnie od końcowego wyniku dla drugiego
z docelowych wirusów. Użytkownik może jednak wybrać opcję „Force Unresolve”, aby zakończyć
pracę z próbką danego dawcy. Zastosowanie funkcji „Force Unresolve” powoduje przypisanie stanu
„Accepted Unresolved” próbce od dawcy, dla której nie uzyskano ostatecznego wyniku reaktywności
wobec HAV lub ≥ wartości odcięcia dla wirusa B19, bądź przypisanie stanu „Accepted”, jeśli
uzyskano wynik reaktywności wobec HAV lub ≥ wartości odcięcia dla wirusa B19.
Badanie puli wtórnej
Probówki z próbkami od dawców w zawierającej wiele próbek puli z ostatecznym wynikiem
nieważnym dla jednego z wirusów docelowych wymagają powtórnego badania, jeśli ostateczny
wynik drugiego z docelowych wirusów jest niereaktywny dla HAV lub < wartości odcięcia dla
wirusa B19.
W przypadku gdy zebrany materiał obejmujący wiele próbek zostanie oznaczony jako reaktywny
wobec HAV lub ≥ wartości odcięcia dla wirusa B19, nastąpi przydzielenie przez system cobas s 201
wszystkim próbkom od dawców, których materiał znalazł się w puli, żądania pulowania do badania
puli wtórnej. Próbki od tych dawców są pipetowane za pomocą urządzenia Hamilton MICROLAB
STAR/STARlet IVD (zarówno z płytek głębokodołkowych, jak i z pierwotnych probówek
zawierających materiał od dawców) do uzyskania mniejszych pul, zawierających próbki mniejszej
liczby dawców lub pojedynczego dawcy, a następnie badane ponownie za pomocą testu cobas®
TaqScreen DPX jako element procesu rozstrzygania, który ma na celu zidentyfikowanie próbek od
poszczególnych dawców, reaktywnych wobec HAV lub z wynikiem ≥ wartości odcięcia dla
wirusa B19. Dokładne instrukcje na temat przeprowadzania testów rozstrzygających można znaleźć
w Podręczniku użytkownika systemu cobas s 201.
Jeżeli subpula zawierająca wiele próbek jest raportowana jako niereaktywna dla HAV
i z wynikiem < wartości odcięcia dla wirusa B19, poszczególne próbki są oznaczane jako
„Completed” z ostatecznym wynikiem niereaktywnym dla HAV i < wartości odcięcia dla
wirusa B19.
Uwaga: Użytkownik może przeprowadzić dodatkowe badanie, jako element ogólnego
programu kontroli jakości, aby stwierdzić przyczynę początkowego dodatniego
wyniku dla puli.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
16
OGRANICZENIA METODY
®
1. Test ten zaprojektowano wyłącznie do użytku z zestawem cobas TaqScreen DPX Test, zestawem
kontrolnym cobas® TaqScreen DPX Control Kit oraz z odczynnikiem płuczącym cobas® TaqScreen
Wash Reagent i systemem cobas s 201.
2. Wykazano, że heparyna hamuje reakcję PCR. Do tej procedury nie należy stosować osocza
heparynizowanego.
3. Wiarygodne wyniki są zależne od zachowania odpowiednich procedur pobierania próbek oraz
transportu.
4. Do zautomatyzowanego przygotowywania pul osocza do testu cobas® TaqScreen DPX wolno
używać wyłącznie urządzenia pipetującego Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. Należy
przestrzegać instrukcji sprzętowych i środków ostrożności opisanych w Podręczniku użytkownika
systemu cobas s 201 i w Podręczniku użytkownika urządzenia pipetującego Hamilton MICROLAB
STAR/STARlet IVD.
5. Detekcja RNA HAV i oznaczanie ilościowe DNA parwowirusa B19 zależy od liczby cząsteczek
wirusa obecnych w próbce, na którą wpływać mogą metody pobierania próbek, czynniki związane
z pacjentem (tj. wiek, obecność objawów) i/lub faza zakażenia oraz wielkość puli.
6. Mutacje w obrębie wysoce konserwatywnych regionów genomu wirusowego, z którym wiążą się
startery i/lub sondy używane w teście cobas® TaqScreen DPX, chociaż rzadkie, mogą
spowodować niewykrycie HAV lub nieprawidłowe oznaczanie ilościowe DNA parwowirusa B19.
7. Z uwagi na różnice między technologiami zaleca się, aby przed zmianą stosowanych metod
użytkownik przeprowadził w laboratorium badanie korelacji stosowanych metod w celu określenia
występujących między nimi różnic jakościowych. Użytkownicy powinni postępować zgodnie
z własnymi określonymi zasadami/procedurami.
CHARAKTERYSTYKA SKUTECZNOŚCI
Powtarzalność
®
Powtarzalność testu cobas TaqScreen DPX przy wykrywaniu HAV określono, badając panele osocza
składające się z 8 próbek, w tym jednej ujemnej dla HAV i 7 o znanych stężeniach HAV wynoszących
0,35, 0,5, 0,71, 1, 1,41, 2,5 i 3,75 IU/ml.
Badanie zostało przeprowadzone przez 9 operatorów przy użyciu 3 serii zestawu cobas® TaqScreen
DPX Test w ciągu dwóch dni, z zastosowaniem 6 zestawów urządzeń.
Wszystkie ważne wyniki określono, obliczając procent dodatnich wyników testu dla każdego elementu
panelu. Dane były analizowane według daty przeprowadzenia i serii zestawu.
Badanie to wykazało powtarzalność testu cobas® TaqScreen DPX niezależnie od serii zestawu
(tabela 1) i daty badania (tabela 2).
Tabela 1
Powtarzalność między seriami
Stężenie HAV (IU/ml)
Wyniki dodatnie według serii odczynnika
Seria nr 1
Seria nr 2
Seria nr 3
3,75
100,0% (63/63)
100,0% (63/63)
100,0% (63/63)
2,50
100,0% (63/63)
100,0% (63/63)
100,0% (62/62)
1,41
100,0% (62/62)
100,0% (63/63)
96,8% (61/63)
1,00
93,7% (59/63)
90,5% (57/63)
95,2% (60/63)
0,71
85,7% (54/63)
90,5% (57/63)
81,0% (51/63)
0,50
74,6% (47/63)
74,6% (47/63)
76,2% (48/63)
0,35
63,5% (40/63)
69,8% (44/63)
69,8% (44/63)
0,00
0,0% (0/63)
0,0% (0/63)
0,0% (0/63)
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
17
Tabela 2
Powtarzalność między dniami
Stężenie HAV (IU/ml)
3,75
2,50
1,41
1,00
0,71
0,50
0,35
0,00
Wyniki dodatnie według daty
Dzień 1
Dzień 2
100,0%
100,0% (63/63)
(126/126)
100,0%
100,0% (63/63)
(125/125)
100,0% (62/62)
98,4% (124/126)
93,7% (59/63)
92,9% (117/126)
85,7% (54/63)
85,7% (108/126)
74,6% (47/63)
75,4% (95/126)
63,5% (40/63)
69,8% (88/126)
0,0% (0/63)
0,0% (0/126)
Dokładność oznaczenia ilościowego parwowirusa B19
Dokładność oznaczenia ilościowego parwowirusa B19 w przy użyciu testu cobas® TaqScreen DPX
określono, badając panele osocza składające się z 4 próbek o znanych stężeniach wirusa B19
wynoszących 103, 104, 105 i 106 IU/ml.
Wszystkie ważne wyniki określono, obliczając odchylenie standardowe miana parwowirusa B19
(log10 IU/ml) dla każdego elementu panelu. Dane z 2 serii zestawu były analizowane osobno i łącznie.
®
Badanie to wykazało powtarzalność testu cobas
(tabela 3).
TaqScreen DPX niezależnie od serii zestawu
Tabela 3
Odchylenie standardowe miana parwowirusa B19 log10 IU/ml (n = 20) dla różnych serii zestawu
Elementy panelu
wirusa B19 (IU/ml)
106
105
104
103
Seria zestawu
nr 1
0,073
0,051
0,071
0,218
Seria zestawu
nr 2
0,103
0,083
0,071
0,112
Serie 1 i 2 łącznie
Ogółem (103–106)
0,123
0,094
0,110
0,088
0,070
0,070
0,176
Czułość analityczna — międzynarodowy standard WHO
®
Granice wykrywalności (Limit of Detection, LOD) 95% dla testu cobas TaqScreen DPX zostały
określone dla RNA HAV i DNA parwowirusa B19 z zastosowaniem międzynarodowego standardu WHO
36
odpowiednio dla HAV (kod NIBSC 00/560) i dla parwowirusa B19 (kod NIBSC 99/800)27.
Trzy niezależne serie rozcieńczeń każdego standardu wirusowego zostały przygotowane w prawidłowym,
ujemnym pod względem obecności wirusów, ludzkim osoczu. Wszystkie serie rozcieńczeń badano przy
użyciu trzech różnych serii zestawu testowego cobas® TaqScreen DPX z 21 kopiami na serię, co daje
w sumie 189 kopii na dane stężenie. W tabelach 4 i 5 przedstawiono analizę częstości wyników
reaktywnych odpowiednio dla HAV i B19.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
18
Tabela 4
Międzynarodowy standard WHO dla HAV (00/560)
Podsumowanie częstości wyników reaktywnych
Stężenie
RNA HAV
(IU/ml)
3,75
Liczba
wyników
dodatnich
189
2,50
188
1,41
Liczba
badań
% wyników
dodatnich
189
100,0%
Dolny zakres przedziału
ufności 95%
(jednostronny)
98,1%
188
100,0%
98,1%
186
188
98,9%
96,2%
1,00
176
189
93,1%
88,5%
0,71
162
189
85,7%
79,9%
0,50
142
189
75,1%
68,3%
0,35
128
189
67,7%
60,6%
0,00
0
189
0,0%
0,0%
Tabela 5
Międzynarodowy standard WHO dla parwowirusa B19 (99/800)
Podsumowanie częstości wyników reaktywnych
Stężenie DNA
parwowirusa B19
(IU/ml)
Liczba
wyników
dodatnich
Liczba
badań
%
wyników
dodatnich
Dolny zakres
przedziału ufności
95% (jednostronny)
75,00
189
189
100,0%
98,1%
50,00
188
188
100,0%
98,1%
28,28
189
189
100,0%
98,1%
20,00
187
189
98,9%
96,2%
14,14
189
189
100,0%
98,1%
10,00
170
189
89,9%
84,7%
7,07
142
189
75,1%
68,3%
0,00
0
189
0,0%
0,0%
Do oszacowania granicy wykrywalności (Limit of Detection, LOD) 95% i dwustronnego znacznikowego
przedziału ufności 95% (tabela 6) została użyta analiza PROBIT łącznych danych ze wszystkich kopii
badanych dla każdego wirusa.
Tabela 6
LOD 95% na podstawie analizy PROBIT
Wirus
LOD (IU/ml)
HAV
Parwowirus B19
1,06
11,48
Dolna wartość
C.L.* 95%
0,94
10,56
Górna wartość
C.L. 95%
1,24
12,91
* C.L.: granica ufności (Confidence Limit)
Liniowość oznaczenia ilościowego parwowirusa B19
Liniowość oznaczenia ilościowego parwowirusa B19 w teście cobas® TaqScreen DPX określono,
badając seryjne rozcieńczenia genotypu 1 parwowirusa B19 kalibrowane według międzynarodowego
standardu WHO (kod NIBSC 99/800). Badanie przeprowadzono z użyciem 2 serii odczynników.
Określono, że test jest liniowy w zakresie od 75 do 3,0 x 108 IU/ml zgodnie z wytycznymi CLSI EP6-A
(rysunek 1).
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
19
Rysunek 1
Liniowość testu cobas® TaqScreen DPX w oznaczaniu parwowirusa B19
Wynik testu (log10 IU/ml)
8
7
6
5
y = 1,060x–0,442
R2 = 0,996
4
3
2
1
1
2
3
4
5
6
7
8
Nominalne stężenie parwowirusa B19 (log10 IU/ml)
Liniowość oznaczenia ilościowego parwowirusa B19 według genotypu
Liniowość testu cobas® TaqScreen DPX określono dla poszczególnych genotypów parwowirusa B19,
badając 5–6 rozcieńczeń próbek klinicznych każdego genotypu parwowirusa B19. Z zastosowaniem
jednej serii odczynników przeprowadzono 4–6 powtórzeń dla każdej próbki i każdego rozcieńczenia
(tabela 7).
Tabela 7
Oznaczenie ilościowe genotypów parwowirusa B19
Genotyp
1
2
3a
IU/ml
5 x 102
log10 IU/ml
2,70
Średnie
obserwowane
stężenie
wirusa B19
log10 IU/ml
2,49
1 x 104
4,00
3,94
–0,08
5
1 x 10
5,00
4,77
–0,23
1 x 106
6,00
5,73
–0,27
1 x 107
7,00
6,84
–0,16
5 x 102
2,70
3,00
0,30
4
1 x 10
4,00
4,14
0,14
1 x 105
5,00
4,96
–0,04
3 x 10
5
5,48
5,32
–0,16
1 x 106
6,00
5,72
–0,28
1 x 10
7
7,00
6,44
–0,56
5 x 102
2,70
3,04
0,34
1 x 104
4,00
4,24
0,24
5
1 x 10
5,00
5,03
0,03
3 x 105
5,48
5,44
–0,04
1 x 106
6,00
5,83
–0,17
1 x 107
7,00
6,53
–0,47
Stężenie wejściowe
wirusa B19
06362265049-02PL
Średnia różnica:
log10 z obserwowanego
stężenia wirusa B19 –
log10 z wejściowego
stężenia wirusa B19
–0,21
Doc Rev. 2.0
20
Reprezentatywność genotypu
®
Określono skuteczność testu cobas TaqScreen DPX w oznaczaniu różnych genotypów HAV i parwowirusa B19.
HAV
Badano próbki kliniczne i transkrypty RNA różnych genotypów HAV rozcieńczone do ok. 0,3-,
1- i 3-krotności wartości granicy oznaczalności (Limit of Detection, LOD) testu cobas® TaqScreen
DPX. Analiza PROBIT wykazała, że wartość LOD dla próbek poszczególnych genotypów była
równoważna z LOD dla międzynarodowego standardu WHO (00/560) (tabela 8).
Tabela 8
Reprezentatywność genotypów HAV
Genotyp
Częstość wyników
reaktywnych przy
0,3 x LOD
Częstość wyników
reaktywnych przy
1 x LOD
Częstość wyników
reaktywnych przy
3 x LOD
LOD (C.I. 95%)
IU/ml
IA
IB
IIA
IIB
IIIA
IIIB
65,8% (158/240)
41,7% (30/72)
79,2% (19/24)
79,2% (19/24)
73,6% (53/72)
43,8% (21/48)
96,3% (231/240)
86,1% (62/72)
91,7% (22/24)
100,0% (24/24)
97,2% (70/72)
91,7% (44/48)
100,0% (240/240)
100,0% (72/72)
100,0% (24/24)
100,0% (24/24)
100,0% (72/72)
100,0% (48/48)
0,92 (0,77–1,18)
1,58 (1,18–2,51)
1,18 (0,61–257)
0,37 (brak danych*)
0,80 (0,59–1,56)
1,25 (0,91–2,27)
Zastosowano jedenaście próbek klinicznych (10 próbek genotypu IA i 1 genotypu IB) oraz 9 transkryptów
(2 genotypu IB, 1 genotypu IIA, 1 genotypu IIB, 3 genotypu IIIA i 2 genotypu IIIB).
* Nie udało się uzyskać przedziałów ufności za pomocą analizy PROBIT.
Parwowirus B19
Badano próbki kliniczne i plazmidy z różnymi genotypami parwowirusa B19 rozcieńczonymi do ok.
0,3-, 1- i 3-krotności wartości granicy oznaczalności (Limit of Detection, LOD) testu cobas®
TaqScreen DPX. Analiza PROBIT wykazała, że wartość LOD dla próbek poszczególnych genotypów
była równoważna z LOD dla międzynarodowego standardu WHO (99/800) lub korzystniejsza
(tabela 9).
Tabela 9
Reprezentatywność genotypów parwowirusa B19
Genotyp
1
2
3A
3B
Częstość
wyników
reaktywnych
przy 0,3 x LOD
15,6% (15/96)
88,5% (85/96)
83,3% (40/48)
91,7% (44/48)
Częstość
wyników
reaktywnych
przy 1 x LOD
90,6% (87/96)
100,0% (96/96)
100,0% (48/48)
97,9% (47/48)
Częstość
wyników
reaktywnych
przy 3 x LOD
100,0% (97/97)
99,0% (95/96)
100,0% (48/48)
100,0% (48/48)
LOD (C.I. 95%)
IU/ml
13,57 (11,39–17,27)
6,07 (brak danych*)
3,94 (brak danych*)
5,31 (brak danych*)
Zastosowano trzy próbki kliniczne (genotypy 1A, 3A i 3B) i 2 plazmidy (genotyp 2).
* Nie udało się uzyskać przedziałów ufności za pomocą analizy PROBIT.
Drobnoustroje mogące wywoływać reaktywność krzyżową i zakłócenia testu
Oceniano możliwą reaktywność krzyżową i zakłócenia testu cobas® TaqScreen DPX wywoływane przez
inne mikroorganizmy, badając panel 19 mikroorganizmów, w tym 13 izolatów wirusowych, 5 szczepów
bakteryjnych i 1 izolatu drożdżaków (tabela 10). Mikroorganizmy dodano do prawidłowego osocza
ludzkiego i przebadano testem cobas® TaqScreen DPX przy nieobecności HAV i w stężeniu równym
3-krotności wartości jego granicy oznaczalności, jak również 5-krotności wartości dolnej granicy oceny
ilościowej parwowirusa B19.
Uzyskano w teście cobas® TaqScreen DPX wyniki niereaktywne dla wszystkich próbek zawierających
mikroorganizmy, lecz niezawierających HAV ani parwowirusa B19. Badane mikroorganizmy nie dają
reakcji krzyżowej w teście cobas® TaqScreen DPX. Uzyskano wyniki reaktywne dla wszystkich próbek
zawierających mikroorganizmy i wirus HAV oraz parwowirus B19. Badane mikroorganizmy nie zakłócają
działania testu cobas® TaqScreen DPX.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
21
Tabela 10
Badane mikroorganizmy
Swoistość analityczna — badane mikroorganizmy
Adenowirus 5
WNV
Cytomegalowirus (CMV)
HIV-1 (grupa M)
Wirus Epsteina–Barr (EBV)
Wirus ospy wietrznej–
półpaśca (VZV)
Ludzki wirus T-limfotropowy
typu I (HTLV I)
Wirus grypy typu A
HCV
Staphylococcus aureus
(BMTU 2947)
Koagulazoujemny
Staphylococcus epidermidis
HIV-2
Propionibacterium acnes
HBV
Streptococcus viridans
Wirus opryszczki pospolitej typu 1
(HSV-1)
Wirus opryszczki pospolitej typu 2
(HSV-2)
Escherichia coli
Candida albicans (BMTU 2949)
Substancje potencjalnie wpływające na wynik testu
Endogenne substancje wpływające na wynik testu
Próbki osocza z nieprawidłowo wysokim poziomem trójglicerydów (33 g/l), hemoglobiny (2 g/l),
niezwiązanej bilirubiny (200 mg/dl), albuminy (60 g/l), ludzkiego DNA (4 mg/l) lub krwinek czerwonych
(5% obj.) zostały przebadane testem cobas® TaqScreen DPX przy nieobecności HAV i w stężeniu
równym 3-krotności wartości jego granicy oznaczalności, jak również 5-krotności wartości dolnej granicy
oceny ilościowej parwowirusa B19. Wymienione powyżej substancje endogenne i krwinki czerwone
(5% obj.) nie wpłynęły na czułość ani swoistość testu cobas® TaqScreen DPX.
Substancje egzogenne wpływające na wynik testu
Prawidłowe próbki ludzkiego osocza zawierające podwyższone stężenie acetaminofenu (1324 µmol/l),
kwasu acetylosalicylowego (3,62 mmol/l), kwasu askorbinowego (342 µmol/l), atorwastatyny (600 eq/l),
fluoksetyny (11,2 µmol/l), ibuprofenu (2425 µmol/l), loratadyny (0,78 µmol/l), nadololu (3,88 µmol/l),
naproksenu (2170 µmol/l), paroksetyny (3,04 µmol/l), chlorowodorku fenylefryny (491 µmol/l) i sertraliny
(1,96 µmol/l) zostały przebadane testem cobas® TaqScreen DPX przy nieobecności HAV i w stężeniu
równym 3-krotności wartości jego granicy oznaczalności, jak również 5-krotności wartości dolnej granicy
oceny ilościowej parwowirusa B19. Wymienione powyżej substancje egzogenne nie wpłynęły na czułość
ani swoistość testu cobas® TaqScreen DPX.
Swoistość
Przebadano pięćset trzydzieści osiem pochodzących od różnych dawców próbek osocza ujemnego dla
parwowirusa B19 z zastosowaniem jednej z dwóch serii zestawu testowego cobas® TaqScreen DPX.
Odnotowano swoistość na poziomie odpowiednio 96,3% i 99,8% dla parwowirusa B19 i HAV. Można
oczekiwać niższej swoistości dla parwowirusa B19, wynikającej z endemicznego występowania
parwowirusa B19 w populacji ogólnej2, 3 i czułości zestawu testowego cobas® TaqScreen DPX.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
22
PIŚMIENNICTWO
1. Servant A, Laperche S, Lallemand F, Marinho V, De Saint Maur G, Meritet JF, Garbarg-Chenon A.
Genetic diversity within human Erythroviruses: identification of three genotypes. J Virol 2002;
76:9124–34.
2. Anderson MJ, Tsou C, Parker RA, Chorba TL, Wolfe H, Tattersal P, Mortimer PP. Detection of
antibodies and antigen of human parvovirus B18 by enzyme-linked immunosorbent assay. Journal of
Clinical Microbiology 1986;24:522 526.
3. Cohen BJ, Buckley MM. The prevalence of antibody to human parvovirus B19 in England and Wales.
Journal of Medical Microbiology 1988;25:151-153.
4. Young NS, Brown KE. Mechanisms of disease: parvovirus B19. New England Journal of medicine
2004;350:586-597.
5. Yoto Y, Kudoh T, Haseyama K, Suzuki N, Oda T, Katoh T, Takahashi T, Sekiguchi S, Chiba S.
Incidence of human parvovirus B19 DNA detection in blood donors. British Journal of Haematology
1995;91:1017-1018.
6. McOmish F, Yap PL, Jordan A, Hart H, Cohen BJ, Simmonds P. Detection of parvovirus B19 in
donated blood: a model system for screening by polymerase chain reaction. Journal of Clinical
Microbiology 1993;31:323-328.
7. Wu CG, Mason B, Jong J, Erdman D, McKernan L, Oakley M, Soucie M, Evatt B, Yu MY. Parvovirus
B19 transmission by a high-purity factor VIII concentrate. Transfusion 2005;45:1003-1010.
8. Saldanha J, Minor P. Detection of human parvovirus B19 in plasma pools and blood products
derived from these pools: implications for efficiency and consistency of removal of B19 DNA during
manufacture> British Journal of Haematology 1996;93:714-719.
9. Eis-Hubinger AM, Sasowski U, Brackmann HH. Parvovirus B19 DANN contamination in coagulation
factor VIII products. Thrombosis and Haemostasis 1999;81:476-477.
10. Schmidt I, Blumel J, Seitz H, Wilkommen H, Lower J. Parvovirus B19 DNA in plasma pools and
plasma derivatives. Vox Sanguinis 2001;81:228-235.
11. Azzi A, Moefini M, Mannucci PM. The transfusion-associated transmission of parvovirus B19.
Transfusion Medicine Reviews 1999;13:194-204.
12. Yee TT, Cohen BJ, Pasi KL, Lee CA. Transmission of symptomatic parvovirus B19 infection by
clotting factor concentrate. British Journal of Haematology 1996;93:457-459.
13. Blümel J., Schmid, I., Effenberger W., Seitz H., Willkommen H., Brackmann H. H., Löwer J. EisHübinger AM. Parvovirus B19 transmission by heat treated clotting factor concentrates. Transfusion
2002;42:1473-1481.
14. Francki RIB, Fauquet CM, Knudson DL, Brown F. Classification and nomenclature of viruses.
Archives of Virology 1991;Suppl. 2:320-326.
15. Gust ID. Epidemiology patterns of hepatitis A in different parts of the world. Vaccine 1992;10:856-862.
16. Shapiro CN, Margolis HS. Worldwide epidemiology of hepatitis A virus infection. Journal of
Hepatology 1993;18:11-14.
17. Hadler SC. Global impact of hepatitis A virus infection changing patterns. In: Hollinger FB, Lemon
SM, and Margolis HS, eds. Viral Hepatitis and Liver Disease. Baltimore, Williams & Wilkins, 1991:
14-20.
18. Robertson BH, Jansen RE, Khanna B, Totsuka A, Nainan OV, Siegl G, Widell A, Margolis H,
Isomura S, Ito K, Ishizu T, Moritsugu Y, Lemon, SM. Genetic relatedness of hepatitis A virus strains
recovered from different geographical regions. Journal of General Virology 1992;73:1365-1377.
19. Costa-Mattioli M, Cristina J, Romero H, Perez-Bercof R, Casane D, Colina R, Garcia L, Vega I,
Glikman G, Romanowsky V, Castello A, Nicand E, Gassin M, Billaudel S, Ferre V. Molecular
evolution of hepatitis A virus: a new classification based on the complete VP1 protein. Journal of
Virology 2002;76:9516-9525.
20. Bower WA, Nainan OV, Han X, Margolis HS. Duration of viremia in hepatitis A virus infection. Journal
of Infectious Diseases 2000;182:12-17.
21. Gowland P, Fontana S, Niederhauser C, Manouri Taleghani B. Molecular and serologic tracing of a
transfusion-transmitted hepatitis A virus. Transfusion 2004;44:1555-1561.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
23
22. Soucie JM, Robertson BH, Bell BP, McCaustland KA, Evatt BL. Hepatitis A virus infections
associated with clotting factor concentrate in the United States. Transfusion 1998;38:573-579.
23. Chudy M, Budek I, Keller-Stanislawski B, McCaustland KA, Neidhold S, Robertson BH, Nübling CM,
Seitz R, Löwer J. A new cluster of hepatitis A infection in haemophiliacs traced to a contaminated
plasma pool. Journal of Medical Virology 1999;57:91-99.
24. US Food and Drug Administration. Nucleic acid testing (NAT) to reduce the possible risk of
parvovirus B19 transmission by plasma-derived products, Rockville, MD:FDA Center for Biologics
Evaluation and Research 2008. FDA draft guidance for industry.
25. “OMCL Guideline for Validation for Nucleic Acid Amplification Techniques (NAT) for Quantitation of
B19 Virus DNA in Plasma Pools” Strasbourg, France: European Directorate for the Quality of
Medicines and HealthCare 2008.
26. Human plasma (pooled and treated for virus inactivation). Strasbourg, France: European Directorate
for the Quality of Medicines and HealthCare 2009. Ph Eur monograph 1646.
27. Saldanha J, Lelie N, Yu M-Y, Heath A and the B19 Collaborative Study group. Establishment of the
first World Health Organisation international standard for human parvovirus B19 DNA nucleic acid
amplification techniques. Vox Sanguinis 2002;82:24-31.
28. Longo MC, Berninger MS, Hartley JL. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over
contamination in polymerase chain reactions. Gene. 1990; 93:125-128.
29. Savva R, McAuley-Hecht K, Brown T, Pearl L. The structural basis of specific base-excision repair by
uracil-DNA glycosylase. Nature. 1995; 373:487-493.
30. Mol CD, Arvai AS, Slupphaug G, Kavli B, Krokan HE, Mosbaugh DW, Tainer JA. Crystal structure
and mutational analysis of human uracil-DNA glycosylase: structural basis for specificity and
catalysis. Cell. 1995; 80:869-878.
31. Higuchi R, Dollinger G, Walsh PS, Griffith, R. Simultaneous amplification and detection of specific
DNA sequences. Biotechnology (NY). 1992; 10:413-417.
32. Heid CA, Stevens J, Livak JK, Williams PM. Real time quantitative PCR. Genome Res. 1996; 6:986994.
33. Richmond, J.Y. and McKinney, R.W. (eds.). 1999. Biosafety in Microbiological and Biomedical
Laboratories HHS Publication Number (CDC) 93-8395.
34. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from
Occupationally Acquired Infections. Approved Guideline-Third Edition. CLSI Document M29-A3
Wayne, PA:CLSI, 2005.
35. International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations. 41st ed. Quebec, Canada.
2000.
36. Saldanha J, Heath A, Lelie N, Pisani G, Yu M-Y, and the Collaborative Study Group. A World Health
organisation international standard for hepatitis A virus RNA nucleic acid amplification technology
assays. Vox Sanguinis 2005;89:52-58.
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
24
Informacje dotyczące wersji dokumentu
Doc Rev. 2.0
07/2011
Uaktualniono rozdział INSTRUKCJA UŻYTKOWANIA przez dołączenie
informacji, że statywy SPU należy ładować do urządzenia COBAS® AmpliPrep
w pozycjach: J, K lub L.
Uaktualniono numery części dotyczące produktów dezynfekujących Hamilton.
W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z miejscowym
przedstawicielstwem firmy Roche.
Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ 08876 USA
Członek Grupy Roche
Roche Diagnostics (Schweiz) AG
Industriestrasse 7
6343 Rotkreuz, Switzerland
Roche Diagnostics
2, Avenue du Vercors
38240 Meylan, France
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer Straße 116
68305 Mannheim, Germany
Distributore in Italia:
Roche Diagnostics S.p.A.
Viale G. B. Stucchi 110
20052 Monza, Milano, Italy
Distributed by
Roche Diagnostics, SL
Avda. Generalitat, 171-173
E-08174 Sant Cugat del Vallès
Barcelona, Spain
Distribuidor em Portugal:
Roche Sistemas de Diagnósticos Lda.
Estrada Nacional, 249-1
2720-413 Amadora, Portugal
Roche Diagnostics
201, boulevard Armand-Frappier
H7V 4A2 Laval, Québec, Canada
(For Technical Assistance call:
Pour toute assistance technique,
appeler le: 1-877 273-3433)
Roche Diagnostica Brasil Ltda.
Av. Engenheiro Billings, 1729
Jaguaré, Building 10
05321-010 São Paulo, SP Brazil
ROCHE, COBAS, COBAS S, TAQMAN, TAQSCREEN, AMPLILINK, AMPERASE oraz AMPLIPREP są
znakami towarowymi firmy Roche.
ROCHE RESPONSE CENTER jest znakiem serwisowym firmy Roche.
Pozostałe nazwy produktów i znaki towarowe stanowią własność odnośnych właścicieli.
Armored RNA jest nazwą opatentowanej technologii, opracowanej wspólnie przez firmę Ambion, Inc.
oraz firmę Cenetron Diagnostics LLC. Produkt chroniony patentami zarejestrowanymi w USA pod
numerami: 5,677,124, 5,919,625 oraz 5,939,262, a także patentami zgłoszonymi do rejestracji.
ARMORED RNA jest znakiem towarowym należącym do firmy Ambion oraz firmy Cenetron.
Barwniki cyjaninowe zawarte w produkcie są objęte prawami patentowymi firmy GE Healthcare
Bio-Sciences Corp. oraz Carnegie Mellon University i udostępniane są firmie Roche na zasadzie licencji
w celu ich włączenia do składników zestawów badawczych oraz zestawów do diagnostyki in vitro.
Wszelkie wykorzystanie takich zestawów do celów innych niż badawcze lub związane z diagnostyką
in vitro wymaga uzyskania podlicencji od firmy GE Healthcare Bio-Sciences Corp., Piscataway,
New Jersey, USA, oraz Carnegie Mellon University, Pittsburgh, Pensylwania, USA.
© 2011 Roche Molecular Systems, Inc. Wszelkie prawa zastrzeżone.
07/2011
Doc Rev. 2.0
(05509220001-02ENGL)
06362265049-02
06362265049-02PL
Doc Rev. 2.0
25