Techniki bioinformatyczne

Nazwa przedmiotu:
Techniki bioinformatyczne
Bioinformatic techniques
Kierunek:
biotechnologia
Rodzaj przedmiotu:
nauk ścisłych
Rodzaj zajęć:
wykład, ćwiczenia
Profil kształcenia:
ogólnoakademicki
Poziom kształcenia:
II stopnia
Liczba godzin/tydzień
1W, 2C
Kod przedmiotu:
1.2
Semestr:
I
Liczba punktów ECTS:
3
Język wykładowy:
polski
PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE
I. KARTA PRZEDMIOTU
CEL PRZEDMIOTU
C.1. Przekazanie wiedzy za zakresu współczesnej bioinformatyki: gromadzenie i analiza
informacji biologicznych z dostępnych baz danych
C.2. Przegląd narzędzi i algorytmów wykorzystywanych do analizowania sekwencji DNA i
białek
C.3. Przekazanie wiedzy na temat metod analiz filogenetycznych
WYMAGANIA WSTĘPNE W ZAKRESIE
WIEDZY, UMIEJĘTNOŚCI I INNYCH KOMPETENCJI
1. Wiedza z informatyki w zakresie budowy i działania internetowych baz danych
2. Umiejętność korzystania z programów komputerowych w zakresie modelowania i analizy
danych
3. Wiedza z zakresu, biologii, biochemii, biologii molekularnej i inżynierii genetycznej w
zakresie budowy białek, aminokwasów, kwasów nukleinowych
PRZEDMIOTOWE EFEKTY KSZTAŁCENIA
EK 1 EK 2 EK 3 -
Potrafi wyjaśnić jak powstaje matematyczny zapis aminokwasów, białek, kwasów
nukleinowych w celu wyszukiwania ich w komputerowych bazach danych
Potrafi opisać metody analizy białek oraz sekwencji kwasów nukleinowych w tym
jak modelować ekspresję genów i stworzyć drzewo filogenetyczne
Potrafi wyszukać określone sekwencje DNA, białek oraz analizować ich
zestawienia w celu dopasowania i wyszukiwania w bazach danych przy pomocy
dostępnych narzędzi informatycznych
1 /4
TREŚCI PROGRAMOWE
Forma zajęć – wykłady
Rewolucja informatyczna w naukach biomedycznych
Kwasy nukleinowe, białka i aminokwasy. Centralny dogmat biologii molekularnej
Wizualizacja właściwości aminokwasów za pomocą metody analizy składowych
głównych
Ewolucja molekularna i genetyka populacyjna. Drzewa genealogiczne i
koalescencja. Rozprzestrzenianie się nowych mutacji
Modele ewolucji sekwencji kwasów nukleinowych. Model PAM ewolucji
sekwencji białek
Macierze punktacji różnicą logarytmiczną dla aminokwasów
Kolokwium zaliczeniowe
Liczba
godzin
1
4
1
4
2
2
1
Forma zajęć – ćwiczenia audytoryjne
Wprowadzenie do przedmiotu. Bioinformatyka i internet
Model danych NCBI
Bazy danych sekwencji nukleotydowych: EMBL, GenBank, DDBJ i inne
Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji
Mapowanie genomów i bazy danych map
Kolokwium zaliczeniowe
Bazy danych struktur biomolekularnych
Analiza zestawień dopasowanych sekwencji białek
Analizy fitogenetyczne
Analiza porównawcza genomów
Analiza wieloskalowa genomu
Kolokwium zaliczeniowe
NARZĘDZIA DYDAKTYCZNE
1. prezentacja multimedialna
2. tablica klasyczna, tablica interaktywna
3. literatura w języku polskim i angielskim
4. komputer z dostępem do internetu
SPOSOBY WERYFIKACJI EFEKTÓW KSZTAŁCENIA
( F – FORMUJĄCA, P – PODSUMOWUJĄCA)
F1. – ocena samodzielnego przygotowania do zajęć
F2. - ocena pracy w grupie przy rozwiązywaniu zadań
P1. – ocena samodzielnie przygotowanej prezentacji i aktywności indywidualnej
P2. – kolokwium zaliczeniowe obejmujące dwie części ćwiczeń
P3. – kolokwium z tematyki wykładów
OBCIĄŻENIE PRACĄ STUDENTA
2 /4
2
2
2
2
3
2
2
2
2
2
2
2
2
Godziny*1)
Forma aktywności
Udział w wykładach
Udział w ćwiczeniach audytoryjnych
Udział w zajęciach laboratoryjnych
Udział w zajęciach projektowych
Udział w zajęciach seminaryjnych
Udział w szkoleniu z obsługi zajęć w formie e-learningu
Kolokwium
Sprawdzian dopuszczający do zajęć laboratoryjnych
Obrona projektu
Egzamin
Konsultacje z prowadzącym
BEZPOŚREDNI KONTAKT Z PROWADZĄCYM,
godziny/ECTS
Przygotowanie do ćwiczeń audytoryjnych
Przygotowanie do zajęć laboratoryjnych
Przygotowanie do zajęć projektowych
Przygotowanie do zajęć seminaryjnych
Przygotowanie do zajęć w formie e-learningu
Udział w zajęciach w formie e-learningu
Sporządzenie projektu
Przygotowanie do kolokwium
Przygotowanie do egzaminu
15 h
30 h
….. h
…... h
…... h
…... h
…... h
….. h
…... h
….. h
5h
50 h /1,9ECTS
15 h
….. h
…... h
…... h
…... h
…... h
…... h
15 h
…..h
PRACA WŁASNA STUDENTA, godziny/ECTS
30 h /1,1ECTS
SUMARYCZNA LICZBA GODZIN W SEMESTRZE
 80 h
SUMARYCZNA LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA
3 ECTS
PRZEDMIOTU
*1) Należy wpisać tylko godziny w formach aktywności przewidzianych w danym przedmiocie,
w pozostałych przypadkach należy wstawić znak LITERATURA PODSTAWOWA I UZUPEŁNIAJĄCA
Baxevanis A.D., Ouellette’a B.F.F., Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek.,
Wyd. PWN, Warszawa 2004
Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wyd. PWN, Warszawa
2008
Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wyd. PWN, Warszawa 2005
Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wyd. PWN, Warszawa 2011
Źródła internetowe (wskazane na wykładzie i ćwiczeniach)
KOORDYNATOR PRZEDMIOTU ( IMIĘ, NAZWISKO, ADRES E-MAIL)
Dr inż. Beata Jabłońska, [email protected]
3 /4
OSOBY PROWADZĄCE PRZEDMIOT ( IMIĘ, NAZWISKO, ADRES E-MAIL)
Dr inż. Beata Jabłońska, [email protected]
Dr inż. Krzysztof Rećko, [email protected]
Odniesienie
danego efektu
Efekt
do efektów
kształcenia
określonych dla
kierunku
K_W01, K_W02
EK 1
Cele
przedmiotu
Forma
prowadzenia
zajęć
Narzędzia
dydaktyczne
Sposób
oceny
C.1
Wykład
1, 2, 3
F1., P3.
F1.,
F2.,
P1.,P2.
F1.,
F2.,
P1., P2.
EK 2
K_W01, K_W02
C.2, C.3
Wykład/ćwiczenia
1, 2, 3, 4
EK 3
K_U01, K_U05
C.2, C.3
Wykład/ćwiczenia
1, 2, 3, 4
II. INNE PRZYDATNE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE
1. Wszelkie informacje dla studentów na temat planu zajęć dostępne są na tablicy ogłoszeń
oraz na stronie internetowej:www.is.pcz.pl
2. Informacja na temat konsultacji przekazywana jest studentom podczas pierwszych zajęć
oraz umieszczana jest na stronie internetowej Instytutu Inżynierii Środowiska.
3. Informacje na temat warunków zaliczania zajęć zostaną przekazane studentom podczas
pierwszych zajęć
4 /4