Pobierz plik
Transkrypt
Pobierz plik
ZAKŁAD GENETYKI – TEMATYKA BADAWCZA Pracownia Badań Wielkoskalowych znajduje sie na IV piętrze w budynku Diagnostyczno–Badawczym COI. Wyposażona jest w następujący sprzęt do biologii molekularnej: 4 aparaty PCR 96 dołkowe (Life Technologies), aparat real-time PCR ABI 7900HT z blokiem TLDA, 96 i 384-dołkowym oraz ramieniem Twister do automatycznej zmiany płytek reakcyjnych (Zymark), system do molekularnego obrazowania i archiwizacji FX Pro Plus PhosphorImager oraz Chemidoc (Biorad). W pracowni zainstalowane są dwa aparaty do sekwencjonowania nowej generacji (SNG) - Ion Proton oraz PGM Ion Torrent (Life Technologies) oraz niezbędnych peryferiów (procesor ultradźwiękowy - NGS Bioruptor, Agilent bioanalyzer 2100, Qubit, Ion One Touch 2) do przygotowywania i oceny jakości bibliotek SNG. Pracownia dysponuje odpowiednim zapleczem obliczeniowym w postaci 24 rdzeniowego serwera z pojemną przestrzenią dyskową (~30TB) na analizy i archiwizacji danych wielkoskalowych. Posiadamy udokumentowane doświadczenie w posługiwaniu się proteomicznymi - spektrometria mas – i genomicznymi metodami wielkoskalowymi - macierze do metylacji DNA, ekspresyjne i SNP. Opracowaliśmy platformę eksperymentalną Matrix-ChIP umożliwiającą wykonywanie 96 reakcji immunoprecypitacji chromatyny (ChIP) do badań epigenetycznych - badanie procesu transkrypcji, rozmieszczenia histonów i ich modyfikacji, wiązania czynników transkrypcyjnych. Mamy doświadczenie w badaniu zmian metylacji DNA metodą MedIP i MSP. Pracownia Hodowli Zwierząt Laboratoryjnych posiada wieloletnie doświadczenie w hodowli różnych modeli zwierzęcych, jak również opracowywaniu metod pozwalających na prowadzenie, zarówno bieżącej jak i okresowej kontroli genetycznej gryzoni laboratoryjnych, zapewniając utrzymanie odpowiedniej jakości genetycznej zwierząt. Hodowle prowadzone są w standardzie SPF z okresową kontrolą mikrobiologiczną zwierząt wg standardów FELASA. Obecnie przygotowujemy pracownię na potrzeby hodowli i użytkowania zwierząt z defektami immunologicznymi. Pracownia Hodowli Zwierząt Laboratoryjnych zajmuje 2 piętra - X i XI w budynku Diagnostyczno–Badawczym COI. Na piętrze XI (o powierzchni około 700 m2) mieści się zwierzętarnia, w której znajduje się 12 wydzielonych pokoi hodowlanych. W pokojach zainstalowana jest wentylacja nawiewna. Wejście personelu odbywa się przez śluzy. Pasza i woda, a także klatki dla zwierząt są autoklawowane w autoklawach przelotowych. W tej części znajduje się też sala zabiegowa. Dodatkowe wyposażenie części hodowlanej stanowią pomieszczenia magazynowe oraz zmywalnia, zaopatrzone w myjkę do klatek i butelek. Na piętrze X zlokalizowana jest zwierzętarnia eksperymentalna, w standardzie higienicznym konwencjonalnym, zamkniętym. Składa się ona z 6 pokoi hodowlanych i 2 sal zabiegowych oraz laboratoriów genetyki, histologii i mikrobiologii. Poradnia Genetyczna COI, powstała w 2003 roku, udziela porad i specjalistycznej pomocy osobom z rodzin wysokiego i umiarkowanego ryzyka zachorowania na raka piersi i/lub jajnika, raka jelita grubego i trzonu macicy. Badania molekularne u pacjentów Poradni Genetycznej wykonywane są w Pracowni Badań Predyspozycji Genetycznych. Obejmują one poszukiwanie mutacji germinalnych w genach: BRCA1/2, APC, MMR (MSH2, MLH1 i MSH6), TP53, CHEK2, CDKN2A i PALB2. Pracownia Badań Predyspozycji Genetycznych posiada 4 termocyklery Applied Biosystems (2- 9700, 1-2700 i 1-2720), aparat dHPLC, automatyczną stację pipetującą EpMotion 5075, 2 aparaty do techniki SSCP.