doccobas HIV-1
download 
Reklamacja Transkrypt
cobas HIV-1
cobas® HIV-1 Ilo ciowy test kwasu nukleinowego do u ytku z systemem cobas® 4800 Do stosowania w diagnostyce in vitro cobas® HIV-1 120 Tests P/N: 06979599190 cobas® HBV/HCV/HIV-1 Control Kit 10 Sets P/N: 06979572190 cobas® 4800 System Sample Preparation 240 Tests Kit 2 960 Tests P/N: 06979513190 P/N: 06979521190 cobas® 4800 System Wash Buffer Kit 240 Tests 960 Tests P/N: 05235863190 P/N: 05235871190 cobas® 4800 System Specimen Diluent 2 240 Tests P/N: 06979556190 cobas® 4800 System Lysis Kit 2 240 Tests 960 Tests P/N 06979530190 P/N 06979548190 ® cobas HIV-1 SPIS TRE CI Zastosowanie Podsumowanie oraz opis testu Informacje podstawowe ....................................................................................................................... 4 Uzasadnienie bada HIV-1 .................................................................................................................. 4 Obja nienie testu ................................................................................................................................. 5 Zasady procedury ................................................................................................................................ 5 Materia y i odczynniki Odczynniki ............................................................................................................................................ 7 Wymagania dotycz ce przechowywania i u ytkowania odczynników ............................................... 12 Wymagane materia y dodatkowe ....................................................................................................... 12 Urz dzenia i oprogramowanie wymagane, lecz niedostarczane ....................................................... 13 Wymagania dotycz ce rodków ostro no ci i u ytkowania Ostrze enia i rodki ostro no ci ........................................................................................................ 13 Dobra praktyka laboratoryjna ............................................................................................................. 14 ytkowanie odczynników ................................................................................................................. 14 Zanieczyszczenie ............................................................................................................................... 15 Integralno ........................................................................................................................................ 15 Utylizacja ............................................................................................................................................ 15 Rozlanie p ynów i czyszczenie ........................................................................................................... 15 Pobieranie, transport i przechowywanie próbek ................................................................................ 16 Pobieranie próbek ..................................................................................................................... 16 Przechowywanie i trwa próbek podczas transportu ........................................................... 16 Instrukcja u ytkowania Wykonywanie oznaczenia .................................................................................................................. 17 Obj to przetwarzania próbki ................................................................................................. 17 Przebieg pracy .......................................................................................................................... 17 Wielko przebiegu ................................................................................................................... 17 Przebieg pracy .......................................................................................................................... 18 Wyniki Kontrola jako ci i wa no wyników .................................................................................................. 20 Znaczniki kontroli ............................................................................................................................... 20 Interpretacja wyników......................................................................................................................... 21 Ograniczenia metody ......................................................................................................................... 22 Ocena skuteczno ci w badaniach nieklinicznych Najwa niejsze parametry dzia ania testu ........................................................................................... 23 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 2 ® cobas HIV-1 Mi dzynarodowy standard WHO .............................................................................................. 23 Zakres liniowo ci ....................................................................................................................... 24 Dok adno wewn trz laboratorium .......................................................................................... 25 Weryfikacja grupy / podtypu...................................................................................................... 26 Swoisto .................................................................................................................................. 28 Korelacja metody ...................................................................................................................... 30 d ca ego systemu ................................................................................................................. 30 Zanieczyszczenie pomi dzy próbkami ..................................................................................... 30 Dodatkowe informacje Najwa niejsze cechy oznaczenia ...................................................................................................... 31 Oznaczenia ........................................................................................................................................ 32 Wytwórca i dystrybutorzy ................................................................................................................... 33 Znaki towarowe i patenty ................................................................................................................... 33 Copyright ............................................................................................................................................ 33 Pi miennictwo .................................................................................................................................... 34 Wersja dokumentu ............................................................................................................................. 35 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 3 ® cobas HIV-1 Zastosowanie cobas® HIV-1 to test amplifikacji kwasu nukleinowego w warunkach in vitro do ilo ciowego oznaczania wirusa ludzkiego niedoboru odporno ci typu 1 (ang. human immunodeficiency virus type 1, HIV-1) w osoczu z EDTA osób zaka onych wirusem HIV-1. Test ten cznie z objawami klinicznymi i innymi markerami laboratoryjnymi progresji choroby znajduje zastosowanie w opiece klinicznej chorych zaka onych HIV-1. Test ten mo e s do potwierdzania zaka enia wirusem HIV-1 u osób z reaktywnymi przeciwcia ami oraz do oceny rokowania w oparciu o pomiar pocz tkowego poziomu HIV-1, a tak e do monitorowania leczenia przeciwretrowirusowego poprzez pomiar zmian poziomu RNA HIV-1 w trakcie terapii. Podsumowanie oraz opis testu Informacje podstawowe Wirus HIV jest czynnikiem etiologicznym zespo u nabytego upo ledzenia odporno ci (ang. acquired immunodeficiency syndrome, AIDS). Po serokonwersji zaka one osoby wchodz zazwyczaj w faz o stabilnym przebiegu klinicznym, wzgl dnie bezobjawow , która mo e trwa wiele lat. Okres bezobjawowy cechuje si utrzymuj si wiremi w osoczu w punktach ustalonych okre lonych przez genetyk oraz stopniowe wyczerpywanie limfocytów T CD4+. Pomimo e poziomy wiremii w krwi obwodowej w fazie bezobjawowej zaka enia s stosunkowo ma e, replikacja wirusa i jego usuwanie wydaj si by procesem dynamicznym, w którym du a produkcja wirusa i zaka anie komórek CD4+ jest równowa one przez odpowiednio nasilone usuwanie wirusa, mier zaka onych komórek i uzupe nianie komórek CD4+. Powoduje to, e u przeci tnej osoby yj cej z HIV poziomy wiremii w osoczu i komórek CD4+ w osoczu s wzgl dnie sta e przez oko o 8 lat. Za pomoc pomiarów ilo ciowych wiremii HIV w osoczu wykazano, e wy sze poziomy wirusa mog by skorelowane z szybsz progresj kliniczn choroby HIV.1,2 Ponadto przez niemal dwie dekady bada klinicznych ustalono, e zmniejszenie poziomów wirusa w osoczu dzi ki stosowaniu terapii przeciwretrowirusowej (ang. antiretroviral therapy, ART) znacz co zmniejsza ryzyko progresji klinicznej, w tym zgonu, rozwoju AIDS, zaka oportunistycznych oraz chorobowo ci zwi zanej z wirusem HIV.3 Obci enie wirusem HIV jest tak e czynnikiem prognostycznym ryzyka przeniesienia HIV i randomizowane badania kliniczne z grup kontroln wykaza y, e wczesne rozpocz cie ART z supresj obci enia wirusowego zmniejsza przenoszenie wirusa HIV o 96%.4 Uzasadnienie bada HIV-1 W chwili obecnej dost pna jest du a liczba leków przeciwwirusowych celowanych w proteaz , integraz , otoczk oraz odwrotn transkryptaz wirusa. Analizy genotypowe wirusów z ró nych kladów wykaza y naturalnie wyst puj ce i indukowane lekami zmiany nukleotydowe, polimorfizmy oraz mutacje drugorz dowe w obszarach odwrotnej transkryptazy, integrazy i proteazy genu pol wirusa HIV-1. Badanie oporno ci sta o si wa nym narz dziem diagnostycznym w leczeniu zaka HIV-1 i rozpoczyna si je, gdy obci enie wirusowe pacjenta wzro nie do poziomu wykrywalnego przez oznaczenia sekwencjonowania. Co najwa niejsze wykazano, e monitorowanie obci enia wirusowego zmniejsza ryzyko oporno ci na lek i jest uznawane klinicznie za wska nik stra niczy czynnej replikacji wirusowej og aszaj cy ewolucj wirusa u pacjentów poddawanych terapii.5,6 Dlatego wiele krajowych i mi dzynarodowych wytycznych zaleca pomiar obci enia wirusem HIV-1.3,7-9 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 4 ® cobas HIV-1 Przez lata wytyczne wskazywa y, e kluczowym celem leczenia jest supresja obci enia wirusem HIV-1 poni ej granicy wykrywania testu (np. 50 kopii/ml). W 2011 r. wytyczne leczenia wirusa HIV w Stanach Zjednoczonych zacz y wskazywa , e obci enie wirusem do 200 kopii/ml u pacjentów poddawanych ART mo e nie wskazywa na niepowodzenie terapii.3 Wytyczne europejskie nadal zalecaj stosowanie warto ci 50 kopii/ml jako warto ci progowej do okre lania niepowodzenia leczenia.7 Dotychczas nie okre lono prawid owej warto ci progowej do stosowania w rygorystycznym badaniu klinicznym. Ró nice w dolnym zakresie ilo ci wirusa mi dzy testami obci enia wirusowego mog prowadzi do wa nych ró nic interpretacji klinicznej wyników obci enia wirusowego podczas monitorowania odpowiedzi na leczenie,10,11 poniewa celem leczenia jest supresja obci enia wirusem do poziomu, poni ej którego pojawienie si oporno ci na lek jest najmniej prawdopodobne. Oprócz monitorowania odpowiedzi na terapi , wytyczne zalecaj stosowanie oceny obci enia wirusowego w celu okre lenia, czy pacjent maj cy liczb komórek CD4+ >500 komórek/mm 3 (obci enie wirusem >100 000 kopii/ml) powinien rozpocz ART i do zapewnienia, e sekwencjonowanie oporno ci na lek b dzie pomy lne u odpowiednich pacjentów (maj cych obci enie wirusowe >1000 kopii/ml lub suboptymaln odpowied obci enia wirusowego na ART). Stosowanie oceny obci enia wirusowego powinno by przeprowadzane w warunkach prenatalnych w celu okre lenia, czy konieczne jest ci cie cesarskie, aby zapobiec przeniesieniu zaka enia wirusem HIV z matki na dziecko (w przypadku ci arnych kobiet maj cych obci enie wirusowe >1000 kopii/ml). Obja nienie testu Test cobas® HIV-1 to ilo ciowy test kwasu nukleinowego wykonywany z u yciem systemu cobas® 4800. Test cobas® HIV-1 umo liwia wykrywanie i okre lanie ilo ci RNA wirusa HIV w osoczu z EDTA zaka onych pacjentów. Dwie sondy s do wykrywania i oceny ilo ciowej, ale nie do rozró niania podtypów M, N oraz O. Liczba kopii wirusa jest okre lana ilo ciowo wed ug standardu ilo ciowego Armored RNA innego ni HIV (RNA QS), który jest wprowadzany do ka dej próbki podczas jej przetwarzania. RNA QS spe nia funkcj kontroli wewn trznej, monitoruj cej ca y proces przygotowania próbki oraz amplifikacji PCR. Dodatkowo test wykorzystuje trzy kontrole zewn trzne: o wysokim mianie dodatnim, o niskim mianie dodatnim i kontrol ujemn . Zasady procedury Test cobas® HIV-1 opiera si na ca kowicie zautomatyzowanym przygotowaniu próbek (ekstrakcji i oczyszczaniu kwasów nukleinowych), po którym przeprowadzana jest amplifikacja i detekcja podczas reakcji PCR. System cobas® 4800 sk ada si z aparatu do przygotowywania próbek cobas x 480 oraz analizatora reakcji PCR w czasie rzeczywistym cobas z 480. Automatyczne przetwarzanie danych jest prowadzone przez oprogramowanie cobas® 4800, które przypisuje wynik testu dla wszystkich bada jako nie wykryto, < dolnej granicy oznaczalno ci, > górnej granicy oznaczalno ci lub wykryto RNA HIV, warto w liniowym zakresie oznaczalno ci (dolna granica oznaczalno ci x górna granica oznaczalno ci). Wyniki mo na analizowa bezpo rednio na ekranie systemu, mo na je eksportowa lub wydrukowa w postaci raportu. Kwasy nukleinowe z próbek pacjentów, kontrole zewn trzne i cz steczki RNA QS s izolowane równocze nie. Podsumowuj c, kwasy nukleinowe wirusów s uwalniane przez dodanie do próbki proteinazy i odczynnika do lizy. Uwolnione kwasy nukleinowe cz si z silikonow powierzchni dodanych szklanych cz stek magnetycznych. Niezwi zane substancje i zanieczyszczenia, takie jak zdenaturowane bia ka, pozosta ci komórek i potencjalne inhibitory reakcji PCR s usuwane na kolejnych etapach z u yciem odczynnika ucz cego, a oczyszczone kwasy nukleinowe s nast pnie wymywane w podwy szonej temperaturze ze szklanych cz stek magnetycznych z u yciem buforu do elucji. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 5 ® cobas HIV-1 Wybiórcza amplifikacja docelowego kwasu nukleinowego z próbki jest osi gana przez zastosowanie docelowych swoistych dla wirusa starterów, sensownego (ang. forward) i antysensownego (ang. reverse), które s projektowane w obr bie wysoce konserwatywnych obszarów HIV. Gen gag HIV-1 oraz obszar LTR HIV-1 (podwójny cel) s amplifikowane przez test cobas® HIV-1. Selektywna amplifikacja RNA QS uzyskiwana jest przy u yciu specyficznej sekwencji starterów sensownego i antysensownego, które wybrane tak, aby nie by y homologiczne z genomem HIV. Do odwrotnej transkrypcji oraz amplifikacji w procesie PCR wykorzystywany jest enzym termostabilna polimeraza DNA. Sekwencje docelowa oraz RNA QS s amplifikowane jednocze nie przy u yciu uniwersalnego profilu amplifikacji PCR ze wst pnie zdefiniowanymi etapami temperatury i liczby cykli. Odczynnik Master Mix zamiast trifosforanu deoksytymidyny (dTTP) zawiera trifosforan deoksyurydyny (dUTP), który jest wbudowywany do nowo syntetyzowanego DNA (amplikonu).12-14 Stanowi ce zanieczyszczenie amplikony z poprzednich reakcji PCR s eliminowane podczas pierwszego cyklu termicznego reakcji za pomoc enzymu AmpErase, który znajduje si w mieszaninie Master Mix do reakcji PCR. Jednak nowo powsta y amplikon nie jest eliminowany, gdy enzym AmpErase jest inaktywowany w temperaturze przekraczaj cej 55°C. Odczynnik Master Mix cobas® HIV-1 zawiera dwie sondy wykrywaj ce swoiste dla badanych sekwencji HIV-1 i jedn dla RNA QS. Sondy s wyznakowane za pomoc swoistych dla sekwencji docelowych fluorescencyjnych barwników reporterowych, pozwalaj cych na równoczesne wykrywanie badanego HIV-1 i RNA QS w dwóch ró nych kana ach detekcji.15,16 W przypadku niezwi zania z sekwencj docelow sygna y fluorescencyjne nienaruszonych sond s t umione przez barwnik wygaszaj cy. Podczas amplifikacji PCR hybrydyzacja sond do swoistych sekwencji jednoniciowej matrycy DNA skutkuje ci ciem nici przez polimeraz DNA w wyniku jej aktywno ci egzonukleazy w kierunku od ko ca 5' do 3', co powoduje rozdzielenie barwników reporterowego i wygaszaj cego oraz wygenerowanie sygna u fluorescencyjnego. Z ka dym cyklem PCR generowana jest zwi kszaj ca si liczba rozszczepionych sond i jednocze nie wzrasta sumaryczny sygna barwnika reporterowego. Wykryciu i rozró nianiu w czasie rzeczywistym produktów PCR towarzyszy pomiar fluorescencji uwolnionych barwników reporterowych reprezentuj cych odpowiednio docelowe wirusy i RNA QS. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 6 ® cobas HIV-1 Materia y i odczynniki Odczynniki Wszystkie nieotwarte odczynniki i kontrole powinny by przechowywane zgodnie z zaleceniami zawartymi w tabeli Wymagania dotycz ce przechowywania i u ytkowania odczynników. Zestaw Elementy i sk adniki odczynników Ilo na zestaw MMX R1 a Symbol bezpiecze stwa i ostrze enie Nie dotyczy (cobas® Master Mix Reagent 1 — Odczynnik 1 10 x 1,75 ml cobas® Master Mix) Octan magnezu, wodorotlenek potasu, < 0,1% azydku sodu HIV-1 MMX R2 Nie dotyczy (cobas® HIV-1 Master Mix Reagent 2 — Odczynnik 2 cobas® HIV-1 Master Mix) ® cobas HIV-1 120 testów (P/N: 06979599190) Bufor trycynowy, octan potasu, 18% dimetylosulfotlenku, glicerol, < 0,1% Tween 20, EDTA, < 0,12% dATP, dCTP, dGTP, dUTP, < 0,01% starterów HIV, < 0,01% standardu ilo ciowego starterów sensownego i anty10 x 0,5 ml sensownego, < 0,01% znakowanych barwnikami fluorescencyjnymi sond oligonukleotydowych, swoistych dla HIV i standardu ilo ciowego, < 0,01% aptameru oligonukleotydowego, < 0,01% polimerazy DNA Z05D (bakteryjnej), < 0,01% enzymu AmpErase (uracylo-N-glikozylazy) (bakteryjnej), < 0,1% azydku sodu RNA QS Nie dotyczy (cobas® RNA Quantitation Standard — Standard ilo ciowy cobas® RNA) Bufor trycynowy, < 0,05% EDTA, < 0,001% konstruktu Armored RNA innego ni HIV zawieraj cego starter i obszary o sekwencjach podobnych do próbki (niezaka ny RNA bakteriofaga MS2), < 0,1% azydku sodu 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 10 x 1,75 ml 7 ® cobas HIV-1 Zestaw Elementy i sk adniki odczynników Ilo na zestaw HBV/HCV/HIV-1 L(+)C ® (Kontrola nisko dodatnia cobas HBV/HCV/HIV-1) < 0,001% syntetycznego RNA (Armored) wirusa HIV-1 grupy M op aszczonego bia kiem kapsydowym bakteriofaga MS2, < 0,001% syntetycznego (plazmidowego) DNA wirusa HBV op aszczonego bia kiem kapsydowym bakteriofaga Lambda, < 0,001% syntetycznego (Armored) RNA 10 × 0,75 ml wirusa HCV op aszczonego bia kiem kapsydowym bakteriofaga MS2, prawid owe osocze ludzkie niewykazuj ce reaktywno ci w licencjonowanych testach na obecno przeciwcia przeciwko wirusowi HIV 1/2, HCV, antygenowi HBsAg ani przeciwcia przeciwko antygenowi HBc; RNA wirusa HIV-1, RNA wirusa HIV-2, RNA wirusa HCV i DNA wirusa HBV niewykrywalnego metodami PCR. 0,1% substancji konserwuj cej ProClin® 300 HBV/HCV/HIV-1 H(+)C ® (Kontrola wysoko dodatnia cobas HBV/HCV/HIV-1) ® cobas HBV/HCV/HIV-1 < 0,001% syntetycznego RNA (Armored) Control Kit wirusa HIV-1 grupy M op aszczonego (Zestaw kontrolny bia kiem kapsydowym bakteriofaga MS2, ® cobas HBV/HCV/HIV-1) < 0,001% syntetycznego (plazmidowego) DNA wirusa HBV op aszczonego bia kiem 10 zestawów kapsydowym bakteriofaga Lambda, (P/N: 06979572190) < 0,001% syntetycznego (Armored) RNA 10 × 0,75 ml wirusa HCV op aszczonego bia kiem kapsydowym bakteriofaga MS2, prawid owe osocze ludzkie niewykazuj ce reaktywno ci w licencjonowanych testach na obecno przeciwcia przeciwko wirusowi HIV 1/2, HCV, antygenowi HBsAg ani przeciwcia przeciwko antygenowi HBc; RNA wirusa HIV-1, RNA wirusa HIV-2, RNA wirusa HCV i DNA wirusa HBV niewykrywalnego metodami PCR. a Symbol bezpiecze stwa i ostrze enie Uwaga H317 Mo e powodowa reakcj alergiczn skóry. P261 Unika wdychania py u/dymu/gazu/ mg y/par/rozpylonej cieczy. P272 Zanieczyszczonej odzie y ochronnej nie wynosi poza miejsce pracy. P280 Stosowa r kawice ochronne. P333 + P313 W przypadku wyst pienia podra nienia skóry lub wysypki: Zasi gn porady/zg osi si pod opiek lekarza. P362 + P364 Zanieczyszczon odzie zdj i wypra przed ponownym u yciem. P501 Zawarto /pojemnik usuwa do autoryzowanego zak adu utylizacji odpadów. 55965-84-9 mieszanina: 5-chloro-2-metylo4-izotiazolin-3-onu [WE nr 247-500-7] i 2metylo-2H-izotiazol-3-onu [WE nr 220-239-6] (3:1) 0,1% substancji konserwuj cej ProClin® 300 (–) C ® (Ujemna kontrola 2 cobas ) Prawid owe osocze ludzkie niereaktywne w licencjonowanych testach na obecno przeciwcia przeciwko HIV 1/2, przeciwcia przeciwko HCV, antygenu HBsAg, przeciwcia przeciwko HBc; RNA wirusa HIV-1, RNA wirusa HIV-2, RNA wirusa HCV i DNA wirusa HBV niewykrywalnego przy yciu metod PCR. < 0,1% substancji konserwuj cej ProClin® 300 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 10 × 0,75 ml 8 ® cobas HIV-1 Zestaw Elementy i sk adniki odczynników Ilo na zestaw MGP 2 a Symbol bezpiecze stwa i ostrze enie Nie dotyczy ® ® (cobas 4800 MGP Reagent 2 — ® Odczynnik 2 cobas 4800 MGP) cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 (Zestaw do przygotwania próbki 2 do systemu ® cobas 4800) Szklane cz stki magnetyczne, bufor Tris, 0,1% metylo-4-hydroksybenzoesanu, < 0,1% azydku sodu 240 testów (P/N: 06979513190) (cobas 4800 Elution Buffer 2 — Bufor ® do elucji 2 cobas 4800) 10 x 8 ml EB 2 ® 10 x 17 ml Bufor Tris, 0,2% metylo-4-hydroksybenzoesan MGP 2 ® ® (cobas 4800 MGP Reagent 2 — ® Odczynnik 2 cobas 4800 MGP) cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 (Zestaw do przygotwania próbki 2 do systemu ® cobas 4800) Szklane cz stki magnetyczne, bufor Tris, 0,1% metylo-4-hydroksybenzoesanu, < 0,1% azydku sodu 960 testów (P/N: 06979521190) (cobas 4800 Elution Buffer 2 — Bufor ® do elucji 2 cobas 4800) 10 x 16 ml EB 2 ® 10 x 17 ml Bufor Tris, 0,2% metylo-4-hydroksybenzoesan ® cobas 4800 System Wash Buffer Kit (Zestaw buforu ucz cego do systemu ® cobas 4800) 240 testów (P/N: 05235863190) Nie dotyczy WB ® (cobas 4800 System Wash Buffer — ® Bufor p ucz cy systemu cobas 4800) 10 x 55 ml Dwuwodny cytrynian sodu, 0,05% N-metyloizotiazolonu HCl ® cobas 4800 System Wash Buffer Kit (Zestaw buforu ucz cego do systemu ® cobas 4800) 960 testów (P/N: 05235871190) Nie dotyczy WB ® (cobas 4800 System Wash Buffer — ® Bufor p ucz cy systemu cobas 4800) 10 x 200 ml Dwuwodny cytrynian sodu, 0,05% N-metyloizotiazolonu HCl ® cobas 4800 System Specimen Diluent 2 SD 2 (Rozcie czalnik Próbki 2 ® do systemu cobas 4800) Bufor Tris, 0,1% metylo-4-hydroksybenzoesanu, < 0,1% azydku sodu 240 testów (P/N: 06979556190) 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 Nie dotyczy 10 x 8 ml 9 ® cobas HIV-1 Zestaw Elementy i sk adniki odczynników Ilo na zestaw P2 ® (cobas 4800 Protease 2 — Proteaza 2 ® cobas 4800) Bufor Tris, < 0,05% EDTA, chlorek wapnia, octan wapnia, 8% (udzia wagowo-obj.) proteinazy 10 x 1,0 ml ® cobas 4800 System Lysis Kit 2 (Zestaw do lizy 2 do ® systemu cobas 4800) 240 testów (P/N: 06979530190) LYS 2 ® (cobas 4800 Lysis Buffer 2 — Bufor do ® lizy 2 do systemu cobas 4800) 43% (udzia wagowy) tiocyjanian guanidyny, 5% (udzia wagowo-obj.) polidokanol, 2% (udzia wagowo-obj.) ditiotreitol, dwuwodny cytrynian sodu 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 10 × 27 ml a Symbol bezpiecze stwa i ostrze enie Niebezpiecze stwo H302+H332 Dzia a szkodliwie po po kni ciu lub w nast pstwie wdychania. H315 Dzia a dra ni co na skór . H318 Powoduje powa ne uszkodzenie oczu. H334 Mo e powodowa objawy alergii lub astmy lub trudno ci w oddychaniu w nast pstwie wdychania. H412 Dzia a szkodliwie na organizmy wodne, powoduj c d ugotrwa e skutki. EUH032 W kontakcie z kwasami uwalnia bardzo toksyczne gazy. P261 Unika wdychania py u/dymu/gazu/ mg y/par/rozpylonej cieczy. P280 Stosowa r kawice ochronne/ ochron oczu/ochron twarzy. P284: Stosowa indywidualne rodki ochrony dróg oddechowych. P305 + P351 + P338 + P310 W PRZYPADKU DOSTANIA SI DO OCZU: Ostro nie p uka wod przez kilka minut. Wyj soczewki kontaktowe, je eli s i mo na je atwo usun . Nadal uka . Natychmiast skontaktowa si z O RODKIEM ZATRU lub lekarzem. P342 + P311 W przypadku wyst pienia objawów ze strony uk adu oddechowego: Skontaktowa si z O RODKIEM ZATRU lub lekarzem. P362 + P364 Zanieczyszczon odzie zdj i wypra przed ponownym u yciem. 10 ® cobas HIV-1 Zestaw Elementy i sk adniki odczynników P2 ® (cobas 4800 Protease 2 — Proteaza 2 ® cobas 4800) Bufor Tris, < 0,05% EDTA, chlorek wapnia, octan wapnia, 8% (udzia wagowo-obj.) proteinazy Ilo na zestaw a Symbol bezpiecze stwa i ostrze enie Niebezpiecze stwo H302+H332 Dzia a szkodliwie po po kni ciu lub w nast pstwie wdychania. 10 x 1,0 ml H315 Dzia a dra ni co na skór . H318 Powoduje powa ne uszkodzenie oczu. H334 Mo e powodowa objawy alergii lub astmy lub trudno ci w oddychaniu w nast pstwie wdychania. H412 Dzia a szkodliwie na organizmy wodne, powoduj c d ugotrwa e skutki. ® cobas 4800 System Lysis Kit 2 (Zestaw do lizy 2 do ® systemu cobas 4800) EUH032 W kontakcie z kwasami uwalnia bardzo toksyczne gazy. 960 testów (P/N: 06979548190) LYS 2 ® (cobas 4800 Lysis Buffer 2 — Bufor do ® lizy 2 do systemu cobas 4800) 43% (udzia wagowy) tiocyjanian guanidyny, 5% (udzia wagowo-obj.) polidokanol, 2% (udzia wagowo-obj.) ditiotreitol, dwuwodny cytrynian sodu a 10 × 84 ml P261 Unika wdychania py u/dymu/gazu/ mg y/par/rozpylonej cieczy. P280 Stosowa r kawice ochronne/ ochron oczu/ochron twarzy. P284: Stosowa indywidualne rodki ochrony dróg oddechowych. P305 + P351 + P338 + P310 W PRZYPADKU DOSTANIA SI DO OCZU: Ostro nie p uka wod przez kilka minut. Wyj soczewki kontaktowe, je eli s i mo na je atwo usun . Nadal uka . Natychmiast skontaktowa si z O RODKIEM ZATRU lub lekarzem. P342 + P311 W przypadku wyst pienia objawów ze strony uk adu oddechowego: Skontaktowa si z O RODKIEM ZATRU lub lekarzem. P362 + P364 Zanieczyszczon odzie zdj i wypra przed ponownym u yciem. Oznakowanie bezpiecze stwa produktu jest zasadniczo zgodne z wytycznymi GHS UE. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 11 ® cobas HIV-1 Wymagania dotycz ce przechowywania i u ytkowania odczynników Temperatura przechowywania Odczynnik Czas przechowywania cobas HIV-1 ® 2–8°C Zachowuje trwa do momentu up ywu wskazanej daty wa no ci. ® 2–8°C Zachowuje trwa do momentu up ywu wskazanej daty wa no ci. ® 2–8°C Zachowuje trwa do momentu up ywu wskazanej daty wa no ci. ® 15–25°C Zachowuje trwa do momentu up ywu wskazanej daty wa no ci. ® 2–8°C Zachowuje trwa do momentu up ywu wskazanej daty wa no ci. ® 2–8°C Zachowuje trwa do momentu up ywu wskazanej daty wa no ci. cobas HBV/HCV/HIV-1 Control Kit cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 cobas 4800 System Wash Buffer Kit cobas 4800 System Specimen Diluent 2 cobas 4800 System Lysis Kit 2 Nie nale y zamra odczynników. Wymagane materia y dodatkowe Materia y P/N ytka do ekstrakcji (z g bokimi do kami) systemu ® cobas 4800 2,0 ml ® ytka AD (z mikrodo kami) systemu cobas 4800 0,3 ml 06884008001 05232724001 Aplikator folii uszczelniaj cej 04900383001 Ko cówki CORE, 1000 µl, statyw zawieraj cy 96 sztuk 04639642001 Pojemnik na odczynnik 200 ml 05232759001 Pojemnik na odczynnik 50 ml 05232732001 No nik 24-pozycyjny 04639502001 No nik 32-pozycyjny 04639529001 Worek na odpady sta e 05530873001 (ma y) lub 04691989001 (du y) Plastikowa zsuwnia Hamilton STAR 04639669001 kawice jednorazowe bezpudrowe Akceptowalne s jakiekolwiek bezpudrowe r kawice jednorazowe. Mieszad o wibracyjne (do mieszania jednej probówki) Akceptowalne jest dowolne mieszad o wibracyjne. Wirówka laboratoryjna, wyposa ona w rotor uchylny o minimalnej warto ci RCF równej 1500 Akceptowalna jest dowolna wirówka spe niaj ca te wymagania. W celu uzyskania dodatkowych informacji dotycz cych materia ów sprzedawanych oddzielnie prosimy o kontakt z miejscowym przedstawicielstwem firmy Roche. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 12 ® cobas HIV-1 Urz dzenia i oprogramowanie wymagane, lecz niedostarczane Urz dzenia i oprogramowanie wymagane, lecz niedostarczane ® System cobas 4800 Aparat cobas x 480 Analizator cobas z 480 Jednostka steruj ca ® Oprogramowanie aplikacyjne (podstawowe) systemu cobas 4800 w wersji 2.1.0 lub nowsze ® ® System cobas 4800 cobas HIV-1 AP wersja 1.0.0 lub nowsza Dodatkowe informacje dotycz ce pierwotnych i wtórnych probówek na próbki akceptowanych ® przez urz dzenia zawiera Podr cznik u ytkownika systemu cobas 4800 — oprogramowanie ® ® w wersji 2.1 lub nowsze dla testu cobas HIV-1 stosowanego w systemie cobas 4800 ® ® (okre lany dalej jako Podr cznik u ytkownika systemu cobas 4800 dla testu cobas HIV-1). Uwaga: Szczegó ow list zamówie na statywy na próbki, statywy na ko cówki, statywy na odczynniki i no niki na p ytki akceptowane przez urz dzenia mo na uzyska po skontaktowaniu si z miejscowym przedstawicielstwem firmy Roche. Wymagania dotycz ce rodków ostro no ci i u ytkowania Ostrze enia i rodki ostro no ci Podobnie jak w przypadku ka dej procedury testowej, dla prawid owego przeprowadzenia badania kluczowe znaczenie ma zachowanie zasad dobrej praktyki laboratoryjnej. Z uwagi na wysok czu analityczn niniejszego testu nale y przedsi wzi wyj tkow ostro no , aby zapobiec zanieczyszczeniu odczynników, próbek oraz mieszanin do amplifikacji. Do stosowania wy cznie w diagnostyce in vitro. Test cobas® HIV-1 nie zosta zaprojektowany jako badanie przesiewowe na obecno krwi lub jej produktach. wirusa HIV-1 we Ze wszystkimi próbkami pacjentów nale y obchodzi si tak jak z materia em zaka nym, stosuj c procedury dobrej praktyki laboratoryjnej, takie jak okre lone w dokumentach Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories oraz CLSI Document M29-A4.17,18 Procedur t powinien wykonywa wy cznie personel bieg y w obchodzeniu si z materia em zaka nym, u ytkowaniu testu cobas® HIV-1 i systemu cobas® 4800. Wszystkie materia y pochodzenia ludzkiego nale y uwa z nimi z zastosowaniem ogólnych rodków ostro no ci. za potencjalnie zaka ne i post powa Zestaw kontroli cobas® HBV/HCV/HIV-1 zawiera osocze pochodz ce z krwi ludzkiej. Materia ród owy by badany z wykorzystaniem licencjonowanego testu na obecno przeciwcia i nie wykazywa obecno ci przeciwcia przeciwko wirusom HCV, HIV-1/2, przeciwcia przeciwko antygenowi HBsAg ani przeciwcia przeciwko antygenowi HBc. Testowanie metodami PCR nie wykaza o RNA wirusa HIV-1, RNA wirusa HIV-2, RNA wirusa HCV ani DNA wirusa HBV. adna ze znanych metod badania nie mo e zaoferowa ca kowitej pewno ci, e produkty otrzymane z ludzkiej krwi nie b przenosi czynników zaka nych. Nie wolno nara Nie zamra 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 odczynnika MGP na dzia anie róde pola magnetycznego. pe nej krwi ani innych próbek przechowywanych w probówkach pierwotnych. 13 ® cobas HIV-1 W celu zagwarantowania optymalnego dzia ania testu nale y stosowa wy cznie dostarczone lub wymienione potrzebne materia y eksploatacyjne. Karty charakterystyki (ang. Safety Data Sheet, SDS) s dost pne na przedstawicielstwie firmy Roche. danie w miejscowym ci le przestrzega podanych procedur i wytycznych w celu zapewnienia prawid owego wykonania testu. Wszelkie odchylenia od procedur i wytycznych mog mie wp yw na optymaln skuteczno testu. Je eli w trakcie obchodzenia si z próbkami i ich przygotowywania nie stosuje si odpowiedniej kontroli zanieczyszczenia mi dzy próbkami, mo e doj do wyst pienia fa szywie dodatnich wyników. Dodatkowe ostrze enia, rodki ostro no ci oraz procedury maj ce na celu zredukowanie ryzyka zaka enia, dotycz ce aparatu cobas x 480 lub analizatora cobas z 480 mo na znale w Podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. W przypadku podejrzenia wyst pienia zanieczyszczenia nale y przeprowadzi czyszczenie oraz konserwacj tygodniow zgodnie z opisem zamieszczonym w odpowiednim Podr czniku systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1 oraz w Podr czniku systemu — system cobas® 4800. Uwaga: Szczegó owe instrukcje zamieszczono w cz próbek”. ci „Pobieranie, transport i przechowywanie Dobra praktyka laboratoryjna Nie nale y pipetowa za pomoc ust. Nie wolno je , pi ani pali w obszarach roboczych laboratorium. Nale y dok adnie umy r ce po zako czeniu pracy z próbkami i odczynnikami z zestawu, a tak e po zdj ciu r kawic. Podczas pracy z jakimikolwiek odczynnikami nale y u ywa os on na oczy oraz fartuchów laboratoryjnych i r kawic jednorazowych. Nale y unika kontaktu wymienionych materia ów ze skór , oczami i b onami luzowymi. Je eli dojdzie do kontaktu, miejsce jego wyst pienia nale y natychmiast sp uka du ilo ci wody. Je eli nie zostan podj te odpowiednie dzia ania lecznicze, mo e doj do oparze . W razie rozlania przed wytarciem nale y rozcie czy wod . Dok adnie oczy ci i odkazi wszystkie laboratoryjne powierzchnie robocze wie o przygotowanym roztworem 0,5% podchlorynu sodu w wodzie destylowanej lub dejonizowanej (rozcie czy domowy wybielacz w stosunku 1:10). Nast pnie nale y przetrze powierzchni 70% etanolem. ytkowanie odczynników Aby unikn zanieczyszczenia mi dzy próbkami lub kontrolami, z wszystkimi odczynnikami, kontrolami i próbkami nale y post powa zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Przed u yciem nale y oceni wzrokowo ka butelk odczynnika oraz fiolk , aby upewni si , e nie ma adnych oznak wycieku. W razie wyst pienia wycieku nie wolno u ywa tego materia u do badania. Bufor do lizy 2 do systemu cobas® 4800 zawiera tiocyjanian guanidyny, potencjalnie niebezpieczn substancj chemiczn . Nie dopuszcza do kontaktu odczynników ze skór , oczami i b onami luzowymi. Je eli dojdzie do kontaktu, natychmiast sp uka du ilo ci wody; w przeciwnym razie mog powsta oparzenia. Test cobas® HIV-1, zestaw cobas® 4800 Sample Preparation Kit 2 i cobas® 4800 System Specimen Diluent 2 zawieraj azydek sodu jako rodek konserwuj cy. Nie dopuszcza do kontaktu odczynników ze skór , oczami i b onami luzowymi. Je eli dojdzie do kontaktu, natychmiast sp uka du ilo ci wody; w przeciwnym razie mog powsta oparzenia. Je eli dojdzie do rozlania wymienionych odczynników, przed wytarciem nale y rozcie czy je wod . 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 14 ® cobas HIV-1 Nie wolno dopuszcza do kontaktu buforu do lizy 2 cobas® 4800 zawieraj cego tiocyjanian guanidyny, z roztworem podchlorynu sodu (wybielaczem). Po czenie to mo e skutkowa wytworzeniem silnie truj cego gazu. Zanieczyszczenie W celu zapobie enia zanieczyszczeniu konieczne jest noszenie r kawic i ich zmiana pomi dzy prac z próbkami a odczynnikami testu cobas® HIV-1. Podczas pracy z próbkami i kontrolami nale y unika zanieczyszczenia r kawic. Podczas obchodzenia si z próbkami i zestawem odczynników nale y nosi jednorazowe r kawice, fartuchy laboratoryjne oraz os on oczu. Nale y unika zanieczyszczenia odczynników przez rybonukleazy i mikrobiologicznego. Je eli w trakcie obchodzenia si z próbkami nie jest mo liwa odpowiednia kontrola przeniesienia zanieczyszczenia mi dzy próbkami, mo e doj do wyst pienia wyników fa szywie dodatnich. Integralno Nie wolno u ywa zestawów po up ywie daty wa no ci. Nie nale y poddawa odczynników pulowaniu. Nie wolno u ywa przedmiotów jednorazowego u ytku po up ywie daty wa no ci. Wszystkie przedmioty jednorazowego u ytku s przeznaczone do jednokrotnego u ycia. Nie wykorzystywa ponownie. Ca e wyposa enie powinno by odpowiednio konserwowane, zgodnie z instrukcjami producenta. Utylizacja Test cobas® HIV-1, cobas® 4800 System Sample Preparation Kit 2 oraz cobas® 4800 System Specimen Diluent 2 zawieraj azydek sodu (patrz „Ostrze enia i rodki ostro no ci”). Azydek sodu mo e reagowa z instalacjami wodno-kanalizacyjnymi wykonanymi z o owiu lub miedzi, tworz c silnie wybuchowe azydki metali. Usuwaj c roztwory zawieraj ce azydek sodu do zlewów laboratoryjnych, nale y przep uka rury du ilo ci zimnej wody, aby zapobiec nagromadzeniu azydków. Nale y wyrzuci wszystkie nieu yte odczynniki, post puj c zgodnie z przepisami krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi. Uwaga: Informacje dotycz ce usuwania odpadów p ynnych zamieszczono w odpowiednim Podr czniku systemu — system cobas® 4800. Rozlanie p ynów i czyszczenie Test cobas® 4800 Lysis Buffer 2 zawiera tiocyjanian guanidyny. Je li p yn zawieraj cy tiocyjanian guanidyny ulegnie rozlaniu, do czyszczenia nale y u ywa odpowiedniego detergentu laboratoryjnego i wody. Je li rozlany p yn zawiera potencjalne czynniki zaka ne, do czyszczenia nale y NAJPIERW ywa detergentu laboratoryjnego i wody, a nast pnie 0,5% roztworu podchlorynu sodu. Je li do rozlania p ynu dojdzie na powierzchni aparatu cobas x 480, nale y post powa zgodnie z instrukcjami zamieszczonymi w odpowiednim Podr czniku systemu — system cobas® 4800 w celu przeprowadzenia czyszczenia. Do czyszczenia aparatu cobas x 480 lub analizatora cobas z 480 nie wolno u ywa roztworu podchlorynu sodu (wybielacza). Czyszczenia aparatu cobas x 480 lub analizatora cobas z 480 nale y dokonywa zgodnie z procedurami opisanymi w odpowiednim Podr czniku systemu — system cobas® 4800. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 15 ® cobas HIV-1 Pobieranie, transport i przechowywanie próbek Uwaga: Ze wszystkimi próbkami nale y obchodzi si jak z materia em potencjalnie zaka nym. Wszystkie próbki nale y przechowywa w okre lonych temperaturach. Podwy szona temperatura ma wp yw na stabilno próbek. W przypadku u ywania próbek zamro onych w probówkach wtórnych nale y umie ci próbki w temperaturze pokojowej (15–30°C) a do ca kowitego ich rozmro enia, a nast pnie krótko wymiesza (np. na mieszadle wibracyjnym przez 3–5 sekund) i odwirowa w celu zebrania ca ej obj to ci próbki na dnie probówki. Pobieranie próbek Krew nale y pobiera do probówek do otrzymywania nierozcie czonego osocza BD Vacutainer® PPT™, przeznaczonych do metod diagnostyki molekularnej lub do sterylnych probówek zawieraj cych EDTA jako antykoagulant. Uwaga: ytkownik musi przestrzega instrukcji dostarczonych przez producenta probówek podczas przygotowania surowicy/osocza. Przechowywanie i trwa próbek podczas transportu Krew pe na pobrana do probówek przeznaczonych do metod diagnostyki molekularnej BD Vacutainer® PPT™ lub do sterylnych probówek zawieraj cych EDTA jako antykoagulant mo e by przechowywana i/lub transportowana do 24 godzin w temperaturze od 2°C do 25°C przed przygotowaniem osocza i wykonaniem dalszych bada . Próbki osocza mog by przechowywane w probówkach wtórnych do 24 godzin w temperaturze od 2°C do 30°C, do 72 godzin w temperaturze od 2°C do 8°C lub do 6 tygodni w temperaturze –18°C. Oddzielone próbki osocza w probówkach wtórnych s stabilne przez trzy cykle zamra ania/ odmra ania, gdy s przechowywane w temperaturze –18°C. Je li próbki maj by przesy ane, nale y je opakowa i oznaczy zgodnie z odpowiednimi krajowymi i (lub) mi dzynarodowymi przepisami dotycz cymi transportu próbek i czynników etiologicznych. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 16 ® cobas HIV-1 Instrukcja u ytkowania Wykonywanie oznaczenia Obj to przetwarzania próbki Domy lna obj to przetwarzania próbki dla testu cobas® HIV-1 wynosi 400 µl. Dla próbek o niskiej obj to ci mo na wybra obj to przetwarzania wynosz 200 µl. Jedynie w tej sytuacji nale y u dodatkowego odczynnika cobas® 4800 System Specimen Diluent 2 w systemie. U ytkownik zostanie powiadomiony przez kreator oprogramowania, aby to wykona , je eli podczas tworzenia harmonogramu pracy zostanie wybrany typ próbki „Diluted Plasma”. Przebieg pracy Rysunek 1: ® Przebieg pracy z u yciem testu cobas HIV-1 1 Uruchomienie systemu. 2 Wykonanie czynno ci konserwacyjnych aparatów. 3 Wyj cie próbek i odczynników z miejsca przechowywania. 4 Rozpocz cie przebiegu 5 Skanowanie kart z parametrami 6 Za adowanie próbek 7 W przypadku korzystania z systemu LIS: potwierdzenie zlecenia pracy. W przypadku braku systemu LIS: utworzenie zlecenia pracy. 8 Za adowanie materia ów eksploatacyjnych (p ytki g bokodo kowej, p ytki mikrodo kowej, statywów na ko cówki) 9 Za adowanie odczynników 10 Rozpocz cie przebiegu przygotowania próbek. 11 Wyj cie i uszczelnienie p ytki mikrodo kowej. 12 Umieszczenie p ytki mikrodo kowej w analizatorze. 13 Wyj cie próbek, zu ytych odczynników i p ytki g bokodo kowej. 14 Przeanalizowanie wyników. 15 W przypadku korzystania z systemu LIS: przes anie wyników do systemu LIS. 16 Wyj cie p ytki z analizatora. Uwaga: Szczegó owe instrukcje obs ugi mo na znale cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. Wielko w Podr czniku u ytkownika systemu przebiegu Test cobas® HIV-1 mo e by wykonywany przy minimalnych obj to ciach próbki, które opisano w Podr czniku ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. System cobas® 4800 jest opracowany do wspierania mieszanych partii w tym samym przebiegu. Ogólne zestawy odczynników do przygotowywania próbek (cobas® 4800 System Sample Preparation Kit 2, cobas® 4800 System Lysis Kit 2 oraz cobas® 4800 System Wash Buffer Kit) s dost pne w dwóch wielko ciach, z których ka da wystarcza na 10 przebiegów zawieraj cych do 24 lub 96 próbek w czaj c kontrole i próbki do oznaczania. Test cobas® HIV-1 jest 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 17 ® cobas HIV-1 dost pny w jednym rozmiarze zestawu, który wystarcza do zbadania 120 (10×12) próbek, w czaj c kontrole i próbki. W ka dej partii testowej musi by u yta jedna HBV/HCV/HIV-1 Low Positive Control, jedna HBV/HCV/HIV-1 High Positive Control oraz jedna Negative Control. W przypadku przebiegu z jednym testem maksymalna dopuszczalna liczba próbek to 93 próbki pacjentów i 3 kontrole. Procedur wykonywania testu opisano szczegó owo w podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. Na Rysunek 1 podsumowano t procedur . Uwaga: W celu optymalnego u ycia odczynników ogólne zestawy odczynników do przygotowywania próbek mog by u ywane dla przebiegów zawieraj cych cznie 1–21 próbek (zestaw testowy 10×24) lub cznie 1–93 próbek (zestaw testowy 10×96). Jednak nie mo na czy ze sob ró nych wielko ci zestawu cobas® 4800 System Wash Buffer Kit, cobas® 4800 System Sample Preparation Kit 2 i cobas® 4800 System Lysis Kit 2. Przyk adowo, je li na pocz tku przebiegu skanowana jest butelka z odczynnikiem Wash Buffer z zestawu 96 testów, nale y odczynników z pozosta ych zestawów do przygotowywania próbek równie o rozmiarze 96 testów. Przebieg pracy Test cobas® HIV-1 to oznaczenie prowadzone z wykorzystaniem pe nego przebiegu pracy w ramach oprogramowania cobas® 4800. Obejmuje on przygotowanie próbek w aparacie cobas x 480 oraz amplifikacj /detekcj w analizatorze cobas z 480. Przebieg mo e obejmowa wy cznie badanie pod k tem HIV-1 lub w mieszanych partiach z testami, które posiadaj jednakowy proces automatycznej ekstrakcji próbki i profil PCR dla amplifikacji i detekcji. Oprogramowanie wy wietli testy, które s zgodne dla mieszanych partii w te cie cobas® HIV-1 na etapie wyboru testu. Wi cej szczegó ów mo na znale w Podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. 1. Uruchom system i wykonaj procedury konserwacyjne, post puj c zgodnie z instrukcjami zamieszczonymi w Podr czniku systemu — system cobas® 4800, dla testu cobas® HIV-1 w cz „Konserwacja aparatu”. ci 2. Zgromad wszystkie wymagane odczynniki i materia y eksploatacyjne. Wszystkie odczynniki, oprócz odczynników HIV-1 MMX R2 i MMX R1, przed za adowaniem do aparatu cobas x 480 musz znajdowa si w temperaturze pokojowej. Odczynniki HIV-1 MMX R2 i MMX R1 mo na umieszcza w aparacie bezpo rednio z temperatury przechowywania 2–8°C, poniewa ich temperatura zostanie wyrównana do temperatury otoczenia wewn trz aparatu cobas x 480 podczas procesu przetwarzania. Uwaga: Wszystkie odczynniki i pojemniki na odczynniki s opatrzone kodem kreskowym i s przeznaczone do jednokrotnego u ycia. Oprogramowanie cobas® 4800 ledzi u ycie odczynników oraz pojemników na odczynniki i odrzuca wcze niej u ywane odczynniki lub pojemniki na odczynniki. 3. Rozpocznij nowy przebieg i wybierz jako rodzaj przebiegu pracy HIV-1. Zlecenie pracy mo na utworzy na trzy sposoby: Korzystaj c z edytora próbki przed umieszczeniem statywu z próbkami w aparacie cobas x 480 (przycisk „Editor” po prawej stronie menu g ównego). Zlecenia pracy mo na zapisa , edytowa i wczyta ponownie w razie potrzeby. Przez skorzystanie z kreatora oprogramowania dla nowego przebiegu i umieszczenie próbek w aparacie cobas x 480 po wy wietleniu takiego polecenia. Kody kreskowe próbek zostan automatycznie zeskanowane i konieczne b dzie zdefiniowane danych wyników dla ka dej próbki. Przez skorzystanie z systemu LIS placówki. Wi cej szczegó ów mo na znale w Podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. Podczas wybierania danych wyników nale y zaznaczy opcj „HIV-1”. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 18 ® cobas HIV-1 4. Umie próbki i zdefiniuj/wybierz zlecenie pracy lub skorzystaj z systemu LIS, zale nie od tego co dzie w ciwe. Minimalna obj to próbki zale y do typu i wielko ci probówki. Wi cej szczegó ów mo na znale w Podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. 5. Post puj zgodnie ze wskazówkami kreatora oprogramowania i za aduj materia y eksploatacyjne. Nie nale y umieszcza pojedynczych ko cówek ani ich wyjmowa z cz ciowo wykorzystanego statywu, gdy oprogramowanie ledzi liczb pozosta ych ko cówek. Je li liczba ko cówek b dzie niewystarczaj ca do przeprowadzenia przebiegu, oprogramowanie poinformuje o tym fakcie ytkownika. 6. Za aduj odczynniki do przygotowywania próbek do pojemników na odczynniki opatrzonych kodem kreskowym. Pojemniki na odczynniki s dost pne w dwóch rozmiarach: 200 ml i 50 ml. Post puj zgodnie ze wskazówkami kreatora oprogramowania w celu wybrania pojemnika na odczynniki odpowiednich rozmiarów. Kody kreskowe pojemnika na odczynniki musz znajdowa si po prawej stronie no nika. Za aduj odczynniki do przygotowywania próbek, stosuj c metod „zeskanuj, zeskanuj, przelej, umie ”: Zeskanuj kod kreskowy butelki odczynnika. Zeskanuj kod kreskowy pojemnika na odczynniki. Przelej odczynnik do pojemnika. Umie wype niony pojemnik na odczynniki w przypisanej mu pozycji w no niku na odczynniki. Uwaga: System cobas® 4800 ma wewn trzny zegar, kontroluj cy czas, przez jaki odczynniki znajduj si w systemie. Od momentu zeskanowania LYS 2 lub WB jest 1 godzina do zako czenia procesu adowania i klikni cia przycisku Start. Na zak adce „Workplace” wy wietlany jest zegar odliczaj cy czas. System nie zezwoli na rozpocz cie przebiegu, je eli czas wy wietlany przez zegar aparatu up yn . Uwaga: Aby zapewni w ciwe przeniesienie odczynnika MGP, zworteksuj lub energicznie wstrz nij fiolk odczynnika MGP niezw ocznie przed umieszczeniem jej w pojemniku na odczynniki. 7. Umie fiolki odczynników do amplifikacji/detekcji (HIV-1 MMX R2, MMX R1 i RNA QS), fiolki kontroli [HBV/HCV/HIV-1 L(+)C, HBV/HCV/HIV-1 H(+)C i (–) C] oraz fiolki z odczynnikiem ogólnym (P2 i SD2 zgodnie z wymogami) bezpo rednio w no niku dla odczynników. W celu zapobiegania niepotrzebnym przerwaniom przebiegu i ska eniom nale y strz sn fiolki z odczynnikami, aby zapobiec powstawaniu cherzyków/warstwy p ynu oraz zmienia r kawiczki po umieszczeniu na no niku fiolek z kontrolami dodatnimi. 8. Po pomy lnym przebiegu przygotowania próbek przyciski „Sample Preparation results” oraz „Unload” stan si dost pne. W razie potrzeby wybierz przycisk „Sample Preparation results” w celu przeanalizowania wyników, a nast pnie wybierz przycisk „Unload”, aby wy adowa no niki na p ytki. Mo na równie wybra przycisk „Unload” w celu wy adowania no nika na p ytki bez przegl dania wyników. Patrz Podr cznik u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. 9. Aby uszczelni p ytk mikrodo kow , przenie p ytk do analizatora cobas z 480 i rozpocz przebieg amplifikacji oraz detekcji, post puj zgodnie z instrukcjami zamieszczonymi w Podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1. Uwaga: System cobas® 4800 ma wewn trzny zegar, kontroluj cy czas, jaki up ywa od momentu dodania przygotowanych próbek do aktywowanego odczynnika Master Mix. Amplifikacj i detekcj nale y rozpocz jak najszybciej, jednak nie pó niej ni 40 minut od zako czenia przebiegu w aparacie cobas x 480. Na zak adce „Workplace” wy wietlany jest zegar odliczaj cy czas. System przerwie przebieg, je eli ten czas zostanie przekroczony. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 19 ® cobas HIV-1 10. Po zako czeniu procesu amplifikacji i detekcji wy aduj p ytk mikrodo kow z analizatora cobas z 480. 11. Post puj zgodnie z instrukcjami zamieszczonymi w Podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla testu cobas® HIV-1 w celu przeanalizowania i zatwierdzenia wyników. Wyniki System cobas® 4800 automatycznie okre la poziom RNA HIV-1 w próbkach i kontrolach. St enie RNA HIV-1 wyra a si w liczbie kopii na mililitr lub jednostkach mi dzynarodowych IU (International Units) na mililitr (IU/ml). Wspó czynnik konwersji dla testu cobas® HIV-1 wynosi 0,6 kopii/IU. Kontrola jako ci i wa no wyników W ka dej partii przetwarzana jest jedna ujemna kontrola (–) C i dwie kontrole dodatnie: kontrola nisko dodatnia HBV/HCV/HIV-1 L(+)C oraz kontrola wysoko dodatnia HBV/HCV/HIV-1 H(+)C. Sprawd wa no partii w oprogramowaniu cobas® 4800 i (lub) raporcie. Wyniki s uniewa niane automatycznie przez oprogramowanie cobas® 4800 na podstawie uzyskania niepomy lnych wyników kontroli ujemnej i kontroli dodatniej. Znaczniki kontroli Tabela 1: Znaczniki kontroli ujemnej i kontroli dodatnich Kontrola ujemna Identyfikator znacznika Wynik Interpretacja (–) C R4803, R4804 (Nie powiod a si analiza partii kontrolnej) Invalid Wynik oznaczony jako niewa ny lub wynik obliczonego miana kontroli ujemnej nie jest wynikiem ujemnym. Kontrola dodatnia Identyfikator znacznika Wynik Interpretacja HBV/HCV/HIV-1 L(+)C R4803, R4804 (Nie powiod a si analiza partii kontrolnej) Invalid Wynik oznaczony jako niewa ny lub obliczone miano dla kontroli nisko dodatniej nie mie ci si w okre lonym zakresie. HBV/HCV/HIV-1 H(+)C R4803, R4804 (Nie powiod a si analiza partii kontrolnej) Invalid Wynik oznaczony jako niewa ny lub obliczone miano dla kontroli wysoko dodatniej nie mie ci si w okre lonym zakresie. Je li partia zostanie uniewa niona, nale y powtórzy badanie ca ej partii z uwzgl dnieniem próbek i kontroli. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 20 ® cobas HIV-1 Interpretacja wyników Uwaga: Ca y proces walidacji testu i partii jest realizowany przez oprogramowanie cobas® 4800. Uwaga: Wa na partia mo e obejmowa zarówno wa ne, jak i niewa ne wyniki próbek. W przypadku wa nej partii wyniki badania próbek interpretuje si w sposób, który przedstawia Tabela 2. Tabela 2: Interpretacja wyników dla poszczególnych materia ów docelowych ® cobas HIV-1 Target Not Detected < Titer Min Titer Raport wyniku i jego interpretacja Nie wykryto RNA HIV. Poda wynik jako „Nie wykryto HIV”. Obliczone miano jest ni sze od dolnej granicy oznaczalno ci testu (LLoQ). Poda wynik jako „Wykryto HIV, miano poni ej (miano min.)”. Miano min. = 2,00E+01 kopii/ml i 3,33E+01 IU/ml (400 µl) Miano min. = 6,00E+01 kopii/ml i 1,00E+02 IU/ml (200 µl) Obliczone miano znajduje si w zakresie liniowym testu — jest wi ksze lub równie mianu min. oraz mniejsze lub równe mianu maks. Poda wynik jako „Wykryto (miano) HIV-1”. > Titer Maxa a Obliczone miano jest wy sze od górnej granicy oznaczalno ci testu (ULoQ). Poda wynik jako „Wykryto HIV, miano powy ej (miano maks.)”. Miano maks. = 1,00E+07 kopii/ml i 1,67E+07 IU/ml (400 µl i 200 µl) Wynik próbki > Miano maks. odnosi si do HIV-1 dodatnich próbek z mianami powy ej górnej granicy oznaczalno ci testu (ULoQ). Je li wymagany jest wynik ilo ciowy, oryginaln próbk powinno si rozcie czy HIV-1-ujemnym ludzkim osoczem z dodatkiem EDTA, po czym nale y powtórzy test. Otrzymany wynik nale y pomno przez wspó czynnik rozcie czenia. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 21 ® cobas HIV-1 Ograniczenia metody 1. Test cobas® HIV-1 by oceniany tylko w po czeniu z cobas® HBV/HCV/HIV-1 Control Kit, cobas® 4800 System Sample Preparation Kit 2, cobas® 4800 System Lysis Kit 2, cobas® 4800 System Wash Buffer Kit oraz cobas® 4800 System Specimen Diluent 2. 2. Uzyskanie wiarygodnych wyników zale y od w ciwego pobrania próbki, transportu, przechowywania oraz przetwarzania. Nale y post powa zgodnie z procedurami opisanymi w niniejszej instrukcji (okre lanej równie mianem ulotki do czonej do opakowania) oraz w odpowiednim Podr czniku u ytkownika systemu cobas® 4800 dla cobas® HIV-1. 3. Ten test zosta zatwierdzony wy cznie do badania osocza EDTA. Badanie innych rodzajów próbek mo e dawa nieprawid owe wyniki. 4. Oznaczenie ilo ciowe RNA wirusa HIV-1 zale y od liczby cz stek wirusa obecnych w próbce i mog na nie mie wp yw: metoda pobrania próbki, czynniki zale ne od pacjenta (tj. wiek, obecno objawów) i/lub stadium zaka enia. 5. Mutacje w obr bie wysoko konserwatywnych regionów genomu wirusowego, z którymi wi si startery ® i/lub sondy u ywane w te cie cobas HIV-1 — chocia rzadkie — mog wp ywa na wi zanie starterów i/lub sond oraz spowodowa zani enie miana lub niewykrycie wirusa. 6. Warto predykcyjna oznaczenia zale y do cz sto ci wyst powania choroby w danej populacji. 7. Dodanie do odczynnika Master Mix cobas® HIV-1 enzymu AmpErase umo liwia selektywn amplifikacj docelowego kwasu dezoksyrybonukleinowego; jednak aby unikn zanieczyszczenia odczynników i mieszanin amplifikacyjnych, konieczne jest stosowanie dobrej praktyki laboratoryjnej i dok adne przestrzeganie procedur wyszczególnionych w niniejszej instrukcji. 8. Tego produktu mog u ywa wy cznie osoby przeszkolone w zakresie technik PCR i u ywania systemu cobas® 4800. 9. Zatwierdzono u ycie tego produktu tylko z aparatem cobas x 480 i analizatorem cobas z 480. Z tym produktem nie mo na stosowa adnych innych urz dze do przygotowania próbek ani systemów do PCR. 10. Z uwagi na ró nice mi dzy technologiami zaleca si , aby przed zmian stosowanych metod u ytkownik przeprowadzi w laboratorium badania korelacji stosowanych metod w celu okre lenia wyst puj cych mi dzy nimi ró nic jako ciowych. U ytkownicy powinni post powa zgodnie z w asnymi okre lonymi zasadami/procedurami. 11. Zanieczyszczenie krzy owe próbek mo e spowodowa wyniki fa szywie dodatnie. Cz sto zanieczyszczenia krzy owego mi dzy próbkami testu cobas® HIV-1 zosta a okre lona w badaniach nieklinicznych na poziomie 0,0%. Nie zaobserwowano zanieczyszczenia krzy owego pomi dzy przebiegami. 12. Test cobas® HIV-1 nie jest przeznaczony do wykorzystania jako badanie przesiewowe na obecno HIV-1 we krwi lub produktach krwiopochodnych. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 wirusa 22 ® cobas HIV-1 Ocena skuteczno ci w badaniach nieklinicznych Najwa niejsze parametry dzia ania testu Granica wykrywalno ci (LoD) Mi dzynarodowy standard WHO Granic wykrywalno ci testu cobas® HIV-1, okre lono na podstawie analizy serii rozcie cze mi dzynarodowego standardu WHO dla RNA HIV-1 do oznacze opartych na technologii amplifikacji kwasów nukleinowych (2nd WHO International Standard), grupa M podtyp B, uzyskanego z NIBSC w HIV-ujemnym ludzkim osoczu z EDTA z u yciem obj to ci przetwarzania wynosz cych 400 µl i 200 µl. Panel sk adaj cy si z sze ciu poziomów st i kontroli ujemnej by testowany na trzech seriach odczynników cobas® HIV-1, wielu przebiegach, dniach, operatorach i aparatach. Wyniki dla osocza z EDTA z obu obj to ci jednostek zamieszczono w Tabela 3 i Tabela 4. Badanie wykaza o, e test cobas® HIV-1 wykrywa RNA HIV-1 z odsetkiem trafie 95%, co wykaza a analiza PROBIT, przy st eniu 14,2 kopii/ml (23,7 IU/ml) w przypadku obj to ci przetwarzania 400 µl i przy st eniu 43,9 kopii/ml (73,4 IU/ml) w przypadku obj to ci przetwarzania 200 µl. Tabela 3: Granica wykrywalno ci w osoczu z EDTA (400 µl) St enie wej ciowe (RNA HIV-1 kopii/ml) St enie wej ciowe (RNA HIV-1 IU/ml) Liczba wa nych powtórze testu Liczba wyników dodatnich Odsetek trafie 60,0 100,0 252 252 100,0% 30,0 50,0 251 251 100,0% 20,0 33,3 252 247 98,0% 10,0 16,7 252 227 90,1% 5,0 8,3 252 160 63,5% 2,0 3,3 252 86 34,1% 0,0 0,0 71 0 0,0% LoD w analizie PROBIT przy 95% trafie 14,2 kopii/ml; 95% przedzia ufno ci: 12,5–16,6 kopii/ml 23,7 IU/ml; 95% przedzia ufno ci: 20,8-27,7 IU/ml Tabela 4: Granica wykrywalno ci w osoczu z EDTA (200 µl) St enie wej ciowe (RNA HIV-1 kopii/ml) St enie wej ciowe (RNA HIV-1 IU/ml) 100,0 166,7 251 251 100,0% 60,0 100,0 251 249 99,2% 30,0 50,0 251 227 90,4% 15,0 25,0 250 172 68,8% 7,0 11,7 250 110 44,0% 3,5 5,8 250 83 33,2% 0,0 0,0 68 0 0,0% LoD w analizie PROBIT przy 95% trafie 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 Liczba wa nych powtórze testu Liczba wyników dodatnich Odsetek trafie 43,9 kopii/ml; 95% przedzia ufno ci: 37,7-52,7 kopii/ml 73,4 IU/ml; 95% przedzia ufno ci: 62,9-88,1 IU/ml 23 ® cobas HIV-1 Zakres liniowo ci Liniowo testu cobas® HIV-1 okre lono dzi ki analizie serii rozcie cze w zawieraj cym 12 elementów panelu (obj to przetwarzania 400 µl) i 11 elementów panelu (obj to przetwarzania 200 µl) z dominuj cym wirusem HIV-1 grupy M podtypu B rozci gaj cym si w zakresie liniowym oznaczenia. Elementy panelu przygotowano z próbki supernatantu hodowli komórek dodatnich pod wzgl dem RNA HIV-1 o wysokim mianie. Podczas u ycia obj to ci przetwarzania 400 µl test cobas® HIV-1 mia przebieg liniowy od 20,0 kopii/ml do 1,00E+07 kopii/ml (od 33,3 IU/ml do 1,67E+07 IU/ml) i wykazywa maksymalne odchylenie od lepiej pasuj cej regresji nieliniowej poni ej ±0,07 log10 (patrz Rysunek 2). W zakresie liniowym dok adno testu mie ci a si w granicach ±0,18 log10. Podczas u ycia obj to ci przetwarzania 200 µl test cobas® HIV-1 mia przebieg liniowy od 60,0 kopii/ml do 1,00E+07 kopii/ml (od 100,0 IU/ml do 1,67E+07 IU/ml) i wykazywa maksymalne odchylenie od lepiej pasuj cej regresji nieliniowej poni ej ±0,08 log10 (patrz Rysunek 3). W zakresie liniowym dok adno testu mie ci a si w granicach ±0,19 log10. Okre lanie zakresu liniowego w osoczu z EDTA (400 µl) Obserwacje W okre lonym zakresie Linia regresji Górna granica odchylenia Dolna granica odchylenia Obserwowane miano log [jednostki st enia] Rysunek 2: Przypisane miano log [jednostki st 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 enia] 24 ® cobas HIV-1 Rysunek 3: Okre lanie zakresu liniowego w osoczu z EDTA (200 µl) Obserwowane miano log [jednostki st enia] Obserwacje W okre lonym zakresie Linia regresji Model kwadratowy Górna granica odchylenia Dolna granica odchylenia Przypisane miano log [jednostki st Dok adno enia] wewn trz laboratorium Precyzj testu cobas® HIV-1 okre lono przez analiz serii rozcie cze próbki wysoko pozytywnej HIV-1 (grupa M podtyp B; wirus hodowany) w HIV-ujemnym osoczu EDTA. Siedem poziomów rozcie cze (obj to przetwarzania 400 µl) i pi poziomów rozcie cze (obj to przetwarzania 200 µl) badano w 16 powtórzeniach dla ka dego poziomu i obj to ci przetwarzania dla trzech serii odczynników testu cobas® HIV-1 wykorzystuj c trzy aparaty i czterech operatorów przez 12 dni. Wyniki zamieszczono w Tabela 5 i Tabela 6. Test cobas® HIV-1 wykazywa doskona precyzj dla trzech serii badanych odczynników w zakresie st od 60,0 kopii/ml do 2,00E+07 kopii/ml z obj to ci przetwarzania 400 µl oraz od 1,00E+04 kopii/ml do 2,00E+07 kopii/ml z obj to ci przetwarzania 200 µl. Tabela 5: Wewn trzlaboratoryjna dok adno wynosz ca 400 µl)* St enie nominalne (kopii/ml) 2,0E+07 1,0E+06 1,0E+05 1,0E+04 1,0E+03 4,0E+02 6,0E+01 St enie przypisane (kopii/ml) 1,54E+07 7,70E+05 7,70E+04 7,70E+03 7,70E+02 3,08E+02 7,70E+01 testu cobas® HIV-1 (próbki osocza z EDTA — obj to Materia ród owy Hodowla komórkowa Hodowla komórkowa Hodowla komórkowa Hodowla komórkowa Hodowla komórkowa Hodowla komórkowa Hodowla komórkowa Seria nr 1 SD 0,05 0,05 0,05 0,04 0,09 0,08 0,18 przetwarzania Osocze pobrane na EDTA Seria nr 2 Seria nr 3 Wszystkie serie SD SD Pulowane SD 0,05 0,04 0,05 0,05 0,05 0,05 0,05 0,05 0,05 0,06 0,07 0,06 0,10 0,07 0,09 0,10 0,09 0,09 0,24 0,15 0,19 * Uwa a si , i warto ci miana maj charakter rozk adu logarytmiczno-normalnego i s analizowane po zamianie na log10. Kolumny odchylenia standardowego (SD) przedstawiaj ca kowite przekszta cone logarytmicznie miano dla ka dej z trzech serii odczynników. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 25 ® cobas HIV-1 Tabela 6: Wewn trzlaboratoryjna dok adno wynosz ca 200 µl)* St enie nominalne (kopii/ml) 2,0E+07 1,0E+07 1,0E+06 1,0E+05 1,0E+04 St enie przypisane (kopii/ml) 1,54E+07 7,70E+06 7,70E+05 7,70E+04 7,70E+03 testu cobas® HIV-1 (próbki osocza z EDTA — obj to Materia ród owy Wirus hodowany Wirus hodowany Wirus hodowany Wirus hodowany Wirus hodowany Seria nr 1 SD 0,04 0,04 0,03 0,04 0,05 przetwarzania Osocze pobrane na EDTA Seria nr 2 Seria nr 3 Wszystkie serie SD SD Pulowane SD 0,04 0,04 0,04 0,04 0,04 0,04 0,04 0,05 0,04 0,05 0,03 0,04 0,04 0,04 0,04 * Uwa a si , i warto ci miana maj charakter rozk adu logarytmiczno-normalnego i s analizowane po zamianie na log10. Kolumny odchylenia standardowego (SD) przedstawiaj ca kowite przekszta cone logarytmicznie miano dla ka dej z trzech serii odczynników. Weryfikacja grupy / podtypu Wydajno testu cobas® HIV-1 na wirusie HIV-1 podtypy grupy M, grupie O oraz grupie N oceniono w nast puj cy sposób: • Weryfikacja granicy wykrywania dla podtypów grupy M, grupy O oraz grupy N • Weryfikacja liniowo ci dla podtypów grupy M, grupy O oraz grupy N • Oznaczenia miana wykonano testem cobas® HIV-1. Weryfikacja granicy wykrywania dla podtypów grupy M, grupy O oraz grupy N Hodowane próbki HIV-1 dla HIV-1 M (A, C, D, F, G, H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1O i HIV-1N rozcie czono w osoczu EDTA do st enia równego granicy wykrywalno ci dla dominuj cej grupy/podtypu (HIV-1 M podtyp B) na podstawie analizy granicy wykrywalno ci 95% odsetka trafie (20,0 kopii/ml). Analiz trafie wykonano na 42 powtórzeniach dla ka dej grupy/podtypu. Wyniki te wskazuj , e test cobas® HIV-1 wykrywa HIV dla HIV-1M (A, C, D, F, G, H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1 O oraz HIV-1N w st eniu wynosz cym 20 kopii/ml z górn granic jednostronnego 95% przedzia u ufno ci, która jest wi ksza ni oczekiwany odsetek trafie 95%. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 26 ® cobas HIV-1 Tabela 7: Weryfikacja granicy wykrywalno ci HIV-1 podtypów grupy M, grupy O oraz grupy N w 400 µl osocza EDTA Grupa Podtyp Badane st enie: 20,0 kopii/ml Odsetek trafie w % Liczba wa nych (górna granica jednostronnego powtórze 95% przedzia u ufno ci) testu 42 92,86% (98,02%) A Liczba dodatnich powtórze testu 39 C 42 42 100% (100%) D 41 42 97,62% (99,88%) F 39 42 92,86% (98,02%) G 38 42 90,48% (96,68%) H 41 42 97,62% (99,88%) CRF01_AE 40 42 95,24% (99,15%) CRF02_AG 41 42 97,62% (99,88%) O 39 42 92,86% (98,02%) N 41 42 97,62% (99,88%) M Weryfikacja zakresu liniowego dla podtypów grupy M, grupy O oraz grupy N Rozcie czenia seryjne stosowane podczas weryfikacji liniowo ci podtypów testu cobas® HIV-1 sk ada y si z panelu siedmiu elementów rozci gaj cego si na zakres liniowy. Elementy panelu przygotowano z próbki supernatantu hodowli komórek dodatnich pod wzgl dem RNA HIV-1 o wysokim mianie, odpowiedniej grupy/podtypu. Badany zakres liniowy testu cobas® HIV-1 rozci ga si od LLoQ (20,0 kopii/ml dla obj to ci przetwarzania 400 µl) do ULoQ (1,0E+07 kopii/ml) i obejmuje co najmniej dwa kluczowe punkty decyzji medycznych. W osoczu z EDTA testowano dwana cie powtórze na poziom. Zakres liniowy testu cobas® HIV-1 weryfikowano dla podtypów grupy M, grupy O oraz grupy N. Maksymalne odchylenie mi dzy regresj liniow oraz lepiej pasuj regresj nieliniow by o mniejsze ni 0,12 log10. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 27 ® cobas HIV-1 Swoisto Swoisto testu cobas® HIV-1 okre lono na podstawie analizy próbek HIV-ujemnego osocza z EDTA od indywidualnych dawców. Sze set czterna cie pojedynczych próbek osocza EDTA zbadano przy u yciu trzech serii odczynników testu cobas® HIV-1. Wszystkie badane próbki by y ujemne pod wzgl dem RNA HIV-1. W panelu testu swoisto testu cobas® HIV-1 wynosi a 100,0% [dolna granica przedzia u ufno ci 95% jednostronnego przedzia u ufno ci (Clopper Pearson) wynosi a 99,5%]. Swoisto analityczna Swoisto analityczna testu cobas® HIV-1 by a oceniana w panelu rozcie cze patogenów w dodatnim pod wzgl dem RNA HIV i ujemnym pod wzgl dem RNA HIV osoczu z EDTA (Tabela 8). Patogeny dodawano do ujemnego osocza z EDTA i testowano je z i bez RNA HIV. aden z patogenów innych ni HIV nie zak óca wydajno ci testu. W te cie cobas® HIV-1 wyniki ujemne uzyskano dla wszystkich próbek patogenów bez docelowego HIV-1, a wyniki dodatnie uzyskano dla wszystkich próbek patogenów z docelowym HIV-1. Ponadto redni log10 miana ka dej próbki dodatniej pod wzgl dem HIV-1 zawieraj cej potencjalnie reaguj cy krzy owo mikroorganizm mie ci si w granicach ± 0,32 log10 redniego log10 miana odpowiedniej dodanej dodatniej kontroli. Tabela 8: Patogeny testowane pod k tem reakcji krzy owej Wirusy Bakterie Dro Candida albicans Adenowirus typ 5 Wirus Herpes simplex typu 1 i 2 Propionibacterium acnes Wirus cytomegalii Wirus brodawczaka ludzkiego Staphylococcus aureus Wirus gor czki Denga typu 1, 2, 3 i 4 Wirus grypy typu A Wirus Epsteina-Barr Wirus zapalenia mózgu z doliny aki Murray Wirus kleszczowego zapalenia mózgu Wirus zapalenia mózgu z St. Louis (szczep HYPR) Wirus zapalenia w troby typu A Wirus ospy wietrznej-pó pa ca Wirus zapalenia w troby typu B Wirus gor czki Zachodniego Nilu Wirus zapalenia w troby typu C Wirus Ludzki wirus T-limfotropowy typu 1 i 2 Wirus Zika tej gor czki Ludzki wirus opryszczki typu 6 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 28 ® cobas HIV-1 Swoisto analityczna — substancje wp ywaj ce na wynik testu Podwy szone poziomy trójglicerydów (27,9–29,0 g/l), sprz onej bilirubiny (0,18–0,22 g/l), niesprz onej bilirubiny (0,19–0,2 g/l), albuminy (57,8–60,6 g/l), hemoglobiny (1,8–2,3 g/l) i ludzkiego DNA (2 mg/l) w próbkach badano z i bez RNA HIV. Testowane substancje nie zak óca y dzia ania testu cobas® HIV-1. Ponadto badano test w obecno ci markerów immunologicznych tocznia rumieniowatego uk adowego (SLE), reumatoidalnego zapalenia stawów (RA) oraz obecno ci przeciwcia przeciwj drowych (ANA). Dodatkowo sk adniki leków wymienione w Tabela 9 badano w st eniu trzy razy Cmax z i bez RNA HIV. adna z potencjalnie zak ócaj cych substancji nie wykazywa a interferencji z testem. W te cie cobas® HIV-1 wyniki ujemne uzyskano dla wszystkich próbek bez docelowego HIV, a wyniki dodatnie uzyskano dla wszystkich próbek z docelowym HIV-1. Ponadto redni log10 miana ka dej próbki dodatniej pod wzgl dem HIV-1 zawieraj cej potencjalnie interferuj ce substancje mie ci si w graniach ±0,20 log10 redniego log10 miana odpowiedniej dodanej dodatniej kontroli. Tabela 9: Zwi zki leków badane pod k tem interferencji z ilo ciowym oznaczeniem RNA HIV w te cie cobas® HIV-1 Klasa leku Nazwa w asna leku Immunomodulatory Peginterferon -2a Inhibitor wej cia HIV Peginterferon -2b Marawirok Inhibitory integrazy HIV Elwitegrawir/Kobicistat Raltegrawir Nienukleozydowe inhibitory odwrotnej transkryptazy HIV Efawirenz Newirapina Etrawiryna Rilpiwiryna Inhibitory proteazy HIV Atazanawir Nelfinawir Darunawir Ritonawir Fosamprenawir Sakwinawir Lopinawir Tipranawir Boceprewir Telaprewir Inhibitory proteazy HCV Rybawiryna Simeprewir Inhibitory odwrotnej transkryptazy lub polimerazy DNA Preparaty do leczenia zaka oportunistycznych 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 Abakawir Gancyklowir Acyklowir Lamiwudyna Dipiwoksyl adefowiru Sofosbuwir Cidofowir Telbiwudyna Emtrycytabina Tenofowir Entekawir Valgancyklowir Foskarnet Zydowudyna Azytromycyna Pirazynamid Klarytromycyna Rifabutyna Etambutol Rifampicyna Flukonazol Sulfametoksazol Izoniazyd Trimetoprim 29 ® cobas HIV-1 Korelacja metody ® ® ® ® Ocena dzia ania testu cobas HIV-1 w porównaniu z testem COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test, v2.0 Dzia anie testu cobas® HIV-1 i testu COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test, v2.0 (TaqMan® HIV-1 Test, v2.0) by o porównywane podczas analizy 243 próbek osocza z EDTA od osób zaka onych HIV-1. Próbki obejmuj ce HIV-1 M (A–D, F–H, F/B, CRF01_AE, CRF02_AG) i HIV-1 O by y badane w duplikatach w o rodku zewn trznym. Regresj Deminga przeprowadzono z uwzgl dnieniem mian przekszta conych logarytmicznie. Rysunek 4 zawiera wyniki regresji Deminga. Symbol * na rysunkach oznacza pojedyncze oznaczenie. Kolorem oznaczono dany podtyp. Rysunek 4: ® ® Analiza regresji dla testów cobas HIV-1 vs TaqMan HIV-1 Test, v2.0, próbki osocza z EDTA Podtyp redni log10 miana testu cobas® HIV-1 y=1,06x + 0,05 2 R = 0,98 redni log10 miana testu COBAS® AmpliPrep/COBAS ® TaqMan® HIV-1 Test v2.0 d ca ego systemu Cz sto wyst powania b du systemowego dla testu cobas® HIV-1 okre lono badaj c 100 powtórze osocza z EDTA z dodanym wirusem HIV-1 grupa M podtyp B. Te próbki badano przy st eniu docelowym oko o 3 x granica wykrywania. Wyniki tego badania wykaza y, e we wszystkich powtórzeniach stwierdzono wa no i reaktywno wzgl dem docelowego HIV-1, co da o cz sto wyst powania b du systemowego na poziomie 0,0%. Dolna granica dwustronnego 95% dok adnego przedzia u ufno ci wynios a 0,0%, a górna 3,6% [0%: 3,6%]. Zanieczyszczenie pomi dzy próbkami Cz sto wyst powania zanieczyszczenia pomi dzy próbkami w te cie cobas® HIV-1 okre lono przez oznaczenie 230 powtórze próbek HIV-ujemnych osocza z EDTA i 235 powtórze próbek wysokiego miana HIV-1 na poziomie 1,9E+07 kopii/ml. cznie wykonano pi przebiegów z u yciem próbek dodatnich i ujemnych w uk adzie naprzemiennym. Wszystkie 230 powtórze ujemnych próbek by o wa nych i da o wynik ujemny daj c wspó czynnik zanieczyszczenia krzy owego wynosz cy 0,0% z jednostronnym górnym 95% przedzia em ufno ci wynosz cym 1,3%. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 30 ® cobas HIV-1 Dodatkowe informacje Najwa niejsze cechy oznaczenia Rodzaj próbki Wymagana ilo Obj to Czu Osocze pobrane na EDTA próbki przetwarzania analityczna ® ® Patrz Podr cznik u ytkownika systemu cobas 4800 dla testu cobas HIV-1. 400 µl lub 200 µl 14,2 kopii/ml (400 µl) 43,9 kopii/ml (200 µl) Zakres liniowo ci 400 µl: 20,0 kopii/ml – 1,0E+07 kopii/ml 200 µl: 60,0 kopii/ml – 1,0E+07 kopii/ml Swoisto 100% (jednostronny 95% przedzia ufno ci: 99,5%) Wykrywane genotypy HIV-1M (A–D, F–H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1O, HIV-1N 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 31 ® cobas HIV-1 Oznaczenia Na etykietach produktów diagnostycznych Roche PCR stosuje si nast puj ce oznaczenia. Tabela 10: Oznaczenia stosowane na etykietach produktów diagnostycznych Roche PCR Oprogramowanie pomocnicze Wyrób do diagnostyki in vitro Autoryzowany Przedstawiciel we Wspólnocie Europejskiej Dolna granica przypisanego zakresu Arkusz kodów kreskowych Wytwórca Kod partii Przechowywa z dala od wiat a Zagro enie biologiczne Zawarto Numer katalogowy Przestrzega zakresu temperatury Sprawd w instrukcji obs ugi Plik definicji testów Zawarto Górna granica przypisanego zakresu zestawu wystarczaj ca na <n> testów Dystrybucja Termin wa no ci Wy cznie do oceny dzia ania w badaniach IVD Numer pozycji handlu globalnego Ten produkt spe nia wymogi dyrektywy Wspólnoty Europejskiej 98/79/WE dotycz cej diagnostycznych urz dze medycznych do stosowania in vitro. Linia pomocy technicznej dla klientów w Stanach Zjednoczonych 1-800-526-1247 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 32 ® cobas HIV-1 Wytwórca i dystrybutorzy Tabela 11: Wytwórca i dystrybutorzy Wyprodukowano w Stanach Zjednoczonych Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim, Germany www.roche.com Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse 7 6343 Rotkreuz, Switzerland Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim, Germany Roche Diagnostics, SL Avda. Generalitat, 171-173 E-08174 Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain Roche Diagnostica Brasil Ltda. Av. Engenheiro Billings, 1729 Jaguaré, Building 10 05321-010 São Paulo, SP Brazil Roche Diagnostics 201, Boulevard Armand-Frappier H7V 4A2 Laval, Québec, Canada (For Technical Assistance call: Pour toute assistance technique, appeler le: 1-877-273-3433) Roche Diagnostics 2, Avenue du Vercors 38240 Meylan, France Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Viale G. B. Stucchi 110 20052 Monza, Milano, Italy Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, 249-1 2720-413 Amadora, Portugal Znaki towarowe i patenty Patrz http://www.roche-diagnostics.us/patents Copyright ©2016 Roche Molecular Systems, Inc. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 33 ® cobas HIV-1 Pi miennictwo 1. Mellors JW, Munoz A, Giorgi JV, et al. Plasma viral load and CD4+ lymphocytes as prognostic markers of HIV-1 infection. Ann Intern Med. 1997;126(12):946-954. 2. Mellors JW, Margolick JB, Phair JP, et al. Prognostic value of HIV-1 RNA, CD4 cell count, and CD4 Cell count slope for progression to AIDS and death in untreated HIV-1 infection. JAMA. 2007;297(21):23492350. 3. Guidelines for the use of antiviral agents in HIV-1-infected adults and adolescents. Department of Health and Human Services (DHHS); 2015. 4. Cohen MS, Chen YQ, McCauley M, et al. Prevention of HIV-1 infection with early antiretroviral therapy. N Engl J Med. 2011;365(6):493-505. 5. Phillips AN, Pillay D, Garnett G, et al. Effect on transmission of HIV-1 resistance of timing of implementation of viral load monitoring to determine switches from first to second-line antiretroviral regimens in resource-limited settings. AIDS. 2011;25(6):843-850. 6. Sigaloff KC, Hamers RL, Wallis CL, et al. Unnecessary antiretroviral treatment switches and accumulation of HIV resistance mutations; two arguments for viral load monitoring in Africa. J Acquir Immune Defic Syndr. 2011;58(1):23-31. 7. European AIDS Clinical Society 2013 Guidelines. http://www.eacsociety.org/Guidelines.aspx. 8. Consolidated guidelines on the use of antiretroviral drugs for treating and preventing HIV infection – Recommendations for a public health approach. World Health Organization HIV/AIDS Programme, Geneva. June 2013. 9. Günthard HF, Aberg JA, Eron JJ, et al.; Antiretroviral treatment of adult HIV infection: 2014 recommendations of the International Antiviral Society – USA panel. JAMA. 2014;312:410-25. 10. Do T, Duncan J, Butcher A, Liegler T. Comparative frequencies of HIV low-level viremia between real-time viral load assays at clinically relevant thresholds. J Clin Virol. 2011;52 Suppl 1:S83-S89. 11. Paba P, Fabeni L, Ciccozzi M, Perno CF, Ciotti M. Performance evaluation of the COBAS/TaqMan HIV-1 v2.0 in HIV-1 positive patients with low viral load: a comparative study. J Virol Methods. 2011;173(2):399402. 12. Longo MC, Berninger MS, Hartley JL. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene. 1990;93:125-128. 13. Savva R, McAuley-Hecht K, Brown T, Pearl L. The structural basis of specific base-excision repair by uracil-DNA glycosylase. Nature. 1995;373:487-493. 14. Mol CD, Arvai AS, Slupphaug G, et al. Crystal structure and mutational analysis of human uracil-DNA glycosylase: structural basis for specificity and catalysis. Cell. 1995;80:869-878. 15. Higuchi R, Dollinger G, Walsh PS, Griffith R. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. Biotechnology (NY). 1992;10:413-417. 16. Heid CA, Stevens J, Livak JK, Williams PM. Real time quantitative PCR. Genome Res. 1996;6:986-994. 17. Center for Disease Control and Prevention. Biosafety in microbiological and biomedical laboratories, 5th ed. U.S. Department of Health and Human Services, Public Health Service, Centers for Disease Control and Prevention, National Institutes of Health HHS Publication No. (CDC) 21-1112, revised December 2009. 18. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of laboratory workers from occupationally acquired infections. Approved Guideline-Fourth Edition. CLSI Document M29-A4:Wayne, PA;CLSI, 2014. 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 34 ® cobas HIV-1 Wersja dokumentu Informacje dotycz ce wersji dokumentu Doc Rev. 2.0 11/2016 07529708001-02PL Doc. Rev. 2.0 Zaktualizowano uwag dla tabeli Urz dzenia i oprogramowanie wymagane, lecz niedostarczane. Dodano etap mieszania do cz ci Pobieranie, transport i przechowywanie próbek. Dodano adres sieciowy firmy Roche www.roche.com. W razie jakichkolwiek pyta prosimy o kontakt z miejscowym przedstawicielstwem firmy Roche. 35
